#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on August 14, 2026; 9:11 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kistenich S., Rikkinen J., Thüs H., Vairappan C.S., Wolseley P.A., & Timdal E. 2018. Three new species of Krogia (Ramalinaceae, lichenized Ascomycota) from the Paleotropics. MycoKeys, (40): 69-88. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S22518] [ The following blocks are input data for analysis step 22749 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep22749; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Aciculopsora_salmonea Bacidia_rosella Bacidia_rubella Bacidia_sipmanii Bacidina_brittoniana Bacidina_delicata Bacidina_neosquamulosa Bacidina_phacodes Eschatogonia_prolifera_I Eschatogonia_prolifera_II Krogia_antillarum_I Krogia_antillarum_II Krogia_antillarum_III Krogia_antillarum_IV Krogia_bornensis_I Krogia_bornensis_II Krogia_bornensis_III Krogia_coralloides_I Krogia_coralloides_II Krogia_isidiata_I Krogia_isidiata_II Krogia_macrophylla_I Krogia_macrophylla_II Krogia_macrophylla_III Krogia_macrophylla_IV Physcidia_wrightii_I Physcidia_wrightii_II Toninia_cinereovirens Waynea_californica ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M47482] TITLE Krogia_mtSSU_ITS; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep22749; DIMENSIONS NCHAR=1424; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Aciculopsora_salmonea ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATTTATATTTA-------------------ATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTTTTAAGTTAATGTCGTGAGATTTTGGTTAAATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTTTTATGTAGAACGGTTCA-CCGTTATATTGGACATGATAATAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCCTAAATGTTGTCCGAGAG-------------GGGCCTCGCGCTCCAG------------GGGC-CTTCGG----GCCCCGACTCTC-AACCCTGTGGTA-ACCCTACCGAT-GTTGCTTTGGCGGGCGTTGGAGCCTGGGGC----------TCTCGCCAGGCTC----GC-CGGGCGGCGTTGCCCGCCAATAGCCCC-CCGAAATTCGTCTTTACCGGT------ATCGTCTGAGTGTAAACATATCTAATGAGCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTA-C-AGCCCTCAAGC-GTAGCTTGGTATTTGGGCCT-TCGCCCCACTTTGCCCAG---GGGGGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GCGGTCCGG--T-GTGAC-TTTGAACGTAGTAGACCT----CT-CC-----CGTTCTGAAAGCCCTCG-CACTCGTGAC----CAGCCAGAACACCCCTCAGTCTCAGC-----GATTGACC Bacidia_rosella ?????????????????ACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGTGAAAGCTAATTGCATTAAACATAATGCAATATCAACAATGTTGAATAAAATTCTGGATAAGATTTTGATAATGACAATTCTTATCTATATGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAACACGTTGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAAATAAAGCCTTAATTGGAACTGGTTTGCTAGAGTTACTTGCGAGGGGGCCTAAAAGTACTATTGGTTTAGAGATAAAATTCTTCGAG-ACCATTTATCAAATGATA-AAAAATGGCACAGGTAAAGGCGAAAGCGTCTCCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGAATAGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCGAAGCAGAGAATGATGAGTGTCATAAACTAGAT-TAAGTTTAGTTTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTATGAGTAAAGTGGCAACGCCGGAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCACAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATTTATATGTTACTTAACGCCATATGGAACATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGA-TTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGTAAACCCTTGTTTTATTTTTAAATAATGCATCTCGTCCACTATAACGGATATGATAATAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCCCGAATGTTGTCCGAGAG-------------GGGCTTCGTGCTCCAG------------GGGG-CTTCGG----CCTCCGTCTCTC-CACCCCGTGAAG-AAA-TTCCAC--ATTACTCTTGTTG-CCTTGGCG--GGGTGC----------TCGCGC--------------------------CCCGCCAGGAGCACA-CC-CAAACTCGTTTTAGCG--------GCCGTCAGAGT-AGAA-ATCG-AATAAG-CAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTG-C-AACCCTCAAGC-GTAGCTTGGTACTGGG--CG-TCGCCCCGC------GAG-----GGGCGTGCCTGAAAAGCAGTG-GGTGTCCGG--C-GTGAC-TTTGGGCGTAGTAAACA------C-TC----CCGCTCTGAAAGCCTC---GCGTCGCGG------TGCCCAGAACCCCCCGATTCTCTCC---AG???????? Bacidia_rubella ??????????????????????????????????????????????????????????????????????AATATCAACAATGTTGAATAAAATTCTGGGTAATATTTTGATAATGACAATTTTTATCCATATGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAACACGTTGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAAATAAAGCCTT--TTGGTACTAATTTGCTAGAGTTACTTACGAGGGGGCCTAAAAGTACTATTGGTTTAGAGATAAAATTCTTCGAG-ACCACTTATC--------------TGGCACAGGTAAAGGCGAAAGCGTCTCCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGAATAGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCGAAGCAGAGAATGATGAGTGTCATAAACTAGA------TTTAGTTTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTATGAGTAAAGTGGCAACGCCGGAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCACAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATT----------------------------------TACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGA-TTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGTAAACCCTTGCTTTATTTTTAAATAATGCATCTCT-CCACCATAACGGATATGATAATAGGGACTAAGAC????????????????????????CTGAGAG-------------GAGCTTCGTGCTCCAG------------GGGG-CTCCGG----CCCCCGCCTCTC-AACCCTGTGAAG-ATA-TTCCAA--TATACTCTTGTTGCCTTGGCGG--GGGTT----------------------------------TAGGCC---CCCGCCAGCAGCGCA-CC-AAAACTCGTTCTATCAA-------GTCGTCAGAGT-AAAA-ACTA-AATAAG-CAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTG-C-AACCCTCAAGC-GTAGCTTGGTATTGGG--CC-TCGCCCCGC------AAG-----GAGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GGTGTCCGG--T-GTGAC-TTTGGGCGTAGTAAATTT----TC-TC----CCGCTCTGAAAGCCTC---GCATCGTGA------TGCCCAGAACCCCCCAATTCTCTC?????????????? Bacidia_sipmanii ??????????????????????????????????????????????????????????????????????AATATCAACAACGTTGAATAAAATTCTGGGTAAAATTTTGATAATGACAAATTTTATCTATATGTCTTGACCAATTTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAACACGTTGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGCAGATAAAGCCTT--TGGGGACTAATATGCTAGAGTTACTTGTGAGGGGGCTTAAAAGTACTATTGGTTTAGAGATAAAATTCTTCGAG-ACCACTTATC--------------TGGCACAGGTAAAGGTGAAAGCGTCTCCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGAATAGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCGAAGCAGAGAATGATGAGTGCCATAAACTAGA------TTTAGTTTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTATGAGTAAAGTGGCAACGCCGGAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCACAAAAAACCTTACCACAACTTGAATAGC----------------------------------TACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGA-TTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGCAAACCCTTGCTTTATTTTTATATAATGCATCTCT-CCATCACAACGGATTTGATAAAAGGGACTAAGAC????????????????????????CCGAGAG-------------GAGCCTCGTGCTCCAG------------GGGG-CTTCGG----TCCCTGCTTCTC-AACCCTATGAATTACA-TTCCATCATCAAGCTTTGTTGCATTGGCGG--GTGCG----------------------------------AATGCC---CCCGCCAGCAGCGCA-CT-CAAACTCGATT--TCAAT------GCAGTCCGAGT-AGCACGATA-AATAAG-CAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGG-TATTCCAGGGGGCATGCCTGTTTGAGCGTCATTG-C-AACCCTCAAGC-CTAGCTTGGTCATGGG--CG-TCGCCCCAC------GCG-----GGGCGTGCCTGAAAAGCAGTG-GGAGTCCGG--T-GCGAC-TTTGGGCGTAGTAAATTT----TC-TC----CCGCTCTGAAAGCCTC---GCGCCGCGG------TGCCCAGAACCCCCTATATCTCCAA---TGAATTGACC Bacidina_brittoniana ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGAGAC-------------GGGCTCGGCGCTCGAG------------GGGG-CTTCGG----CCTCCGCCTCTC-AACCCTGTGTAT-ACC-TACCACT-GTTGCTTTGGCGGGCCTTGGGG--TCATGC----------CCATGCCAGGTCTC-GGCC-CGGTGAGTG---CCCGTCAGAAGCCCC-CT-AAAATCCGTTTCATCAGT------GTTGTCCGAGT-CTTATATCA-ATAAGC-AAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGGAAATTCCGGAGGGCATACCTGTCCGAGCGTCATTA-C-AACCCTCAAGC-GTAGCTTGGTATTGGG--CC-TCGCTCCCCGCC---AAG-----GGGCGTGCCTGCAAAGTAGTG-GCGGTCCGG--G-GTGGC-CTTGAACGTAGTAGTTTT----CT-CC----CCGTTCCAAAGGTTC----TCTCCGTGGC----CTGTCAG-AATGCGCCAACTTTCAA?????????????? Bacidina_delicata ??????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTATTGACTTAGTTGAATAAAGTTCTGAGTAA-GTCTAGATGATGACTTAATTTACTCATGTGTCTTGACCAAAGTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTTAAAGACTAGTGTTATTCATCATTAGCAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAAACCAAGCCATAGAAGGGACTAGTTTGCTAGAGTTGCTTGTGAAGGGGCTTTTAAGTACTGGTGGAGTAGAGATAAAATGCAGATAT-ACCTTTTTTCGTAAGAAAAAAAAATGGCACTGGTAAAGGCGAAGGCATCCCCTTATGTGTAAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCTTTGAACCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAAAGCAGAGAATTATGAGTGCCATAGATTAGGTTTATTTTTGATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTATGAGTAACGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAGACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGCATATACTTATTTTG------------------ATTTGTATACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGATTAGATTCATTTAATTGACGTAATCCCTC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CAGAGAG-------------GAGCTCCGCGCTCCAG------------GGGG-TTC--G----CCCCCGCCTCTC-AACCCTGTGAAA-ATC-ATACCTATGTTGCTTTGGCGGGCCTTGGGG--TCACGC----------TCATGCCAGGTTC---GCC-TGGCGAGTG---CCCGCCGGAAGCCCA-CC-AAAACTCGTTTAATCTTT------GCGGTCAGAGT-CCAAACACA-AATAAAGCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCGTTA-C-ACCTCTCAAGC-GTAGCTTGGTATTGGG--CC-TCGCTCCCCCCTCGCGGG-----GGGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GCGGCCCGG--C-GTGGC-TTTGAACCTAGTAACATA----CCATC----TCGTTCTGAAGGCTC----GCGGCGTGGC----TTGCCAT-AACCCCATCATTTTCAAG-----AATTGACC Bacidina_neosquamulosa ??????????????????????????????????????????????????????????????????????GATATTGACTTAGTTGAATAAAGTTCTGAGTGA-ATCTAGATAATGACTTAATTTGCTCATGTGTCTTGACCAAAGTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTTAAAGACTAGTGTTATTCATCATTAGCAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAAATCAAGCCAT--AAGGGACTAGTTTGCTAGAGTTTTATGTGAAGGGGCTTTAAAGTACTGGTGGTGTAGAGATAAAATGCTGTTAT-ACCTTTTTTT--------------TGGCACTGGTAAAGGCGAAGGCATCCCCTTATGTGGTAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCTTTGAGTCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAAAGGAGAAAATTATGAGTGCCATAGATTAGA------TTTGATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTTCACCTTATGAGTAACGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCACAAAAAACCTTACCACAACTTGTATATA----------------------------------CACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGATTAGATTCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTTTTACGTAGAATGGTTCA-CCGCTATATTGGAAACGATAACAGGGAATAAGAC????????????????????????CAGAGAG-------------GAGCTTCGCGCTCCAG------------GGGG-TTC--G----CCTCCGCCTCTC-AACCCTGTGTAA-ATC-ATACCTTTGTTGCTTTGGCGGGCCTTGGGG--TCATGC----------TCATGCCGGGCTTTTGCCT-GAGCGAGTG---CTCGCCGGAAGCCTA-CC-AAAACTCGTTTAATTTAT------GCTGTCAGAGT-CTAAACACA-AATAAAGCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCATTA-C-ACCTCTCAAGC-GTAGCTTGGTATTGGG--CC-TCGCTCCCTCAC----GG-----GGGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GCGGTCCGG--C-GTGGC-CTTGAACGTAGTAAATTT----TC-TC----CCGTTCTGAAGGTCC----GCGTCGTGGC----TGGCCAGAATCACCCACATTTTCAAG-----AATTGACC Bacidina_phacodes AATAGCCTAACGGCTGAACCAGCAATTTGGAAGAATGTATAGCGAAAGCTAGTTACAT--AATAT---GTAATATCGATTATATCGAATAAAGTTCTGAGTAA-ATCTAGATTATGACTTAATTTACTCACGTGTCTTGACTAAAATGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAGCAGGTTTAAAGG-TACTTAGACGGCAGATCAAGCCATT--AGGGACTAGTTTGCTAGAGTTACTTGTAAAGGGGCTTTAAAGTACTAATGGAGTAGAGATAAAATGCTAATAT-ACCTTTTTTCGTGAGAAT--ATGATGGCACTGATAAAGGCGAAGGCATCCCCTCATGTGATA--------------------GCTTTGTGTTGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCGAAGCAGAGAATGATGAGTGTCATAGATT-------AATTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGACCCGCAAAAAACCTTACCA-----TGAATAT----------------------------------TTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGAATTTGGTTAGCTCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTATTTTTATATAGAACGGTTCA-CCGCTATATTGGATATGATAATAGGGAAGAAGACAAGTCATCATGGCCTGAATGTTATAAGAGAAAATAATGCGGCTTGGGGTTCGTCCCCAAGCCGCCTACGGGTGAGG-CCTCGG----CCCCCGTCTCTCTAACCCTGTGATT-ATC-TACCATT-GTTGCTTTGGCGGGCCTTGATG--CCACGCCAGTCGTGGCTCATGCCAGGTTC---GCC-CGGCGAGTG---CCCGTCGAAAGCCCC-AC-AAAACTCGTTTTATCAAT------GTCGTCCGAGT-CTTGTATCA-ATTAAGTAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATCCCGGGGGGCATACCTGTCCGAGCGTCATTA-C-ATCCCTCAAGC-GTAGCTTGGTATTGGG--CCCTCGCTCCCCGCC---AAG-----GGGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GCGGTCCGG--T-GTGAC-CTTGAACGTATTAAAATT----TT-TC----TCGTTCCAAAGGTTCCTC-ACGCCGTGGC----CTGCCAGCAAACCATTTTTTATCAC?????????????? 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Krogia_antillarum_II 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Physcidia_wrightii_II ???????TAACGGCTGAACCAGCAATTTGGAAGAATGTATAGCAATAGCTAGTTGCAT--AGTGTTATGTAATATCAACTATGTTGAATAAAGTTCTGAGTAA-ATCTAGATAATGACTTAATTTACTCACGTGTCTTGACTAAAGTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTGAGTAGGTTTAAAGGGTACTTACACGGCAGATCAAGCCATAATAGGGACTAGTTTGCTAGAGTTACACGCAAAGGGGCTTAAAAGTACTAATGGAGTAGAGATAAAATGCTAATAT-ACCTTTTTTCGTAAGAAA-TAAAATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCTCTTATGTGATAACTGACGTTAAAGGACGGAGGCTTTGGGTCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAAAGCAGAGAATTATGAGTGTCATAGATTGGAAATAAGTTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTGAGAGTAATGTGGCAACACCGAAATTTAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATTTATATTTTA------------------ATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTATGTTAATGTCGTGAGAATTTGGCTA-ACCCATTAAATTGACGCAAACCCTCGTTCTACTTTTATGTAAAACGGTTCA-CCACTATGTTGGATAAGATAATAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCCTGAATGTTGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Toninia_cinereovirens ??TAGCCTAACGGCTG-ACCAGCAATTTGGATGAACGAACCCTTAACGGGGGTTGCAT--AACGT---GCAACATCAACTTGGTTGAATAAAGTTCTGAGTAA-AGTTAGATAATGACTTAATTTACTCATATGTCTTGACTAAAATACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAGTGGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCTAT--TAAGGACTAGTTTGCTAGAGTTACTTGTGAAGGGGCTTAAAAGTACTAATGGAGTAGAGATAAAATGCTAGTAT-ACCTTTTTTCGAGAGAA--TAATATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATA--------------------GCTTTGAGTCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCGAAGGAGAGAATGATGAGTGTCATAGATT-------AATTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTACTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGACCCGCAAAACACCTTACCA-----TGAATATT----------------------------------TACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTTTTATGTAGAACGGTTCA-CCGCTATATTGGATATGATAATAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCCTGAATGTTATCAGAGAG-------------GAGCTCCGTGCTCCAG------------GGGG-TCTCGG----CCCCCGTCTCTC-AACCCCGTGATT-ATC-TACCGTTTGTTGCTTTGGCAGGCCTTGGGG--TCACGC----------TCATGCCGGCTC----GCC-CGGCGAGTG---CCTGCCAGAAGCCCA-TC-GAAACTCGCTGTATTAGT------GATGTCCGAGT-CTTATGTCA-ATGGAA-CAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTA-C-ATCCCTCAAGC-ACAGCTTGGTTTTGGG--CG-TCGCTCCCC---GCCAAG-----GGGCGTGCCTGAAAAGTAGTGTGCGGTCCGG--T-GCGGC-TTTGAACGTAGTAAATAC----AC-TC----TCGTTCTGAAAGCCCTCG-CACCCGTGAC----CTGCCAG---AACGCGCCATCTCTTA---C????????? Waynea_californica ???????TAACGGCTGAACCAGCAATTTGAAGGAATGTATAGCAATAGCTAGTTGCAT--ATTATTATGCAATATCGACTATGTTGAATAAAGTTCTGAGTAA-ATCTAGATTATGACTTAGCTTACTCACATGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTAAGTGGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCTATAGAAAGAACTAGTCTGCTAGAGTTACTTGTGAAGGGGCTTAAAAGTACTAATGGAGTAGAGATAAAATGCTAACAT-ACCTTTTTCCGTAAGGAG-AGTAATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCTCTTATATGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGGATCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAAAGGAGAGACTGATGAGTGTCATAGATTGGAT-TAAGTTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAACACCTTACCACAACTTGAATATTTATAGTTAG------------------CTATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGATTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTTTAATGTAGAACGGTTCA-CCGCTATATTGGATATGATAAGAGGGAAGAAGACAAGTCATCATGGCCTGAATGTTGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 22749 ] BEGIN TREES; TITLE Krogia_mtSSU_ITS_NJ; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep22749; TREE PAUP_1 = [&R] ((Bacidia_sipmanii:0.067988,(Bacidia_rosella:0.038733,Bacidia_rubella:0.020631):0.010664):0.0880815,((Eschatogonia_prolifera_I:0.00158,Eschatogonia_prolifera_II:8.73E-4):0.180108,(((Krogia_coralloides_I:0.00255,Krogia_coralloides_II:0.0):0.068097,(Krogia_antillarum_II:0.0,(Krogia_antillarum_I:0.003952,(Krogia_antillarum_III:0.006181,Krogia_antillarum_IV:0.006046):0.0):0.011108):0.053811):0.047151,(((Bacidina_delicata:0.041953,Bacidina_neosquamulosa:0.037844):0.090102,(Bacidina_phacodes:0.072901,Toninia_cinereovirens:0.083449):0.012736):0.008088,((Physcidia_wrightii_I:0.0,(Aciculopsora_salmonea:0.112158,Physcidia_wrightii_II:6.98E-4):9.86E-4):0.069199,((Bacidina_brittoniana:0.037781,Waynea_californica:2.35022E-6):0.071659,((Krogia_bornensis_I:0.0,(Krogia_isidiata_I:0.054559,Krogia_isidiata_II:0.019556):0.121507):1.46123E-6,(Krogia_bornensis_III:6.82131E-8,(Krogia_bornensis_II:0.0,(Krogia_macrophylla_III:0.015565,(Krogia_macrophylla_IV:0.019621,(Krogia_macrophylla_I:0.0,Krogia_macrophylla_II:0.001575):0.00762):0.005369):0.023763):0.001548):0.039056):0.048993):0.003836):0.001217):0.006646):0.02061):0.0880815); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr114151] END;