#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 20, 2025; 2:03 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Thiv M., Thulin M., Kilian N., & Linder H. 2006. Eritreo-Arabian Affinities of the Socotran Flora as Revealed from the Molecular Phylogeny of Aerva (Amaranthaceae). Systematic Botany, 31(3). TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1576] [ The following blocks are input data for analysis step 3065 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3065; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Aerva_artemisioides Aerva_congesta_sn Aerva_coriacea_3141 Aerva_coriacea_7473 Aerva_javanica_26 Aerva_javanica_3190 Aerva_javanica_3255 Aerva_javanica_4682 Aerva_javanica_6355 Aerva_javanica_6904 Aerva_javanica_8290 Aerva_javanica_sn Aerva_lanata_165966 Aerva_lanata_3118 Aerva_lanata_3249 Aerva_lanata_3779 Aerva_lanata_4915 Aerva_leucura_16 Aerva_leucura_1916 Aerva_microphylla_3198 Aerva_microphylla_3233 Aerva_revoluta Aerva_sanguinolenta_17882 Aerva_sanguinolenta_4536 Aerva_triangularifolia Ptilotus_drummondii Ptilotus_manglesii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1228] TITLE 'ITS1+2, matK, atpB, rbcL intergene spacer'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3065; DIMENSIONS NCHAR=1813; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aerva_leucura_16 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Aerva_leucura_1916 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Aerva_microphylla_3198 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Aerva_microphylla_3233 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Aerva_revoluta 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Aerva_sanguinolenta_17882 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Aerva_sanguinolenta_4536 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Aerva_triangularifolia 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Ptilotus_drummondii 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Ptilotus_manglesii 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'ITS1+2, matK, atpB, rbcL intergene spacer') = N: 1-1813; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'ITS1+2, matK, atpB, rbcL intergene spacer') = N: 1-1813; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3065 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7838; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3065; TREE ML_tree = [&R] ((((Aerva_artemisioides,((Aerva_microphylla_3198,Aerva_microphylla_3233),Aerva_revoluta)),((Aerva_javanica_26,Aerva_javanica_6904),((Aerva_javanica_3190,Aerva_javanica_4682,Aerva_javanica_6355),(Aerva_javanica_3255,(Aerva_javanica_8290,Aerva_javanica_sn))))),((((Aerva_congesta_sn,(Aerva_lanata_3118,Aerva_lanata_3249,Aerva_lanata_4915)),(Aerva_lanata_3779,(Aerva_leucura_16,Aerva_leucura_1916))),((Aerva_lanata_165966,Aerva_sanguinolenta_17882),Aerva_sanguinolenta_4536)),((Aerva_coriacea_3141,Aerva_coriacea_7473),Aerva_triangularifolia))),(Ptilotus_drummondii,Ptilotus_manglesii)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr4619] END;