#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on February 02, 2026; 18:03 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Delgado-salinas A., Bibler R., & Lavin M. 2006. Phylogeny of the Genus Phaseolus (Leguminosae): A Recent Diversification in an Ancient Landscape. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1606] [ The following blocks are input data for analysis step 3138 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3138; DIMENSIONS NTAX=91; TAXLABELS Dolichopsis_paraguariensis Macroptilium_atropurpureum Macroptilium_erythroloma Mysanthus_uleanus Oxyrhynchus_volubilis Phaseolus_acutifolius_238 Phaseolus_acutifolius_239 Phaseolus_albescens_1772 Phaseolus_albescens_54 Phaseolus_albescens_54a Phaseolus_albinervus Phaseolus_altimontanus Phaseolus_angustissimus_133 Phaseolus_angustissimus_16 Phaseolus_augusti Phaseolus_bolivianus_1567 Phaseolus_bolivianus_18 Phaseolus_carterae Phaseolus_chiapasanus Phaseolus_coccineus_56 Phaseolus_coccineus_57 Phaseolus_coccineus_58 Phaseolus_coccineus_76 Phaseolus_costaricensis Phaseolus_dasycarpus Phaseolus_dumosus_119 Phaseolus_dumosus_1785 Phaseolus_esperanzae Phaseolus_filiformis Phaseolus_glabellus Phaseolus_gladiolatus Phaseolus_grayanus_130 Phaseolus_grayanus_1813 Phaseolus_hintonii Phaseolus_jaliscanus Phaseolus_juquilensis Phaseolus_laxiflorus Phaseolus_leptostachyus_23 Phaseolus_leptostachyus_24 Phaseolus_leptostachyus_25 Phaseolus_lunatus Phaseolus_macrolepis Phaseolus_maculatus_234 Phaseolus_maculatus_29 Phaseolus_macvaughii_19 Phaseolus_macvaughii_28 Phaseolus_marechalii_170 Phaseolus_marechalii_305 Phaseolus_micranthus_306 Phaseolus_microcarpus Phaseolus_mollis Phaseolus_neglectus Phaseolus_oaxacanus Phaseolus_oligospermus_1824 Phaseolus_oligospermus_36 Phaseolus_pachyrrhizoides Phaseolus_parvifolius Phaseolus_parvulus Phaseolus_pauciflorus Phaseolus_pedicellatus_1789 Phaseolus_pedicellatus_39 Phaseolus_pluriflorus Phaseolus_polystachios Phaseolus_reticulatus Phaseolus_ritensis Phaseolus_smilacifolius Phaseolus_tenellus_1589 Phaseolus_texensis_1883 Phaseolus_texensis_1884 Phaseolus_tuerckheimii Phaseolus_viridis Phaseolus_vulgaris_118 Phaseolus_vulgaris_120 Phaseolus_vulgaris_1588 Phaseolus_vulgaris_177 Phaseolus_xanthotrichus_10 Phaseolus_xanthotrichus_9 Phaseolus_zimapanensis Ramirezella_strobilophora Strophostyles_helvola Strophostyles_umbellata Vigna_adenantha Vigna_gentryi Vigna_linearis Vigna_longifolia Vigna_peduncularis Vigna_populnea Vigna_radiata Vigna_speciosa Vigna_trichocarpa Vigna_unguiculata ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3489] TITLE trnK; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3138; DIMENSIONS NCHAR=2692; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Macroptilium_atropurpureum ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GACTGATCCAGAA?GCAATGACTGGAAAAAGTA?CATGTCTTATC?ATGAA?AATT??AAAAATAGTTCATTC{CT}TATAGGATCCAGCTCAAATTTTTGTTTGAATTTTTGGCTCGTAAAAAAAAAAAA-------TTCAGTTGGGTTTCATTAATAAAGGGATAGAACTTGGGGGTTCTAATTCTAATAGGGAAACAAAAAGCATCGAGCTTTC----ATTTATTTTTTATTTGGATCATTACCCCATCTAATTGTACGTTAAAAAGAGGTTAGGGCTTTATGTGGGAAAAGCTTTTCTGGTGAATGGGTTATTTTATTTTTGTTATGAGTCCTAACTATA-TAGCTATTTTCCATTATCTTTTAGTATTTTGGGGTAGCGATAAATGTGTAAAAGAAAGAGTATATTGAT----AAAGATATTTTTTCCAAAATCAAAAGAGCGATGAGGTAAAAAAAAA----TAAAGGATTCTTAAT------TAGCTCGTTATCCT------AGAACAACAA-TTAGGCGAAAAATCGATTAGAGAGAGTCCGTTGATGGGTTTGACTTGTTTTCTAGGTATATATATAT----------------------------ACCTAGAATTCTCTGTTTTGACCATATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCAATGAATCTCTGATTCTTTGTTTGA------CCAAATAGACTTTTTGA-------ATGGAGAAATATCAAGCATATTTAGAACTC---CGTAGATCTCGATACCAGGATATCCTATACCCACTTTTTTTTCGGGAATCTATTTATGGACTAGCTTATGGTCATGAGTCCTTTTTTATAGAAAATGTAGATTATAACAATAAATTTAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAAGTACTCGAATGTATCAACAGACTCATTTCATTCTTTTTGCTAACGATTATAACAAAAAGACTTTTGTGGGTTATAACTATAATTTGGATTCTCAAATAATATTAGAAGGTTTTGGTGTCGTCGTGGAGATTTTCTTTTCTCTACAATTCTTTATCTCTTCCTTAAGGGGATTAGAAAGCATAAAATCTTATCAAAATTTGCAATCAATTCATTCCATTTTTCCCTTTTTCGAAGATAAACTGATATATTTAAATCATAAGTCAGATATACGAATACCCTATCCTATCCATCTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCGATATTGGATAAAAGATGTCTCTTTCTTTCATTTAATAAGGTTGTTTTTTTATTACTATTATAATTGGAATAGTCTTTTTCCTCCAAAAAAATGGATTTCGACTTTTTTTTCAAAAAGGAATCTAAGAATTTTCTTGTTCCTATATAATTTATATGTATGGGAATATGAATCTATCTTTCTTTTTCTACGTCAAAAATCCTCTCAGTTACAGTTAAAACATTTTCGCGTTTTTTTTGAGCGAATTTTTTTCTATGAAAAAGTAAAACATCTTGTAGAAGTATCTACTAAGAATTGTTCATATACCTTATCTTTCGTTAAGGATACTTTGATCCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTGGTTTTAAAGAATACTCCTCTTTTGATAAATAAATGGAAATACTATTTTATATATTTATGGCAATGTCATTTTGATATTTGGGCTGGACCAGGAACGATCTATATAAACCAATTATCTCAGTATTCATTTGACTTTTTAGGCTATTTTTTAAGTATTCCACAAAATCTTTCAGTAGTACGAAGTCAAATGTTGCAAAATTCATTTCTAATCAAAATTTTTATCAAAAAACTTGATACAATAGTTCCCATTATTCCTATAATCAGATCATTGGCTAAAACAAAATTTTGTAATGTAATGGGTCATCCCATTAGTAAGCCGGTTTGGGCCAATTTCTCTGATTTTTATATTCTTAACCGGTTTTTGCGCATATGCAGAAATTTTTCTCATTATTACAATGGATCCGCAAAAAAAAAGAGTTTCTATCAAATAAAATATATACTTCGGTTTTCTTGTATAAAAACTTTGGCTCGTAAGCACAAAAGTACTGTGCGCACTTTTTTGAAAAAATTAAGTTCAGAAAAATTATTGGAAGAATTTTTTACAGAAGAAGATCTTTTTTATTTGATTTTTCCAAGAACTTCTTTGACTTTGCGGAGGTTTTATAGAGGTCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGAAACGATTTCGTCAATCATTTATAATTTAAA---ATAGGTTATGATACTTTTTAAATCGGTGTAAATTGATAAAACGAAATTCTTTT---------TCTTAAATGAGGATAAAAAAA---TCATTTTTTTT--TATCTTCTATA------------------TCTAT------AGGATTTTGAAATGCTCATGTAGTCAGAGTAAAGATTCGGGGTTAATCAATTGAAGATTTAACTT-----TCTTATAATCTTTTGCTAGGCAAGTAATTCAGGTTTAGATGTATACATAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAAAAATGCAAACACGGCTTGGGGAGGGATTTTTTCTTGTTTTATT-CTATT-GTTGAATT????????????????????? Macroptilium_erythroloma ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGTAAAACCACGACTGATCCAGAAAGGAATGACTGGAAAAAGTAGCATGTCGTATCAATGAAGAATTTTAAAAATATTTCATTCTTATAGGATCCAGCTCAAATTTTTGTTTGAATTTTTGGCTCGTAAAAAAAAAA---------TTCAGTTGGGTTTCATTAATAAAGGGATAGAACTTGGTGGTTCTAATTCTAATAGGGAAACAAAAAGCATCGAGCTTTC----ATTTATTTTTTATTTGGATCATTACCCCATCTAATTGTACGTTAAAAAGAGGTTAGTGCTTTATGTGGGAAAAGCTTTTCTGGTGAATGGGTTA-----TTTTTGTTATGAGTCCTAACTATA-TAGCTATTTTCCATTATCTTTTGGTATTTTGGGGTAGCGATAAATGTGTAAAAGAAAGAGTATATTGAT----AAAGATATTTTTTCCAAAATCAAAAGAGCGATGAGGTAAAAAAAAAA---TAAAGGATTCTTAAT------TAGCTCGTTATCCT------AGAACAAAAA-TTAGGCGAAAAATCGATTAGAGAGAGTCCGTTGATGGGTTTGACTTGTTTTCTAGGTATATATATAT----------------------------ACCTAGAATTCTCTGTTTTGACCATATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCAATGAATCTCTGATTCTTTGTTTGA------CCAAATAGACTTTTTAA-------ATGGAGAAATATCAAGCATATTTAGAACTC---CGTAGATCTCGATACCAGGATATCCTATACCCACTTTTTTTTCGGGAATCTATTTATGGACTAGCTTATGGTCATGAGTCCTTTTTTATAGAAAATGTAGATTATAACAATAAATTTAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAAGTACTCGAATGTATCAACAGACTCATTTCATTCTTTTTGCTAACGATTCTAACAAAAAGATTTTTGTGGGTTATAACTCTAATTTTGATTCTCAAATAATATTAGAAGGTTTTGGTGTCGTCGTGGAGATTTTATTTTCTCTACAATTCTTTATCTCTTCCCTAAGGGGATTAGAAAGCATAAAATCTTATCAAAATTTGCAATCAATTCATTGCATTTTTCCCTTTTTCGAAGATAAACTGATATATTTAAATCATAAGTCAGATATACGAATACCC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TATTACTATTATAATAGGAATAGTCTTTTTCCTCCAAAAAAATGGATTTCGACTTTTTTTTCAAAAAGGAATCTAAGAATTTTCTTGTTCCTATATAATTTATATGTATGGGAATATGAATCTATCTTTCTTTTTCTACGTAAAAAATCCTCTCAGTTACAGTTAAAAAATTTTCGCGTTTTTTTTGAGCGTATTTTTTTCTATGAAAAAGTAAAACATCTTGTAGAAGTATCTACTAAGAATTGTTCATATACCTTATCTTTCTTTAAGGATACTTTGATCCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTGGTTTTAAAGAATACTCCTCTTTTGATAAATAAATGGAAATACTATTTTATATATTTATGGCAATGTCATTTTGATATTTGGGCTGGACCAGGAACGATCTATATAAACCAATTATCTCAGTATTCATTTCACTTTTTAGGCTATTTTTTAAGTATTCCACAAAATCTTTCAGTAGTACGAAGTCAAATGTTGCAAAATTCATTTCTAATCAAAATTGTTATAAAAAAACTTGATACAATAGTTCCCATTATTCCTATAATCAGATCATTGGCTAAAACAAAATTTTGTAATGTAATGGGTCATCCCATTAGTAAGCCGATTTGGGCCAATTTCTCTGATTTTTATATTCTTAACCGGTTTTTGCGCATATGCAGAAATTTTTCTCATTATTACAATGGATCCGCAAAAAAAAAGAGTTTCTATCAAATAAAATATATACTTCGGTTTTCTTGTATAAAAACTTTGGCTCGTAAGCACAAAAGTACTGTGCGCACTTTTTTGAAAAAATTAAGTTCAGAAAAATTATTGGAAGAATTTTTTACAGAAGAAGATCTTTTTTCTTTGATTTTTCCAAGAACTTCTTTGACTTTGCGGAGGTTTTATAGAGGTCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGAAACGATTTCGTCAATCATTTATAATTTAAA---ATAGGTTATCATACTTTTTAAATCGGTGTCAATTGATAAAACGAAATTCTTTT---------TCTTAAATGAGGATAAAAAAAA--TCATTTTTTTT--AATCTTCTATATTTATAGGATTTTGTATATCTAT------AGGATTTTGAAATGCTCATGTAGTCAGAGTCAAGATTCGGGGTTAATCAATTGAAGATTTAACTT-----TCTTAGAATCTTTTGCTAGGCAAGTAATTCAGGTTTAGATGTATACATAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAAAAATGCAAACACGGCTTGGGGAGGGATTTTTTCTTGTTTTATT-CTATT-GTTGAATTTTATTAAA-GAATAAATT??? 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Phaseolus_dumosus_119 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGTAAA??CACGACTGATCCAGAAAGGAATGACTGGAAAAAGTAGCATGTCGTATCAATGAAGAATTTTAAAAATATTTCATTCTTATAGGATCCAGCTCAAATTTTTGTTTGAATTTTTGGCTCCTAAAAAAAAAA---------TTAAGTTGGGTTTCATTAATAAAGGGATAGAACTTCGTGGTTCTAATTCTAATAGGGAAACAAAAAGCATCGAGCTTTC----ATTTATTTTTTATTTGGATCATTACCCCATCTAATTGTACGTTAAAAAGAGGTTAGTGCTTGATGTGGGAAAAGCTTTTCTGGTGAATGGGTTA-----TTTTTTTTATGAGTCCTAACTATA-TAGCTAGTTTCCATTAT----TGGTATTTTGGGATAGCGATAAATGTGTAAAAGAAAGAGTATATTGAT----AAATATCTTTTTTCCAAAATCAAAAGAGCGATTAGGTAAAAAAAA-----TAAAGGATTCTTAAT------TAGCTCGTTATCCT------AGATAAAAAAATTAGGTGAAAAATCGATTAGAGAGAGTCCGTTCATGGGTTTGACTTGTTTTCTAGGTATATAT--------------------------------ACCTAGAATTCTCTGTTTTGACCATATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCAATGAATCTCTGATTCTTTATTTGA------CCAAATAGACTTTTTGAATGTTTAATGGAGAAATATCAAGCATATTTAGAACTC---CGTAGATCTCGATACCAGGATATCCTATACCCACTTTTTTTTCGGGAATCTATTTATGGACTAGCTTATGGTCATGAGTCCTTTTTTATAGAAAATATAGATTATAACAATCAATTTAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAAGTACTCGAATGTATCAACAGACTAATTTCATTCTTTTTGCTAACGATTCTAACAAAAAGACTTTTGGGGGTTATAACTATAATTTTGATTCTCAAATAATATTAGAAGGTTTTGGTGTCGTCGTGGAGATTCTATTTTCTCTACAATTATTTATCTCTTCCTTAAGGGGATTAGAAAGCGTAAAATCTTATAAAAATTTGCAATCAATTCATTCCATTTTTCCCTTTTTCGAAGATAAACTGATATATTTAAAACATAAGTCAGATATACGAATACCTTATCCTATCCATCTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCGATATTGGATAAAAGATGTCTCTTTCTTTCATTTAATAAGGTTTTTTTTTTATTACTATTCTAATTGGAATAGTCTTTTTCCTCCAAAAAAAGGGATTTCTACTTTTTTTTCAAAAAGGAATCTAAGAATTTTCTTGTTCCTATATAATTTATATGTATGGGAATATGAATCTATCTTTCTTTTTCTACGTAACAAATCCTCTCAGTTACAGTTAAAACATTTTCGCGTTTTTTTTGAGCGAATTTTTTTCTATGAAAAAAGAAAACATCTTGTAGAAATATCTACAAAGAATTGTTCATATACCTTATTCTTCTTTAAGGATACTTTCATTCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTGGTTTTCAAGAATACTCCTCTTTTGATAAATAAATGGAAATACTATTTTCTATATTTATGGCAATGTTATTTTGATATTTGGGCTGGACCAGAAACGATCTATATAAACCAATTATCTCAGTATTCATTTCACTTTTTAGGCTATTTTTTAAGTATTCCACAAAATCTTTCAGTAGTACGAAGTCAAATGTTGAAAAATTCATTTCTAATCAAAATTGTTATCAAAAAACTTGATACAATAATTCCCATTATTCCTCTAATGAGATCATTGGCTAAAACAAAATTTTGTAATGTAATGGGTCATCCTATTAGTAAACCGGTTTGGGCCAATTTCTCTGATTTTTATATTCTTGACCGGTTTTTGCGCATATGCAGAAATTTTTCTCATTATTACAATGGATCCGCAAAAAAAAAGAGTTTCTATCAAATCAAATATATACTTCGGTTTTCTTGTATAAAAACTTTGGCTCGTAAGCACAAAAGTACTGTGCGCACTTTTTTGAAAAAATTAAGTTCAGAAAAATTGTTGGAAGAATTTTTTACAGAAGAAGATCTTTTTTCTTTGATTTTTCCAAAAACTTCTTTGACTTTGCGGAGGTTTTATAGAGGTCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGAAATGATTTCGTTAATCATTTAGAATTAAAA---ATAGGTTATGATATTTTGTAAATCGGTGTAAATTGATAAAACGAAATTCTTTTTATTAA---ATTTAAATGAGGATAAAAAAAA--TCATTTTTTT---AATCTTCTATA------------------TCTAT------AGGATTTTGAAATGCTCATGTAGTCAGAGTAAAGATTCGGGGTTAATGAATTGAATATTTAACTT-----TCTTAGAGTCTTTTGCTAGGCAAGTAATTCAGGTTTCAATGTATACATAGGGAAAGCTGTGTGCAATGAAAAATGCAAACTCGGCTTGGGGAGGGATTTTTTCT?????????-?????-????????????????????????????? Phaseolus_dumosus_1785 ?????????????????????CTATTTTTTACACATTTCTATGAAGAAATCGGTTCGTCGATACTATTGGTAGAGCTTGTAAAACCACGACTGATCCAGAAAGGAATGACTGGAAAAAGTAGCATGTCGTATCAATGAAGAATTTTAAAAATATTTCATTCTTATAGGATCCAGCTCAAATTTTTGTTTGAATTTTTGGCTCCTAAAAAAAAAA---------TTAAGTTGGGTTTCATTAATAAAGGGATAGAACTTCGTGGTTCTAATTCTAATAGGGAAACAAAAAGCATCGAGCTTTC----ATTTATTTTTTATTTGGATCATTACCCCATCTAATTGTACGTTAAAAAGAGGTTAGTGCTTGATGTGGGAAAAGCTTTTCTGGTGAATGGGTTA-----TTTTTTTTATGAGTCCTAACTATA-TAGCTAGTTTCCATTAT----TGGTATTTTGGGATAGCGATAAATGTGTAAAAGAAAGAGTATATTGAT----AAATATCTTTTTTCCAAAATCAAAAGAGCGATTAGGTAAAAAAAA-----TAAAGGATTCTTAAT------TAGCTCGTTATCCT------AGATAAAAAAATTAGGTGAAAAATCGATTAGAGAGAGTCCGTTCATGGGTTTGACTTGTTTTCTAGGTATATAT--------------------------------ACCTAGAATTCTCTGTTTTGACCATATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCAATGAATCTCTGATTCTTTATTTGA------CCAAATAGACTTTTTGAATGTTTAATGGAGAAATATCAAGCATATTTAGAACTC---CGTAGATCTCGATACCAGGATATCCTATACCCACTTTTTTTTCGGGAATCTATTTATGGACTAGCTTATGGTCATGAGTCCTTTTTTATAGAAAATATAGATTATAACAATCAATTTAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAAGTACTCGAATGTATCAACAGACTAATTTCATTCTTTTTGCTAACGATTCTAACAAAAAGACTTTTGGGGGTTATAACTATAATTTTGATTCTCAAATAATATTAGAAGGTTTTGGTGTCGTCGTGGAGATTCTATTTTCTCTACAATTATTTATCTCTTCCTTAAGGGGATTAGAAAGCGTAAAATCTTATAAAAATTTGCAATCAATTCATTCCATTTTTCCCTTTTTCGAAGATAAACTGATATATTTAAAACATAAGTCAGATATACGAATACCTTATCCTATCCATCTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCGATATTGGATAAAAGAAGTCTCTTTCTTTCATTTAATAAGGTTTTTTTTTTATTACTATTCTAATTGGAATAGTCTTTTTCCTCCAAAAAAAGGGATTTCTACTTTTTTTTCAAAAAGGAATCTAAGAATTTTCTTGTTCCTATATAATTTATATGTATGGGAATATGAATCTATCTTTCTTTTTCTACGTAACAAATCCTCTCAGTTACAGTTAAAACATTTTCGCGTTTTTTTTGAGCGAATTTTTTTCTATGAAAAAAGAAAACATCTTGTAGAAATATCTACAAAGAATTGTTCATATACCTTATTCTTCTTTAAGGATACTTTCATTCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTGGTTTTCAAGAATACTCCTCTTTTGATAAATAAATGGAAATACTATTTTCTATATTTATGGCAATGTTATTTTGATATTTGGGCTGGACCAGAAACGATCTATATAAACCAATTATCTCAGTATTCATTTCACTTTTTAGGCTATTTTTTAAGTATTCCACAAAATCTTTCAGTAGTACGAAGTCAAATGTTGAAAAATTCATTTCTAATCAAAATTGTTATCAAAAAACTTGATACAATAATTCCCATTATTCCTCTAATGAGATCATTGGCTAAAACAAAATTTTGTAATGTAATGGGTCATCCTATTAGTAAACCGGTTTGGGCCAATTTCTCTGATTTTTATATTCTTGACCGGTTTTTGCGCATATGCAGAAATTTTTCTCATTATTACAATGGATCCGCAAAAAAAAAGAGTTTCTATCAAATCAAATATATACTTCGGTTTTCTTGTATAAAAACTTTGGCTCGTAAGCACAAAAGTACTGTGCGCACTTTTTTGAAAAAATTAAGTTCAGAAAAATTGTTGGAAGAATTTTTTACAGAAGAAGATCTTTTTTCTTTGATTTTTCCAAAAACTTCTTTGACTTTGCGGAGGTTTTATAGAGGTCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGAAATGATTTCGTTAATCATTTAGAATTAAAA---ATAGGTTATGATATTTTGTAAAACGGTGTAAATTGATAAAACGAAATTCTTTTTATTAA---ATTTAAATGAGGATAAAAAAAA--TCATTTTTTT---AATCTTCTATA------------------TCTAT------AGGATTTTGAAATGCTCATGTAGTCAGAGTAAAGATTCGGGGTTAATGAATTGAATATTTAACTT-----TCTTAGAGTCTTTTGCTAGGCAAGTAATTCAGGTTTCAATGTATACATAGGGAAAGC{CT}GTGTGCAATGAAAAATGCAAACACGGCTTGGGGAGGGATTTTTTCTTGTCTTATT-C?AT{CT}-GTTGAATGTGA?????????????????? 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Phaseolus_zimapanensis 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Vigna_speciosa ????????????????????????TTTTTTACACATTTCTATGAA?CAATCGGTTCGTCGATACTATTGGGAAAGCTTGTAAAACCACGACTGATCCAGAAAGGAATGACTGGAAAAAGTAGCATGTCGTATCAATGAAGAATTTTAAAAATATTTCATTCTTATAGGATCCAGCTCAAATTTTTGTTTGAATTTTTGGCTCGTAACAAAAAAAAA-------TTCAGTTGGGTTTCATTAATAAAGGGATAGAACTTGGTGGTTCTAATTCTAATAGGGAAACAAAAAGCATCGAGCTTTC----ATTTATTTTTTATTTGGATCATTACCCCATCTAATTGTACGTTAAAAAGAGGTTAGTGCTTGATGTGGGAAAAGCTTTTCTGGTGAATGGTTTA-----TTTTTGTTATGAGTCCTAACTATA-TAGCTATTTTCCATTATCTTTTGGTATTTTGGGGTAGCGATAAATGTGTAAAAGAAAGAGTATATTGAT----AAAGATATTTTTTCCAAAATCAAAAGAGCGATTAGGTAAAAAAAAA----TAAAGGATTCTTAAT------TAGCTCGTTATCCT------AGAACAAAAA-TTAGGCGAAAAATCGATTAGAGAGAGTCCGTTGATGGGTTTGACTTGTTTTCTAGGTATATATATATAT--------------------------ACCTAGAATTCTCTGTTTTGACCATATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCAATGAATCTCTGATTCTTTGTTTGA------CCAAATAGACTTTTTGA-------ATGGAGAAATATCAAGCATATTTAGAACTC---CATAGATCTCGATACCAGGATATCCTATACCCACTTTTTTTTCGGGAATCTATTTATGGACTAGCTTATGGTCATGAGTCCTTTTTTATAGAAAATGTAGATTATAACAATAAATTGAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAAGTACTCGAATGTATCAACAGACTCATTTCATTCTTTTTGCTAACGATTCTAACAAAAAGACTTTTGTGGGTTATAACTATAATTTTGATTCTCAAATAATATTAGAAGGTTTTGGTGTCGTCGTGGAGATTTTATTTTCTCTACAATTATTTATCTCTTCCTTAAGGGGATTAGAAAACGTAAAATCTTATCAAAATTTGCAATCAATTCATTCCATTTTTCCCTTTTTCGAAGATAAACTGATATATTTAAATCATAAGTCAGATATACGAATACCCTATCCTATCCATCTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCGATATTGGATAAAAGATGTCTCTTTCTTTCATTTAATAAGGTTGTTTTTTTATTACTATTATAATTGGAATAGTCTTTTTCCTCCAAAAAAATGGATTTCTACTTGTTTTTCAAAAAGGAATCTAAGAATTTTCTTGTTCCTATATAATTTATATGTATGGGAATATGAATCTATCTTTCTTTTTCTACGTAACAAATCCTCTCAGTTACAGTTAAAACATTTTCGCGTTTTTTTTGAGCGAATTTTTTTCTATGAAAAAATAAAACATCTTGTAGAAGTATCTACTAAGAATTGTTCATATACCTTATTCTTCTTTAAGGATACTTTCATCCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTCGTTTTAAAGAATACTCCTCTTTTGATAAATAAATGGAAATACTATTTTATATATTTATGGCAATGTCATTTTGATATTTGGGCTGGACCAGGAACGATCTATATAAACCAATTATCTCAGTATTCATTTCACTTTTTAGGCTATTTTTTAAGTATTCCACAAAATCTTTCAGTAGTACGAAGTCAAATGTTGCAAAATTCATTTCTAATCAAAATTGTTATCAAAAAACTTGATACAATAGTTCCCATTATTCCTCTAATCAGATCATTGGCTAAAACAAAATTTTGTAATGTAATGGGTCATCCCATTAGTAAGCCGGTTTGGGCCAATTTCTCTGATTTTGATATTCTTGACCGGTTTTTGCGCATATGCAGAAATTTTTCTCATTATTACAATGGATCCGCAAAAAAAAATAGTTTCTATCAAATAAAATATATACTTCGGTTTTCTTGTATAAAAACTTTGGCTCGTAAGCACAAAAGTACTGTGCGCACTTTTTTGAAAAAATTAAGTTCAGAAAAATTATTGGAAGAATTTTTTACAGAAGAAGATCTTTTTTCTTTTATTTTTTCAAGAACTTCTTTGACTTTGCGGAGGTTTTATAGAGGTCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGAAACGATTTCGTCAATCATTTAGAATTTAAA---ATAGGTTATGATACTTTTTAAATCGGTGTAAATTGATAAAACGAAATTCTTTT---------TATTAAATGAGGATAAAAAAAAA-TCATTTTTTTT--AATCTTCTATA------------------TCTATAGGAATAGGATTTGGAAATGCTCATGTAGTCAGAGTCAAGATTCGGGGTTAATGAATTGAAGATTTAACTT-----TCTTAGAATATTTTGCTAGGCAAGTAATTCAGGTTTAGATGTATACATAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAAAAATGCAACCTCGGC???????????????????????????????????????????????????????????????? Vigna_trichocarpa ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CACGACTGATCCAGAAAGGAATGACTGGAAAAAGTAGCATGTCGTATCAATGAAGAATTCTAAAAATATTTAATTCTTATAGGATCCAGCTCAAATTTTTGTTTGAATTTTTGGATCGTAACAAAAAAAA--------TTCAGTTGGGTTTTATTAATAAAGGGATAGAACTTGGTGGTTCTAATTCTAATAGGGAAACAAAAAGCATCGAGCTTTC----ATTTATTTTTTATTTGGATCATTACCCCATCTAATTGTACGTTAAAAATAGGTTAGTGCTTGATGTGGGAAAAGCTTTTCTGGTGAATGGGTTA-----TTTTTGTTATGAGTCCTAACTATA-TAGCTATTTTCCATTATCTTTTGGTATTTTGGGGTAGCGATAAATGTGTAAAAGAAAGAGTATTTTGAT----AAAGATATTTTTTCCAAAATCAAAAGAGCGATTAGGTAAAAAAAAAAAAATAAAGGATTCTTAAT------TAGCTCGTTATCCT------AGAAACAAAA-TTAGGCGAAAAATCGATTAGAGAGAGTCCGTTAATGGGTTTTACTTGTTTTCTAGGTATATATTTAT----------------------------ACCTATAATTTTATGTTTTGACCATATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCAATGAATCTCTGATTCTTTGTTTGA------CCAAATAGACTTTTTTC-------ATGGAGCAATATCAAGCATATTTAGAACTC---CGTAGATCTCGATACCAGGACATCCTATACCCACTTTTTTTTCGGGAATCTATTTATGGACTAGCTTATGGTCATGAGTCCTTTTTTCTAGAAAATGTAGATTATAACAAGAAATTTAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAAGTACTCGAATGTATCAACAGACTCATTTCATTCTTTTTGCTAACGATTCTAAAAAAAATACTTTTGTGGGTTATAACTATCATTTTTATTATCAAATAATATTAGAAGGTTTTGGTATCGTCGTGGAGATTCTATTTTCTCTACAATTATTTAGCTCTTCCTTAAGGGGATTAGAAATTGTAAAATCTTATAAAAATTTCCAATCAATTCATTCGATTTTTCCCTTTTTCGAAGATAAACTGATATATTTAAATCAAAAGTCAGATATACGAATACCCTATCCTATCCATCTGGAAATCTTGGTTCAAATCCTTCGATATTGGATAAAAGATGTCTCTTTCTTTCATTTAATAAGGTTTTTTTTTTATTACTATTATAATTGGAATAGTCTTTTTCCTCCAAAAAAATGT---TTTACTTTTTTTTCAAAAAGGAATCGAAGAATTTTCTTGTTCCTATATAATTTATATGTATGGGAATATGAATCTATCTTTCTTTTTCTACGTAACAAATCCTCTCAGTTACAGTTAAAACATTTTCGCGTTTTTTTTGAGCGAATTTTTTTCTATGAAAAAATAAAACATCTTGTAGAAGTATCTACTAAGAATTGTTCATATACTTTCTTCTTCTTTAAGGATACTTTCATCCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTGGTTTTAAAGAATACTCCTTTTTTGATAAATAAATGGAAATACTATTTTATATATTTATGGCAATGTCATTTTGATATTTGGGCTGGACTAGAAACGATCTATATAAACGAATTATCTCAGTATTCATTTCACTTTTTAGGCTATTTTTTAAGTATTCCACTAAATCTTTCAGTAGTACGAAGTCAAATGTTGCAAAATTCATTTCTAATTAAAATTGTTATCAAAAAACTTGATACAATAGTTCCCATTATTCCTCTAATGAGATCATTGGCTAAAACAAAATTTTGTAATGTAATGGGTCATCCTATTAGTAAGCCGGTTTGGGCCAATTTATCTGATTTTGATATTCTTGACCGGTTTTTGCGCATATGCAGAAATTTTTCTCATTATTACAATGGATCCGCAAAAAAAAAGCGTTTCTATCAAATAAAATATATACTTCGGTTTTCTTGTATAAAAACTTTGGCTCGTAAGCACAAAAGTACTGTGCGCACTTATTTGAAAAAATTAAGTTCAGAAAAATTATTGGAAGAATTTTTTACAGAAGAAGATCTTTTTGCTTTGATTTTTCCAAGAACTTCTTTTACTTTGCGTAGGTTTTATAGAGGTCGGGTTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGAAACGATTTCGTCAATTATTTATAATTTAAA---ATAGGTTATGATATTTTTTAAATCAGTGTAAATTGATAAAAC-GAACTTCTTTT--------TATTAAATGAGGATAAACAAA---TCATTTTTTT---AGTCTTCTATA------------------TCTAT------AGGATTTTGAAATGCTCATGTAGTCAGAGTAAAGATTCGGGGTTAATGAATTGAATATTCTATTGAACTTTCTTAGAGTCTTTTGCTAGGCAAGTAATTCAGGTTTAGATGTATACATAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Vigna_unguiculata ??????????????????????????????ACGCATTTCTATGAAGCAATGGGTTCGTCGATACTATCGGTAGAGCTTGTAAAACCACGACTGATCCAGAAAGGAATGACTGGAAAAAGTAGCATGTCGTATCAATGAAGAATTCTAAAAATATTTCATTCTTTTAGGATCCAGCTCAAATTTTTGTTTGAATTTTTGGCTCGTAACAAAAAAAA--------TTCCGTTGGGTTTGATTAATAAAGGGATAGAACTTGGTGGTTCTAATTCTAATAGGGAAACAAAAAGCATCGAGCTTTC----ATTTATTTTTTATTTGGATCATTACCCCATCTAATTGTACGTTAAAAATAGGTTAGTGCTTGATGTGGGAAAAGCTTTTCTGGTGAATGGTTTA-----TTTTTGTTATGAGTCCTAACTATA-TAGCTATTTTCCATTATCTTTTGGTATTTTGGGGTAGCGATAAATGTGTAAAAGAAAGAGTATATTGAT----AAAGATATTTTTTCCAAAATCAAAAGAGCGATTAGGTAAAAAAAAAA---TAAAGGATTCTTAAT------TAGCTCGTTATCCT------AGAACAAAAA-TTAGGCAAAAAATCGATTAGAGAGAGTCCGTTAATGGGTTTTACTTC---TCTAGGTATATATTTAT----------------------------ACCTATAATTTTCTGTTTTGACCATATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCAATGAATCTCTGATTCTTTGTTTGA------CCAAATAGACTTTTTTA-------ATGGAGCAATATCAAGCATATTTAGAACTC---CGTAGATCTCGATACCAGGACATCCTATACCCACTTTTTTTTCGGGAATCTATTTATGGACTAGCTTATGCTCATGAGTCCTTTTTTATAGAAAATGTCGATTATAACAATAAATTTAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAAGTACTCGAATGTATCAACAGACTCATTTCATTCTTTTTGTTAATGATTCTAAAAAAAATACTTTTGTGGGTTATAATTATCATTTTTTTTCTCAAATAATATTAGAAGGTTTTGGTATCGTCGTGGAGATTCTATTTTCTCTACAATTATTTAGCTCTTCCTTAAGGGGATTAGAAATCGTAAAATCTTATAAAAATTTTCAATCAATTCATTCGATCTTTCCCTTTTTCGAAGATCAACTGATATATTTAAATCATAAGTCAGATATACGAATACCCTATCCTATCCATCTGGAAATCTTGGGTCAAATCCTGCGATATTCGATAAAAGATGTCTCTTTCTTTCATTTAATAAGGTTGTTTTTTTATTACTATTATAATTGGAATAGTCTTTTTCCTCCAAAAAAATGGATTTTTACTTTTTTTTCAAAAAGGAATCGAAGAATTTTCTTGTTCCTATATAATTTATATGTATGGGAATATGAATCTATCTTTCTTTTTCTACGTAACAAATCCTCTCAGTTACAGTTAAAACATTTTCGCGTTTTTTTTGAGCGAATTTTTTTCTATGAAAAAATAAAACATCTTGTAGAAGTATCTACTAAGAATTGTTCATATACTTTCTTCTTCTTTAAGGATACTTTCATCCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTGGTTTTAAAGAATACTCCTTTTTTGATAAATAAATGGAAATACTATTTTATATATTTATGGCAATGTCATTTTGATATTTGGGCTGGACTAGAAACGATCTATATAAACGAATTATCTCAGTATTCATTTCACTTTTTAGGCTATTTTTTAAGTATTCCACTAAATCTTTCAGTAGTACGAAGTCAAATGTTGCAAAATTCATTTCTTATTAAAATTGTTATCAAAAAACTTGATACAATAGTTCCCATTATTCCTCTAATGAGATCATTGGCTAAAACAAAATTTTGTAATGTAATGGGTCATCCTATTAGTAAGCCGGTTTGGGCCAATTTATCTGATTTTGATATTATTGACCGGTTTTTGCGCATATGCAGAAATTTTTCTCATTATTACAATGGATCTGCAAAAAAAAAGAGTTTCTATCAAATAAAATATATACTTCGGTTTTCTTGTATAAAAACTTTGGCTCGTAAGCATAAAAGTACTGTGCGCATTTATTTGAAAAAATTAAGTTCAGAAAAATTATTGGAAGAATTTTTTACAGAAGAAGATCTTTTTTCTTTGATTTTTCCAAGAACTTCTTTTACTTTGCGTAGGTTTTATAGAGGTCGTATTTGGTATTTGGATATTCTTTTAAGAAACGATTTCGTCAATTATTTATAATTGAAA---ATAGGTTATGTTATTTTTTAAATCGGTGTAAATTGATAAAACGAACTTCCTTCTTTT-----TATTCAATGAGGATAAAAAAA---TCATTTTTTTT--AGTCTTCTATA------------------TCTATA--TATAGGATTTTGAAATGCTCATGTAGTCAGAGTCAAGATTCGGGGTTAATGAATTAAATATTATATTTCACTTTCTTAGAGTCTTTTGCTAGGCAAGTAATTAAGGTTTAGATGTATACATAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAAAACTGCAAACACGGCTTGGGGAGGGATTTTTTCTTGTTTTATT???????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = trnK) = N: 1-2692; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = trnK) = N: 1-2692; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3138 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7911; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3138; TREE trnK = [&R] (Vigna_unguiculata,(Vigna_radiata,((Vigna_trichocarpa,Vigna_longifolia),(((Vigna_speciosa,(Vigna_gentryi,Vigna_adenantha),Vigna_peduncularis,Vigna_linearis,((Macroptilium_atropurpureum,Macroptilium_erythroloma),Mysanthus_uleanus,((Strophostyles_umbellata,Strophostyles_helvola),Dolichopsis_paraguariensis))),((Oxyrhynchus_volubilis,Vigna_populnea),Ramirezella_strobilophora)),((((((Phaseolus_acutifolius_238,Phaseolus_acutifolius_239),Phaseolus_parvifolius),(((Phaseolus_costaricensis,Phaseolus_dumosus_119,Phaseolus_dumosus_1785),((Phaseolus_vulgaris_177,Phaseolus_vulgaris_1588),Phaseolus_vulgaris_118,Phaseolus_vulgaris_120)),(Phaseolus_albescens_1772,Phaseolus_albescens_54,Phaseolus_albescens_54a),(Phaseolus_coccineus_56,(Phaseolus_coccineus_57,Phaseolus_coccineus_58,Phaseolus_coccineus_76)))),((Phaseolus_filiformis,(Phaseolus_angustissimus_16,Phaseolus_angustissimus_133)),Phaseolus_carterae)),((((Phaseolus_mollis,Phaseolus_lunatus),(Phaseolus_viridis,Phaseolus_pachyrrhizoides,(Phaseolus_augusti,Phaseolus_bolivianus_18),Phaseolus_bolivianus_1567)),((Phaseolus_juquilensis,Phaseolus_marechalii_305,Phaseolus_marechalii_170),(Phaseolus_maculatus_29,Phaseolus_maculatus_234,Phaseolus_jaliscanus),Phaseolus_smilacifolius,Phaseolus_polystachios,Phaseolus_albinervus,Phaseolus_reticulatus,Phaseolus_ritensis)),((Phaseolus_macvaughii_19,Phaseolus_macvaughii_28),(Phaseolus_leptostachyus_23,Phaseolus_leptostachyus_24,Phaseolus_leptostachyus_25,Phaseolus_micranthus_306)))),((((Phaseolus_dasycarpus,(Phaseolus_neglectus,Phaseolus_altimontanus),(Phaseolus_pedicellatus_39,Phaseolus_laxiflorus),Phaseolus_pedicellatus_1789,Phaseolus_esperanzae,Phaseolus_grayanus_1813,Phaseolus_grayanus_130),(Phaseolus_texensis_1883,Phaseolus_texensis_1884)),(Phaseolus_parvulus,Phaseolus_tenellus_1589),Phaseolus_pluriflorus,Phaseolus_pauciflorus),((Phaseolus_chiapasanus,((Phaseolus_xanthotrichus_9,Phaseolus_xanthotrichus_10),(Phaseolus_hintonii,(Phaseolus_zimapanensis,Phaseolus_gladiolatus))),((Phaseolus_tuerckheimii,Phaseolus_oligospermus_36),Phaseolus_oligospermus_1824)),((Phaseolus_macrolepis,Phaseolus_microcarpus),Phaseolus_glabellus,Phaseolus_oaxacanus)))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr710] END;