#NEXUS
[!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file.


Generated on June 13, 2026; 11:40 GMT

TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Leria L., Sluys R., & Riutort M. 2018. Diversification and biogeographic history
of the Western Palearctic freshwater flatworm genus Schmidtea (Tricladida: Dugesiidae),
with a re-description of S. nova. Journal of Zoological Systematics and
Evolutionary Research, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S21823]

[ The following blocks are input data for analysis step 22610 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep22610;
        DIMENSIONS NTAX=16;
        TAXLABELS
            Schmidtea_lugubris_MR00680_1
            Schmidtea_lugubris_MR00680_2
            Schmidtea_lugubris_lu4
            Schmidtea_lugubris_lu5
            Schmidtea_lugubris_lu6
            Schmidtea_lugubris_lu7
            Schmidtea_mediterranea_med01
            Schmidtea_mediterranea_med1
            Schmidtea_mediterranea_med2
            Schmidtea_nova
            Schmidtea_nova_MR00680_1
            Schmidtea_nova_MR00680_2
            Schmidtea_nova_MR00680_3
            Schmidtea_nova_MR00680_4
            Schmidtea_polychroa_p2
            Schmidtea_polychroa_p3
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M45010]

	TITLE Schmidtea_COI;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep22610;
	DIMENSIONS NCHAR=321;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -;

MATRIX
[                                        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320 ]
[                                         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         . ]
Schmidtea_lugubris_MR00680_1     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTTAGCTATATATTATAGAGGTAAGGATTCTTCTTTTGGTCATTTGGGAATGATCTACGCTATGGTTAGAATTGGTTTCTTAGGTTTTTTAGTATGGGCACACCACATGTATACTGTTGGTTTGGATGTAGACTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCTACTATGATTGTTGGTGTACCTACTGGTATTAAGGTTTTTAGTTGGTTGGCAACTTTAAAAGGTTCTGAGTGATTTCTTTATTCTCAAAGTTTAGTAGTTGTTTTGTGAGTTTATGGTTTTATATTCTTG
Schmidtea_lugubris_MR00680_2     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTTAGCTATATATTATAGAGGTAAGGATTCTTCTTTTGGTCATTTGGGAATGATCTACGCTATGGTTAGAATTGGTTTCTTAGGTTTTTTAGTATGGGCACACCACATGTATACTGTTGGTTTGGATGTAGACTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCTACTATGATTGTTGGTGTACCTACTGGTATTAAGGTTTTTAGTTGGTTGGCAACTTTAAAAGGTTCTGAGTGATTTCTTTATTCTCAAAGTTTAGTAGTTGTTTTGTGAGTTTATGGTTTTATATTCNNN
Schmidtea_lugubris_lu4           ATACTTATTCTTCCAGGTTTTGGAATAATTTCACAGTTAGCTATATATTATAGAGGTAAGGATTCTTCTTTTGGTCATTTGGGAATGATCTACGCTATGGTTAGAATAGGTTTTTTAGGTTTTTTAGTATGGGCACACCATATGTATACTGTTGGCTTGGATGTAGACTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCTACTATGATTGTTGGTGTACCTACTGGTATTAAGGTTTTTAGTTGGTTGGCAACTTTAAAAGGTTCTGAGTGATTTATCTATTCTCAAAGTTTAGTAGTTGTTTTGTGAGTTTATGGTTTTATATTCTTG
Schmidtea_lugubris_lu5           ATTCTTATTCTTCCAGGTTTTGGAATAATTTCACAGTTAGCTATATATTATAGAGGTAAGGATTCTTCTTTTGGTCATTTGGGAATGATCTACGCTATGGTTAGAATTGGTTTTTTAGGTTTTTTAGTATGGGCACACCACATGTATACTGTTGGCTTGGATGTAGACTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCTACTATGATTGTTGGTGTACCTACTGGTATTAAGGTTTTTAGTTGGTTGGCAACTTTAAAAGGTTCTGAGTGATTTATTTATTCTCAAAGTTTAGTAGTTGTTTTGTGAGTTTATGGTTTTATATTCTTG
Schmidtea_lugubris_lu6           ATACTCATTCTTCCAGGTTTTGGAATAATTTCACAGTTGGCTATATATTATAGAGGTAAGGAGTCTTCTTTTGGTCACTTGGGAATGATCTACGCAATGGTTAGAATTGGTTTTTTAGGTTTTTTAGTATGGGCACACCACATGTATACTGTTGGCTTGGATGTAGACTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCTACTATGATTGTTGGTGTACCTACTGGTATTAAGGTCTTTAGTTGGTTGGCAACTTTAAAAGGTTCAGAGTGATTTATTTATTCTCAAAGTTTAGTAGTTGTTTTGTGAGTATATGGTTTCATATTCTTG
Schmidtea_lugubris_lu7           ATACTCATTCTTCCAGGTTTTGGAATAATTTCACAGTTAGCTATATATTATAGAGGTAAGGATTCTTCTTTTGGTCATTTGGGAATGATCTACGCTATGGTTAGAATTGGTTTCTTAGGTTTTTTAGTATGGGCACACCACATGTATACTGTTGGCTTGGATGTAGACTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCTACTATGATTGTTGGTGTACCTACTGGTATTAAGGTTTTTAGTTGGTTGGCAACTTTAAAAGGTTCTGAGTGATTTCTTTATTCTCAAAGTTTAGTAGTTGTTTTGTGAGTTTATGGTTTTATATTCTTG
Schmidtea_mediterranea_med01     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGGCTGTTTACTATAGTGGTAAGGAGGTTTCTTTTGGGCATTTGGGTATGATTTATGCTATGATAAGAATTGGGTTTCTAGGTTTCTTAGTTTGAGCCCATCATATGTACACTATAGGTTTAGATGTTGATTCTCGAGCTTATTTCACAGGAGCTACTATGATAGTTGGTGTTCCCACTGGAATAAAGGTATTTAGGTGGTTAGCCACTTTATATGGTTCTAATTGAGATTTGTATACACAGTGATCCGTACCTGTGTTATGGGTTTATGGGTTTATTTTCTTG
Schmidtea_mediterranea_med1      NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGGCTGTTTATTATAGTGGTAAGGAGGTTTCTTTTGGACATTTGGGTATGATTTATGCTATGATAAGAATTGGATTTTTAGGTTTCTTAGTTTGAGCTCATCATATGTATACTATAGGTTTAGATGTTGATTCTCGTGCTTATTTCACAGGAGCTACTATGATAGTTGGTGTTCCAACTGGAATAAAGGTATTTAGGTGGTTAGCTACTTTATATGGCTCTAATTGAGATTTGTACACACAGTGATCTGTTCCTGTATTATGGGTTTATGGGTTTATCTTCTTG
Schmidtea_mediterranea_med2      ATTTTGATTCTTCCTGGGTTTGGTATTATTTCTCAATTGGCTGTTTATTATAGTGGTAAGGAGGTTTCTTTTGGACATTTGGGTATGATTTATGCTATGATAAGAATTGGATTTTTAGGTTTCTTAGTTTGAGCTCATCATATGTATACTATAGGTTTAGATGTTGATTCTCGTGCTTATTTCACAGGAGCTACTATGATAGTTGGTGTTCCAACTGGAATAAAGGTATTTAGGTGGTTAGCTACTTTATATGGCTCTAATTGAGATTTGTACACACAGTGATCTGTTCCTGTATTATGGGTTTATGGGTTTATCTTCTTG
Schmidtea_nova                   ATTCTGATCTTACCTGGTTTTGGTATTATTTCTCAATTGGCTGTATATTACAGAGGTAAGGATGTTTCTTTTGGTCATTTAGGTATGATATATGCTATGGTTAGCATAGGCTTTTTAGGTTTTTTGGTTTGAGCACACCACATGTACACTGTTGGTTTAGATGTTGATTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCCACTATGATAGTTGGGGTTCCAACAGGTATAAAGGTGTTTAGTTGATTAGCAACTCTCTATGGTTCTGAGTGATACTTGTATGCACAAAGTGCTGTTGCTGTTTTGTGGGTTTATGGTTTTATTTTTCTT
Schmidtea_nova_MR00680_1         ATTTTGATCTTACCTGGTTTTGGTATTATTTCTCAATTGGCTGTATATTACAGAGGTAAGGATGTTTCTTTTGGTCATTTAGGTATGATATATGCTATGGTTAGCATAGGCTTTTTAGGTTTTTTGGTTTGAGCACACCACATGTACACTGTTGGTTTAGATGTTGATTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCCACTATGATAGTTGGGGTTCCAACAGGTATAAAGGTGTTTAGTTGATTAGCAACTCTCTATGGTTCTGAGTGATACTTGTATGCACAAAGTGCTGTTGCTGTTTTGTGGGTTTATGGTTTTATTTTTCTT
Schmidtea_nova_MR00680_2         ATTTTGATCTTACCTGGGTTTGGTATTATTTCTCAATTGGCTGTATATTACAGAGGTAAGGATGTTTCTTTTGGTCATTTAGGTATGATATATGCTATGGTTAGCATAGGCTTTTTAGGTTTTTTGGTTTGAGCACACCACATGTACACTGTTGGTTTAGATGTTGATTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCCACTATGATAGTTGGGGTTCCAACAGGTATAAAGGTGTTTAGTTGATTAGCAACTCTCTATGGTTCTGAGTGATACTTGTATGCACAAAGTGCTGTTGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Schmidtea_nova_MR00680_3         ATTTTGATCTTACCTGGGTTTGGTATTATTTCTCAATTGGCTGTATATTACAGAGGTAAGGATGTTTCTTTTGGTCATTTAGGTATGATATATGCTATGGTTAGCATAGGCTTTTTAGGTTTTTTGGTTTGAGCACACCACATGTACACTGTTGGTTTAGATGTTGATTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCCACTATGATAGTTGGGGTTCCAACAGGTATAAAGGTGTTTAGTTGATTAGCAACTCTCTATGGTTCTGAGTGATACTTGTATGCACAAAGTGCTGTTGCTGTTTTGTGGGTTTATGGTTTTATTTTTCTT
Schmidtea_nova_MR00680_4         ATTTTGATCTTACCTGGTTTTGGTATTATTTCTCAATTGGCTGTATATTACAGAGGTAAGGATGTTTCTTTTGGTCATTTAGGTATGATATATGCTATGGTTAGCATAGGCTTTTTAGGTTTTTTGGTTTGAGCACACCACATGTACACTGTTGGTTTAGATGTTGATTCTCGTGCTTATTTTACAGGTGCCACTATGATAGTTGGGGTTCCAACAGGTATAAAGGTGTTTAGTTGATTAGCAACTCTCTATGGTTCTGAGTGATACTTGTATGCACAAAGTGCTGTTGCTGTTTTGTGGGTTTATGGTTTTATTTTTCTT
Schmidtea_polychroa_p2           ATTCTTATTCTTCCAGGGTTTGGCATTATTTCTCAATTGGCTATTTACTATAGAGGTAAGGATGCAGCTTTTGGACATTTGGGTATGATATATGCTATGGTAAGTATAGGTTTCTTGGGTTTCTTGGTTTGAGCTCATCATATGTATACTATAGGTTTAGATGTTGATTCTCGTGCTTACTTTACTGGGGCTACAATGATTGTTGGTGTTCCTACTGGTATTAAGGTATTTAGTTGATTAGCTACTTTGTACGGTTCTGAATGACGTTTATATTTTCATAGTGCAGTTTCTGTATTGTGGGTTTATGGGTTTATCTTTTTG
Schmidtea_polychroa_p3           ATTCTTATTCTTCCAGGGTTTGGTATCATTTCTCAATTGGCTATTTATTATAGAGGTAAGGATGCAGCTTTTGGACATTTGGGTATGATATATGCTATGGTAAGTATAGGTTTCTTAGGTTTCTTAGTTTGAGCTCATCATATGTATACTATAGGTTTAGATGTTGATTCTCGTGCTTACTTTACTGGGGCTACAATGATTGTTGGTGTTCCTACTGGTATTAAGGTATTTAGTTGGTTAGCTACTTTGTACGGTTCTGAATGACGTTTATATCTTCATAGTGCAGTTTCTGTGTTGTGAGTTTATGGGTTCATCTTTTTG
;
END;

[ The following blocks are output data for analysis step 22610 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Schmidtea_COI;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep22610;
      TREE 'PAUP_1' = [&R] (((Schmidtea_polychroa_p2:0.030086,Schmidtea_polychroa_p3:0.004373):0.133856,(Schmidtea_mediterranea_med01:0.061444,(Schmidtea_mediterranea_med1:0.0,Schmidtea_mediterranea_med2:0.0):9.42125E-8):0.17885):0.0718015,((Schmidtea_nova:0.0,((Schmidtea_nova_MR00680_1:0.0,Schmidtea_nova_MR00680_4:0.0):0.0,(Schmidtea_nova_MR00680_2:0.0,Schmidtea_nova_MR00680_3:0.0):0.003207):0.003183):0.138759,(Schmidtea_lugubris_lu6:0.027704,((Schmidtea_lugubris_lu5:0.003502,Schmidtea_lugubris_lu4:0.010196):0.003175,(Schmidtea_lugubris_lu7:0.0,(Schmidtea_lugubris_MR00680_1:0.0,Schmidtea_lugubris_MR00680_2:0.0):0.00369):0.006627):4.80888E-8):0.386618):0.0718015);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr110504]


END;