#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Guillon J. 2004. Phylogeny of horsetails (Equisetum) based on chloroplast rps4 gene
and adjacent noncoding sequences. Systematic Botany, 29: 251-259.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1275]

[ The following blocks are input data for analysis step 2364 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep2364;
        DIMENSIONS NTAX=15;
        TAXLABELS
            Equisetum_arvense
            Equisetum_bogotense
            Equisetum_diffusum
            Equisetum_fluviatile
            Equisetum_giganteum
            Equisetum_hyemale
            Equisetum_laevigatum
            Equisetum_myriochaetum
            Equisetum_palustre
            Equisetum_pratense
            Equisetum_ramosissimum
            Equisetum_scirpoides
            Equisetum_sylvaticum
            Equisetum_telmateia
            Equisetum_variegatum
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M688]

	TITLE noncoding_rps4;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2364;
	DIMENSIONS NCHAR=308;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                  10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300        ]
[                                   .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .        ]
Equisetum_arvense          TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGATAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATATTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACATGAGGATCAAAAGGCTCTTCTTGATTTTATATAGTATCTACTATATAAAATCACC-TTTATTTATAAGTGCTTCTTTTTATATAAATAGTGAATACTCAAAAG
Equisetum_bogotense        TCGGTTCACTCCGATAGCTGGCTTCACTGTTTAACTTATAATTAAACTAATTTGTTATCTATTAATTCATATGCTAGCATTAGTATGATGCTAAAGGAGAAGTATTTACAAGAGTTAGTTTAAAAATGTTATTGCTATTTCATTCTTTAGATAAAAGTTTTCTATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAACAATTACACGAGAATAAAAGGATTCTTTTCGATTTTAGCTAGTATCTACTATCTAAAATCACTTATTATTTGGAAGTGATATT-TTTCTAGAAATAATAACTACTTAAAAA
Equisetum_diffusum         TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGATAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTAAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACATGAGGATCAAAAGGCTCTTCTCGATTTTATATAGTAGATACTATATAAAATCACC-TTTATTTATAAGTGCTTCTTTTTATATAAATAGTGAATACTCAAAAG
Equisetum_fluviatile       TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGATAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACATGAGGAGCAAAAGGCTCTTCTCGATTTTATATAGTATCTACTATATAAAATCACC-TTTATTTATTAGTGCTTCTTTTTATATAAATAGTGAATACTCAAAAG
Equisetum_giganteum        ???????????????AGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAAAATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTCCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTCGTTTCTCTTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGTGATTTTATTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG
Equisetum_hyemale          TCGGTTCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAATTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTCGTCTCTCTTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTACTTCTAAGTGATTTTATTTATACCACTAATAAATATTTTAAAG
Equisetum_laevigatum       TCGGTTCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAGGATTCGTCTCTCTTTTAGATAGTATCTGCTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGTGATTTTATTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG
Equisetum_myriochaetum     TCGGTTCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAGGATTCGTCTCTCTTTTAGATAGTATCTGCTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGTGATTTTATTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG
Equisetum_palustre         TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATAAAACTA-TTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGAGAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACACAAGGATCAAAAGGCTCTTCTCGATTTTATATAGTATCTACTATATAAAATCACTGTTTATTTATAAGTGATTTTTTTTATATAAATAGTGAATACTCAAAAG
Equisetum_pratense         TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCATATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGAGAACTATT-ACAATAGTCAGTTTAAAGATGTTATTAATTTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACACGAGGATCAAAGAGCTCTTCTCGATTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATTACTGATTTTTTAGAAGTGATTTTTTTTATAGAAATAGTGAATACTCAAAAG
Equisetum_ramosissimum     TCGGTTCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGATAGCATTATTATGATGATAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTAATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTTGTCTCTCTTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGTGATTTTATTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG
Equisetum_scirpoides       ????????????????GCTGGCTTCT?????TAATT??????GAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGAAGAACTATT-ACAATAGTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTCTATAGATAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTCGTCTCTATTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTATTTATAAGTGATTTTGTTTATATAAATAATAAATATTTTAAAG
Equisetum_sylvaticum       TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTCACTCTTTTATTTAAGATGAAACTAATCTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGAGAACTATT-ACAATAATCAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAAATAATTTATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTACATGAGGATCAAAGGGCTCTTCTCGATTTTAGATAGTATCTACTATATAAAATCACTGTTTTTTTATAAATGCTTTTTTTTAAATAAATAGTGAATATTCAAAAG
Equisetum_telmateia        TCGGTTCACTCCGATAGCAGGCTTAACTCTTTAATTTAAGATGAAACTAATTTGTTATCTATTATTTCGTATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGGAGAACTATT-ACAATAGTAAGTTTAAAGATGTTATTAATGTTTCATTCTTTACATAAAAATTCTATATAGAAAATTGATTTAATAAGAAGGAGTTGTTAAGAATTAAACGAGGATCAAAGGGCTCTTCTCGATTTTAGAAAGTATCTATTCTATAAAATCACTTTTTTTTTATAAGCGATT-TTTTTATATAAATTGTGAATACTCAAAAG
Equisetum_variegatum       TCGG?TCACTCCGATAGCCGGCTTCACTCTGTAATTAAATATGAAACTAATTTGTTATCTATTCCTTCATATGCTAGCATTATTATGATGGTAGAGAAGAACTATT-ACAATATTCAGCTTAAAAATGTTATTAATGTTTCATGCTTTACATAAAAGTTTTTTATAGATAATTAATTTAAAAAGAAGGAGTTGTTAAGATTTAAACGAGAATCGAAAGATTCGTCTCTATTTTAGATAGTATCTACTATGTAAAATCACTTGTTAGTTCTAAGGGGTTTTGTTTATATCACTAATAAATATTTTAAAG
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = noncoding_rps4) = 
		N: 1-308;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = noncoding_rps4) = 
		N: 1-308;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 2364 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb7139;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2364;
      TREE Fig._5 = [&R] (Equisetum_bogotense,(((((Equisetum_arvense,Equisetum_diffusum,Equisetum_fluviatile),Equisetum_palustre),Equisetum_telmateia,Equisetum_sylvaticum),Equisetum_pratense),((Equisetum_variegatum,(Equisetum_hyemale,(Equisetum_laevigatum,Equisetum_myriochaetum),Equisetum_giganteum,Equisetum_ramosissimum)),Equisetum_scirpoides)));
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5825]


END;