#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 10, 2025; 23:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Zeng L., Jacobs M., & Swalla B. 2006. Coloniality has evolved once in Stolidobranch Ascidians. Integrative and Comparative Biology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1496] [ The following blocks are input data for analysis step 2901 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2901; DIMENSIONS NTAX=19; TAXLABELS Boltenia_villosa Botrylloides_violaceus Botryllus_planus Botryllus_schlosseri Ciona_intestinalis Ciona_savignyi Cnemidocarpa_finmarkiensis Dendrodoa_grossularia Doliolum_nationalis Halocynthia_igaboja Halocynthia_roretzi Metandrocarpa_taylori Polycarpa_papillata Polycarpa_pomaria Pyura_haustor Styela_gibbsii Styela_montereyensis Styela_plicata Symplegma_viride ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1083] TITLE Tunicates_Mitochondrial_Cytb_partial_Gene; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2901; DIMENSIONS NCHAR=451; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Boltenia_villosa ----GTTTTTT---TGGGGG---CAAAGAGGTTTTGAAGAGTCT---GTGATCCCAAATTTATTAAGTGCTATCCCTTTTATTGGAGGTGATATTGTTTATTGGGTTTGGAGGGGCTTTTTTGTTGGAGGGGCAACTTTAACCCGATTTTATACTTTTCATTTTCTTTTCCCATTTATTTTAGTGGTTCTTTCTATACTTCATTTAGTTTTTTTACATGAGGGTAGAAGTAGCAATCCGTTAAAAAGAACTAATAATAGTTTTAAGGTTTGGTTTTGACCTTATAATGGAGTTAAAGATATATTTAGATTATTGTTTATTTTAATTAGGTTGGTCTTTGTTGTTTTTTTTTTCCCTAACTTGTTAACAGATCCAGAAAATTATATGTCAGCGAATCCATCGTACTCCTACCCACCCTTAAACCCGTT------------------------ Botrylloides_violaceus --TTTTTTTTTGTTTGGGGG---GAAATGAGGTTTTGAAGGGCGACCGTAATTACCAATTTTTTAAGTGTTAACCCCGTGTATAGAACAGATATTGTTAATTGAATTTGAAGAAGGTATTCTGTGAGAGGGCCAACCCTTACTCGGTTATACACTTTTCACTATCTTTTTCCATTTGTTGTTGTAGTTTTAAGTTTATTACATTTAATTTTTCTCCATCGAACAGGAAGCTCTAACCCTATTCAAGTTTCATCAGTTTCCTTGACAATACATTTTTGGCACTATAGCAGGGTGAGAGATGTTCTAAGATACTTTGTAGTTTTCTTGTTTTTTTTCTGTGTAGCGTTTTTCTATCCTACTGTGTTTATGGATCCTGAGAATTTTATAAAGGCTAACCCTATGGTCACTCCGGTACACATTAAGCTA-------------------------- Botryllus_planus --TTTTTTTTTGTTTGGGGG---GAAATGAGGTTTTGAAGGGCGACCGTAATTACCAATTTTTTAAGTGTTATCCCCGGGTATAGAAGAGATATTGTTAATTGAATTTGAAGAAGGTATTCTGTGAGAGGGCCAACCCTTACTCGGTTTTACACTTTTCACTTTCTTTTTCCATTTGTGATTGTAGTTTTAAGTTTATTACATTTAATTTTTCTCCATCGAACAGGAAGCTCTAACCCTATTCAAGTTTCTTCAGTTTCCTTGAAAATACATTTTTGGCCCTATAGCAGGGTGAAAGATGTTTTAAGATTTTTTGTAGTTTTCTTATTTTTTTTCTGTGTAGTGTTTTTCTATCCTACTGTGTTTATGGATCCTGAGAATTTTATAAAGGCTAACCCTATGGTAACTCCGGTACACATTAAGC---------------------------- Botryllus_schlosseri --TTTTTTTTTGTTTGGGGG---GAAATGAGGTTTTGAAGGGCGACCGTAATTACCAATTTTTTAAGTGTTATCCCCGGGTATAGAAGAGATATTGTTAATTGAATTTGAAGAAGGTATTCTGTGAGAGGGCCAACCCTTACTCGGTTTTACACTTTTCACTTTCTTTTTCCATTTGTTATTGTAGTTTTAAGTTTATTACATTTAATTTTTCTCCATCGAACAGGAAGCTCTAACCCTATTCAAGTTTCTTCAGTTTCCTTGAAAATACATTTTTGGCCCTATAGCAGGGTGAAAGATGTTTTAAGATTTTTTGTAGTTTTCTTATTTTTTTTCTGTGTAGTGTTTTTCTATCCTACTGTGTTTATGGATCCTGAGAATTTTATAAAGGCTAACCCTATGGTAACTCCGGTACACATTAAGCTA-------------------------- Ciona_intestinalis -TGTTTTACCT---TGAAGA---CAAATAAGTTTTTGGAGAGCTACGGTTATTACTAATTTTGTAACTGCTATTCCAGTTTGAAGAGAACCTATTGTAAATTGATTATGAAGAGGATTTTCTGTAGATAACCCCACATTAAATCGATTCTATACATTTCATTTTTTATTCCCTTTTCTTATTATTGCCCTTTCAGTAGTTCATTTATTTTTTATTCATCAAACGAGATCTAGTAATCCTTTAAGAAATTTTAGTGATAATTTAAAACTAGATTTTTGACCTTATTATAGAGTAAAAGATATTTTAAGGATATTTTTAGCTCTTTTTTTTTTTTTGTTACTAGTAAGATTTTCACCTGATTTGTTTAGAGATGCAGAAAATTTTTTAAAAGCTAACTCCATAGTAACTCCAGTACATATTAAACCTGAGTGATAT----------------- Ciona_savignyi -TGTTTTACCG---TGAGGT---CAGATAAGTTTTTGAAGAGCTACTGTAATTACAAATTTAATTACAGCTGTTCCTGTGTATAGGGAGGCTATTGTTAAATGATTATGGGGTGGATTCTCTGTTGAAAATCCTACTTTAAATCGATTTTATACTTTTCATTTTCTATTCCCATTTGTTATTGTTGCTTTATCAGTAGTACATTTATTTTTTATTCATATATTAGGTTCAAGCACTCCCTTAAGAACGTTTAGTAATACAATGAAATTGGATTTTTGACCTTACTATGGAGTAAAAGACATTTTTAGATTTAGTATCATTATTAGTAGTTTTATAATATTAGTAGGATTTTCTCCTGATTTATTTAGAGATCCTGAAAATTTTAAGAAAGCAAATTCTATGGTGACGCCGGTTCATATTAAACCAGAGTGATATTT--------------- Cnemidocarpa_finmarkiensis -TTTTTTTTTT---TGGGGG---CAAATGAGGTTTTGAAGGGCAACTGTGATTACAAATTTTTTAAGTGTTATCCCTGGGTATGGAAGAGATATTGTTAGTTGAATTTGAAGAGGTTTTTCTGTTGGAGGGCCAACTCTAACTCGTTTTTACACTTTTCATTTTTTGTTTCCGTTTGTAATTATTGTTTTTAGTTTTTTTCATTTAGTTTTTATTCATCGAAAAAGAAGCTCTAATCCTTTAAAATTTTCTTCAGTTACCTTAAAAATAAATTTTTGGCCTTATAGTAGAGTAAAAGATTTATTGAGATTTTTTTTAATTTTTTTATTTTTTTTCTGTATAGTGTTTTTCTTTCCTACTGTGTTTATGGATGCTGAAAACTTTATAAAAGCTAATCCTATAGTAACTCCTGTACATTTAGTGGTC-------------------------- Dendrodoa_grossularia 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-GTTTTTTTTTGTTTGGGGG---CAAATGAGGTTTTGGGGGGCTACAGTCATCACTAATTTTTTAAGTGTTATTCCCTTTTATAGGAATGAAATTGTTACCTGGATTTGGGGGAGATTTTCCGTGGGTGGCCCAACCCTTAGTCGTTTCTATACTTTTCATTTTGTTGTTCCATTTCTTATTATTGTGTTTTCTTTGGTACATCTTTTGTTTTTACATCGTATAGGTAGTTCTAACCCTCTACAATTGAGTTCTAATTCTATAAAGATTAATTTTTGGCCTTATAGTGGAATTAAGGATTTAGTTTGGTTTTTGTTTATTTTTACCTTGTTTTTTTGTATTGTGTTTTTTTTTCCTCAGGTGTTGTGATTCCCACGAATATTATATTCAGGCTTGTCCAATAGTACTCATATCATATTTGCCCG--------------------------- Symplegma_viride --TTTTTTTTTGTTTGGGGG---GAAATGAGGTTTTGAAGGGCGACCGTAATTACCAATTTTTTAAGTGTTATCCCCGGGTATAGAAGAGATATTGTTAATTGAATTTGAAGAAGGTATTCTGTGAGAGGGCCAACCCTTACTCGGTTTTATACTTTTCACTTTCTTTTTCCATTTGTTATTGTTGTTTTAAGTTTATTACATTTAATTTTTCTCCATCGAACAGGAAGCTCTAACCCTATTCAAATATCTTCAGTTTCCTTGAAAATAAATTTTTGGCCCTATAGCAGGGTGAAAGATCTTTTAAGATTTTTTATAGTTTTCTTATTTTTTTTCTGTGTAGTGTTTTTCTATCCTACTGTGTTTATGGATCCTGAGAATTTTATAAAGGCTAACCCTATGGTGACTCCGGTACACATTAAGCTT-------------------------- ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 2901 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7674; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2901; TREE cytb = [&R] (Doliolum_nationalis,((((((((Symplegma_viride,((Botryllus_schlosseri,Botryllus_planus),Botrylloides_violaceus)),Metandrocarpa_taylori),Cnemidocarpa_finmarkiensis),Polycarpa_papillata),(Polycarpa_pomaria,Dendrodoa_grossularia)),(Styela_plicata,(Styela_montereyensis,Styela_gibbsii))),(Halocynthia_roretzi,Halocynthia_igaboja)),(Pyura_haustor,Boltenia_villosa)),(Ciona_savignyi,Ciona_intestinalis)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr918] END;