#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 8:17 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Budke J.M., & Goffinet B. 2006. Phylogenetic Analyses of the Timmiaceae (Bryophyta: Musci) Inferred from Nuclear and Chloroplast Sequence Data. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1520] [ The following blocks are input data for analysis step 2949 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2949; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Bryobrittonia_longipes Diphyscium_foliosum Ditrichum_flexicaule Encalypta_armata Funaria_hygrometrica Timmia_austriaca_1 Timmia_austriaca_2 Timmia_austriaca_3 Timmia_austriaca_4 Timmia_austriaca_5 Timmia_austriaca_6 Timmia_megapolitana_1 Timmia_megapolitana_2 Timmia_megapolitana_3 Timmia_megapolitana_4 Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_1 Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_2 Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_3 Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_4 Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_5 Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_6 Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_7 Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_8 Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_9 Timmia_norvegica_1 Timmia_norvegica_2 Timmia_norvegica_3 Timmia_norvegica_4 Timmia_norvegica_5 Timmia_norvegica_variety_excurrens_1 Timmia_norvegica_variety_excurrens_2 Timmia_sibirica_1 Timmia_sibirica_2 Timmia_sibirica_3 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1127] TITLE 'atpB-rbcL spacer'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2949; DIMENSIONS NCHAR=828; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Diphyscium_foliosum AAAAT---TTAGAAGTAATAAAATTAGTTGCTGATTGACTTGAAAAA-----------------------------------TATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAATAAATTTTTTATTTTGAACTTATTGCGTATATATATAGATATAATATATATCTAAGTAAATAAAAAATTTAAAAATGATAACAAATAAATATGGATTATCATAAAAAAATTAGTTTAT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTCTCTTTTAGTATTTTG---------ATACTAAATTGAATTAAACTTAATT-------TTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAAGAATCTTAGGTCAATGCTTAAAAAAACAGAAACAGATT-AATTAAAAAAATAATCTGAGTTGCATCAAATGTAAAAAATAATATACAATGATAC-GTTTTGTTATAGGAAAAATCATTTTGTCT----AGCAATAGATGAAAATTTAGTAACAAATAAGTTTCTTCTT------TTAGTTTTAT--------AGAAGATTCTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATTAATTGAG Ditrichum_flexicaule 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Timmia_austriaca_3 AAAAT---TTGGAAGTAATAAAATTAGTTGCTGATTGTATTGAAAAAAA---------------------------------TATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAGTAAAATTATTATCTTGAACTTATTACTTATATATATATATATA-----TATATAAGTATATAAAATAAAAAAA---------------------------------------------TTAAAAATTGTAACAAATAAATATTTCTTATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTATAGAAAGATTCTAAAATTATAAAGTGATTAAAATAAAAAAAAAA-TTCTTGTTCACTT-------AAAAAAAAGAAATTAGGCAATATTTTATTTTTTGTTATTCTTTA---------ATAC-GTTTTTAATTAAATTTTATT-------TTTATTAAATAGTTAAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAAAGCTTAGAAAAATAAAAATAATTT-ACTAAAAAA--TAATCTGAGTTGCATCAAATATAAAAAATAATATACAATGATAC-GTTTTGTTATAGG-AAAATCAGTTTATCT---AAAAAATAGAC-AAAATTAAATACCAAAGAAGTTTTTTTATAAGATT--------------AAAAGAAAAAACTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAATTATCAATTGAG Timmia_austriaca_4 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AAAAT---TTGGAAGTAATAAAATTAGTTGCTGATTGTATTGAAAAAAA---------------------------------CATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAGTAAAATTATTATCTTGAATTTATTACTTATATATA-------------CATACAAGTAGATAAAATAAAAAAA---------------------------------------------TTAAAAATTGTAACAAATAAATATTTTTTATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTATCGAAAGATTATGAAATTATAAAATAATTAAAATAAAAAA----TTTCTTGTTTACTT--------AAAAAAAGAAATTAGGCAATATTTTATTTTTTGTTATTCTTTA---------AGAT-ATTTTTAATTAAATTTTATT-------TTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGCTTAGAAAAATAAAAATAATTT-ACTTAAAAA--TAATCTGAGTTGCATCAAATATAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAAA-AAAATCAGTTTATCT---AAAAAATAGAT-AAAATTAAATATCAAAGAAGTTTTTTTATGAAAT-----------------AAAAAAAAACTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATCAATTGAG Timmia_norvegica_variety_excurrens_1 AAAAT---TTGGAAGTAATAAAATTAGTTGCTGATTGTATTGAAAAAAA---------------------------------CATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAGTAAAAT----------AATTTATTACTTATATATA-------------CATACAAGTAGATAAAATAAAAAAA---------------------------------------------TTAAAAATTGTAACAAATAAATATTTTTTATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTATCGAAAGATTATGAAATTATAAAATAATTAAAATAAAAAA----TTTCTTGTTTACTT--------AAAAAAAGAAATTAGGCAATATTTTCTTTTTTGTTATTCTTTA---------AGAT-ATTTTTAATTAAATTTTATT-------TTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGCTTAGAAAAATAAAAATAATTT-ACTTAAAAA--TAATCTGAGTTGCATCAAATATAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAAA-AAAATCAGTTTATCT---AAAAAATAGAT-AAAATTAAATATCAAAGAAGTTTTTTTATGAAAT-----------------AAAAAAAAACTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATCAATTGAG Timmia_norvegica_variety_excurrens_2 AAAAT---TTATAAGTAATAAAATTAGTTGCTGATTGTATTGAAAAAAA---------------------------------TATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAGTAAAATTATTATCTTGAATTTATTACTTATATATA-------------CATACAA--------AATAAAAAAAA--------------------------------------------TTAAAAATTGTAACAAATAAATATTTTTTATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTATCGAAAGATTATGAAATTATAAAATAATTAAAATAAAAAT----TTTTTTGTTTATTT--------AAAAAAAGAAATTAGGCAATATTTTATTTTTTGTTATTCTTTA---------ATAC-GTTTTTAATTAAATTTTATT-------TTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGCTTAGAAAAATAAAAATAATTT-ACTAAAAAA--TAATCTGAGTTGCATCAAATATAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAGA-AAAATCTGTTTATCT---AAAAAATAGAC-AAAATTAAATATCAAAGAAGTTTTTTTATGAAAT----------------AAAAAAAAAACTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATCAATTGAG Timmia_sibirica_1 AAAAT---TTGGAAGTAATAAAATTAGTTGCTGATTGTATTGAAAAAAA---------------------------------CATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAGTAAAATTATTATCTTGAATTTATTACTTATATATA-------------CATACAAGTAGATAAAATAAAAAAA---------------------------------------------TTAAAAATTGTAACAAATAAATATTTTTTATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTATCGAAAGATTATGAAATTATAAAATAATTAAAATAAAAAA----TTTCTTGTTTACTT--------AAAAAAAGAAATTAGGCAATATTTTATTTTTTGTTATTCTTTA---------AGAT-ATTTTTAATTAAATTTTATT-------TTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGCTTAGAAAAATAAAAATAATTT-ACTTAAAAA--TAATCTGAGTTGCATCAAATATAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAAA-AAAATCAGTTTATCT---AAAAAATAGAT-AAAATTAAATATCAAAGAAGTTTTTTTATGAAAT------------------AAAAAAAACTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATCAATTGAG Timmia_sibirica_2 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AAAAT---TTGGAAGTAATAAAATTAGTTGCTGATTGTATTGAAAAAA----------------------------------TATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAGTAAAATTATTATCTTGAATTTATTACTTATATATA-------------CATACAAGTGGATAAAATAAAAAAA---------------------------------------------TTAAAAATTGTAACAAATAAATATTTTTTATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTATCGAAAGATTATGAAATTATAAAATAATTAAAATAAAAAA----TTTCTTGTTTACTT--------AAAAAAAGAAATTGGGCAATATTTTATTTTTTGTTATTCTTTA---------AGAT-GTTTTTAATTAAATTTTATT-------TTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGCTTAGAAAAATAAAAATAATTT-ACTTAAAAA--TAATCTGAGTTGCATCAAATATAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAAA-AAAATCAGTTTATCT---AAAAAATAGAT-AAAATTAAATATCAAAGAAGTTTTTTTATGAAAT-----------------AAAAAAAAACTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATCAATTGAG ; END; BEGIN SETS; CHARSET messyatpB (CHARACTERS = 'atpB-rbcL spacer') = 190-234 266-372 466-472 517-525 551-557 758-768; CHARSET atpBrbcLspacer (CHARACTERS = 'atpB-rbcL spacer') = 1-828; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'atpB-rbcL spacer') = N: 1-828; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'atpB-rbcL spacer') = N: 1-828; END; [ The following blocks are output data for analysis step 2949 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7722; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2949; TREE 'Fig. 1. atpB-rbcL spacer' = [&R] ((((((Timmia_austriaca_1,Timmia_austriaca_3,Timmia_austriaca_4),(Timmia_austriaca_5,Timmia_austriaca_6)),(((Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_1,Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_2,Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_8,Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_3,Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_4,Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_5,Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_6,Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_7),Timmia_megapolitana_subspecies_bavarica_9),((Timmia_megapolitana_1,Timmia_megapolitana_2,Timmia_megapolitana_3),Timmia_megapolitana_4))),((((Timmia_norvegica_2,Timmia_norvegica_1,Timmia_norvegica_variety_excurrens_1),Timmia_norvegica_3,Timmia_norvegica_4,Timmia_norvegica_5,Timmia_sibirica_1),(Timmia_sibirica_2,Timmia_sibirica_3)),Timmia_norvegica_variety_excurrens_2)),Ditrichum_flexicaule),Diphyscium_foliosum,(Encalypta_armata,Bryobrittonia_longipes),Funaria_hygrometrica); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2419] END;