#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 14, 2025; 10:15 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Messenger S., & Mcguire J. 1998. Morphology, molecules, and the phylogenetics of cetaceans. Systematic Biology, 47: 90-124. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S322] [ The following blocks are input data for analysis step 311 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep311; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Antilocapra_americanus Archaeoceti Balaena_mysticetus Balaenoptera_physalus Bos_taurus Camelus_dromedarius Cephalorhynchus_eutropia Delphinapterus_leucas Delphinus_delphis Eschrichtius_robustus Globicephala_melaena Inia_geoffrensis Kogia_breviceps Kogia_simus Lagenorhynchus_albirostris Lagenorhynchus_obscurus Lissodelphis_peronii Megaptera_novaeangliae Mesoplodon_europaeus Mesoplodon_peruvianus Phocoena_phocoena Phocoena_spinipinnis Physeter_catadon Tayassua_tajacu Tragulus_napu Tursiops_truncatus Ziphius_cavirostris ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2811] TITLE '12S, 16S, cyt b'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep311; DIMENSIONS NCHAR=1397; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3 4 A C G T" MISSING=? 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Balaena_mysticetus 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Cephalorhynchus_eutropia 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Kogia_breviceps 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Kogia_simus 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Lagenorhynchus_albirostris 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Lagenorhynchus_obscurus 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Lissodelphis_peronii 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Megaptera_novaeangliae 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Mesoplodon_europaeus 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Mesoplodon_peruvianus 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Phocoena_phocoena 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Phocoena_spinipinnis 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Physeter_catadon 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Tayassua_tajacu 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Tragulus_napu 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Tursiops_truncatus 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Ziphius_cavirostris CCGTAAACCTAAACAGTCA-CA-AAACAAGACTGTTCGCCAGAGTACTACTAGCCATAGCCTAAAACTCAAGGGACTTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCAACCCTTGCTACTCCAGTCTATATACCGCCATCTCCAGCGAACCCT-AAAAAGGAACGAAAGTAAGCATAATTA-CCTTACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAACCTATGGGGTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTA--CAT-CAA-GAACAT--CCTTATTATCCG--CACGAAAGTTTTTATGAAACTTAAAGACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAGCAGAGTGCTTAATTGAATAAGGCCAAACTAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCGGTGAC--AATAGTTAAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATAAGGACTTGTATGAACGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTTTAATCAGTGAAATTGACCTCCCCGTGAAGAGGCGGGGATATTGAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTAATCAACCC--AAAAAC---TATAAATCT-A-AACCGCCAAGGGATAA-CAGAAC-TT-TATATGGGTTGACAATTTTGGTTGGGGTGACCTCGGAGCACAAAAAAACCTCCGAGTGA-TTA---AAACCCAGG-----CCCACCGGCC-AAAGTGTAATATCACTTATTGATCCAAAAA-TTTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAGGGTTCGTTTGTTTTATTCAACTACAAGAACATTAATGACCAACATTCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATCATCAATAATGCATTCATTGATCTTCCCACTCCATCAAACATCTCCTCATGATGAAACTTCGGCTCCTTACTCGGCCTCTGCCTCATCATACAAATTCTCACAGGCCTGTTCTTAGCAATACACTATACACCAGACACAACAACAGCCTTCTCATCCGTTGCACACATTTGCCGAGACGTCAACTATGGCTGAATCATTCGATACCTACACGCAAACGGGGCCTCCATATTCTTCATCTGCCTTTACGCCCATATCGGACGTGGACTATATTACGGCTCCTATATCTTTCAAGAAACATGAAACATCGGAGTAATCCTACTCCTTGCAGTTATAGCTACCGCATTTGTGGGCTATGTCCTACCT110112110200020021030001111112111 ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 311 ] BEGIN TREES; TITLE Tb5091; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep311; TREE Fig._5 = [&R] (Tayassua_tajacu,(Camelus_dromedarius,(Tragulus_napu,(Bos_taurus,Antilocapra_americanus))),(Physeter_catadon,((Kogia_breviceps,Kogia_simus),((Ziphius_cavirostris,(Mesoplodon_peruvianus,Mesoplodon_europaeus)),((Balaena_mysticetus,(Eschrichtius_robustus,(Balaenoptera_physalus,Megaptera_novaeangliae))),(Inia_geoffrensis,(Delphinapterus_leucas,((Phocoena_spinipinnis,Phocoena_phocoena),(Lagenorhynchus_obscurus,Cephalorhynchus_eutropia,Lissodelphis_peronii,((Delphinus_delphis,Tursiops_truncatus),(Lagenorhynchus_albirostris,Globicephala_melaena))))))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1485] END;