#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 23, 2026; 6:34 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Noffsinger C.R., & Cripps C.L. 2021. Systematic analysis of Russula in the North American Rocky Mountain Alpine Zone. Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S28337] [ The following blocks are input data for analysis step 29029 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep29029; DIMENSIONS NTAX=26; TAXLABELS 'Russula aff chloroides FH12273_Belgium' 'Russula aff delica FH12266_Germany' 'Russula aff delica UE24_08_2004_20' 'Russula brevipes DBG_18598_Boulder_CO_USA' 'Russula brevipes DBG_27685_Summit_Lake_Park_CO_USA' 'Russula brevipes KY848511_Looney_NC_USA' 'Russula cf brevipes KF007188_Canada' 'Russula cf brevipes MH714879_CA_USA_Psudotsuga_menzeisii' 'Russula cf delica KX812852_UBC_F30260_Canada' 'Russula chloroides AF418604_Germany_UNITESpecHypoth' 'Russula chloroides KF432954_Ireland' 'Russula delica F_5917_ITS1_Norway_Dryas' 'Russula delica UDB025023_EST_UNITESpecHypoth' 'Russula laevis J_Ruotsalainen_4016_HOLOTYPE' 'Russula nigricans UE2009200407_SWE' 'Russula pallidospora UDB002459_BEL' Russula_sp._CLC_1146_Niwot_Ridge_CO_USA_dwarf_Salix_AA Russula_sp._CLC_1642_Cottonwood_Pass_CO_USA_Salix_Dryas_AA Russula_sp._CLC_1690_Stony_Pass_CO_USA_Salix_AA Russula_sp._CLC_1740_Independence_Pass_CO_USA_Dryas_AA Russula_sp._CLC_1883_Svalbard_Salix Russula_sp._CLC_2271_Niwot_Ridge_CO_USA_bistort_AA Russula_sp._CLC_2730_AK_Salix Russula_sp._CLC_2981_Mt_Evans_CO_USA_Salix_bistort_AA Russula_sp._CRN_063_Hyalite_Canyon_MT_USA_conifer 'Russula vesicatoria USA_TX_KY800359' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M61522] TITLE Russula_subgenus_Brevipes_ITS_RPB2; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep29029; DIMENSIONS NCHAR=1491; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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chloroides FH12273_Belgium' 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'Russula cf brevipes KF007188_Canada' ------------CATTATCGTAC-AATGGGGGTACGACGGCTGTCGCTGA-C-TTGTA----GTCGTGCACGCCCGAGTG-CTCTCAC-ATACAC--ATATCCATCTCACCCCTTT-GTGCATCACCGCGT-GGGT----CCCCTTCC-----------TCGGAG---GGGGTGCTCACGTTTTT-AACATTAAACACCCCATTCGAACGTATCGTAGAATGTTCTTTG--CGCGATCACGCGCG-ATCAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAACATCCTCAACCT-GCTTCG--TTTTACCG-AACCAAGTA-GGCTTGGAATTTGGAGG--TTTTCTGCTGG---CTTCCTC--CGAAG-CCAGCTCCTCTTAAATCTATCAGTGGGATCCGCTTTGC-TAGATCCTCGACGTTGATAAGATG-TTTCTACGTCTTGGGTTTTGCTCGGG-AA---GG-ACCTGC-TTCTAACCGT----CCCAT-CGGGGACA-TCGTTC--GAGC----CGATCGCCCTTCACGGGGTGGGAAGCTTTTCGACCCATGAAACCTTGAC-----------------------------------------------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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'Russula cf delica KX812852_UBC_F30260_Canada' -------------------------ATGGGGGTACCAGGGCTGTCGCTGA-C-TTTT-----GTCGTGCACGCCCGAGTG-CTCTCAC-ATACAA--ATATCCATCTCACCCCTTT-GTGCATCACCGCGT-GCGT--CCCCCCTTCC-----------TCGGAGG--GGGGTGCTCACGTTTTT-AACATCAAACACC-----------TAGTATAGAATGTTCTTTG--CGCGATCGTGCGCG-ATCAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAACATCCTCAACCT-GCTTGGTTTTTTATCAAAACCAACTA-GGCTTGGAATTTGGAGG--TTTTCTGCTGG---CATCCTC--CGAAG-CCAGCTCCTCTTAAATGTATCAGTGGGATCCGCTTTGC-TAGATCCTTGACGTTGATAAGATG-TTTCTACGTCTTGGGTTTCGCTCGGG-AA---GG-ACCTGC-TTCTAACCGT----CCCAT-CAGGGACA-ATGTTC--GAGC----CGATCGCCCTTCACGGGGTGGGAAGC-TTTCGACCCATCGAACCTTGACCTCAAATCGGGTGAGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGC------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 'Russula chloroides AF418604_Germany_UNITESpecHypoth' CTGCGGAAGGATCATTATCGTAA-AATGGGGGTACCAGGGCTGTCGCTGA-C-TTTT-----GTCGTGCACGCCCGAGTG-CTCTCAC-ATACAA--ATATCCATCTCACCCCTTT-GTGCATCACCGCGT-GCGT--CCCCCCTTCC-----------TCGGAGGG-GGGGTGCTCACGTTTTT-AACATCAAACACC-----------TAGTATAGAATGTTCTTTG--CGCGATCATGCGCG-ATCAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAACATCCTCAACCT-GCTTGG-TTTTTATCGAAACCAACTA-GGCTTGGAATTTGGAGG--TTTTCTGCTGG---CTTCCTC--CAAAG-CCAGCTCCTCTTAAATGTATCAGTGGGATCCGCTTTGC-TAGATCCTCGACGTTGATAAGATG-TTTCTACGTCTTGGGTTTCGCTCGGG-AA---GG-ACCTGC-TTCTAACCGT----CCCAT-CGGGGACA-ATGTTC--GAGC----CGATCGCCCTTCACGGGGTGGGAAGC-TTTCGACCCATCGAACCTTGACCTCAAATCGGGTGAGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 'Russula chloroides KF432954_Ireland' CTGCGGAAGGATCATTATCGTAA-AATGGGGGTACGACGGCTGTCGCTGA-C-TTTT-----GTCGTGCACGCCCGAGTG-CTCTCAC-ATACAA--ATATCCATCTCACCCCTTT-GTGCATCACCGCGT-GGGT--CCCCCCTTCC-----------TCGGAGGGCGGGGTGCTCACGTTTTT-AACATCAAACACCC---------GTAGTATAGAATGTTCTTTG--CGCGATCATGCGCG-ATCAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAACATCCTCAACCT-GCTTGG-TTTTTATCGAAACCAACTA-GGCTTGGAATTTGGAGG--TTTTCTGCTGG---CTTCCTC--CGAAG-CCAGCTCCTCTTAAATGTATCAGTGGGATCCGCTTTGC-TAGATCCTTGACGTTGATAAGATG-TTTCTACGTCTTGGGTTTCGCTCGGG-AA---GG-ACCTGC-TTCTAACCGT----CCCAT-CAGGGACA-ATGTTC--GAGC----CGATCGCCCTTCACGGGGTGGGAAGC-TTTCGACCCATCGAACCTTGACCTCAAATCGGGTGAGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGC------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 'Russula delica F_5917_ITS1_Norway_Dryas' CTGCGGAAGGATCATTATCGTAC-GATGGGGGTACGACGGCTGTCGCTGA-C-TTTTA----GTCGTGCACGCCCGAGTG-CTCTCAC-ATACAA--ATATCCATCTCACCCCTTT-GTGCATCACCGCGT-GGGT----CCCCTTCT-----------TCGGAG---GGGGTGCTCACGTTTTT-AACATTAAACACCCCATTCGAACGTATCGTAGAATGTTCTTTG--CGCGATCACGCGCG-ATCAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 'Russula delica UDB025023_EST_UNITESpecHypoth' ----GGAAGGATCATTATCGTAC-GATGGGGGTACCATGGCTGTCGCTGA-C-TCTAGTA--GTCGTGCACGCCCGAGTG-CTCTCACAATACAA--ACATCCATCTCACCCCTTT-GTGCATCACCGCGT-GGGT----CCCCTTCC-----------TCGGAGG--GGGTTGCTCACGTTTTTAAACATTAAACACCC-ATTCGAACGTAATGTAGAATGTTCTTTG--CGCGATGACGCGCG-ATCAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAACATCCTCAACCC-GCTTGGTTTTTTATCA-AACCAAGTA-GGCTTGGAATTTGGAGG--TTTTCTGCTGG---CCTCCTC--CGAAG-CCAGCTCCTCTTAAATGTATCAGTGGGATCCGCTTTGCTTAGATCCTCGACGTTGATAAGATG-TTTCTACGTCTTGGGTTTTGCTCGGGAAA---GG-ACCTGC-TTCTAACCGT----CCCATCCGGGGACA-ACGTTC--GAGC----CGATCGCCCTTCACGGGGTGGGAAGCTTTTCGACCCATGAAACCTTGACCTCAAATCGGG------------------------------------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 'Russula laevis J_Ruotsalainen_4016_HOLOTYPE' ---------------------------------------------------------------TCGTGCACGCCCGAGTG-CTCTCAC-ATACAA--ATATCCATCTCACCCCTTT-GTGCATCACCGCGT-GGGT----CCCCTTCT-----------TCGGAG---GGGGTGCTCACGTTTTT-AACATTAAACACCCCATTCAAACGTATCGTAGAATGTTCTTTG--CGCGATCACGCGCG-ATCAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAACATCCTCAACCT-GCTTGG-TTTTTACCG-AACCAAGTA-GGCTTGGAATTTGGAGG--TTTTCTGCTGG---CCTCCTC--TGAAG-CCAGCTCCTCTTAAATGTATCAGTGGGATCCGCTTTGC-TAGATCCTCGACGTTGATAAGATG-TTTCTACGTCTTGGGTTTTGCTCG{AG}G-AA---{AG}G-ACCTGC-TTCTAACCGT----CCCAT-CACGGACA-TCGTTC--GAGC----CGATCGCCCTTCACGGGGTGGGAAGCTTTTCGACTCATGAAACCTTGA{CG}CTCA{AC}ATCGGGTGAGACTACCCGCTGAACTT-ATCATATCAA-----------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 'Russula nigricans UE2009200407_SWE' CTGCGGAAGGATCATTATCGTAC-TACAGAGGTGCGAGGGCTGTCGCTGACCTTTTTCAAAGGTCGTGCACGCCCGAGCG-CTCTCGC-C{CT}A{AC}AA-----TCCACCTCACCACTT--GTGCATCACCGCGCGGGGC----CTCCCTCT---TGGCTCGCTTCGAG----AGAGGCTCGCGTTCTT-CACATCACACACACACCTT---TTTAGTTTTGAATGTCATTCATTTGCGATAAC{AG}CGCA-ATCAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCACACCCGTTTGAGTGTCGTGAAATTCTCAAACCT-TCTTGGTT{CT}CTT-----GACCAAGATGGCTTTGGACTTTGGAGG--CGTTGTGCTGG---CTTTGCA--AAAAG-TCGGCTCCTCTTAAATGCATTAGTGGGGTCCCCTTTGC-CAATCCCCAGGCG-TGATAAGATG-TTTCTACGTCTTGGGATTTGCTCTGTTCACTGGGAACC{CT}GC-TTCCAACCGT----CTCGT-GAGAGACA-TCGTTC--GAGC-----------------------------TTGCTCGGC{AG}CACGAA-TCTTGACCTCAAATCGGGTGAGACTACCCGCTGAACTTAAGCATA??????AGCGGAGGA-----------AACGCCGGAAGG{CT}CAAGCTTGTGGTTTGGTGAAGAAC{CT}TGGCTCTCATGGCGACAATCTCTGTTGGATCAATGTCAGGCCCCATTATAGACTTCCTCGAAGAGTGGGGTCTTGAATCTCTAGAAGAGAATGCCCATTC{AG}TCGACGCT{CT}ACAACGAAAGTATTTGTCAACGGTGTCTGGATGGGCGTCCATCGTGACCCGACCAATCTCATTGAGACTCTGAAAAAACTCCGCCGCAAAGACGATGTCCATCCAGAGGTCTC{CT}ATTGTACGCGACATTCGAGAGAGAGAGCTTCGGTTGTATACGGATCCAGGACGCGTTTGCCGACCTTTGTTCATCGTCGAGGACCAACAACTCGTCTTGCAGAAGAAGCACGTTAGGTGGCTCACTCAAGGCACTACAGATGACGGTGAAGAGTACAAATGGCAGCACCTGACTAAATCTGGCGTTATTGAACTACTGGATGCTGAAGAGGAGGAAACCGTAATGATTTGCATGAC{AG}CCAGAAGAGCTGGAGACAGCACGGCTCCA{CT}GGACGGGG{AC}ATGGCCGTTCCC---------ACACCCGTTGCCGATTTCGACCCGGCAGCTCGATTAAAGCCGTCCTCGGAAAACAGTGCGCCCCATATATGGACACACTGCGAGATCCACCCCAGCATGATATTGGGTATCTGCGCCAGCATCATTCCGTTCCCTGATCACAACCAGGCGGTCCCCTCGAAATACGTA 'Russula pallidospora UDB002459_BEL' --------------TTATCGTAC-AACGGAGGCGCGAGGGCTGTCGCTGA-C-TTTTCAAAGGTCGTGCACGCCCAAGTG-TTCTCAA------------TCCATCTCACCCCTT--GTGCATCACCGCGG-GGG-----CCCCTTTG----GGCTTGTTCCAAA----GGGTGCTCACGTTTT--AACAC-AGACACCC-ATTTGAATGCAGTGTAGAATGTTCTTCA--TGTAATGAATC----AATAATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGTACACCCGTTTGAGTGTCGTG-ACATCTTCAACCCTTCTTGGTTTCTT-----GATCAAGAA-GGCTTGGAATCTGGAGG---CTTTTGCTGG---CCTTCCT--TGAAG-CCAGCTCCTCTTAAATGAATTAGTGGGGTTCACATCGGTTCGATCCTGGACG-TGATAAGATG-CTTCTACGTCTTGGGTTTTGATCTGTCC-------CCTCGC-TTCTAACCGT----CTCGT-AGGAGACT-CTGTTC--GGGCCCCACCACCACCCTTCGTTGGGTGGGAAGC----------------------------------------------------------------------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Russula_sp._CLC_1146_Niwot_Ridge_CO_USA_dwarf_Salix_AA 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Russula_sp._CLC_1642_Cottonwood_Pass_CO_USA_Salix_Dryas_AA 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Russula_sp._CLC_1883_Svalbard_Salix 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'Russula vesicatoria USA_TX_KY800359' ------------CATTATTGTATTAATGGAGGTACGAAGGCTGTCGCTGA-C-TATTCAA--GTTGTGCGCGCCTGAGTGCCTCTTAT--TACAC-----CCAATTTCACCCCCTTGGTGCATCACCGCGG-GGGT----CCTCTTCCTTTTGGCTTATTCTGAAAGGGGGCGGCTTGCGTTTT--AACAT-AGACACCC-CTTTGAATTCAGTATAGAATGTCTT----------TAACATGTG-ATT-ATACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCACCCCTTGGCATTCCGAGGGGTACACCCGTTTGAGTGTCGTG-ATATCCTCAACCT-TCTTGGTTTCTT-----GATCAAGAA-GGCTTGGAATTTGGAGG---CTTTTGCTGG---CTTCCTT--CAAAG-CCAGCTCCTCTTAAATGAATTAGTAGGGTCCACTTTGC--TGATCCTTGACG-TGATAAAATACTTTCTACGTCTTGGGTTTT-----TGCAA------ACCTGC-TTCTAACCGT----CTCGT-CAGAGACT---------GAAC----TCATA----------------------TTT-------TAAACCCTTGACCTC--------------------------------------------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr134602] END;