#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Roy B., Vogler D., Bruns T., & Szaro T. 1998. Cryptic Species in the Puccinia monoica
complex. Mycologia, 90(5): 846-853.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S294]

[ The following blocks are input data for analysis step 264 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep264;
        DIMENSIONS NTAX=13;
        TAXLABELS
            Puccinia_consimilis_on_A._crand
            Puccinia_monoica_on_A._demissa
            Puccinia_monoica_on_A._drummond
            Puccinia_monoica_on_A._hirsuta
            Puccinia_monoica_on_A._holboell
            Puccinia_monoica_on_A._perennan
            Puccinia_monoica_on_A._sparsifl
            Puccinia_monoica_on_S._linifoli
            Puccinia_thlaspeos_on_A._brewer
            Puccinia_thlaspeos_on_A._demiss
            Puccinia_thlaspeos_on_A._gunnis
            Puccinia_thlaspeos_on_A._holboe
            Puccinia_thlaspeos_on_P._fremon
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2856]

	TITLE 'ITS-1, 5.8S, ITS-2';
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep264;
	DIMENSIONS NCHAR=713;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -;

MATRIX
[                                           10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720  ]
[                                            .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .  ]
Puccinia_consimilis_on_A._crand     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAATTGTGGCTCGAACCCTTTTA-AATACCACCCAAATTTTTAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGAGAA-TCATTGCAATTGAGTAAAAGTAA--CTTCTTTATTGAATGTTACATTACCCCC--TCTTTTCTTTTTACTCTTTTTTC-CAAAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTGAAATAT-ATAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCAATACTTGCCATCTTTATTTTAGTTTCTTGACTCCTAAAAACTATAATGAT-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_monoica_on_A._demissa      ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAATTGTGGCTCGAACCCTTTTA-AATACCACCCAAATTTTTAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGAGAA-TCATTGCAATTGAGTAAAAGTAA--CTTCTTTATTGAATGTTACATTACCCCC--TCTTTTCTTTTTACTCTTTTTTC-CAAAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTGAAATAT-ATAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCAATACTTGCCATCTTTATTTTAGTTTCTTGACTCCTAAAAACTATAATGAT-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_monoica_on_A._drummond     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAACTGTGACTCAAACCCTTTT-CAATATTACCCAA-TTTTCAAGACTTGGTTGCATGAT-----ATAAATCATTGCAATTGAGTAAAAGTGACA-TTCTTTACTGAATGTTACAT{CT}ACCCCCCC-CTTTT-------C-CTTTTTTTTTATAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATAAAAATAATTTGTTTT-TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTTAAATATTACAAGTTATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGTGATACTTGCCATCTTTATTTTATATA--TGACTCCTAAAAA--A-AATAAT-CAAT---TAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTNNNNN
Puccinia_monoica_on_A._hirsuta      ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTGACTGTGGCTCAAACCCTTTT-CAATATTACCCAA-TTTTCAAGACTTGGTTGCATGAT---AGATAAATCATTGCAATTGAGTAAAAGTAACACTTCTTTACTGAATGTTACATTACCCCCCC-CTTT-------ACTCTTTTT----ATCATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTCTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATATTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCGCTTTAAATATT-CAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCCATACTTGCCATCTTTCTTTTA------TGACTCCTAAACACCATCATAAT-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_monoica_on_A._holboell     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTGACTGTGGCTCAAACCCTTTT-CAATATTACCCAA-TTTTCAAGACTTGGTTGCATGAT-------AAATCATTGCAATTGAGTAAAAGTAACACTTCTTTACTGAATGTTACATTACCCCCCC-CTTT-------A-TCTTTTT----ATCATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTCTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCGCTTTAAATATT-CAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCCATACTTGCCATCTTTCTTTTA------TGACTCCTAAACACCATCATAATTCATTTT-TAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_monoica_on_A._perennan     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAATTGTGGCTCAAACCCTTTTA-AATACCACCCAAATTTTTAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGAGAA-TCATTGCAATTGAGTAAAAGTAA--CTTCTTTATTGAATGTTACATTACCCCC--TCTTTTCTTTTTACTCTTTTTTC-CAAAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTGAAATAT-ATAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCAATACTTGCCATCTTTATTTTAGTTTCTTGACTCCTAAAAACTATAATGAT-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_monoica_on_A._sparsifl     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAATTGTGGCTCGAACCCTTTTA-AATACCACCCAAATTTTTAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGAGAA-TCATTGCAATTGAGTAAAAGTAA--CTTCTTTATTGAATGTTACATTACCCCC--TCTTTTCTTTTTACTCTTTTTTT-CAAATTACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTGAAATAT-ATAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCAATACTTGCCATCTTTATTTTAGTTTCTTGACTCCTAAAACCTATAATGAA-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_monoica_on_S._linifoli     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAACTGTGGCTCAAACCCTTTTTCAATATTACCCAA-TT--CAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGA-AAATCATTGCAATTGAGTAAAAGTAACA-TTCTTTACTGAATGTTACATTACCCCCCCTCTTT-------A-TCTTTTTT---ATAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAA{AC}CCTCTCATAAAAATAATTTGTTTTATTTTTTTATGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTTAAATAT-ATAAGTCATTTTTTGAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAAATATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCCATACTTGCCATCTTTATTTTATGTA--TGACTCCTAAAAACCATCATGAT-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_thlaspeos_on_A._brewer     ATTAAAAGAACTAGAGTGTACTTAATTGTGGCTCGAACCCTTTTA-AATACCACCCAAATTTTTAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGAGAA-TCATTGCAATTGAGTAAAAGTAA--CTTCTTTATTGAATGTTACATTACCCCC--TCTTTTCTTTTTACTCTTTTTTT-CAAAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACACACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTGAAATAT-ATCAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCAATACTTGCCATCTTTATTTTAGCTTCTTGACTCCTAAAACCTATAATGAA-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_thlaspeos_on_A._demiss     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAATTGTGGCTCGAACCCTTTTA-AATACCACCCAAATTTTTAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGAGAA-TCATTGCAATTGAGTAAAAGTAA--CTTCTTTATTGAATGTTACATTACCCCC--TCTTTTCTTTTTACTCTTTTTTC-CAAAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAAACCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTGAAATAT-ATAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCAATACTTGCCATCTTTATTTTAGTTTCTTGACTCCTAAAAACTATAATGAT-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_thlaspeos_on_A._gunnis     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAATTGTGGCTCGAACCCTTTTA-AATACCACCCAAATTTTTAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGAGAA-TCATTGCAATTGAGTAAAAGTAA--CTTCTTTATTGAATGTTACATTACCCCC--TCTTTTCTTTTTACTCTTTTTTC-CAAAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAAACCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTGAAATAT-ATAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCAATACTTGCCATCTTTATTTTAGTTTCTTGACTCCTAAAAACTATAATGAT-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_thlaspeos_on_A._holboe     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAATTGTGGCTCGAACCCTTTTA-AACACCACCCAAATTTTTAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGAGAA-TCATTGCAATTGAGTAAAAGTAA--CTTCTTTATTGAATGTTACATTACCCCC--TCTTTTCTTTTTACTCTTTTTTC-CAAAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAAACCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAACCTCTCATAAAAATAATTTGTTT--TATTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTGAAATAT-ATAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCAATACTAGCCATCTTTATTTTAGTTTCTTGACTCCTAAAAACTATAATGAT-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
Puccinia_thlaspeos_on_P._fremon     ATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTAATTGTGGCTCGAACCCTTTTA-AATACCACCCAAATTTTTAAGACTTGGTTGCATGATTTGAGAGAA-TCATTGCAATTGAGTAAAAGTAA--CTTCTTTATTGAATGTTACATTACCCCC--TCTTTTCTTTTTACTCTTTTTTTTCAAAATACACAAGTTTAAATGAATGTAAAA-CCCCCTTTAATTATAAAATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATAAAAATAATTTGTTT-ATTTTTTTGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTGAACCACAGCTCACTTGAAATAT-ATAAGTCATTTTT-GAGATAAAGTTGGATTGACTTGGTGTAATAA-TATTACCA{CT}{CT}ACATCAAGGAAAGTAGCAATACTTGCCATCTTTATTTTAGTTTCTTGACTCCTAAAAACTATAATGAT-CATTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAAT
;
END;

[ The following blocks are output data for analysis step 264 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb5044;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep264;
      TREE Fig._2 = [&R] (((Puccinia_thlaspeos_on_A._holboe,Puccinia_thlaspeos_on_A._demiss,Puccinia_consimilis_on_A._crand,Puccinia_monoica_on_A._demissa,Puccinia_monoica_on_A._perennan,Puccinia_thlaspeos_on_A._gunnis),(Puccinia_thlaspeos_on_A._brewer,Puccinia_monoica_on_A._sparsifl),Puccinia_thlaspeos_on_P._fremon),((Puccinia_monoica_on_A._drummond,(Puccinia_monoica_on_A._holboell,Puccinia_monoica_on_A._hirsuta)),Puccinia_monoica_on_S._linifoli));
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1411]


END;