#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 18, 2025; 23:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Moura M.N., Santos-silva F., Gomes-da-silva J., De almeida J.P., & Forzza R.C. 2018. Between Spines and Molecules: A Total Evidence Phylogeny of the Brazilian Endemic Genus Encholirium (Pitcairnioideae, Bromeliaceae). Systematic Botany, : 53. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S22353] [ The following blocks are input data for analysis step 22562 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep22562; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS _Encholirium_magalhaesii Deuterocohnia_brevispicata Deuterocohnia_glandulosa Deuterocohnia_longipetala Deuterocohnia_lotteae Deuterocohnia_meziana Deuterocohnia_scapigera Dyckia_dawsonii Dyckia_distachya Dyckia_encholirioides Dyckia_estevesii Dyckia_goehringii Dyckia_ibiramensis Dyckia_macedoi Dyckia_marnier_lapostollei Dyckia_mello_barretoi Dyckia_pseudococcinea Dyckia_saxatillis Dyckia_ursina Encholirium_agavoides Encholirium_biflorum Encholirium_ctenophylum Encholirium_diamantinum Encholirium_erectiflorum Encholirium_gracile Encholirium_heloisae Encholirium_horridum Encholirium_irwinii Encholirium_maximum Encholirium_pedicellatum Encholirium_pulchrum Encholirium_scrutor Encholirium_sp Encholirium_spectabile Encholirium_subsecundum Encholirium_vogelii Fosterella_caulescens Fosterella_penduliflora Fosterella_windischii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M44911] TITLE 'Encholirum - ndhF and matK Alignment'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep22562; DIMENSIONS NCHAR=2038; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Deuterocohnia_scapigera 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Dyckia_dawsonii 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------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGACAGCAACAAAAAATATTCGTCGCATGTGGGCTTTTCCTAGTGTTTTACTCTTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTTTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAGTTTGGATACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATACTAATTACTACTGTTGGAATCATGGTTCTTATTTATAGTGACAAGTATATGTATCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTTAATACTTCTATGCTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTGGTGGGAATGTGTTCTTATTTATTAATAGGGTTTTGGTTCACACGACCAATTGCAGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTGTTAGGAATCTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGTAGTTTAGAATTTCGGGATT------------------------------------------------------CTACTGTGTGTGCTTCTTTATTATTCGTCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCCCTT?ACGTATGGTTAC?TGATGCTATGG??GGACCCACTCCTATTTCGGCTCTTAT?C?CGCTGCTACTATGGTAGCAGCAGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCATAGTCATACCTTATATAATGAATTTCATTTCTTTAATAGGTGTAATAACACTATTATTAGGGGCTACTTTGGCCCTTGCTCAAAAAGACATTAAAAAAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCGAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCCTATTCAAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCTATTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATTGGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACC Dyckia_encholirioides 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Dyckia_estevesii 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Dyckia_goehringii AGAAAAATCT-CCTGCCTCCGGCTCAAGTA-GAAATGTAA-----ATGGAAGAATTCCAAGGATATTTAGAAAAAGATAGATCTCGGCAACAACACTTCCTATATCCGCTTCTTTTTCAGGAGTATATTTACGCGTTTGCTCATGATCATGGTTTAAATGATTCGATTTTTTACGAACCCGTGGAAATTTTTGGTTATGACAATAAATCTAGTTCAATACTTGTGAAACGTTTAATTATTCGAATGTATCAACAGAATTATTTGATTAATTCGGTTAATTATTCTAACCAAAATCGATTCGTTGGGCACAACGCTTATTTTTATTCTCATTTTTTTTCTCAGATGATATCAGAAGGTTTTGCGGTCATTGTGGAAATTCCATTCTCGCTGCGATTAGTATCTTTTCCCGAAGAAAAAGAAATACCAAAATGTCAGAATTTACGATCTATTCATTCAATATTTCCCTTTTTAGAGGACAAATTATCACATTTAAATTATGTGATAGATATACTAATACCCTATCCTATCCATTTGGAAATCCTGGTTCAAATCCTTCAATGCCGGATCCAAGATGTTCCATCTTTGCATTTATTGCGATTCTTTCTCCACGAATATCATAATTGTAATAGTCTCATTACTCCGACGAAATCCATTTACGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGGAACCTTTCTTGAGCGAATACAGTTCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Dyckia_ibiramensis 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Dyckia_macedoi 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Dyckia_marnier_lapostollei 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Dyckia_mello_barretoi 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Dyckia_pseudococcinea --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTACTTATTCCGACAGCAACAAAAAATATTCGTCGCATGTGGGCTTTTCCTAGTGTTTTACTCTTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTTTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAGTTTGGATACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATACTAATTACTACTGTTGGAATCATGGTTCTTATTTATAGTGACAAGTATATGTATCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTTAATACTTCTATGCTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTGGTGGGAATGTGTTCTTATTTATTAATAGGGTTTTGGTTCACACGACCAATTGCAGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTGTTAGGAATCTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGTAGTTTAGAATTTCGGGATTTGCTCGAAATAACTAATAACTTAATCCGGAATAATGGGGTCAATTCTTTATTTGCTACTTTGTGTGCTTCTTTATTATTCGTCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCCCTTCACGTATGGTTACCTGATGCTATGGAAGGACCCACTCCTATTTCGGCTCTTATACACGCTGCTACTATGGTAGCAGCAGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCATAGTCATACCTTATATAATGAATTTCATTTCTTTAATAGGTGTAATAACACTATTATTAGGGGCTACTTTGGCCCTTGCTCAAAAAGACATTAAAAAAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCGAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCCTATTCAAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCTATTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATTGGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACC Dyckia_saxatillis ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATTCGTCGCATGTGGGCTTTTCCTAGTGTTTTACTCTTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTTTATCTATCAATATCTATGGTC-TGGGCCATCAATAATGATTTTTCCCTAGAGTTTGGATACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATCCTAATTACTACTGTTGGAATCATGGTTCTTATTTATAGTGACAAGTATATGTATCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTTAATACTTCTATGCTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTGGTGGGAATGTGTTCTTATTTATTAATAGGGTTTTGGTTCACACGACCAATTGCAGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTGTTAGGAATCTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGTAGTTTAGAATTTCGGGATTTGCTCGAAATAACTAATAACTTAATCCGGAATAATGGGGTCAATTCTTTATTTGCTACTTTGTGTGCTTCTTTATTATTCGTCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCCCTTCACGTATGGTTACCTGATGCTATGGAAGGACCCACTCCTATTTCGGCTCTTATACACGCTGCTACTATGGTAGCAGCAGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCATAGTCATACCTTATATAATGAATTTCATTTCTTTAATAGGTGTAATAACACTATTATTAGGGGCTACTTTGGCCCTTGCTCAAAAAGACATTAAAAAAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCGAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCCTATTCAAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCTATTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATTGGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACC Dyckia_ursina 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Encholirium_agavoides 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Encholirium_biflorum 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Encholirium_ctenophylum ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCGTCGCATGTGGGCTTTTCCTAGTGTTTTACTCTTAAGTATAGCTATGGTGTTTTCGGCCAATCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTTTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAGTTTGGATACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATACTAATTACTACTGTTGGAATCATGGTTCTTATTTATAGTGACAAGTATATGTATCACGATCAAGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTTAATACTTCTATGCTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTGGTGGGAATGTGTTCTTATTTATTAATAGGGTTTTGGTTCACACGACCAATTGCAGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTGTTAGGAATCTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGTAGTTTAGAATTTCGGGATTTGCTCGAAATA?CTA?TAACTTAATCCGGAATAATGGGGTCAATTCTTTATTTGCTACTTTGTGTGCTTCTTTATTATTCGTCGGTGCAGTTGCTAAATCCGCACAATTCCCCCTTCACGTATGGTTACCTGATGCTATGGAAGGACCCACTCCTATTTCGGCTCTTATACACGCTGCTACTATGGTAGCAGCAGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCTCTTTTCATAGTCATACCTTATATAATGAATTTCATTTCTTTAATAGGTGTAATAACACTATTATTAGGGGCTACTTTGGCCCTTGCTCAAAAAGACATTAAAAAAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATTATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCGAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCCTATTCAAAAGCTTTATTGTTTTTGGGATCCGGATCCCTTATTCATTCAATGGAACCTATTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATTGGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACC Encholirium_diamantinum 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Encholirium_erectiflorum 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Encholirium_pulchrum 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Encholirium_sp 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Encholirium_subsecundum 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Encholirium_vogelii 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Fosterella_caulescens 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 22562 ] BEGIN TREES; TITLE Encholirum_ndhF_and_matK_concatenated_sequences_con; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep22562; TREE con_50_majrule = [&R] (Deuterocohnia_longipetala:0.002268,((Deuterocohnia_scapigera:0.002557,Deuterocohnia_brevispicata:0.002569,Deuterocohnia_meziana:0.002886,Dyckia_dawsonii:0.001322,Dyckia_distachya:0.002908,(Dyckia_encholirioides:0.002585,Dyckia_estevesii:0.001286,Dyckia_goehringii:0.00131,Encholirium_agavoides:0.002116):0.002798,Dyckia_ibiramensis:0.001942,Dyckia_macedoi:0.00228,Dyckia_marnier_lapostollei:0.002506,Dyckia_mello_barretoi:0.001338,Dyckia_pseudococcinea:0.001323,Dyckia_saxatillis:0.005403,Dyckia_ursina:8.59E-4,Encholirium_biflorum:0.001306,Encholirium_ctenophylum:0.002777,(Encholirium_diamantinum:0.001022,Encholirium_gracile:0.001508):0.001728,(Encholirium_erectiflorum:7.19E-4,Encholirium_spectabile:0.001573):0.001457,(Encholirium_heloisae:0.001414,Encholirium_vogelii:0.001301):0.001232,(Encholirium_horridum:0.006098,Encholirium_sp:0.001406):0.001249,Encholirium_irwinii:0.001084,_Encholirium_magalhaesii:7.0E-4,Encholirium_maximum:0.007256,Encholirium_pedicellatum:0.00193,Encholirium_pulchrum:0.001623,Encholirium_scrutor:0.001279,Encholirium_subsecundum:8.08E-4):0.006829,((Fosterella_caulescens:0.005155,Fosterella_windischii:0.002613):0.004805,Fosterella_penduliflora:0.008617):0.006268):0.015119,(Deuterocohnia_glandulosa:6.94E-4,Deuterocohnia_lotteae:7.4E-4):0.010502); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr110405] END;