#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on December 24, 2025; 22:01 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Liang S., Viane R.L., Zhang X., & Wei R. 2019. Exploring the reticulate evolution in the Asplenium pekinense complex and the A. varians complex (Aspleniaceae). Journal of Systematics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S24325] [ The following blocks are input data for analysis step 24576 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep24576; DIMENSIONS NTAX=64; TAXLABELS Aspelnium_pekinense_x_Asplenium_semivarians_Q19 Aspelnium_pekinense_x_Asplenium_semivarians_Q7 Aspelnium_tenuicaule_V1 Aspelnium_x_lacei_Q18 Asplenium_altajense_X1 Asplenium_altajense_X2 Asplenium_altajense_Y1 Asplenium_anogrammoides_A1 Asplenium_anogrammoides_B3 Asplenium_anogrammoides_D1 Asplenium_anogrammoides_D2 Asplenium_anogrammoides_G1 Asplenium_anogrammoides_J1 Asplenium_anogrammoides_K1 Asplenium_anogrammoides_R1 Asplenium_anogrammoides_U1 Asplenium_anogrammoides_Z1 Asplenium_incisum_A2 Asplenium_kansuense_E1 Asplenium_kansuense_F1 Asplenium_kansuense_F2 Asplenium_kukkonenii_Q16 Asplenium_kukkonenii_Q17 Asplenium_kukkonenii_Q5 Asplenium_kukkonenii_Q6 Asplenium_pekinense_B4 Asplenium_pekinense_B5 Asplenium_pekinense_I1 Asplenium_pekinense_P1 Asplenium_pekinense_Q10 Asplenium_pekinense_Q11 Asplenium_pekinense_Q8 Asplenium_pekinense_Q9 Asplenium_sarelii_C1 Asplenium_sarelii_C2 Asplenium_sarelii_C3 Asplenium_sarelii_C4 Asplenium_sarelii_C5 Asplenium_sarelii_C6 Asplenium_sarelii_D3 Asplenium_sarelii_D4 Asplenium_sarelii_D5 Asplenium_sarelii_D6 Asplenium_sarelii_N1 Asplenium_tenuicaule_H1 Asplenium_tenuicaule_L1 Asplenium_tenuicaule_M1 Asplenium_tenuicaule_O1 Asplenium_tenuicaule_O2 Asplenium_tenuicaule_Q1 Asplenium_tenuicaule_Q2 Asplenium_tenuicaule_Q3 Asplenium_tenuicaule_X3 Asplenium_tenuicaule_x_Asplenium_altajense_W1 Asplenium_tenuifolium_T1 Asplenium_varians_Q12 Asplenium_varians_Q13 Asplenium_varians_Q14 Asplenium_varians_Q15 Asplenium_varians_S1 Asplenium_x_hopei_Q4 Asplenium_x_kidoi_B1 Asplenium_x_kidoi_B2 Asplenium_x_lacei_Q20 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M49812] TITLE 'Asplenium pekinense complex 1 rpl32-trnP MP'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep24576; DIMENSIONS NCHAR=613; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ACAACAATATGCTATTTTAGCCATTTTCATAAACTAATTAAAACCCGTTTTTCTCTTTTTTATCTCCAGTTGTAGATATAATGGGTT--ATCTACTCTTATTTCAAATAAGAGTAGATAACCCATTATAGACAAATGTTAACAAGCCCTTTCAATCTTTCTTTAGTTA------ATTGAAAGGGTTTATTTTATGGTAACTCCAAGCTATTAGTACCAATCGCTATAACAATTTAGCCGCTTCTTATTTTATTTTCCCAGTTTTTTT---ATCTAGTTATTTGCTCTAACTATAATATGAAATAGATTTACTTAGGTATCGTAGGAATGAACAACTAACTATTATTAATTAGCTGCTTTTAAAATTCAAAGGAAACAACTAGAAATTAAGGAAATAACAACTTAATAG------TTGACGAATCAAAAAATATTGTGAATATTATTAATATTCATTCTATTATTTACCTTCACAATATTTCTCACAAAACATTAACTAATGGCAAGTTTCAAGTTTAGATGCATCTAAATCTCTTTATTACTTGTGTCTAAAAATA------TTAGATAGTTGCTTTTGATTAGCTTATTTAGCAACCCTAAAATTCATATTA Asplenium_varians_Q13 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ACAACAATATGCTATTTTAGCCATTTTCATAAACTAATTAAAACCCGTTTTTCTCTTTTTTATCTCCAGTTGTAGATATAATGGGTT--ATCTACTCTTATTTCAAATAAGAGTAGATAACAAATTATAGACAAGTGTTAACAAGCCCTTTCAATCTTTCTTTAGTTA------ATTGAAAGGGTTTATTTTATGGTAACTCCAAGCTATTAGTACCAATCGCTATAACAATTTAGCCGCTTCTTATTTTATTTTCCCAGTTTTTTT---ATCTAGTTATTTGCTCTAACTATAATATGAAATAGATTTACTTAGGTATCGTAGGAATGAACAACTAACTATTATTAATTAGCTGCTTTTAAAATTCAAAGGAAACAACTAGAAATTAAGGAAATAACAACTTAATAG------TTGACGAATCAAAAAATATTGTGAATATTATTAATATTCATTCTATTATTTACCTTCACAATATTTCTCACAAAACATTAACTAATGGCAAGTTTCAAGTTTAGATGCATCTAAATCTCTTTATTACTTGTGTCTAAAAATA------TTAGATAGTTGCTTTTGATTAGCTTATTTAGCAACCCTAAAATTCATATTA Asplenium_varians_Q15 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AAAACAATATGCTATTTGAGCCATTTCCATAAACTAATTAAAAACCGTTTTTCTCTTTTTTATCTCCAGTTGTAGGTTTCATTAATGAAATCTACTCCTATTTCAAATGCGAGTAGATAACCCATTATAG-----TGTTAACAAACCTTCTCA----ATCTTTAATTA------ATTGAAAGGGCTTTTTTTATGTTAACTCCAAGCTATTAGTACCAATCGCTACAACAATTTAGCCGCTTCTTATTTCATTTTCCCAGTTTTTTTT--ATCTAGTTATTTGCTCTAACTCTAATCTGAAATAGATTTACTTAGATATCATAGGAATGAACAGCTAACTATTATTAGTTAGCTGCTATTTAAATTCAAAGGAGACAACTAGAAATTCAGAAAAGAACAAATTAATAG------TTGACAAATCAAAAAAGATTGTGAAGCTTAATAATATTGATTCTATTATTTACCTTCACAATCTTTCCCACAAAACATTAACTAATGACAAGTCTCATGTTTAGATGCATCTAAATCTATTTATTACTTATGTCTAAAAATA------GTAGATAGTTGCTTTTTATTAACTTATTTAGCAACCCTAATATTTATATTA Asplenium_x_lacei_Q20 ACAACAATATGCTATTTTAGCCATTTTCATAAACTAATTAAAACCCGTTTTTCTCTTTTTTATCTCCAGTTGTAGATATAATGGGTT--ATCTACTCTTATTTCAAATAAGAGTAGATAACCCATTATAGACAAGTGTTAACAAGCCCTTTCAATCTTTCTTTAGTTA------ATTGAAAGGGTTTATTTTATGGTAACTCCAAGCTATTAGTACCAATCGCTATAACAATTTAGCCGCTTCTTATTTTATTTTCCCAGTTTTTTT---ATCTAGTTATTTGCTCTAACTATAATATGAAATAGATTTACTTAGGTATCGTAGGAATGAACAACTAACTATTATTAATTAGCTGCTTTTAAAATTCAAAGGAAACAACTAGAAATTAAGGAAATAACAACTTAATAG------TTGACGAATCAAATAATATTGTGAATATTATTAATATTCATTCTATTATTTACCTTCACAATATTTCTCACAAAACATTAACTAATGGCAAGTTTCAAGTTTAGATGCATCTAAATCTCTTTATTACTTGTGTCTAAAAATA------GTAGATAGTTGCTTTTGATTAGCTTATTTAGCAACCCTAAAATTCATATTA ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 24576 ] BEGIN TREES; TITLE 'Asplenium pekinense complex 1 rpl32-trnP MP'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep24576; TREE '1 Imported tree rpl32-trnP MP' = [&R] (Asplenium_incisum_A2,(Asplenium_tenuifolium_T1,((((Asplenium_x_lacei_Q20,Aspelnium_x_lacei_Q18),(Asplenium_varians_Q12,Asplenium_varians_Q15),(Asplenium_varians_S1,Asplenium_varians_Q13,Asplenium_varians_Q14)),((Asplenium_kansuense_E1,Asplenium_kansuense_F1,Asplenium_kansuense_F2,Aspelnium_tenuicaule_V1,Asplenium_tenuicaule_x_Asplenium_altajense_W1,Asplenium_tenuicaule_X3),(Asplenium_tenuicaule_L1,Asplenium_tenuicaule_M1,Asplenium_tenuicaule_O1,Asplenium_tenuicaule_O2,Asplenium_tenuicaule_H1,Asplenium_tenuicaule_Q1,Asplenium_tenuicaule_Q2,Asplenium_tenuicaule_Q3,Asplenium_x_hopei_Q4,Asplenium_kukkonenii_Q5,Asplenium_kukkonenii_Q6,Asplenium_kukkonenii_Q16,Asplenium_kukkonenii_Q17))),((Asplenium_altajense_Y1,Aspelnium_pekinense_x_Asplenium_semivarians_Q7,Asplenium_pekinense_Q8,Asplenium_pekinense_Q9,Asplenium_pekinense_Q10,Asplenium_pekinense_Q11,Aspelnium_pekinense_x_Asplenium_semivarians_Q19,Asplenium_altajense_X1,Asplenium_altajense_X2),(Asplenium_anogrammoides_A1,Asplenium_x_kidoi_B1,Asplenium_anogrammoides_B3,Asplenium_sarelii_C1,Asplenium_sarelii_C2,Asplenium_sarelii_C3,Asplenium_sarelii_C4,Asplenium_sarelii_C5,Asplenium_sarelii_C6,Asplenium_anogrammoides_D1,Asplenium_anogrammoides_D2,Asplenium_sarelii_D4,Asplenium_sarelii_D6,Asplenium_pekinense_I1,Asplenium_anogrammoides_J1,Asplenium_anogrammoides_K1,Asplenium_sarelii_N1,Asplenium_pekinense_P1,Asplenium_anogrammoides_R1,Asplenium_anogrammoides_U1,Asplenium_anogrammoides_Z1,(Asplenium_sarelii_D3,Asplenium_sarelii_D5),(Asplenium_x_kidoi_B2,Asplenium_pekinense_B4,Asplenium_pekinense_B5,Asplenium_anogrammoides_G1)))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr117078] END;