#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Christova P., Kostov K.V., Lyubenova A., & Slavov S. 2020. Phytophthora sp. kelmania
x P. sansomeana – a new hybrid from subclade 8a found in Bulgaria. Mycologia,
.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S26232]

[ The following blocks are input data for analysis step 27234 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep27234;
        DIMENSIONS NTAX=14;
        TAXLABELS
            Phytophthora_cryptogea_CBS113.19
            Phytophthora_cryptogea_CBS290.35
            Phytophthora_drechsleri_CBS292.35
            Phytophthora_erythroseptica_CBS129.23
            Phytophthora_medicaginis_CBS117685
            Phytophthora_primulae_P10333
            Phytophthora_pseudocryptogea_VH16118
            Phytophthora_ramorum_P10301
            Phytophthora_samsomeana_NBRC31624
            Phytophthora_sansomeana_CBS957.87
            Phytophthora_sp._RLKam2016_61c
            Phytophthora_sp._RLKam2016_63b
            Phytophthora_sp._kelmania_GF543
            Phytophthora_sp._kelmania_P10613
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M55860]

	TITLE Phytophthora_COXI;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep27234;
	DIMENSIONS NCHAR=619;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                                 10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620  ]
[                                                  .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .  ]
Phytophthora_cryptogea_CBS113.19          GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCCCACGCTTTTATAATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCGTTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCAGGAGCAGGTACAGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCATCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCGTTATTAGGTGCAATTAACTTTATTTCAACTATTTATAACATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATCGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACGTTACCTGTATTAGCCGGAGCAATTACCATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGTGATCCTGTATTATATCAA-
Phytophthora_cryptogea_CBS290.35          GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCCCACGCTTTTATAATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCGTTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCAGGAGCAGGTACAGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCATCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCGTTATTAGGTGCAATTAACTTTATTTCAACTATTTATAACATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATCGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACGTTACCTGTATTAGCCGGAGCAATTACCATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGTGATCCTGTATTATATCAA-
Phytophthora_drechsleri_CBS292.35         GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCCCACGCTTTTATTATGGTTTTTTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCGGGTGCCGGTACCGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGACCATCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCACCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACCTTACCTGTATTAGCTGGAGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACGTCTTTTTATGATCCATCAGGTGGGGGTGATCCAGTATTATATCAA-
Phytophthora_erythroseptica_CBS129.23     GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCCCACGCTTTTATAATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCGTTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCAGGAGCAGGTACAGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCATCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCGTTATTAGGTGCAATTAACTTTATTTCAACTATTTATAACATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATCGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACGTTACCTGTATTAGCCGGAGCAATTACCATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGTGATCCTGTATTATATCAA-
Phytophthora_medicaginis_CBS117685        GTAGGTACAACATTATCCCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCTGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCTCACGCTTTTATCATGGTTTTCTTCTTAGTTATGCCCGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCCCCGGCATTATTATTATTAGTTTCTTCTGCTATTGTTGAATCTGGTGCTGGTACTGGTTGGACCGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCACCTGGTTTAAGTTTTCACAGATTACCCTTATTCGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACCTTACCGGTATTAGCTGGAGCAATTACTATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCGTTTTATGATCCATCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAA-
Phytophthora_primulae_P10333              ATTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAGATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTAGTTACAGCACATGCATTTATTATGGTTTTTTTTTTAGTAATGCCCGCTTTAATTGGTGGATTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCATTATTACTGTTAGTTTCTTCAGCAATTGTTGAATCCGGCGCAGGTACTGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACATTCAGGACCTTCTGTAGATTTAGCAATTTTTAGTTTACATTTAACAGGGATTTCTTCATTATTAGGAGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATCGTTTACCTTTATTTGTATGGTCGATCTTAATTACGGCTTTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGCGCTATTACGATGCTATTAACAGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGACCCATCAGGTGGAGGTGATCCTGTATTATATCAA-
Phytophthora_pseudocryptogea_VH16118      GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCCCACGCTTTTATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACCGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCCTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCGTTATTAGGTGCAATTAACTTTATTTCAACTATTTATAACATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATCGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCCGTATTAGCAGGAGCAATTACTATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAA-
Phytophthora_ramorum_P10301               GTTGGTACAACCTTATCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGTAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCACATGCTTTTATCATGGTTTTTTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGTGGGTTTGGTAACTGGTTTGTACCTTTAATGATAGGTGCTCCAGATATGGCATTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCGGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTAGAATCTGGAGCTGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCTTTATCAAGTGTACAAGCACATTCAGGACCTTCTGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGCGAGCTCCTGGTTTAAGTTTCCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCTGTTTTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCAGGCGGAGGTGATCCTGTGTTATATCAA-
Phytophthora_samsomeana_NBRC31624         GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATAAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACAGCCCACGCTTTTATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCAGCATTAATCGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACTGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACGGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCACCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCCGTATTAGCTGGGGCAATTACTATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGACCCATCTGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAA-
Phytophthora_sansomeana_CBS957.87         GTTGGTCCAACATTATCTCTTTTAATCAGCATGGAATTAGCACAACCAGGT{AC}ATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACAGCCCACGCTTTTATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCAGCATTAATCGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACTGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACGGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCACCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCCGTATTAGCTGGGGCAATTACTATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGACCCATCTGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAA-
Phytophthora_sp._RLKam2016_61c            GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTGACCGCCCACGCTTTTATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCTGGTGCTGGTACAGGTTGGACCGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCGTTATTAGGTGCAATTAACTTTATTTCAACTATTTATAACATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATCGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCTGTATTAGCCGGAGCAATTACTATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAA-
Phytophthora_sp._RLKam2016_63b            GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCCCACGCTTTTATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACCGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCCTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCGTTATTAGGTGCAATTAACTTTATTTCAACTATTTATAACATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATCGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCCGTATTAGCAGGAGCAATTACTATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAA-
Phytophthora_sp._kelmania_GF543           GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTGACCGCCCACGCTTTTATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCTGGTGCTGGTACAGGTTGGACCGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCGTTATTAGGTGCAATTAACTTTATTTCAACTATTTATAACATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATCGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCTGTATTAGCCGGAGCAATTACTATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAA-
Phytophthora_sp._kelmania_P10613          GTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATCCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTGGTGACCGCCCACGCTTTTATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATTGTTGAATCTGGTGCTGGTACAGGTTGGACCGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCGTTATTAGGTGCAATTAACTTTATTTCAACTATTTATAACATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATCGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCTGTATTAGCCGGAGCAATTACTATGTTGTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAA-
;
END;

[ The following blocks are output data for analysis step 27234 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Phytophthora_COXI;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep27234;
      TREE con_50_majrule = [&R] (Phytophthora_primulae_P10333:0.03559208,(Phytophthora_ramorum_P10301:0.05135467,(Phytophthora_drechsleri_CBS292.35:0.01281016,(Phytophthora_medicaginis_CBS117685:0.02803329,((Phytophthora_samsomeana_NBRC31624:0.002536346,Phytophthora_sansomeana_CBS957.87:0.003914072):0.01456986,((Phytophthora_sp._RLKam2016_63b:0.001018809,Phytophthora_pseudocryptogea_VH16118:0.00102979):0.004147798,(Phytophthora_sp._kelmania_GF543:9.820391E-4,Phytophthora_sp._RLKam2016_61c:9.23426E-4,Phytophthora_sp._kelmania_P10613:0.002433909):0.004315716,(Phytophthora_cryptogea_CBS113.19:9.750337E-4,Phytophthora_cryptogea_CBS290.35:9.506171E-4,Phytophthora_erythroseptica_CBS129.23:0.001115134):0.01464051):0.01473297):0.00435752):0.008018598):0.01794459):0.03559208);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr125542]


END;