#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2026; 13:44 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Salariato D., Cueva manchego M.A., Cano A.L., & Al-shehbaz I.A. 2018. Phylogenetic placement of the Peruvian-endemic genus Machaerophorus (Brassicaceae) based on molecular data, and implication for its systematics. Plant Systematics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S23356] [ The following blocks are input data for analysis step 23578 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep23578; DIMENSIONS NTAX=61; TAXLABELS Aimara_rollinsii_DS148 Alshehbazia_hauthalii_DS266 Aschersoniodoxa_cachensis_DS285 Aschersoniodoxa_mandoniana_DS287 Aschersoniodoxa_peruviana_DS288 Atacama_nivea_GB10165 Brayopsis_calycina_DS277 Brayopsis_diapensioides_DS273 Brayopsis_gamosepala_DS275 Brayopsis_monimocalyx_DS270 Cremolobus_peruvianus_DS222 Dactylocardamum_imbricatifolium_DS304 Eudema_nubigena_nubigena_DS290 Eudema_nubigena_remyana_DS292 Machaerophorus_arequipa_MC1925 Machaerophorus_laticarpus_MC2770 Machaerophorus_laticarpus_MC2775 Mathewsia_auriculata_GB2202 Mathewsia_collina_GB3599 Mathewsia_densifolia_GB11678 Mathewsia_foliosa_GB9837 Mathewsia_incana_GB190 Mathewsia_linearifolia_GB11658 Mathewsia_peruviana_GB739 Menonvillea_chilensis_DS150 Menonvillea_cicatricosa_DS164 Menonvillea_comberi_DS169 Menonvillea_cuneata_DS162 Menonvillea_famatinensis_DS239 Menonvillea_filifolia_DS184 Menonvillea_frigida_DS241 Menonvillea_linearis_DS152 Menonvillea_nordenskjoeldii_DS172 Menonvillea_orbiculata_DS151 Menonvillea_patagonica_DS161 Menonvillea_pinnatifida_DS149 Menonvillea_purpurea_DS145 Menonvillea_rigida_DS186 Menonvillea_scapigera_DS190 Menonvillea_scapigera_hookeri_DS167 Menonvillea_spathulata_DS165 Menonvillea_virens_DS168 Onuris_alismatifolia_DS262 Onuris_graminifolia_DS257 Onuris_hatcheriana_DS267 Onuris_papillosa_DS258 Onuris_spegazziniana_DS260 Schizopetalon_arcuatum_GB51 Schizopetalon_bipinnatifidum_GB4231 Schizopetalon_biseriatum_GB10685 Schizopetalon_brachycarpum_GB926 Schizopetalon_dentatum_GB995316 Schizopetalon_maritimum_GB53 Schizopetalon_rupestre_GB1140 Schizopetalon_tenuifolium_GB423 Schizopetalon_walkeri_GB8217 Smelowskia_calycina_GB Thlaspi_arvense_GB Xerodraba_lycopodioides_DS248 Xerodraba_patagonica_DS253 Xerodraba_patagonica_pycno_DS251 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M47447] TITLE rps16_intron_CES_clade; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep23578; DIMENSIONS NCHAR=1111; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Machaerophorus_laticarpus_MC2775 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Mathewsia_auriculata_GB2202 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Schizopetalon_maritimum_GB53 TTTTGATCCGCCACTTTTTATAT?????????TAGGAATATAG?GTGCTCTTGGCTCGACATTTTGTGTTCTATTTTACTAGAGTCCTACACTTTTTTTGAATATAA?????AAAA?GAGTACAGGATGGAGCTCGAGGAGAATAGAAAGTTTTTATTCCTTTCGCAGGAG?TAAGGATCTAGGGTTAGTGCGAATCAATAAGTTGGAACAACTTCGTAAGTCTTTTTATTTTTATATTG????AAAAAAAAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCTT?TCAAGCAATTTTACAATGGAAAAGG?AAA??TTTTCTTAA????AAT?TGTAAAATTCTTTGAATCAAAAGTCTATCATGCGTGAATCAAGCGTTTGTATGATTCTTTGATAGAAAGAAAAGAAATCATAAACAAAATAAGGGGCTTGTTGCTGCCCTTTTTTAATAAAACGATTCAA?GATCACCGAAGTCATGTCTAAACCCAAAGATTCAAAGTAAGGAT??????AAAGAATCCTGAAACAAGGAAATCCAGTTTTCAATTGTTTGAACAACTAGATCAGAATGAAGAATCAAAATTGATTCT?AAAAAATGAGACAAAC??AAAAAAAGGGTTAGAGACTACTC???????AATAAAAAGAGTACTTAAGGATTCTCTGTTGAGATATTTGAGAGTTATTTAACTTGAGTTACGAGAGTACGAATGTTACGAATGCTTTTTTTGT?AAAAAAAAA????????ATATTTA?GGGTTTCAATACTGGCTA?????????????????????ATTGATTTAATGTTTTTATTAATCTATTTAATATTTTA?????????A?TTTTATACAGAGAGTTAACTT????????CTACTCA???????TTGAA?T?????????TTTTTTTCTCGAGCCGTACGAGGCCAAAGCCTCTTAT?ACGTTTCT Schizopetalon_rupestre_GB1140 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Schizopetalon_tenuifolium_GB423 TTTTGATCCGCCACTTTTTATA??????????TAGGAATATAGAGTGCTCTTGGCTCGACATTTTGTGTTCTATTTTACTAGAGTCCTACACTTTTTTTGAATATAA?????AAAA?GAGTACAGGATGGAGCTCGAGGAGAATAGAAAGTTTTTATTCCTTTCGCAGGAG?TAAGGATCTAGGGTTAGTGCGAATCAATAAGTTGGAACAACTTCGTAAGTCTTTTTATTTTTATATTG????AAAAAAAAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCTT?TCAAGCAATTTTACAATGAAAAAGG?AAA??TTTTCTTAA????AAT?TGTAAAATTCTTTGAATCAAAAGTCTATCATGCGTGAATCAAGCGTTTGTATGATTCTTTGATAGAAAGAAAAGAAATCATAAACAAAATAAGGGGCTTGTTGCTGCCCTTTTTTAATAAAACGATTCAA?GATCACCGAAGTCATGTCTAAACCCAAAGATTCAAAGTAAGGAT??????AAAGAATCCTGAAACAAGGAAATCCAGTTTTCAATTGTTTGAACAACTAGATCAGAATGAAGAATCAAAATTGATTCT?AAAAAATGAGACAAAC??AAAAAAAGGGTTAGAGACTACTC???????AATAAAAAGAGTACTTAAGGATTCTCTGTTGAGATATTTGAGAGTTATTTAACTTGAGTTACGAGAGTACGAATGTTACGAATGCTTTTTTTGG??AAAAAAAA????????ATATTTA?GGGTTTCAATACTGGCTA?????????????????????ATTGATTTAATGTTTTTATTAATCTATTTAATATTTTA?????????A?TTTTATACAGAGAGTTAACTT????????CTACTCA???????TTGAA?T?????????TTTTTTTCTCGAGCCGTACGAGGCCAAAGCCTTTTAT?ACGTTTCT Schizopetalon_walkeri_GB8217 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Smelowskia_calycina_GB ??????????????????????????????????????????????????????????ACATTTTGTGGTCTATTTTACTAGAGTCCTACACTTTTTTGGAATATAA?????AAAA?GAGTACAGGGTGGAGCTCGAGGAGAATAGAAAGTTTTTATTCCTTTCGCAGGAG?TAAGGATCCAGGGTTAGTGCGAATCAATAAGTTGGAACAACTTCGTAAGTCTTTTTATTTTTATATTG??????AAAAAAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCTT?TCAAGCAATTTTACAATGGAAAAGG?GAG??TTTTCTTAA????AAT?TGTAAAATTCTTTGAATCAAAAGTCTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Thlaspi_arvense_GB ????????????????????????????????????????????????????GGCTCGACATTTTGTATTCTATTTTACTAGAGTCCTACACTTTTTTTGAATATAA?????AAAA?GAGTACAGGATGGAGCTCGAGGAGAATATAAAGTTTTTATTCCTTTCACAGGAG?TAAGGATCCAGGGTTAGTGCGAATCAATAAGTTGGAACAACTTCGTAAGTCTTTTTATTTTTATATTG???????AAAAAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCTTTTCAAGTAATTTTACAATATAAAAGG?AAA??TTTTATTAA????AAT?TGTAAAATTATTTTAATCAAAAGTCTATTATGCGTGAATCAAGCGTTTGTATGATTCTTTGATAGAAATAAAAGAAATCATAAACAAAATAAGGGGCTTGTTGCTGCCCTTTTTTAATAAAACGATTCAA?GATCACCGAAGTCATGTCTAAACCCAAAGATTCAAAGTAAGGAT??????AAAAAATCCTGAAACAAGGAAATCCAG?TTTCAATTGTTTGAACAACTAGATCAGAATGAAGAATAAACATTTATTCT?AAAAAATGAGACAAAC???AAAAAAGGGTTAGAGACTACTCAATAAAAAATAAAAAGAGTACTTAAGGATTCTCTGTTGAGATATTTGAGAGTTATTTAACTTGAGTTATGAGAGTACGAATGTTAAGAATGCTTTTTATGA??AAAAAAAA????????ATATTTA?GGGTTTCAATACTGTCTA?????????????????????ATTGGTTTAATTTTTTTATTAATCTATTTAATATTTTA?????????A?TTTTATATAGAGAGTTCACT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Xerodraba_lycopodioides_DS248 TTTTGATCCGCCACTTTTTATA??????????TAGGAATATAG?GTGCTCTTGGCTCGACATTTTGTGTTCTATTTTACCAGAGTCCTACACTTTTTTTGAATATAA?????AAAA?GAGTACAGGATGGAGCTCGAGGAGAATAGAAAGTTTTTATTCCTTTCGCAGGAG?CGAGGATCTAGGGTTAGTGCGAATCAATAAGTTGGAACAACTTCGTAAGTCTTTTTATTTTTATATTG??????AAAAAAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCTT?TCAAGCAATTTTACAATGGAAAAGG?TAA??TTTTCTTAA????AAC?TGTAAAATTCTTTGAATCAAAAGTCTATCATGCGTGAATCAAGCGTTTGTATGATTCTTTGATAGAAAGAAAAGAAATCATAAACAAAATAAGGGGCTTGTTGCTGCCCTTTTTAAATAAAACGATTCAA?GATCACCGAAGTCATGTCTAAACCCAAAGATTCAAAGTAAGGAT??????AAAGAATCCTGAAACAAGGAAATCCAGTTTTCAATTGTTTGAACAACTAGATCAGAATGAAGAATCAAAATTGATTCT?AAAAAATGAGACAAAC??AAAAAAAGGGTTTGAGACTACTC???????AATAAAAACAGTACTTAAGGATTCTCTATTGAG??ATTTGAGAGTTATTTAACTTGAGTTACGAGAGTACGAATGTTACGAATGCTTTTTATGG???AAAAAAA????????ATATTTA?GGGTTTCAATA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGAA???????????TTTTTTTCTCGAGCCGTACGAGGCCAAAGCCTCTTAT?ACGTTTCT Xerodraba_patagonica_DS253 TTTTGATCCGCCACTTTTTATA??????????TAGGAATATAG?GTGCTCTTGGCTCGACATTTTGTGTTCTATTTTACCAGAGTCCTACACTTTTTTTGAATATAA?????AAAA?GAGTACAGGATGGAGCTCGAGGAGAATAGAAAGTTTTTATTCCTTTCGCAGGAG?CGAGGATCTAGGGTTAGTGCGAATCAATAAGTTGGAACAACTTCGTAAGTCTTTTTATTTTTATATTG??????AAAAAAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCTT?TCAAGCAATTTTACAATGGAAAAGG?TAA??TTTTCTTAA????AAC?TGTAAAATTCTTTGAATCAAAAGTCTATCATGCGTGAATCAAGCGTTTGTATGATTCTTTGATAGAAAGAAAAGAAATCATAAACAAAATAAGGGGCTTGTTGCTGCCCTTTTTAAATAAAACGATTCAA?GATCACCGAAGTCATGTCTAAACCCAAAGATTCAAAGTAAGGAT??????AAAGAATCCTGAAACAAGGAAATCCAGTTTTCAATTGTTTGAACAACTAGATCAGAATGAAGAATCAAAATTGATTCT?AAAAAATGAGACAAAC??AAAAAAAGGGTTTGAGACTACTC???????AATAAAAACAGTACTTAAGGATTCTCTATTGAG??ATTTGAGAGTTATTTAACTTGAGTTACGAGAGTACGAATGTTACGAATGCTTTTTATGG????AAAAAA????????ATATTTA?GGGTTTCAATA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGAA???????????TTTTTTTCTCGAGCCGTACGAGGCCAAAGCCTCTTAT?ACGTTTCT Xerodraba_patagonica_pycno_DS251 TTTTGATCCGCCACTTTTTATA??????????TAGGAATATAG?GTGCTCTTGGCTCGACATTTTGTGTTCTATTTTACCAGAGTCCTACACTTTTTTTTAATATAA?????AAAA?GAGTACAGGATGGAGCTCGAGGAGAATAGAAAGTTTTTATTCCTTTCGCAGGAG?CGAGGATCTAGGGTTAGTGCGAATCAATAAGTTGGAACAACTTCGTAAGTCTTTTTATTTTTATATTG??????AAAAAAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCTT?TCAAGCAATTTTACAATGGAAAAGG?TAA??TTTTCTTAA????AAC?TGTAAAATTCTTTGAATCAAAAGTCTATCATGCGTGAATCAAGCGTTTGTATGATTCTTTGATAGAAAGAAAAGAAATCATAAACAAAATAAGGGGCTTGTTGCTGCCCTTTTTAAATAAAACGATTCAA?GATCACCGAAGTCATGTCTAAACCCAAAGATTCAAAGTAAGGAT??????AAAGAATCCTGAAACAAGGAAATCCAGTTTTCAATTGTTTGAACAACTAGATCAGAATGAAGAATCAAAATTGATTCT?AAAAAATGAGACAAAC??AAAAAAAGGGTTTGAGACTACTC???????AATAAAAACAGTACTTAAGGATTCTCTATTGAG??ATTTGAGAGTTATTTAACTTGAGTTACGAGAGTACGAATGTTACGAATGCTTTTTATGG????AAAAAA????????ATATTTA?GGGTTTCAATA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGAA???????????TTTTTTTCTCGAGCCGTACGAGGCCAAAGCCTCTTAT?ACGTTTCT ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 23578 ] BEGIN TREES; TITLE rps16_CES_MrBayes_C50; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep23578; TREE con_50_majrule = [&R] (Smelowskia_calycina_GB:0.011494,Thlaspi_arvense_GB:0.026494,Mathewsia_collina_GB3599:0.003159,Mathewsia_foliosa_GB9837:0.003243,Schizopetalon_arcuatum_GB51:0.002339,Schizopetalon_bipinnatifidum_GB4231:0.003267,Schizopetalon_brachycarpum_GB926:8.29E-4,Schizopetalon_dentatum_GB995316:0.003442,Schizopetalon_maritimum_GB53:0.001522,Schizopetalon_rupestre_GB1140:0.003304,Schizopetalon_walkeri_GB8217:0.0048,((Aimara_rollinsii_DS148:0.005171,Cremolobus_peruvianus_DS222:0.006237):0.004062,((((Menonvillea_chilensis_DS150:0.002882,Menonvillea_orbiculata_DS151:0.003414):0.010089,(Menonvillea_filifolia_DS184:6.63E-4,Menonvillea_linearis_DS152:0.001567,Menonvillea_pinnatifida_DS149:6.57E-4,Menonvillea_purpurea_DS145:0.003491):0.006955):0.005045,((Menonvillea_cicatricosa_DS164:0.008531,Menonvillea_spathulata_DS165:0.003786,(Menonvillea_nordenskjoeldii_DS172:0.001746,Menonvillea_rigida_DS186:0.002647):0.011343):0.006631,((Menonvillea_comberi_DS169:0.001565,Menonvillea_patagonica_DS161:0.002601):0.00452,(Menonvillea_cuneata_DS162:0.003454,Menonvillea_frigida_DS241:0.004339,Menonvillea_virens_DS168:0.003443):0.00353):0.003364):0.021388):0.00157,(Menonvillea_famatinensis_DS239:0.004365,(Menonvillea_scapigera_hookeri_DS167:0.001547,Menonvillea_scapigera_DS190:0.001514):0.004082):0.00619):0.002864):7.11E-4,(Atacama_nivea_GB10165:0.005295,(Machaerophorus_arequipa_MC1925:0.001497,(Machaerophorus_laticarpus_MC2770:0.001527,Machaerophorus_laticarpus_MC2775:6.25E-4):0.002429):0.003371):0.001419,((Aschersoniodoxa_peruviana_DS288:0.005898,(Brayopsis_gamosepala_DS275:0.004282,(Brayopsis_diapensioides_DS273:0.003345,Dactylocardamum_imbricatifolium_DS304:0.004314,(Aschersoniodoxa_cachensis_DS285:0.001493,Aschersoniodoxa_mandoniana_DS287:6.29E-4):0.005943,(Brayopsis_calycina_DS277:0.007353,Brayopsis_monimocalyx_DS270:0.001587):0.004406):0.001583,(Eudema_nubigena_nubigena_DS290:6.31E-4,Eudema_nubigena_remyana_DS292:6.19E-4):0.006117):0.005379):0.008559,((Onuris_graminifolia_DS257:7.71E-4,(Onuris_alismatifolia_DS262:0.004043,Onuris_hatcheriana_DS267:6.44E-4,Onuris_papillosa_DS258:6.15E-4,Onuris_spegazziniana_DS260:6.27E-4):0.002001):0.011308,(Alshehbazia_hauthalii_DS266:0.003863,(Xerodraba_patagonica_DS253:6.61E-4,Xerodraba_lycopodioides_DS248:6.68E-4,Xerodraba_patagonica_pycno_DS251:0.001685):0.006375):0.001629):0.00218):0.002165,(Mathewsia_incana_GB190:0.005654,(Mathewsia_auriculata_GB2202:0.003267,Mathewsia_linearifolia_GB11658:0.001518):0.001505):0.002451,(Mathewsia_densifolia_GB11678:6.15E-4,Mathewsia_peruviana_GB739:0.001496):0.005024,(Schizopetalon_biseriatum_GB10685:6.45E-4,Schizopetalon_tenuifolium_GB423:0.001541):0.001437); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr114121] END;