#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 8:17 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fisher K. 2005. Monography and the PhyloCode: a practical example from the moss clade Leucophanella. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1371] [ The following blocks are input data for analysis step 2576 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2576; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Syrrhopodon_involutus_Australia_972 Syrrhopodon_involutus_Borneo_815 Syrrhopodon_involutus_Fiji_417 Syrrhopodon_involutus_Fiji_987 Syrrhopodon_involutus_Fiji_993 Syrrhopodon_involutus_Madagascar_941 Syrrhopodon_involutus_Madagascar_973 Syrrhopodon_involutus_Malaysia_346 Syrrhopodon_involutus_Marquesas_917 Syrrhopodon_involutus_Moorea_458 Syrrhopodon_involutus_Niue_1018 Syrrhopodon_involutus_PNG_1017 Syrrhopodon_involutus_PNG_936 Syrrhopodon_involutus_Raiatea_457 Syrrhopodon_involutus_Samoa_406 Syrrhopodon_involutus_Seychelles_976 Syrrhopodon_involutus_Sulawesi_1014 Syrrhopodon_involutus_Sulawesi_1015 Syrrhopodon_involutus_Tahiti_813 Syrrhopodon_revolutus Syrrhopodon_trachyphyllus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1468] TITLE 'Leucophanella rps4+morphology'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2576; DIMENSIONS NCHAR=702; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "A C G T 0 1 2 3 4 5" MISSING=? 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Syrrhopodon_trachyphyllus ?????????ATCGAGGACCTCGTGTAAAAATAATACGTCGTTTAGGAACTTTATCAGGACTAACTAATAAAACA---CCCCAGTTAAAATCTAGTTCTATTAATCAATCAACATCTAGTAAAAAAATTTCTCAATATCGTATTCGTTTAGAAGAAAAACAAAAATTACGTTTTCATTATGGGTTAACCGAACGACAGTTATTAAATTATGTACGTATTGCTAGAAAAGTAAAAGGATCGACTGGACAAGTTTTATTACAATTACTAGAAATGCGTTTAGATAATATTATTTTTCGATTAGGTCTAGCTCCTACAATTCCTGGAGCAAGGCAATTAGTAAATCATAGACATATTTTAGTTAATAATCGTATAGTAAATATCCCAAGTTATCAGTGTAAACCTCAAGACTTTATTACTATAAAAGATCAACAAAAATATCAAACAATGATTATTAAAAATACAAGTTTTTTTTCAAAACATAAAACACCAAATCATTTAATATTTAATTCTGTAGAAAAAAAAGGATTTGTTAATCAGATCTTAGATCACGAATCAATTGGTTTAAAAATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATACTATTCTCGTCAGGCTTAATGAACAGATAATAATAA?????????????????????????????????????????????????????????20020000000000?10 ; END; BEGIN SETS; CHARSET spacer (CHARACTERS = 'Leucophanella rps4+morphology') = 621-685; CHARSET primer (CHARACTERS = 'Leucophanella rps4+morphology') = 1-77; CHARSET indels (CHARACTERS = 'Leucophanella rps4+morphology') = 701-702; CHARSET morph (CHARACTERS = 'Leucophanella rps4+morphology') = 686-700; CHARSET rps4 (CHARACTERS = 'Leucophanella rps4+morphology') = 78-685; END; [ The following blocks are output data for analysis step 2576 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7351; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2576; TREE Fig._5 = [&R] ((((((Syrrhopodon_involutus_Raiatea_457,Syrrhopodon_involutus_Moorea_458,Syrrhopodon_involutus_Tahiti_813,Syrrhopodon_involutus_Marquesas_917),Syrrhopodon_involutus_Niue_1018,Syrrhopodon_involutus_Fiji_417,Syrrhopodon_involutus_Fiji_987,Syrrhopodon_involutus_Fiji_993),(Syrrhopodon_involutus_PNG_936,Syrrhopodon_involutus_Sulawesi_1015,Syrrhopodon_involutus_Sulawesi_1014)),(Syrrhopodon_involutus_Malaysia_346,Syrrhopodon_involutus_Borneo_815,Syrrhopodon_involutus_Seychelles_976,Syrrhopodon_involutus_Madagascar_973,Syrrhopodon_involutus_Australia_972,Syrrhopodon_involutus_Madagascar_941,Syrrhopodon_involutus_PNG_1017)),(Syrrhopodon_involutus_Samoa_406,Syrrhopodon_revolutus)),Syrrhopodon_trachyphyllus); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2143] END;