#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Huyse T., & Volckaert F. 2005. Comparing Host and Parasite Phylogenies: Gyrodactylus
Flatworms Jumping from Goby to Goby. Systematic Biology, 54(5): 710-718.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1470]

[ The following blocks are input data for analysis step 2849 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep2849;
        DIMENSIONS NTAX=14;
        TAXLABELS
            Gyrodactylus_arcuatoides
            Gyrodactylus_arcuatus
            Gyrodactylus_branchialis
            Gyrodactylus_branchicus
            Gyrodactylus_cf._longidactylus
            Gyrodactylus_cf._micropsi_1
            Gyrodactylus_cf._micropsi_2
            Gyrodactylus_flavescensis
            Gyrodactylus_gondae
            Gyrodactylus_micropsi
            Gyrodactylus_ostendicus
            Gyrodactylus_rugiensis
            Gyrodactylus_rugiensoides
            Gyrodactylus_sp.
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1035]

	TITLE All_Parasites_SOAP_alignment;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2849;
	DIMENSIONS NCHAR=678;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                          10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660       670        ]
[                                           .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .        ]
Gyrodactylus_arcuatoides           AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTG-GCCTGGGATAT-CGTGGATTTATTCAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTACCTCGGTACTACATAGATAGTGTCGTCGTCTGCGA--TTGCCTCACGGCTAGCCTCGACATTATGCACTGCTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAAAACTTAATTATTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCCTTACAGACCCCCA-ACTCGTTTACGGTGCAATGGGG-GTGT-AGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTACTTTGTAACGCTGTACTGATGTTG-TTTGCATAACTTGTTC
Gyrodactylus_arcuatus              AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTG-GTCTGGGATAC-CGTGGGTTTATCCAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTACTTCGGTACTGCATAGATAGTGCAGTTGTCTGCGC--TTGCCTCACGGCTAGCTTCGGCACTATGCACTGTTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCGCAACTTAATTCTGCGTGGATTGGGAAGTTTACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCCTTACAGACCCCCG-ACTCGTA-ACGGTCCTATGGGG-GTGG-AGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTACTTTGTAACGCTGTACTGATGTAG-TTTGCATAGCTTGTTC
Gyrodactylus_branchialis           AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTG-GCCTGGGATAT-CGTGGATTTATTCAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTGCCTCGGTACTACATAGATAGTGTCGTCGTCTGCGA--TAGCCTCACGGCTAGCCTCGACACTATGCACTGCTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAAAACTTAATTATTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCCTTACAGACCCCCA-ACTCGTTTACGGTGCAATGGGG-GTGT-AGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTACTTTGTAACGCTGTACTGATGTTG-TTTGCATAGCTTGTTC
Gyrodactylus_branchicus            AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTG-GTCTGGAACAT-CTCGGGTTTATCTAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTATGTGGTACTTCGGTATTGCGTAGATAGTGTAGTTGTCTGCGA--TTGCTTCACAGCTAGCTTCGACTCTATGCACTGTTATGCCCTTAACCGGGTGTTCAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTCCATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCGAAACTTAATTATTCGCGGATTGGGAAGCTTACCATGACTACGCGTTTAAACTGTTCTTTGCAGACCACCATACACGTATACGGTTTGATGAGGTGTGT-AGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAATATGAGCAGTACTGTTATGTACGTTAATGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTACTTTGTAACGCTGTACTGTTGTAG-TTTGCATAGCATGTTC
Gyrodactylus_cf._longidactylus     AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGTGTTTGGAGACTGCTTGGGTATATCTGAGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGCATAGGGCTTCGGCTTTGTGTGGATAGTGGCGTTGTGTGTGGACTTCC-TCACGGGGACCTTCGTTACTATACGCTGTAATGCCTTTAACCGGGTGTTCAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTCCATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAAACTGCTCCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTAAGGGCTTGCTCTTAGCCACGTTCGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAACGCTTAATTAGTTGCGGATTGGGAAGTATACCATGACTACGCGATTT-CTTGTTGGCTAAAGACCTTTCTACACGTTGGCGGTTTGAGTGATTGTGCATGTAGTTCTAGTGGTTCTTCCTTAATTGTATGGATAGTATTGCTGCATAC-ATTATGCTCTGCACAGGGTGCGTGGCTTAGT-CTTTGTAACGCTGTACTGTTGTAGATTTGTGTAGCATATCC
Gyrodactylus_cf._micropsi_1        AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGTGTTTGGAGACTGCTTGGGTATATCTGAACCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGCATAGGGCTTCGGCTTTGTGTGGATAGTTTCGTTGTGTGTGAGCTTCC-TCACGGGGACCTTCGTTACTATACGCTGTAATGCCTTTAATCGGGTGTTCAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTCCATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAAACTGCTCCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTAAGGGCTTGCTCTTAGCCACGTTCGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAACGCTTAATTAGTTGCGGATTGGGAAGTATACCATGACTACGCGATTT-CTTGTTGTCTAAAGACCTTTATTCACGTTGGCGGTTTGGGTGATTGTGT-TGTAGTTCTAGTGGTTCTTCCTTAATTGTATGGGTAGTGTTGTTGCATAC-TTTATGCTCTGCACAGGGTGCGTGGCTTAGT-CTTTGTAACGCTGTACTGATGTAGATTTGTGTGGCATACCC
Gyrodactylus_cf._micropsi_2        AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGTGTTTGGAGACTGCTTGGGTATATCTGAACCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGCATAGGGCTTCGGCTTTGTGTGGATAGTTTCGTTGTGTGTGAGCTTCC-TCACGGGGACCTTCGTTACTATACGCTGTAATGCCTTTAATCGGGTGTTCAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTCCATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAAACTGCTCCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTAAGGGCTTGCTCTTAGCCACGTTCGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAACGCTTAATTAGTTGCGGATTGAGAAGTATACCATGACTACGAGATTT-CTTGTTGCCTAAAGACCTTTATACACGTTGGCGGTTTGGGTGATTGTCT-TGTAGTTCTAGTGGTTCTTCCTTAATTGTATGGGTAGTGTTGTTGCATAC-TTTCTGCTCTGCACAGGGTGCGTGGCTTAGT-CTTTGTAACGCTGTACTGATGTAGTTTTGTGTAGCATACCC
Gyrodactylus_flavescensis          AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTG-GCCTGGGATAT-CGTGGATTTATTCAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTACCTCGGTACTACATAGATAATGTCGTCGTCTGCGA--TTGCCTCACGGCTAGCCTCGACATTATGCACTGCTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAAAACTTAATTATTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCCTTACAGACCCCCA-ACTCGTTTACGGTGCGATGGGG-GTGT-AGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTACTTTGTAACGCTGTACTGATGTGG-TTTGCATAGCTTGTTC
Gyrodactylus_gondae                AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTG-GCCTGGGATAT-CGTGGATTTATTCAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTACCTCGGTACTACATAGATAATGTCGTCGTCTGCGA--TTGCCTCACGGCTAGCCTCGACATTATGCACTGCTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATTGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAAAACTTAATTATTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCCTTACAGACCCCCA-ACTCGTTTACGGTGCAATGGGG-GTGT-AGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTACTTTGTAACGCTGTACTGATGTAG-TTTGCATAGCTTGTTC
Gyrodactylus_micropsi              AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGTGTTTGGAGACTGCTTGGGTATATCTGAACCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGCATAGGGCTTCGGCTTTGTGTGGATAGTTTCGTTGTGTGTGAGCTTCC-TCACGGGGACCTTCGTTACTATACGCTGTAATGCCTTTAATCGGGTGTTCAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTCCATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAAACTGCTCCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTAAGGGCTTGCTCTTAGCCACGTTCGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAACGCTTAATTAGTTGCGGATTGGGAAGTATACCATGACTACGCGATTT-CTTGTTGTCTAAAGACCTTTAAACACGTTGGCGGTTTGGGTGATAGTGT-TGTAGTTCTAGTGGTTCTTCCTTAATTGTATGGGTAGTGTTGTTGCATAC-TTTATGCTCTGCACAGGGTGCGTGGCTTAGT-CTTTGTAACGCTGTACTGATGTAGATTTGTGTGGCATACCC
Gyrodactylus_ostendicus            AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCAG-GCCTGGGATAT-CGTGGATTTATCCAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTACTTCGGTACTACATAGATAATATCGTCGTCTGCGA--TTGCCTCACGGCTAGCCTCGATATTATGCACTGTTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAAAACTTAATTATTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCCTTACAGACCCCCA-ACTCGTTTACGGTGCAATGGGG-GTGT-AGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTACTTTGTAACGCTGTACTGATGTGG-TTTGCATAGCATGTTC
Gyrodactylus_rugiensis             AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGTGTTTGGGTTCTGCTTGGGTATACCTGAGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGCATAGGGTTTCGGCCTTGTGTGGATAGTTTCGTTGTGCGTGGATTTCC-TCACGGGGGCCTTCGTTACTATACGCTGTAATGCCTTTATTCGGGTGTTCAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTCCATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAAACTGCTCCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTAAGGGCTTGCTCTTAGCCACGTTCGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGTAACGCTTAATTAGTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTGCGAGGTTT-CTTGTTGATTAAAGACCTTTATACACGTTGGCGGTTTGAGTGTTAGTGC-TGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATTGTATGGGTAGTATTGTTGCATAC-TTAATGCTCTGCACAGGGTGCGTGGCTTAGT-CTTTGTAACGCTGTACTGCTGTAGATTTATGTAGCATACCC
Gyrodactylus_rugiensoides          AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGTGTTTGGGTTCTGCTTGGGTATATCTGAGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGCATAGGGTTTCGGCCTTGTGTGGATAGTTTCGTTGTGCGTGGACTTCC-TCACGGGGGCCTCCGTTACTATACGCTGTAATGCCTTTAATCGGGTGT-CAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTCCATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAAACTGCTCCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTAAGGGCTTGCTCTTAGCCACGTTCGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGTAACGCTTAATTAGTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGAGGTTT-CTTGTTGACTAAAGACCTTTATACACGTTGGCGGTTTGAGTGTTAGTGC-TGTAGTTCTAGTGGTTCTTCCTTAATTGTATGGGTAGTATTGTTGCATAC-TTAATGCTCTGCACAGGGTGCGTGGCTTAGT-CTTTGTAACGCTGTACTGCTGTAGATTTATGTAGCATACCC
Gyrodactylus_sp.                   AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTG-GCCTGGGATAT-CGTGGATTTATTCAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTACCTCGGTACTACATAGATAGTGTCGTCGTCTGCGA--TTGCCTCACGGCTAGCCTCGACATTATGCACTGCTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGCAAAACTTAATTATTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCCTTACAGACCCCCA-ACTCGTTTACGGTGCAATGGGG-GTGT-AGTAGCTCTACTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTACTTTGTAACGCTGTACTGATGTAG-TTTGCATAGCTTGTTC
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = All_Parasites_SOAP_alignment) = 
		N: 1-678;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = All_Parasites_SOAP_alignment) = 
		N: 1-678;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 2849 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb7622;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2849;
      TREE All_Parasites = [&R] (((Gyrodactylus_rugiensis,Gyrodactylus_rugiensoides),(Gyrodactylus_cf._longidactylus,(Gyrodactylus_cf._micropsi_2,(Gyrodactylus_micropsi,Gyrodactylus_cf._micropsi_1)))),Gyrodactylus_branchicus,Gyrodactylus_arcuatus,(Gyrodactylus_ostendicus,(Gyrodactylus_flavescensis,(Gyrodactylus_gondae,((Gyrodactylus_sp.,Gyrodactylus_arcuatoides),Gyrodactylus_branchialis)))));
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2371]


END;