#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 15, 2026; 15:29 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Matsuzaki R., Nozaki H., & Kawachi M. 2018. Taxonomic revision of Chloromonas nivalis (Volvocales, Chlorophyceae) strains, with the new description of two snow-inhabiting Chloromonas species. PLoS ONE, 13(3): e0193603. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S22105] [ The following blocks are input data for analysis step 22536 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep22536; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Chloromonas_asteroidea Chloromonas_augustae 'Chloromonas brevispina Zygotes_Hakkoda1' 'Chloromonas chenangoensis UTEX_SNO150' Chloromonas_chlorococcoides Chloromonas_fukushimae_NIES3389 'Chloromonas hohamii UTEX_SNO67' 'Chloromonas hoshawii UTEX_SNO66' Chloromonas_kasaiae Chloromonas_krienitzii_NIES3753 Chloromonas_miwae_NIES2379 'Chloromonas nivalis UTEX_SNO71' 'Chloromonas nivalis Zygotes_GassanB' 'Chloromonas nivalis Zygotes_P24DR4' 'Chloromonas nivalis subspecies_tatrae_Zygotes_LP01' 'Chloromonas pichinchae UTEX_SNO33' Chloromonas_pseudoplatyrhyncha Chloromonas_radiata 'Chloromonas remiasii CCCryo_005_99' Chloromonas_reticulata Chloromonas_serbinowii 'Chloromonas tenuis UTEX_SNO132' 'Chloromonas tughillensis UTEX_SNO91' Chloromonas_typhlos Gloeomonas_lateperforata Gloeomonas_rubrifilum Ixipapillifera_deasonii Ixipapillifera_pauromitos ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M46110] TITLE Chlorophyceae_18S_rDNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep22536; DIMENSIONS NCHAR=1751; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Chloromonas_asteroidea 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Chloromonas_augustae 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'Chloromonas chenangoensis UTEX_SNO150' 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'Chloromonas hoshawii UTEX_SNO66' 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Chloromonas_kasaiae --------------------GATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAACTTG-C-TTATACTACGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACTT-ACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGTAAATCCCGACTTCTGGAAGGGACGTATTTATTAGATAAAAGGCCAGCCGGGCTTGCCCGACTTAAGGTGAATCATGATAACTCCACGAATCGCATGGCCTCGTGCCGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCAGTTACTGTCTGGTAATTGGAATGAGAACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGAGGGGTTTTAGCGGTCCGG-TT--CGCTGTGTACTGCTAAGACCCTTCTTTCTGCCGGGGACAGGCTCTTGGGCTTCACTGTCTGGGACCTGGAGTCGGCGTGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACATGATAGGACTCTGGCCTATCTTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCAGGTGTTCTTTTGATGACCCTGCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACACGGGAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCACGTCTGCCTCTCGCAGATGGCCGACTTCTTAGAGGGACTATTGGCGTTTAGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCGATCAACGAGCCTATCCTTGGCCGAGAGGCCCGGGTAATCTTGAAAATCGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGATGTGCTGGTGAAGTGTTCGGATTGGCTTCAGCCGGTGGCAACACTGACTGAAACTGAGAAGATCATTAAACCCTCCCATCTAGAGGAAGGAGAAGT--------------- Chloromonas_krienitzii_NIES3753 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Chloromonas_miwae_NIES2379 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'Chloromonas nivalis UTEX_SNO71' 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'Chloromonas nivalis Zygotes_GassanB' 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'Chloromonas nivalis Zygotes_P24DR4' 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'Chloromonas nivalis subspecies_tatrae_Zygotes_LP01' 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Chloromonas_pseudoplatyrhyncha 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Chloromonas_radiata 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Chloromonas_reticulata 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Ixipapillifera_deasonii ---CATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCTGAC-TTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGT-CTTTACTACTTGGATACCCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGCACATCCCGACTTCTGGAAGGGACGTATTTATTAGATAAAAGGCCAGCCGAGCTTGCTCGACTTTCGGTGAATCATGATAACTCTACGAATCGCATGGCCTTTGGCCGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAGATGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCATTTAATGTCTGGTAATTGGAATGAGCACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGGTCGCAACGGTCCGGCTC--TGCTGTGCACTGTTGTGGCCTTCCTTTCTGCCGGTGACGGGCTCTTGGGCTTCACTGTCTGGGACCCGGAGTCGGCGATGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGGCCTATCTTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTCGCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTCTTTTGATGACCCCGCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGTGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACACGGGGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCACATCTGCCTCACGCAGCTGGCCGACTTCTTAGAGGGACTATTGTCGTTTAGGCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCGTTCAACAAGCCTATCCTTGGCCGAGAGGCCCGGGTAATCTTAGAATCCGCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATACCTAGTAGGCACAAGTCATCAGCTTGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGTGTCCGGATTGGCTTCAGCTGGTGGCAACACTGGTCGTCGCTGAAAAGGTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTCTTC Ixipapillifera_pauromitos AGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCTGAC-TTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACTT-ACTACTTGGATACCCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGCACATCCCGACTTCTGGAAGGGACGTATTTATTAGATAAAAGGCCAGCCGAGCTTGCTCGACTTTAGGTGAATCATGATAACTCCACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCATTTAATGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGGTTGCAACGGTCCGGCTC--TGCTGTGCACTGTTGTGGCCTTCCTTTCTGCCGGTGACGGGCTCTTGGGCTTTACTGTCTGGGACCCGGAGTCGGCGATGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGGCCTATCTTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTCTTTTGATGACCCCGCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGTGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACACGGGGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCACATCTGCCTCACGCAGCTGGCCGACTTCTTAGAGGGACTATTGTCGTTTAGGCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCGTTCAACAAGCCTATCCTTGGCCGAGAGGCCCGGGTAATCTTAGAATCCGCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATACCTAGTAGGCACAAGTCATCAGCTTGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGTGTCCGGATCGGCTTCAGCTGGTGGCAACACTGGTCGTCGCTGAAAAGGTCATTGAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTCTTC ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 22536 ] BEGIN TREES; TITLE Chlorophyceae_18S_rDNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep22536; TREE Fig._S4 = [&R] ((Ixipapillifera_deasonii:0.00662,Ixipapillifera_pauromitos:0.00142):0.01502,(((Chloromonas_asteroidea:0.01702,Chloromonas_radiata:0.00964):0.00658,(Chloromonas_augustae:0.02592,((Gloeomonas_lateperforata:0.01283,Gloeomonas_rubrifilum:0.01686):0.01727,(Chloromonas_serbinowii:0.02547,(Chloromonas_kasaiae:0.02046,(Chloromonas_pseudoplatyrhyncha:0.01074,(Chloromonas_reticulata:0.00103,(Chloromonas_chlorococcoides:4.3E-4,Chloromonas_typhlos:0.00274):9.6E-4):0.00442):0.0):0.0):0.0):0.00364):0.00409):0.00154,(('Chloromonas chenangoensis UTEX_SNO150':0.00653,'Chloromonas remiasii CCCryo_005_99':0.00554):0.00396,((('Chloromonas brevispina Zygotes_Hakkoda1':4.2E-4,Chloromonas_krienitzii_NIES3753:9.1E-4):0.00717,('Chloromonas nivalis Zygotes_GassanB':0.00242,('Chloromonas nivalis 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr112106] END;