#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 13, 2026; 9:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jia Y., & Liu Y. 2006. Timmia sphaerocarpa (Timmiaceae, Bryopsida), a new species from Xizang (Tibet), China. Journal of Bryology, 28(4): 350-356. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1608] [ The following blocks are input data for analysis step 3142 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3142; DIMENSIONS NTAX=23; TAXLABELS Anacolia_menziesii Aulacomnium_turgidum Barbula_convoluta Bartramia_halleriana Blindia_magellanica Breutelia_arundinifolia Dicnemon_semicryptum Dicranoweisia_cirrata Dicranum_scoparium Diphyscium_fulvifolium Fleischerobryum_longicolle Grimmia_laevigata Hedwigia_ciliata Philonotis_thwaitesii Rhizomnium_punctatum Rosulabryum_billarderi Streptopogon_calymperes Theriotia_kashmirensis Timmia_austriaca Timmia_megapolitana Timmia_megapolitana_bavarica Timmia_sibirica Timmia_sp. ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3492] TITLE Combined; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3142; DIMENSIONS NCHAR=1706; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Diphyscium_fulvifolium CCACAAACGGAGACTAAAGCAGGTGTTGGATTTAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTAACTTATTACACTCCAGATTATCAGACCTCAGAAACTGATATTTTAGCAGCATTTCGAATGACTCCTCAACCAGGAGTACCACCTGAGGAAGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCAGAATCTTCCACTGGTACATGGACCACTGTTTGGACTGATGGACTTACTAGTCTTGATCGTTATAAAGGTCGATGCTATGACATTGAACCTGTTGCTGGGGAAGAAAATCAATTTATTGCTTATGTTGCTTATCCATTAGATTTATTTGAAGAAGGTTCTGTTACCAACTTATTTACTTCTATCGTTGGTAATGTTTTTGGGTTCAAAGCTTTACGAGCTTTACGTCTAGAAGATTTACGTATTCCTCCAGCTTATTCTAAAACTTTCCAAGGCCCACCTCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGTCGTCCATTATTAGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGTTTATCTGCTAAAAATTATGGTAGAGCAGTATATGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTCACAAAAGATGATGAGAACGTAAATTCTCAACCTTTTATGCGTTGGAGAGATCG{AT}TTC{GT}TATTTGTAGCAGAAGCTCTTTTCAAATCTCAGGCTGAAACTGGTGAAATTAAAGGGCATTATTTAAATGCTACCGCAGGTACATGTGAAGAAATGCTAAAAAGAGCTGCATTTGCTAGAGAATTAGGCGCTCCTATTGTTATGCACGATTATTTAACAGGTGGTTCTACTGCAAATACTACTTTGGCTTTTTATTGTCGAGATAATGGGTTACTTCTTCACATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGACCGACAAAAAAATCATGGTATGCATTTCCGTGTATTAGCTAAAGCATTACGTTTATCCGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACTGTAGTGGGTAAACTTGAAGGAGAACGTCAAGTAACTTTAGGTTTCGTTGATTTACTTCGTGATGATTATATTGAAAAAGATAGAAGTCGTGGTATTTACTTTACGCAAGACTGGGTTTCTTTACCAGGTGTTTTACCTGTAGCTTCCGGAGGTATTCATGTTTGGCATATGCCAGCGTTAACTGAAATTTTCGGAGACGATTCTGTATTACAATTTGGAGGAGGAACTTTGGGCCATCCTTGGGGGAATGCACCTGGTGCAGTTGCTAATAGAGTTGCGTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGTGAGGGTAACGAAGTTATTCGTGAAGCTACTAAGTGGAGTCCTGAACTTGCTGCTGCTTGTGAAATTTG-----AATCGG-T{AG}GACGCTACGGACTTAATTAATTTGAGCTCTAGTAGAAAAACTAACTAAAT{CG}T{GT}AGC{CT}TTCAGAATCAGGGAAA{AC}TTAGGTTGA--AAAAAG-TATAAGCGATCCTGAGCCAAATCTTAAAAAG-CAAGATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATTCTAACGAATAATATTTTGAAATTATAGATATTGAACGAGGATAAAGATAGAGTCCACATTTACGTGTTA-----ATTTTAGCAACAA-TTGAATTGTCTTAAAAGGAATATCCGTAGGCTTTATTG------------------------------ Fleischerobryum_longicolle 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Grimmia_laevigata CACCAAACGGAGACTAAAGCAGGTGTTGGATTTAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTAACTTATTACACTCCAGATTATCAGACTAAAGACACTGATATTTTAGCAGCATTTAGAATGACTCCTCAACCAGGAGTACCACCTGAAGAAGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCGGAATCTTCTACTGGTACATGGACCACTGTTTGGACTGATGGACTTACTAGTCTTGATCGTTATAAAGGTCGATGCTATGATATTGAAGCAGTTCCGGGAGAAGAGAATCAATATATTGCTTATGTTGCTTACCCATTAGATTTATTTGAAGAAGGTTCTGTTACCAATTTATTTACTTCTATTGTTGGTAATGTTTTTGGATTTAAAGCTTTACGAGCTTTACGTCTAGAAGATTTGCGTATTCCTCCATCTTATTCCAAAACTTTTCAAGGCCCACCTCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGACGTCCATTGTTAGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGTTTATCTGCTAAAAACTATGGTAGAGCTGTATATGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTCACAAAAGATGATGAAAATGTAAATTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTTGTAGCGGAAGCTATTTACAAATCTCAAGCTGAAACAGGTGAAATTAAAGGACATTATCTAAATGCTACTGCCGGTACTTGTGAAGAAATGTTAAAAAGAGCTGAATGTGCTAGAGAATTAGGCGCTCCTATTGTTATGCATGACTATTTAACAGGTGGTTTTACTGCAAATACTAGTTTAGCTCATTATTGCCGTGATAATGGGTTACTTCTTCATATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGACCGACAAAAAAACCATGGTATGCATTTCCGTGTATTAGCTAAAGCATTACGTTTATCAGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGAACGTCAAGTAACTTTAGGATTTGTAGATTTATTGCGTGATGACTATATTGAAAAAGATAGAAGTCGTGGTATTTATTTTACTCAAGACTGGGTTTCTTTACCAGGTGTTTTACCTGTAGCTTCTGGTGGTATTCATGTTTGGCATATGCCGGCATTAACTGAAATCTTTGGAGATGATTCTGTATTACAGTTTGGTGGTGGAACTTTAGGTCATCCTTGGGGTAATGCACCTGGTGCTGTTGCTAATAGAGTTGCTTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTAGCGAAGGTAATGAAGTTATTCGTGAAGCTGCTAAATGGAGTCCTGAATTAGCTGCTGCTTGT-------------AATCGG-TAGACGCTACGGACTTAAATAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAAGTTGA--AAAAAG-TATAAGCGATCCTGAGCCAAATCTTACAAAAAGAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGCAAAAAATTGAAAATTTTCAGATAATAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTA-----ATTTT{AC}ACAATAATTCAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGG-TTCAAGTCCCTCTATC--- Hedwigia_ciliata CCACAAACGGAGACTAAAGCAGGTGTTGGATTTAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTAACTTATTACACTCCAGATTATCAGACTAAAGAAACTGATATTTTAGCAGCATTTCGAATGACTCCTCAACCAGGAGTACCAGCTGAGGAGGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCGGAATCTTCCACTGGTACATGGACCACTGTTTGGACTGATGGACTTACTAGTCTTGATCGTTATAAAGGACGATGCTATGAAATTGAAGCAGTTGCTGGAGAAGATAATCAATATATTGCGTATGTTGCTTACCCATTAGATTTATTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAATTTATTTACTTCTATTGTCGGTAATGTTTTTGGATTTAAAGCTTTACGAGCTTTACGTCTAGAAGATTTACGTATTCCTCCATCTTATTCCAAAACTTTTCAAGGCCCACCGCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGTCGTCCATTATTAGGATGTACTATTAAGCCAAAATTGGGTTTATCTGCTAAAAACTATGGTAGAGCTGTATATGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTCACAAAAGATGATGAAAACGTAAACTCTCAACCTTTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTTATAGCTGAAGCTATTTATAAATCTCAAGCTGAAACAGGTGAAATTAAAGGACATTATTTAAATGCTACCGCAGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGAGCTGCATTTGCTAGAGAACTAGGCGTTCCTATTATCATGCATGACTATTTAACAGGCGGTTTTACTGCAAATACTACTTTGGCTCATTATTGCCGTGATAATGGCTTACTTCTTCATATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGACCGACAAAAAAATCATGGTATGCATTTCCGTGTATTAGCCAAAGCATTACGTCTATCTGGTGGAGACCATATTCACGCTGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGAACGTGAAGTAACTTTAGGGTTTGTTGATCTACTTCGTGATGATTATATTGAGAAAGATAGAAGCCGTGGTATTTACTTCACTCAAGACTGGGTTTCTTTACCAGGTGTTTTACCTGTAGCTTCCGGTGGTATTCATGTTTGGCATATGCCAGCATTAACTGAAATCTTTGGAGATGATTCTGTATTACAGTTTGGTGGAGGAACTTTAGGTCACCCTTGGGGTAATGCACCTGGTGCAGTTGCTAATAGAGTTGCCTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGAAGTTATTCGTGAAGCTACTAAGTGGAGTCCTGAATTAGCTGCTGCTTGTGAAATTTT--CGAAATCGG-TAGACGCTACGGACTTAAATAATTTGAGCTTTAGTAAAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGA--AAAAAG-TATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTATAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTAAATGGGAGCTATCCTAACGAATAATATTTTCAAATTT-AGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTA-----ATCTTAGCAACAATTTAAATTGCAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGG-TTCAAGTCCCTCTATCCCC Philonotis_thwaitesii 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Rhizomnium_punctatum CCACAAACAGAAACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATCACAGATTAACTTATTACACTCCAGATTATCAGACTAAAGAAACTGATATTTTAGCAGCATTTCGAATGACTCCCCAACCGGGAGTACCAGCTGAAGAGGCGGGAGCAGCAGTAGCTGCGGAATCTTCCACCGGTACGTGGACCACTGTCTGGACCGACGGACTTACTAGTCTTGATCGTTACAAGGGACGGTGCTATGGTATTGAAGCAGTTCCTGGAGAAGATAATCAATATATTGCTTATGTTGCTTACCCATTAGATTTATTTGAAGAAGGTTCTGTTACCAATTTATTTACTTCTATTGTTGGTAATGTCTTTGGATTCAAAGCTCTACGAGCTTTACGTCTAGAAGATTTACGTATTCCTCCAGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGCCCAC?TCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGTCGTCCATTATTAGGATGTACCATTAAGCCAAAATTGGGTTTATCTGCTAAAAACTATGGTAGAGCTGTTTATGAATGCCTTCGTGGTGGACTTGATTTCACAAAAGATGATGAAAACGTAAATTCTCAGCCTTTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTTGTAGCTGAAGCTCTTTACAAGTCTCAAGCTGAGACAGGTGAAATTAAAGGACATTATTTGAATGCTACTGCCGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGAGCTTATTTTGCTAGAGAACTAGGCGCTCCTATTGTCATGCATGACTATCTGACAGGTGGTTTTACTGCAAATACTACTTTGGCTCATTACTGTCGTGATAATGGCCTACTTCTTCATATTCACCGTGCGATGCATGCAGTTATTGACCGACAAAAGAACCATGGTATCCATTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTTTATCCGGCGGAGATCATATTCACGCTGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGAACGTCAAGTAACTTTAGGGTTTGTTGATTTACCTCGCGATGACTATATCGAGAAAGATAGAAGCCGTGGTATTTATTTCACCCAAGACTGGGTTTCTTTACCAGGTGTTTTACCCGTAGCTTCTGGCGGTATTCATGTTTGGCATATGCCAGCATTAACCGAAATCTTTGGAGATGATTCTGTATTACAGTTTGGTGGAGGAACTTTAGGTCACCCTTGGGGCAATGCACCTGGTGCAGTTGCTAATAGGGTCGCACTAGAAGCTTGTGTACAAGCCCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGAAGTTATTCGTGAAGCTGCT{AG}AA?GGAGTCCTGAATTAGCTGCTGCTTGTGAAA------CGAAATCGG-TAGACGCTACGGACTTAAATAATTTGAGCTTCAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGA--AAAAAG-TATAAGTAATCCTGAGCCAAATTTTGTAAGACTGAAATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTCTAAATTGCTGAATATTACGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTG-----ATCTCAGCAATAATTTAAATCGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGG-TTCAAGTCCCTCTATC--- Rosulabryum_billarderi CCACCAACAGAAACTAAAGCAAGTGTTGGATTTAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTAACTTATTACACTCCAGATTATCAGACTAAAGAAACTGATATTTTAGCAGCATTTCGAATGACTCCTCAAGCCGGAGTACCGGCTGAAGAGGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCGGAATCTTCCACCGGTACATGGACCACTGTTTGGACTGATGGACTTACTAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTATGATATTGAAGCAGTTGCTGGAGAAGATAATCAATATATTGCTTATGTTGCTTACCCATTAGACTTATTTGAAGAAGGTTCTGTTACCAATTTATTTACTTCTATTGTTGGTAATGTTTTTGGATTTAAAGCTTTACGAGCTTTACGTCTAGAAGATTTACGTATTCCTCCAGCTTATTCCAAAACTTTTCAAGGCCCACCTCATGGTATTCAAGTTGAACGAGATAAATTAAACAAATATGGTCGTCCATTATTAGGATGTACTATTAAGCCAAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAACTATGGTCGAGCTGTATATGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTCACAAAAGATGATGAAAACGTAAATTCTCAACCTTTTATGCGCTGGAGAGATCGTTTCTTATTTTGTGCGGAAGCTATTTATAAAGCACAAGCCGAAACAGGCGAAATTAAAGGGCATTATTTAAATGCTACCGCAGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGAGCTCAATTTGCTAGAGAACTAGGTATGCCTATTGTTATGCATGATTATCTAACCGGTGGTTCTACTGCAAATACTACTTTGGCTCATTATTGCCGTGATAATGGCTAACTTCTTCATATTCATCGTGCAATGCATGCAGTTCTTGACCGCCAAAAAAATCATGGTATGCATTTCCGTGTATTAGCTAAAGCATTACGTTTATCCGGGGGAGACCATATTCACTCTGGTACTGTGGTAGGTAAACTTGAAGGAGAACGTCAAGTAACTTTAGGGTTTGTTGATCTACTTCGTGATGATTATATTGAAAAAGATAGAAGCCGTGGTATTTACTTCACTCAAGACTGGGTTTCTTTACCAGGTGTTTTACCTGTAGCTTCTGGCGGTATTCACGTTTGGCATATGCCAGCATTAACTGAAATTTTTGGGGATGACTCTGTATTACAGTTTGGTGGAGGAACTTTAGGTCATCCTTGGGGTAATGCACCTGGTGCAGTTGCTAATAGAGTTGCTTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGAAGTTATTCGTGAAGCTACTAAATGGAGTCCTGAATTAGCTGCTGCTTGTGAAATTTT--CGAAATCGG-TAGACGCTACGGACTTAAATAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCAAGCTTTCAAATTCAGGGAAACTTAGGTTGA--AAAAAA-TATAAGCAATCCTGAGCCAAATTTTATAAAAATAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACAAAAAAAATTTTATATTTTTTAATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTATGTTAATTTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGG-TTCAAGTCCCTCTATC--- Streptopogon_calymperes CACCAAACGGAGACTAAAGCAGGTGTTGGATTTAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTAACTTATTACACTCCAGATTATCAAACTAAAGAAACTGATATTTTAGCAGCATTTCGAATGACTCCTCAACCAGGAGTACCACCTGAAGAAGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCGGAATCTTCCACTGGTACATGGACTACGGTTTGGACTGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTATAAAGGTCGATGCTATGATATTGAAGCAGTTCCTGGAGAAGAAAATCAATATATCGCTTATGTTGCTTACCCATTAGATTTATTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAATTTATTTACTTCTATTGTTGGTAATGTTTTTGGATTCAAAGCTTTACGAGCTTTGCGTCTAGAAGATTTGCGTATTCCTCCAGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGCCCACCTCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGACAAATTAAACAAATATGGTCGTCCATTATTAGGATGTACTATTAAACCAAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAACTACGGTAGAGCTGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTCACAAAAGATGATGAAAACGTAAATTCTCAGCCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCGGAAGCTATTTACAAATCTCAAGGTGAAACAGGTGAAATTAAAGGGCATTATCTAAATGCTACTGCAGGTACCTGTGAAGAAATGTTAAAAAGAGCTGCATTTGCTAGAGAATTAGGCATGCCTATTGTTATGCATGACTATTTAACAGGTGGTTTTACTGCAAATACTAGTTTAGCTCATTATTGCCGTGATAACGGATTACTTCTTCATATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGACCGACAAAAAAACCATGGTATGCATTTCCGTGTATTAGCTAAAGCATTACGTTTATCCGGTGGAGATCATGTTCACTCTGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGAACGTCAAGTAACTTTAGGCTTTGTGGATTTACTTCGTGATGACTATATTGAAAAAGATAGAAGTCGTGGTATTTATTTCACTCAAGACTGGGTTTCTTTACCAGGTATTTTACCTGTAGCATCTGGCGGTATTCATGTTTGGCATATGCCAGCATTAACTGAAATTTTTGGAGATGACTCTGTATTACAATTTGGTGG{AC}GGAACTTTAGGCCATCCTTGGGGTAACGCACCTGGTGCAGTTGCTAATAGAGTTGCTTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGATATTATTCGTGAAGCTACTAAATGGAGTCCTGAATTAGCTGCTGCTTGTGAAATTTT--CGAAATCGGGTAGACGCTACGGACTTAAATAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAGATGCTAACTTTCAGATTCAGGGAATCTTAGGTTGACCAAAAAAATATAAGTAATCCTGAGCCAAATTTTGAAAAACAAAA-TAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATCCTAACGTGTATAAGTT--AAATCCTAACTTATACACGAGGATAAAGATAGAGTCCGATTTTACATGTTA-----ATTTTAACAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTG------------------------------ Theriotia_kashmirensis 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Timmia_austriaca 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Timmia_megapolitana 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Timmia_megapolitana_bavarica 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Timmia_sibirica 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Timmia_sp. 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Combined) = N: 1-1706; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Combined) = N: 1-1706; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3142 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7915; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3142; TREE Fig._1 = [&R] (Diphyscium_fulvifolium,((((Timmia_megapolitana_bavarica,Timmia_megapolitana,Timmia_sp.),Timmia_austriaca),Timmia_sibirica),(((Streptopogon_calymperes,Barbula_convoluta),Dicranoweisia_cirrata),(Blindia_magellanica,Grimmia_laevigata),(Dicnemon_semicryptum,Dicranum_scoparium)),((Rhizomnium_punctatum,Aulacomnium_turgidum),(Anacolia_menziesii,((Philonotis_thwaitesii,Fleischerobryum_longicolle),Breutelia_arundinifolia),Bartramia_halleriana),Hedwigia_ciliata,Rosulabryum_billarderi)),Theriotia_kashmirensis); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr715] END;