#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 11:51 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Campbell J., Volkmann-kohlmeyer B., Graefenhan T., Spatafora J., & Kohlmeyer J. 2005. A re-evaluation of Lulworthiales: relationships based on 18S and 28S rDNA. Mycologia, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1338] [ The following blocks are input data for analysis step 2500 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2500; DIMENSIONS NTAX=73; TAXLABELS Anguillospora_marina Aniptodera_chesapeakensis Bionectria_ochroleuca Cercophora_septentrionalis Chaetomium_globosum Colletotrichum_gloeosporoides Glomerella_cingulata Haloguignardia_irritans Halosphaeria_appendiculata Hypocrea_citrina Kohlmeyeriella_tubulata_PP0989 Kohlmeyeriella_tubulata_PP1105 Leptosphaeria_doliolum Lindra_crassa Lindra_marinera_JK4743 Lindra_marinera_JK5091A Lindra_obtusa_CBS_113030 Lindra_obtusa_IFO_31317 Lindra_thalassiae_JK4322A Lindra_thalassiae_JK5090A Lophiostoma_caulium Lulworthia_cfr_opaca Lulworthia_cfr_purpurea Lulworthia_crassa_IFO32133 Lulworthia_crassa_IFO32134 Lulworthia_fucicola_ATCC_64288 Lulworthia_fucicola_PP1235 Lulworthia_fucicola_PP1249 Lulworthia_grandispora_JK4686 Lulworthia_grandispora_JK5168A Lulworthia_grandispora_JK5255A Lulworthia_grandispora_PP4319 Lulworthia_lignoarenaria_ATCC_64644 Lulworthia_lignoarenaria_IFO_32135 Lulworthia_medusa Lulworthia_sp_ATCC_64289 Lulworthia_sp_JK4843 Lulworthia_sp_JK5332A Lulworthia_sp_JK5393 Lulworthia_sp_JK5401A Lulworthia_sp_KMPB622 Lulworthia_sp_KMPB957 Lulworthia_sp_KMPB958 Lulworthia_sp_KMPB960 Lulworthia_sp_KMPB963 Lulworthia_sp_KMPB965 Lulworthia_sp_KMPB966 Lulworthia_sp_KMPB969 Lulworthia_sp_KMPB970 Lulworthia_sp_KMPB986 Lulworthia_sp_KMPB992 Lulworthia_sp_KMPB994 Lulworthia_sp_KMPB997 Lulworthia_sp_PP0148 Lulworthia_sp_PP2597 Lulworthia_uniseptata_IFO32137 Lulworthia_uniseptata_PP4032 Lulworthia_uniseptata_PP4033 Microascus_trignosporus Petriella_setifera Pleospora_herbarum Setomelanomma_holmii Setosphaeria_monoceras Spathulospora_adelpha Spathulospora_antartica Trematosphaeria_heterospora Xylaria_curta Xylaria_hypxylon Zalerion_maritimum_CBS167_60 Zalerion_maritimum_KMPB14648 Zalerion_maritimum_KMPB150 Zalerion_maritimum_KMPB82 Zalerion_xylestrix ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1402] TITLE '18S+28S rDNA'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2500; DIMENSIONS NCHAR=2391; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 2190 2200 2210 2220 2230 2240 2250 2260 2270 2280 2290 2300 2310 2320 2330 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2400] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Anguillospora_marina 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Bionectria_ochroleuca 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----------------------------------------------------------AAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACC-TTGCTACATGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCCGACTTC--GGAAGGGATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATG-CCTTCGGGGCTCTCTGGTGATTCATAATAACTTCTCGAAT--CA-GGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGCTGGGTCTTGGCCAGCCATGGTGACAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACTCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGAGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTAGCC---GGCCGGTCCGCCTCACCGCGTG-CACTGGCTCGG-CTGGG-CCTTT-CCTTCTGGAG-AACCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTCTGAACAAATTAGATCGCTTAAAGAAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCACATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGATTAGGGATCGGACGATGTTATTTTTT---GACTCGTTCGGCACCTTACGATAAATCAAAATGTTTGGG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCG-CAACAGCTCAAATTTG?TATCTGGCTC-------CGGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGAAGCTTTTGGCACGGCA-CCTACTGAGTCCCCTGGAACGGGGCGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTATAGTGGGATGCCTAGCCTTT--GTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAATGGGAGGTAAATGTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGGGTTAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGTGACCAGACTTGCGCC?GGCTGATCATCCGGTGTTCT-CACCGGTGCACTCTGCCGG-GCTCAGGCCAGCATCGGTTCTCTTGGGGGGATAAAGGCTCGGGGAA-CGTAGCTCCTCC-----GGAGTGTTATAGCCCCGGGTGTAACGCCCTC-GAGGGGACCGAGGTTCGCGCATCT------GCAAGGATGCTGGCGTAATGGTCATCAGCG Chaetomium_globosum 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Colletotrichum_gloeosporoides 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Glomerella_cingulata 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Haloguignardia_irritans ----------------------------CATGTCTAAGTTTAAGCAATT-ATACGGCGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTACTTGGTAGACCC-ATACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGAAAAACCGCAACTTC--GGAAGCGGTGTATTTATTAGATTAAAGACCAACGCCCTTCGGGGCTAACTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCACGGCCTTGCGCCGGCGATGGCTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGACCTTAGTGTAGTGGACTAAAGTGGTTGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACCCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGTAGCGTATGTTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTCGAACCT-GGGCCCCGCGC-AGTCCGGTCCGCCTCACCGCGTG-CACTGGTTCTG-CCGGGGCTTT--CACTA-GGGG-ATTTGCATGCTCTTCACTGGGTGTG-TGAGGAACCTGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGGCGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTA-TGGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATAGTCAGAGGTGAACTTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCCAAAGCATTTGCCTAGGATGTTTTCATTAATCAGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATTTTTT---GACTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTGTGGGTTCCTGGGGGAGTATGGTGGCAACGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTG-GAGCCTGCGGCTTAATTTGACTC-AACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAAT-AGCCCGCGTT-GCTAC-TGCAGCGCGCC-GGCTTCTTAGAGGGACTATCGGC-TCAAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCGACACTGACAGGGCCAGCGAGT--ACTCCCTTGCTTGAAAAAGCCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGACCCAGGGAGGTCGGCAACGACCCCCCAGG-GCCGGAAAGTTATCCGAACTCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAAC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Halosphaeria_appendiculata 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Hypocrea_citrina 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Leptosphaeria_doliolum 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Lindra_crassa 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Lindra_marinera_JK4743 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Lulworthia_uniseptata_PP4033 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Petriella_setifera 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Setomelanomma_holmii 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Xylaria_curta 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Xylaria_hypxylon 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Zalerion_xylestrix ?????????????????????????????????????????????????-????????????????????????????????????????????????????????-???????????????????????????????????????????????????????????--??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?????????????????????????-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????---????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGGGTG-GGC{CG}{CG}TGCGGCTTAATTTGACTC?AACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAAT?AGCCCGTGTT-GCTTT-CGCAGCACGCC-GGCTTCTTAGAGGGACTATCG?C-TCAAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCGACACTGACAGGGCCAGCGAGT--ACTCCCTTGTCCGAAAGGACCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATCCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGGCTCAGGGAGGTCGGCAACGACCACCCAGA-GCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAAC----------------------------TATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTT-------CGGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTCTGGCGACGTG-CCTTCCGAGTCCCCTGGAACGGGGCGCCGAAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGACGCCGAGCCTCT--GTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTAAATTCCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGGGTTAAAAAGTACGTGAAATTGCTGAAAGGGAAGCGCTTGCGACCAGACTCGCGCCTGGCGGATCATCCAGCGTTCT-CGCTGGTGCACTTCGCCTG-GCACGGGCCAGCATCGGTTCGGCGGGGGGGATAAAAGCCC-GGGAAACGTAGCTCCCTCC--GGGGAGTGTTATAGTCCCTCGCCCAATGCTCCC-TGCCGGACCGTGGACCGCGCCTTCGT----GCAAGGATGCTGGCGTAATGGTCGTTAGCG ; END; BEGIN SETS; CHARSET ssu (CHARACTERS = '18S+28S rDNA') = 1-1797; CHARSET lsu (CHARACTERS = '18S+28S rDNA') = 1798-2391; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = '18S+28S rDNA') = N: 1-2391; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = '18S+28S rDNA') = N: 1-2391; END; [ The following blocks are output data for analysis step 2500 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7275; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2500; TREE Fig._2 = [&R] ((((((Anguillospora_marina,Lindra_obtusa_CBS_113030,Lindra_obtusa_IFO_31317),((Haloguignardia_irritans,(((Lulworthia_cfr_purpurea,Lulworthia_sp_PP2597),Lulworthia_medusa),(((Lulworthia_uniseptata_IFO32137,Lulworthia_uniseptata_PP4032),Lulworthia_uniseptata_PP4033),(Zalerion_maritimum_CBS167_60,(Zalerion_maritimum_KMPB14648,(Zalerion_maritimum_KMPB150,(Zalerion_maritimum_KMPB82,Zalerion_xylestrix))))))),((((((((Kohlmeyeriella_tubulata_PP0989,Kohlmeyeriella_tubulata_PP1105),(Lulworthia_crassa_IFO32133,Lulworthia_crassa_IFO32134)),(((((Lulworthia_grandispora_JK4686,Lulworthia_grandispora_JK5255A),Lulworthia_grandispora_JK5168A),Lulworthia_sp_JK5401A),Lulworthia_grandispora_PP4319),(Spathulospora_adelpha,Spathulospora_antartica))),((Lindra_crassa,((Lindra_marinera_JK4743,Lindra_thalassiae_JK4322A),Lindra_marinera_JK5091A,Lindra_thalassiae_JK5090A)),(Lulworthia_sp_JK4843,(Lulworthia_sp_JK5332A,Lulworthia_sp_JK5393)))),(Lulworthia_lignoarenaria_ATCC_64644,Lulworthia_lignoarenaria_IFO_32135)),(Lulworthia_cfr_opaca,(Lulworthia_sp_KMPB622,((Lulworthia_sp_KMPB965,Lulworthia_sp_KMPB966),Lulworthia_sp_KMPB997)))),((((Lulworthia_sp_ATCC_64289,Lulworthia_sp_PP0148),Lulworthia_sp_KMPB986),Lulworthia_sp_KMPB969),Lulworthia_sp_KMPB970)),(((((((Lulworthia_fucicola_ATCC_64288,Lulworthia_fucicola_PP1235),Lulworthia_fucicola_PP1249),Lulworthia_sp_KMPB957,Lulworthia_sp_KMPB992),Lulworthia_sp_KMPB958),Lulworthia_sp_KMPB963),Lulworthia_sp_KMPB994),Lulworthia_sp_KMPB960)))),(Xylaria_curta,Xylaria_hypxylon)),((((Aniptodera_chesapeakensis,Halosphaeria_appendiculata),(Microascus_trignosporus,Petriella_setifera)),(Colletotrichum_gloeosporoides,Glomerella_cingulata)),(Bionectria_ochroleuca,Hypocrea_citrina))),(Cercophora_septentrionalis,Chaetomium_globosum)),(((Leptosphaeria_doliolum,Setomelanomma_holmii),(Pleospora_herbarum,Setosphaeria_monoceras)),(Lophiostoma_caulium,Trematosphaeria_heterospora))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2120] END;