#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 22, 2025; 5:13 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Castlebury L., Rossman A., Sung G., Hyten A., & Spatafora J. 2004. Multigene phylogeny reveals new lineage for Stachybotrys chartarum. Mycological Research, 108: 864-872. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1523] [ The following blocks are input data for analysis step 2964 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2964; DIMENSIONS NTAX=43; TAXLABELS Aphysiostroma_stercorarium Balansia_henningsiana Bionectria_ochroleuca Bionectria_pityrodes Claviceps_purpurea Cordyceps_capitata Cordyceps_gunnii Cordyceps_heteropoda Cordyceps_ophioglossoides Cosmospora_coccinea Didymostilbe_echinofibrosa Epichloe_typhina Glomerella_cingulata Haematonectria_haematococca Hydropisphaera_peziza Hypocrea_lutea Hypocrea_rufa Hypomyces_polyporinus Leuconectria_clusiae Melanopsamma_pomiformis Myriogenospora_atramentosa Myrothecium_cinctum Myrothecium_inundatum Myrothecium_leucotrichum Myrothecium_roridum Myrothecium_verrucaria Nectria_cinnabarina Nectriopsis_violacea Niesslia_exilis_1 Niesslia_exilis_2 Ochronectria_calami Ophionectria_trichospora Peethambara_spirostriata Pseudonectria_rousseliana Sphaerostilbella_berkeleyana Stachybotrys_chartarum_1 Stachybotrys_chartarum_2 Stachybotrys_echinata Stachybotrys_subsimplex Stephanonectria_keithii Stilbocrea_macrostoma Verticillium_dahliae Viridispora_diparietispora ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1135] TITLE 'SSU, LSU, RPB1, EF1-a, ATP6'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2964; DIMENSIONS NCHAR=4365; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aphysiostroma_stercorarium 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Leuconectria_clusiae 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Myrothecium_roridum 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Ophionectria_trichospora 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TTATCTTTAACTAACATAGGATTCTATTTAACAATAGGAGCTTTAATTATATTAACTTTAAGTATAGTATCAACTAACTATAATAAATTAGTTAGCAACAACTGATCTATAGCTCAAGAATCTTTATACGTAACTATCCACGGTATAGTTACAAACCAAATAAACCCTAAAAACGGTCAAATTTATTTCCCATTCATATATACTTTATTTATATTTATATTAATAAATAATTTAATAGGAATGGTACCTTACAGTTTTGCTTCTACAAGCCATTTTGCATTAACATTTGCTCTTAGTTTCACAATTGTATTAGGTGCGACTATTTTAGGATTCCAAAAACACGGTTTAAAATTCTTTTCATTATTAGTACCAGCTGGTTGTCCTTTAGCCTTATTACCTTTATTAGTTACTATTGAATTTATTTCATATTTAGCTAGAAATGTATCATTAGGTTTAAGATTAGCTGCTAACATTACTGCAGGACATATGTTATTAAGCATATTAAGTGGTTTTGTTTATAATATAATGAATTCAGGATTTATATTCTTTATTTTAGGGTTAATACCTTTATTATTTATAATAGCAT-------------------------TACCACCCCGGTTTTATCAAGAAGGTCAAGAAGATTTTGGAGATTGTCTGCCACAACTGCAGCAAGGTGCTGGC---CGATAAAGTTGGTCTACTTACTCCAAAGTTTTGTGGCC--------------------------------------------------TGTTGGGTGCTAACCTACTACTCTCAGAGCGACCCTGAATTCGCGGCCGCCATCGCTACGCGCGACCCTAAGGTCCGCTTCAGCCGAGTCTGGGAAGTCTGTAAAAAGAAGCGCAGATGTGAGAACGAAGACAGGAACGAGAAGAACAAGGACGAGGAGTACGCG------CCGGGCATGAAGCCCAACCAGG----------TGGAGAACCATGGCGGCTGCGGCAACGTCCAACCCAACGTCCGACAGGCAGCCCTGCAACTCAAGGCCGCCTTTGATGTGGCTCAAGAGGATGGT---GCTAAGCGACGAGAAACGACTCCCATTACTCCCGAGATGGCACACAACATTCTTCGAAGAATTTCCGAGGAAGACCTTGTCAACATGGGCCTGAACTCCGACTACGCCCGCCCCGAGTGGATGGTTCTCACCGTGCTTCCAGTACCACCGCCTCCTGTTCGACCCAGTATTTCCATGGACGGTACTGGTACCGGCATGCGCAACGAGGATGATTTGACCTACAAGCTTGGTGATATCATCCGCGCCAACGGAAATGTCAAGCAGGCCATTCGTGAAGGA???????????????????????????????????????????????????????????ATCAAGAACATGATTACTGGTACTTCCCAGGCCGACTGCGCTATCCTCATCATTGCTGCCGGTACTGGTGAGTTCGAGGCTGGTATCTCCAAGGATGGCCAGACCCGTGAGCACGCTCTCCTCGCCTACACCCTCGGTGTCAAGAACCTCATTGTCGCCATCAACAAGATGGACACCACCAAGTGGTCCGAGGCCCGTTACCAGGAGATCATCAAGGAGACCTCCAACTTCATCAAGAAGGTCGGCTACAACCCCAAGGCTGTCGCTTTCGTCCCCATCTCCGGTTTCCACGGCGACAACATGCTT------ACTCCCACCTCCAACGCCCCTTGGTAC------AAGGGCTGGGAGCGT---GAGGACAAGACCGGCAAGTACTCCGGCAAGACCCTCCTCGAGGCCATCGACTCCATCGCTCCCCCCAAGCGACCCCTCGACAAGCCCCTCCGTCTTCCCCTCCAGGATGTCTACAAGATCGGTGGTATCGGCACGGTCCCCGTCGGCCGTATCGAGACCGGTATCATCAAGCCCGGCATGGTTGTTACCTTCGCCCCCTCCAACGTCACCACTGAAGTGAAGTCCGTCGAGATGCACCACGAGCAGCTCCAGCAGGGTGTGCCTGGTGACAACGTCGGCTTCAACGTGAAGAACGTCTCCGTCAAGGAGATCCGACGTGGCAACGTCGCCGGTGACTCCAAGAACGACCCCCCTCAGGGTGCCGCTTCTTTCCTCGCCCAGGTCATTGTCCTCAACCACCCCGGCCAGGTCGGTGCTGGTTACGCTCCCGTCCTGGACTGCCACACCGCCCACATTGCCTGCAAGTTCGCCGAGATCCAGGAGAAGATCGACCGCCGAACTGGTAAGGCTGTTGAGTCCGCCCCCAAGTTCATCAAGTCCGGTGACTCCGCCATCGTCAAGATGGTTCCCTCCAAGCCCATGTGTGTTGAGGCTTTCACTGACTACCCTCCCCTGGGTCGTTTCGCCGTCCGTGACATGCGTCAGACCGTCCTTTACTTACCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCCTC---------GGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTTG-GGTGCGG-GCCTTCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTCTGGTTGGACGCC-AATCCTCTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTATATGTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGTGACCAGACTTGGGCTT-GGTTG-ATCATCCAGG-GTTCTCCCCGGTGCACTCTTCCAG---TCCAGGCCAGCATCAGTTCGCCGCGGGGGACAAAAGCTTCGGGAATGTGGCTCCCTC----GGGAGTGTTATAGCCCCCTGCGCAATACCCTGCGG-CGGACTGAGGTTCGCGC-TCC--GCAAGGATGCTGGCGTAATGGTCACCAGTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCGTCTTCGTATGCGAGTGTTCGGGTGTTAAA-CCCCTACGCGGAATGAAAGTGAACG-CAGGTGAGAGCTTCGGCGCATCACCGACCGATCCTGATG-TTCT--CGGATGGATTTGAGTAAGAGCATACGGGGCCGGACCCGAAAGAAGGTGAACTATGCCTGTATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATATGGGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTTTCAAAGATTAAGCCATGCATGTTTAAGTATAAGCAATTATACAGCGAGACTGCGAATGGCTCATTATATAAGTTATCGTATATTTGATAGTGCCT-TACTACATGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCCGACTTCGGAAGGGATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATGCCC-CTCGGGGCTCCTT-GGTGATTCATGATAACTCCTCGAATCGCACGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTTCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGGTCTTGGCCAAACATGGTTGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTCGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCT--GGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGG-TCTTTCCCTCTGTGGAACCCCATGCCCTTCACTGGGTGTGGCGGGGAAACAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCCAGGCAGGCCAATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGAC-TGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTA ; END; BEGIN SETS; CHARSET lsu (CHARACTERS = 'SSU, LSU, RPB1, EF1-a, ATP6') = 2430-3343; CHARSET atp6 (CHARACTERS = 'SSU, LSU, RPB1, EF1-a, ATP6') = 1-586; CHARSET ef1 (CHARACTERS = 'SSU, LSU, RPB1, EF1-a, ATP6') = 1416-2429; CHARSET rpb1 (CHARACTERS = 'SSU, LSU, RPB1, EF1-a, ATP6') = 587-1415; CHARSET ssu (CHARACTERS = 'SSU, LSU, RPB1, EF1-a, ATP6') = 3344-4365; END; [ The following blocks are output data for analysis step 2964 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7737; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2964; TREE Fig._2 = [&R] ((((((Aphysiostroma_stercorarium,(Hypomyces_polyporinus,Sphaerostilbella_berkeleyana)),(Hypocrea_rufa,Hypocrea_lutea)),((Cordyceps_gunnii,(Cordyceps_heteropoda,(Cordyceps_capitata,Cordyceps_ophioglossoides))),((Balansia_henningsiana,Myriogenospora_atramentosa),(Claviceps_purpurea,Epichloe_typhina)))),(((Pseudonectria_rousseliana,(Leuconectria_clusiae,Viridispora_diparietispora)),((Nectria_cinnabarina,Cosmospora_coccinea),(Haematonectria_haematococca,Ophionectria_trichospora))),((Nectriopsis_violacea,Stilbocrea_macrostoma,(Ochronectria_calami,Hydropisphaera_peziza),(Bionectria_ochroleuca,(Stephanonectria_keithii,Bionectria_pityrodes))),(Niesslia_exilis_1,Niesslia_exilis_2)))),(((Didymostilbe_echinofibrosa,Peethambara_spirostriata),((Myrothecium_leucotrichum,Myrothecium_verrucaria),(Myrothecium_cinctum,(Myrothecium_roridum,Myrothecium_inundatum)))),(Melanopsamma_pomiformis,(Stachybotrys_subsimplex,(Stachybotrys_echinata,(Stachybotrys_chartarum_1,Stachybotrys_chartarum_2)))))),(Glomerella_cingulata,Verticillium_dahliae)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr4593] END;