#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 1:27 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Whitson M., & Manos P. 2004. Untangling Physalis (Solanaceae) from the physaloids: a two-gene phylogeny of the Physalinae. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1254] [ The following blocks are input data for analysis step 2301 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2301; DIMENSIONS NTAX=55; TAXLABELS Brachistus_stramonifolius Capsicum_eximium Chamaesaracha_coronopus Chamaesaracha_sordida Iochroma_fuschioides Larnax_sylvarum Leucophysalis_grandiflora Leucophysalis_nana Leucophysalis_viscosa Lycianthes_amatitlanensis Margaranthus_solanaceous Oryctes_nevadensis Physalis_acutifolia Physalis_aff._heterophylla Physalis_aff._philadelphica Physalis_alkekengi Physalis_angulata Physalis_angustifolia Physalis_arborescens Physalis_arenicola Physalis_carpenteri Physalis_caudella Physalis_chenipodifolia Physalis_cinerascens Physalis_cordata Physalis_coztomatl Physalis_crassifolia Physalis_glutinosa Physalis_greenmanii Physalis_hederaefolia Physalis_hederaefolia_var._puberula Physalis_heterophylla Physalis_ignota Physalis_lagascae Physalis_lanceolata Physalis_longifolia Physalis_microcarpa Physalis_microphysa Physalis_minima Physalis_mollis Physalis_nicandroides Physalis_peruviana Physalis_philadelphica Physalis_pruinosa Physalis_pubescens Physalis_pumila Physalis_sordida Physalis_virginiana Physalis_viscosa Physalis_walteri Quincula_lobata Tzeltalia_calidaria Vassobia_lorentzii Witheringia_macrantha Witheringia_solanacea ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2779] TITLE '55-Taxon_Waxy'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2301; DIMENSIONS NCHAR=622; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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GATACCCAAGAGTGGAACCCGGCAACAGACAAGTACACTGATGTCAAATATGATATCACCACTGTAAGATAGGATCTTCCTGACTT-AACTATATGCTAAA----TATTTTGTATGTTTCCCAAAATGAAGG-AGTTTTTGATAATCAAAATCTCTATTCAGGTCATGGACGCAAAGCCTTTACTGAAGGAGGCTCTTCAAGCAGCAGTTGGCTTACCTGTTGACAGGAACATCCCTTTGATTGGCTTCATCGGAAGACTTGAAGAGCAGAAAGGTTCAGACATTCTTGTTGCTGCAATTCACAAGTTCATTGGGTTGGATGTTCAAATAGTAGTCCTTGTAAGTACCAAATGGACTCATGAT{AG}TGTGG--CTTGTTGT-GTTTACTTGTGCCAAAATTGAAA{CT}TGACCTGCAATTCGTCCTATGCATCAGGGAACTGGCAAAAAGAAGTTCGAGCAGGAGATCGAACAGCTCGAAGTGTTGTATCCTGACAAAGCTAAAGGAGTGGCAAAATTCAATGTCCCTCTTGCTCACATGATCACCGCTGGTGCTGATTTTATGTTGGTTCCAAGCAGATTTGAACCTTGTGGTCTCATTCAGTTACATGCTATGCGATATGGAAC Physalis_glutinosa 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GATACCCAAGAGTGGAACCCAGCAACAGACAAGTACACTGATGTCAAATACGATATCACCACTGTAAGATA-GATCTTCCTGACTT-AACTATATGCTAAAA---TATTTTGTATGTTTCCCAAAATGAAGG-AGTTTTTGATAATCAAAATCTCTATTCAGGTCATGGACGCAAAGCCTTTACTGAAGGAGGCTCTTCAAGCAACAGTTGGCTTACCTGTTGACAGGAACATCCCTGTGATTGGCTTCATCGGACGACTTGAGGAGCAGAAAGGTTCAGACATTCTTGTTGCTGCAATTCACAAGTTCATTGGGTTGGATGTCCAAATAGTAGTCCTTGTAAGTACCAAATGGACTCATGATATGTGG--CTTGTTGTTGTTTACTTGTGCCAAAATTGAAATTGACCTGCAATTCGTCCTATGCATCAGGGAACTGGCAAAAAGAAGTTCGAGCAGGAGATCGAACAGCTCGAAGTGTTGTATCCTGACAAAGCTAAAGGAGTGGCAAAATTCAATGTCCCTCTTGCTCACATGATCACTGCTGGTGCTGATTTTATGTTACTTCCAAGCAGATTTGAACCTTGTGGTCTCATTCAGTTACATGCTATGCGATATGGAAC Physalis_heterophylla 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GATACACAAGAGTGGAACCCCGCAACCGACAAGTACACTGATGTCAAATATGATATCACCACTGTAAGATAGGATCTTCCTGACTT-AACTATATGCTAAAA---TATTTTGTATGTTTTTCAAAATGAAGG-AGTTCTTGATAATCAAAATCTCTAATCAGGTCATGGACGCGAAGCATTTACTGAAGGAGGTTCTTCAAGCAGCAGTTGGCTTACCTGTTGACAGGAACATCCCTTTGATTGGCTTCATCGGCAGACTTGAAGAGCAGAAAGGTTCAGACATTCTTGTTGCTGCAATTCACGAGTTCATCGGGTTGGATGTTCAAATAGTAGTCCTTGTAAGTACCAAATGGACTCATGGTGTCTGG--CATGTTGT-GTTTACTTGTGCCAAAATTGAAATTGACCTGCAATTCATACTATGCATCAGGGAACTGGCAAAAAGAAGTTCGAGCAGGAGATTGAACAGCTCGAAGTGTTGTATCCTGACAAAGCTAAGGGAGTGGCAAAATTCAATGTCCCTCTGGCTCACATGATCACTGCTGGTGCTGATTTTATGTTGATTCCAAGCAGATTTGAACCTTGTGGTCTCATTCAGTTACATGCTATGCGATATGGAAC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = '55-Taxon_Waxy') = N: 1-622; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = '55-Taxon_Waxy') = N: 1-622; END; [ The following blocks are output data for analysis step 2301 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7076; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2301; TREE Waxy_Bayes_Consensus = [&R] ((Larnax_sylvarum,Lycianthes_amatitlanensis,Capsicum_eximium),Vassobia_lorentzii,Iochroma_fuschioides,((Brachistus_stramonifolius,Witheringia_macrantha,Witheringia_solanacea,Leucophysalis_viscosa),(Leucophysalis_nana,Leucophysalis_grandiflora,Oryctes_nevadensis),Tzeltalia_calidaria,Physalis_alkekengi,Physalis_carpenteri,Physalis_microphysa,(Quincula_lobata,Physalis_arborescens,(Chamaesaracha_coronopus,Chamaesaracha_sordida),(Margaranthus_solanaceous,Physalis_crassifolia,Physalis_acutifolia,(Physalis_greenmanii,Physalis_caudella,Physalis_chenipodifolia),Physalis_glutinosa,Physalis_ignota,Physalis_nicandroides,Physalis_microcarpa,(Physalis_sordida,Physalis_hederaefolia,Physalis_hederaefolia_var._puberula),Physalis_pruinosa,(Physalis_angulata,Physalis_pubescens),Physalis_cordata,Physalis_minima,Physalis_lagascae,Physalis_philadelphica,Physalis_aff._philadelphica,(Physalis_viscosa,Physalis_arenicola,Physalis_pumila,Physalis_mollis,Physalis_cinerascens,Physalis_angustifolia,Physalis_walteri),Physalis_longifolia,Physalis_peruviana,Physalis_coztomatl,(Physalis_lanceolata,(Physalis_aff._heterophylla,Physalis_heterophylla)),Physalis_virginiana)))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1968] END;