#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 04, 2024; 8:25 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Delgado-salinas A., Bibler R., & Lavin M. 2006. Phylogeny of the Genus Phaseolus (Leguminosae): A Recent Diversification in an Ancient Landscape. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1606] [ The following blocks are input data for analysis step 3137 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3137; DIMENSIONS NTAX=82; TAXLABELS Dolichopsis_paraguariensis Macroptilium_atropurpureum Macroptilium_erythroloma Mysanthus_uleanus Oxyrhynchus_volubilis Phaseolus_acutifolius_238 Phaseolus_acutifolius_239 Phaseolus_albescens Phaseolus_albinervus Phaseolus_altimontanus Phaseolus_angustissimus Phaseolus_augusti Phaseolus_bolivianus Phaseolus_carterae Phaseolus_chiapasanus Phaseolus_coccineus_56 Phaseolus_coccineus_57 Phaseolus_coccineus_58 Phaseolus_coccineus_76 Phaseolus_costaricensis Phaseolus_dasycarpus Phaseolus_dumosus_119 Phaseolus_dumosus_1785 Phaseolus_esperanzae Phaseolus_filiformis Phaseolus_glabellus Phaseolus_gladiolatus Phaseolus_grayanus_130 Phaseolus_grayanus_1813 Phaseolus_hintonii Phaseolus_jaliscanus Phaseolus_juquilensis Phaseolus_laxiflorus Phaseolus_leptostachyus_24 Phaseolus_leptostachyus_25 Phaseolus_lunatus Phaseolus_macrolepis Phaseolus_maculatus Phaseolus_macvaughii Phaseolus_marechalii Phaseolus_micranthus Phaseolus_microcarpus Phaseolus_mollis Phaseolus_neglectus Phaseolus_oaxacanus Phaseolus_oligospermus Phaseolus_pachyrrhizoides Phaseolus_parvifolius Phaseolus_parvulus Phaseolus_pauciflorus Phaseolus_pedicellatus Phaseolus_perplexus Phaseolus_persistentus Phaseolus_pluriflorus Phaseolus_polystachios Phaseolus_reticulatus Phaseolus_ritensis Phaseolus_smilacifolius Phaseolus_tenellus Phaseolus_texensis_1883 Phaseolus_texensis_1884 Phaseolus_tuerckheimii Phaseolus_viridis Phaseolus_vulgaris_118 Phaseolus_vulgaris_120 Phaseolus_vulgaris_177 Phaseolus_xanthotrichus_10 Phaseolus_xanthotrichus_9 Phaseolus_zimapanensis Ramirezella_strobilophora Strophostyles_helvola Strophostyles_umbellata Vigna_adenantha Vigna_gentryi Vigna_linearis Vigna_longifolia Vigna_peduncularis Vigna_populnea Vigna_radiata Vigna_speciosa Vigna_trichocarpa Vigna_unguiculata ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2738] TITLE 'trnK-ITS'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3137; DIMENSIONS NCHAR=3499; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Dolichopsis_paraguariensis 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Macroptilium_atropurpureum 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Mysanthus_uleanus 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Phaseolus_acutifolius_239 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Phaseolus_albescens 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Phaseolus_augusti 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Phaseolus_chiapasanus 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Phaseolus_costaricensis 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Phaseolus_dasycarpus 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Phaseolus_dumosus_119 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Phaseolus_esperanzae 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Phaseolus_grayanus_130 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Phaseolus_juquilensis 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Phaseolus_laxiflorus 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Phaseolus_lunatus 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Phaseolus_macrolepis 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Phaseolus_maculatus 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Phaseolus_micranthus 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Phaseolus_microcarpus 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Phaseolus_parvifolius 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Phaseolus_parvulus 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Phaseolus_pauciflorus 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Phaseolus_pedicellatus 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Phaseolus_perplexus 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Phaseolus_polystachios 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Phaseolus_smilacifolius 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Phaseolus_tenellus 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Vigna_radiata 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Vigna_speciosa 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; END; BEGIN SETS; CHARSET matk (CHARACTERS = 'trnK-ITS') = 1-2697; CHARSET its (CHARACTERS = 'trnK-ITS') = 2698-3499; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'trnK-ITS') = N: 1-3499; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'trnK-ITS') = N: 1-3499; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3137 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7910; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3137; TREE 'trnK-ITS' = [&R] (((Vigna_unguiculata,Vigna_radiata),(Vigna_trichocarpa,Vigna_longifolia)),((((Vigna_speciosa,Vigna_peduncularis),(((Vigna_gentryi,Vigna_adenantha),Vigna_linearis),((Macroptilium_atropurpureum,Macroptilium_erythroloma),(Mysanthus_uleanus,((Strophostyles_umbellata,Strophostyles_helvola),Dolichopsis_paraguariensis))))),((Oxyrhynchus_volubilis,Vigna_populnea),Ramirezella_strobilophora)),((((((Phaseolus_acutifolius_238,Phaseolus_acutifolius_239),Phaseolus_parvifolius),((((Phaseolus_costaricensis,(Phaseolus_dumosus_119,Phaseolus_dumosus_1785)),Phaseolus_coccineus_56,((Phaseolus_coccineus_57,Phaseolus_coccineus_58),Phaseolus_coccineus_76)),Phaseolus_albescens),(Phaseolus_vulgaris_118,Phaseolus_vulgaris_120,Phaseolus_vulgaris_177,Phaseolus_persistentus))),((Phaseolus_filiformis,Phaseolus_carterae),Phaseolus_angustissimus)),((((Phaseolus_mollis,Phaseolus_lunatus),(((Phaseolus_viridis,Phaseolus_pachyrrhizoides),Phaseolus_augusti),Phaseolus_bolivianus)),(((Phaseolus_juquilensis,Phaseolus_marechalii),(Phaseolus_maculatus,Phaseolus_jaliscanus),(Phaseolus_smilacifolius,Phaseolus_polystachios)),(Phaseolus_albinervus,Phaseolus_reticulatus,Phaseolus_ritensis))),(Phaseolus_macvaughii,((Phaseolus_leptostachyus_24,Phaseolus_leptostachyus_25),Phaseolus_micranthus)))),(((((Phaseolus_parvulus,Phaseolus_tenellus),(Phaseolus_pauciflorus,Phaseolus_perplexus)),Phaseolus_pluriflorus),(((Phaseolus_neglectus,Phaseolus_altimontanus),Phaseolus_dasycarpus,Phaseolus_pedicellatus,Phaseolus_laxiflorus,Phaseolus_esperanzae,Phaseolus_grayanus_1813,Phaseolus_grayanus_130),(Phaseolus_texensis_1883,Phaseolus_texensis_1884))),(((Phaseolus_chiapasanus,(((Phaseolus_xanthotrichus_9,Phaseolus_xanthotrichus_10),Phaseolus_hintonii),(Phaseolus_zimapanensis,Phaseolus_gladiolatus))),(Phaseolus_tuerckheimii,Phaseolus_oligospermus)),((Phaseolus_macrolepis,Phaseolus_glabellus),(Phaseolus_oaxacanus,Phaseolus_microcarpus))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr709] END;