#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 21, 2026; 12:13 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: De clerck O., Gavio B., Barbara I., Fredericq S., & Coppejans E. 2005. Systematics of Grateloupia filicina (Halymeniaceae, Rhodophyta), based on rbcl sequence analyses and morphological evidence, including the reinstatement of G. minima and the description of G. capensis spec. nov. Journal of phycology, 41. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1323] [ The following blocks are input data for analysis step 2469 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2469; DIMENSIONS NTAX=59; TAXLABELS Cryptonemia_luxurian_Brazil Grateloupia_asiatica_China_a Grateloupia_asiatica_China_b Grateloupia_belangeri_SAfrica Grateloupia_catenata_Japan Grateloupia_dichotoma_AtlSpain Grateloupia_dichotoma_Brazil Grateloupia_doryphora_Peru Grateloupia_filicina_Aguafreida_Spain10 Grateloupia_filicina_Apulia_Portugal7 Grateloupia_filicina_Audresseles_AtlFrance4 Grateloupia_filicina_Banyuls_France9 Grateloupia_filicina_Boulogne_AtlFrance5 Grateloupia_filicina_DutchWestIndies25 Grateloupia_filicina_FortdoCao_Portugal6 Grateloupia_filicina_FrPolynesia18 Grateloupia_filicina_Galveston_TXUSA23 Grateloupia_filicina_Hawaii19 Grateloupia_filicina_Kommetjie_SAfrica Grateloupia_filicina_Kommetjie_SAfrica2 Grateloupia_filicina_Livorno_Italy15 Grateloupia_filicina_Madagascar28 Grateloupia_filicina_Marineland_FLUSA16 Grateloupia_filicina_Moledo_Portugal8 Grateloupia_filicina_Papua24 Grateloupia_filicina_Ponteleria_Italy12 Grateloupia_filicina_PortAransas_TXUSA22 Grateloupia_filicina_Quercianella_Italy13 Grateloupia_filicina_Quercianella_Italy14 Grateloupia_filicina_RoquesPlanes_Spain11 Grateloupia_filicina_SandKey_FLUSA21 Grateloupia_filicina_SebastianInlet_FLUSA17 Grateloupia_filicina_SriLanka26 Grateloupia_filicina_Tabasco_Mexico20 Grateloupia_filicina_Venezuela27 Grateloupia_filicina_Yzerfonteyn_SAfrica3 Grateloupia_filiformis_Brazil Grateloupia_imbricata_Japan Grateloupia_lanceolata_CA_USA Grateloupia_livida_Japan Grateloupia_longifolia_SAfrica Grateloupia_luxurians_Locmariaquer_France31 Grateloupia_luxurians_Pontevedra_Spain32 Grateloupia_luxurians_VICAustralia29 Grateloupia_luxurians_WA_Australia30 Grateloupia_phuquocensis_Hawaii Grateloupia_ramosissima_Taiwan Grateloupia_schizophylla_Chile Grateloupia_schmitziana_Japan Grateloupia_subpectinata_Japan Grateloupia_turuturu_Coruna_AtlSpain Grateloupia_turuturu_Japan Grateloupia_turuturu_Locmariaquer_AtlFrance Grateloupia_turuturu_Roscoff_AtlFrance Halymenia_durvillei_SriLanka Halymenia_floresia_MedSpain Polyopes_constrictus_SAfrica Prionitis_filiformis_CA_USA Prionitis_lyalliiCA_USA ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1374] TITLE Grateloupia_filicina_rbcL; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2469; DIMENSIONS NCHAR=1467; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Cryptonemia_luxurian_Brazil ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGAAACTGATGTATTAGCTTTATTTCGTGTAACTCCACAACCAGGCGTTGATCCAGTAGAAGCTTCTGCTGCTGTTGCTGGTGAATCTTCTACTGCAACTTGGACTGTAGTTTGGACTGATCTATTGACAGCTTGTGACTTATACAGAGCTAAAGCATATAAAGTAGATGCGGTACCAAATTCATCTGATCAATACTTTGCTTATGTTTCATATGATATCGATCTATTTGAAGAAGGTTCTATTGCTAACCTAACAGCTTCAATTATTGGTAATGTATTTGGTTTTAAAGCAGTAAAAGCTTTAAGATTAGAAGATATGCGTATTCCTGTTGCTTATCTTAAAACTTTCCAAGGTCCTGCAACTGGAATCGTTGTAGAACGTGAACGTATGGATAAGTTCGGTCGTCCATTTCTAGGTGCAACTGTTAAGCCTAAATTAGGTCTATCAGGCAAAAATTATGGTAGAGTAGTATACGAAGGTCTTAAAGGTGGTCTAGATTTCCTTAAAGATGATGAGAATATCAACTCTCAACCTTTCATGCGTTGGAAAGAAAGATTCCTATATTCAATGGAAGGTGTAAACCGTTCAATAGCAGCAACTGGTGAAGTTAAAGGTCACTATATGAACGTTACTGCAGCTACAATAGAAAATATGTATGAGAGGGCTGAATTTGCTAAGCAACTAGGTACTGTAATTATTATGATTGACCTTGTAGTTGGCTATACAGCAATCCAAACTATGGGTATTTGGGCTCGTAAAAATGACATGATTTTACATTTGCATCGTGCGGGTAACTCAACTTATTCTCGTCAGAAGAGCCATGGTATGAACTTCCGTGTAATATGTAAATGGATGCGTATGGCAGGTGTAGACCATATTCATGCAGGTACTGTTGTTGGTAAGCTAGAAGGTGATCCGTTAATGATTAGAGGTTTTTATAATACTCTACTATTCACGCATTTAGATGTTAACTTACCACAAGGTATTTTCTTTGAACAAGATTGGGCATCTCTACGTAAAGTAACTCCTGTTGCTTCAGGCGGTATCCACTGTGGACAAATGCATCAATTATTAGATTATCTTGGTGAAGATGTTGTACTACAATTTGGTGGAGGTACAATTGGGCACCCTGATGGAATTCAAGCAGGAGCAACAGCTAACCGTGTAGCATTAGAATCTGTGGTAGTTGCACGTAACGAAGGTCGTGATTATGTAGCAGAAGGACCTCAAATCTTACAAGATGCTGCAAAAACATGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Prionitis_lyalliiCA_USA ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGATACTGATGTACTAGCTCTATTTCGTGTAACTCCACAACCAGGAGTAGATCCAGTAGAAGCTTCTGCTGCAGTTGCTGGTGAATCTTCTACTGCAACTTGGACTGTAGTTTGGACAGACTTGTTAACAGCTTGCGATTTATATAGAGCTAAAGCTTACAAGGTAGATGCAGTACCAAATTCATCTGAACAATACTTTGCTTATATCGCATATGATATTGATCTATTTGAAGAAGGTTCTATTGCTAACCTAACAGCGTCGATTATTGGTAACGTATTCGGTTTTAAAGCAGTAAAAGCTTTAAGACTAGAAGACATGCGTATTCCAGTTGCTTACCTTAAAACTTTTCAAGGTCCTGCAACAGGAGTCATTGTAGAACGTGAACGTATGGATAAATTTGGCCGTCCATTTTTAGGTGCAACTGTAAAACCTAAATTGGGTCTATCAGGTAAAAATTATGGTAGAGTAGTATACGAAGGTCTTAAAGGTGGCTTAGATTTCCTTAAAGACGATGAAAATATTAATTCTCAACCATTCATGCGTTGGAAAGAAAGATTTCTATATGCAATGGAAGGTGTGAATCGTTCAATAGCAGCCACTGGTGAAATAAAAGGGCACTATATGAATGTTACTGCAGCTACCATGGAAGATATGTATGAAAGAGCTGAATTTGCTAAGCAATTAGGTACAGTTATTGTAATGATTGACCTTGTAATTGGTTATACAGCAATTCAAACTATGGGTGTTTGGGCTCGCAAAAATGATATGATCTTACATTTACACCGTGCCGGTAATTCAACTTACTCTCGTCAAAAGAGTCATGGTATGAACTTCCGAGTAATTTGTAAATGGATGCGCATGGCAGGCGTTGATCATATCCACGCAGGTACAGTGGTTGGTAAACTAGAAGGTGATCCTCTAATGATTAGAGGTTTCTACAATACTCTATTATTAACTCATTTAGAAGTAAATTTACCACAAGGTATTTTCTTTGAACAAGATTGGGCGTCTCTACGTAAAGTAACTCCAGTTGCTTCAGGTGGTATACATTGTGGGCAAATGCATCAATTATTAGATTATCTTGGTGACGATGTTGTACTACAATTTGGTGGGGGTACAATTGGTCACCCTGATGGAATCCAAGCAGGTGCAACAGCTAACCGTGTAGCACTAGAATCTATTGTAATAGCACGTAATGAAGGTCGCGACTTTGTAGCAGAAGGACCTCAAATATTACAAGATGCTGCAAAAACTTGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Grateloupia_filicina_rbcL) = N: 1-1467; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Grateloupia_filicina_rbcL) = N: 1-1467; END; [ The following blocks are output data for analysis step 2469 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7244; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2469; TREE NJ = [&R] (Cryptonemia_luxurian_Brazil,((Halymenia_floresia_MedSpain,Halymenia_durvillei_SriLanka),((((((((((Prionitis_lyalliiCA_USA,Grateloupia_lanceolata_CA_USA),Prionitis_filiformis_CA_USA),((Grateloupia_asiatica_China_a,Grateloupia_asiatica_China_b),Grateloupia_livida_Japan)),Grateloupia_schmitziana_Japan),Grateloupia_imbricata_Japan),((Grateloupia_phuquocensis_Hawaii,(((((Grateloupia_luxurians_Locmariaquer_France31,Grateloupia_luxurians_VICAustralia29),Grateloupia_luxurians_Pontevedra_Spain32),Grateloupia_luxurians_WA_Australia30),Grateloupia_subpectinata_Japan),(((Grateloupia_turuturu_Roscoff_AtlFrance,Grateloupia_turuturu_Locmariaquer_AtlFrance),Grateloupia_turuturu_Japan),Grateloupia_turuturu_Coruna_AtlSpain))),(((Grateloupia_longifolia_SAfrica,Grateloupia_belangeri_SAfrica),((Grateloupia_filicina_Yzerfonteyn_SAfrica3,Grateloupia_filicina_Kommetjie_SAfrica),Grateloupia_filicina_Kommetjie_SAfrica2)),Grateloupia_dichotoma_AtlSpain))),((((Grateloupia_filicina_Apulia_Portugal7,Grateloupia_filicina_FortdoCao_Portugal6),Grateloupia_filicina_Moledo_Portugal8),Grateloupia_filicina_Boulogne_AtlFrance5),Grateloupia_filicina_Audresseles_AtlFrance4)),(((((Grateloupia_filicina_Madagascar28,Grateloupia_filicina_SriLanka26),(((Grateloupia_filicina_FrPolynesia18,(Grateloupia_filicina_Galveston_TXUSA23,Grateloupia_filicina_PortAransas_TXUSA22)),(Grateloupia_filicina_SebastianInlet_FLUSA17,Grateloupia_filicina_Marineland_FLUSA16)),Grateloupia_filiformis_Brazil)),((Grateloupia_filicina_Papua24,(Grateloupia_filicina_DutchWestIndies25,Grateloupia_filicina_Venezuela27)),Grateloupia_dichotoma_Brazil)),((Grateloupia_filicina_Hawaii19,Grateloupia_filicina_SandKey_FLUSA21),Grateloupia_filicina_Tabasco_Mexico20)),((Grateloupia_filicina_Banyuls_France9,((Grateloupia_filicina_Quercianella_Italy14,(((Grateloupia_filicina_Quercianella_Italy13,Grateloupia_filicina_RoquesPlanes_Spain11),Grateloupia_filicina_Livorno_Italy15),Grateloupia_filicina_Ponteleria_Italy12)),Grateloupia_filicina_Aguafreida_Spain10)),(Grateloupia_catenata_Japan,Grateloupia_ramosissima_Taiwan)))),(Grateloupia_doryphora_Peru,Grateloupia_schizophylla_Chile)),Polyopes_constrictus_SAfrica))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2070] END;