#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 11, 2025; 21:38 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Syring J., Castillo R., Cronn R., & Liston A. 2006. Multiple nuclear loci reveal the distinctiveness of the threatened, neotropical Pinus chiapensis (Pinaceae). Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1631] [ The following blocks are input data for analysis step 3199 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3199; DIMENSIONS NTAX=25; TAXLABELS Pinus_ayacahuite_01S1 Pinus_ayacahuite_12S1 Pinus_ayacahuite_15S2 Pinus_bungeana Pinus_chiapensis_02S1 Pinus_chiapensis_03S4 Pinus_chiapensis_35S1 Pinus_chiapensis_38S1 Pinus_chiapensis_39S1 Pinus_chiapensis_41S1 Pinus_gerardiana Pinus_monticola_01S1 Pinus_monticola_02S2 Pinus_monticola_05S1 Pinus_monticola_06S1 Pinus_monticola_07S1 Pinus_monticola_13S1 Pinus_monticola_16S1 Pinus_squamata Pinus_strobus_01S1 Pinus_strobus_03S2 Pinus_strobus_04S1 Pinus_strobus_09S1 Pinus_strobus_11S3 Pinus_strobus_22S4 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2743] TITLE cesA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3199; DIMENSIONS NCHAR=1056; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Pinus_monticola_07S1 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Pinus_monticola_13S1 TCCAGCTGCGGCCAGACCTAAGGCGAGCCGAGGTTGCTTGCCATCACTATGCTGTTGCTGCTGTTGTTGTCCAAAGTCCAAGAGTATCGATCCTAAGAAATCCGCTCCACAGGAAGATTTAAATGCTGCAATCTTCAATCTGCAAGAAATGCAAAGTAAGTAATGCAAAAAGTGACAGTTTGGTCTCATATTCAGTTTTGTGTCAACAGATAGTGAATGTTAATACAGCTCATAAAGTTTAAAATTATTATTTTGTCCATAATTTCACCTCGATTTTGGGGGCTCAGAAAATTTTGAAACATATTTATCTGTCTCATCCAACCCTTGAAAAGCCCCAAACCTCATTTAGGCCATTATTATTTTTTACAAAACAGATTTGTATTATACAATTTTGTGGGTGGTTTTTAGAAAATACATGAGGCATTGCAGAGTTGAGTTATCGATATTTTTTAATTGTTTATGATTTT??????????????????????AACAAAAA?GAAGGGTTCTGTAGGTGAAGCTCTTACAAAATT???????????????????TTACAACACAAAATTTGATTAGGGAAGTTATTTTT???AGTAGATTTCATCAGCCATTAGAGAATTATAGTAGGCTCTATTTTTTTGCCATTAATCACCTATACCTTCTGTTTCT??AATGAAATCTCTTAAGACATAGAAATATATTTTGAATAGGATATCTTCCTCAACTTTAGGAAAGAATTTCACATAACTGTCCTGTCCACTTAATGCACTTTGGCTAAAGCTAACAAAAATCTAGAGTAA?TATCATATATTGCTGCATTTTTCATATAACCCAGATCCCTTAAGGTAGTGAAAAATATTATTATTGGCACCTGGGGTTAACTTCTTAGTCATTGAGTTGATGTTAGAGGCTTTATTGCCCTCTTTTCTTAAAATTCTCTAAATTTGTATCAATCTCCATCTACATATGCCTGGGCAAGATCAAAACAGTATTTTAAAATTTAACGGTAATGATTTGCTCTTGTAACAGGTTACGATGATACCCACCCCACAAACCAACC Pinus_monticola_16S1 TCCAGCTGCGGCCAGACCTAAGGCGAGCCGAGGTTGCTTGCCATCACTATGCTGTTG{CG}TGCTGTTGTTGTCCAAAGTCCAAGAGTATCGATCCTAAGAAATCCGCTCCACAGGAAGATTTAAATGCTGCAATCTTCAATCTGCAAGAAATGCAAAGTAAGTAATGCAAAAAGTGACAGTTTGGTCTCATATTCAGTTTTGTGTCAACAGATAGTGAATGTTAATACAGCTCATAAAGTTTAAAATTATTATTTTGTCCATAATTTCACCTCGATTTTGGGGGCTCAGAAAATTTTGAAACATATTTATCTGTCTCATCCAACCCTTGAAAAGCCCCAAACCTCATTTAGGCCATTATTATTTTTTACAAAACAGATTTGTATTATACAATTTTGTGGGTGGTTTTTAGAAAATACATGAGGCATTGCAGAGTTGAGTTATCAATATTTTTTAATTGTTTATGATTTT??????????????????????AACAAAAA?GAAGGGTTCTGTAGGTGAAGCTCTTACAAAATT???????????????????TTACAACACAAAATTTGATTAGGGAAGTTATTTTT???AGTAGATTTCATCAGCCATTAGAGAATTATAGTAGGCTCTATTTTTTTGCCATTAATCACCTATACCTTCTGTTTCT??AATGAAATCTCTTAAGACATAGAAATATATTTTGAATAGGATATCTTCCTCAACTTTAGGAAAGAATTTCACATAACTGTCCTGTCCACTTAATGCACTTTGGCTAAAGCTAACAAAAATCTAGAGTAA?TATCATATATTGCTGCATTTTTCATATAACCCAGATCCCTTAAGGTAGTGAAAAATATTATTATTGGCACCTGGGGTTAACTTCTTAGTCATTGAGTTGATGTTAGAGGCTTTATTGCCCTCTTTTCTTAAAATTCTCTAAATTTGTATCAATCTCCATCTACATATGCCTGGGCAAGATCAAAACAGTATTTTAAAATTTAACGGTAATGATTTGCTCTTGTAACAGGTTACGATGATACCCACCCCACAAACCAACC Pinus_squamata TCCAGCTGCGGCCAGACCTAAGGCGAGCCGAGGTTGCTTGCCATCACTGTGCTGTTGCTGCTGTTGTTGTCCAAAGTCCAAGAGTATCGATCCTAAGAAATCCGCTCCACAGGAAGATTTAAATGCTGCAATCTTCAATCTGCAAGAAATGCAGAGTAAGTAATGCAAAAAGTGACAGTTTGGTCTCATATTCAGTTTTGTGTCAACAGATAGTGAATGTTA?TACAGCTCATAAAGTTTAAAATTATTATTTTGTCCATAATTTCACCTGGATTTTGGGGGCTCAGAAAATTTTGAAACATATTTATCTGTCTCATCCAACCCTTGAAAAGCCCCAAACCTCATTTAGGCCATTATTATTTTTTACAAAACAGATTTGTATTATACAATTTTGTGGGTGGTTTTTAGAAAACACATGAGGCATTGCAGAGTTGAGTTATCAATAATTTTTAATTGTTTATGATTTTATTGCGGAGGATATACCTGAATAACAAAAA?GAAGGGTTCTGTAGGTGAAGCTCTTACAAAATTATTCCAACAAAACACAAATTTACAACACAAAATCTGATTAGGGAATTTTTTTTT???AGTAGATTTCATCAGCCATTAGAGAATTATAGTA?GCTCTATTTTTT?GCCATTAATCACCTATACCTTCTGTTTCTCTAATGAAATCTCTTAAGACATAGAAATATATTTTGGATAGGATATCTTCCTCAACTTTAGGAAAGAATTTCACATAACTGTCCTGTCCACTTAATGCACTTTGGCTAAAGCTAACAAAAATCTGGAGTAAATATCATATATTGCTGCATTTTTCATATAACCCAGACCCCTTAAGGTAGTGAAAAATATTGTTATTGGTGCCTGGGATTAACTTCTTAGTCATTGAGTTGATGTTAGAGGCTTTATTGCCCTCTTTTCTTAAAATTCTCTAAATTTGTATCAATCTCCATCTACATATGCCTGGGCAAGATCAAAACAGTATTTT?????????????????????????????????????????????CCCCAACACACCAC?AAACA Pinus_strobus_01S1 TCCAGCTGCGGCCAGACCTAAGGCGAGCCGAGGTTGCTTGCCATCACTATGCTGTTGCTGCTGTTGTTGTCCAAAGTCCAAGAGTATCGATCCTAAGAAATCCGCTCCACAGGAAGATTTAAATGCTGCAATCTTCAATCTGCAAGAAATGCAAAGTAAGTAATGCAAAAAGTGACAGTTTGGTCTCATATTCAGTTTTGTGTCAACAGATAGTGAATGTTAATACAGCTCATAAAGTTTAAAATTATTATTTTGTCCATAATTTCACCTCGATTTTGGGGGCTCAGAAAATTTTGAAACATATTTATCTGTCTCATCCAACTCTTGAAAAGCCCCAAACCTCATTTAGGCCATTATTATTTTTTACAAAACAGATTTGTATTATACAATTTTGTGGGTGGTTTTTAGAAAATACATGAGGCATTGCAGAGTTGAGTTATCAATATCTTTTAATTGTTTATGATTTTATTGAGGAGGATATACCTGAATAACAAAAAGGAAGGGTTCTGTAGGTGAAGCTCTTACAAAATT???????????????????TTACAACACAAAATCTGATTAGGGAAGTTATTTTT???AGTAGATTTCATCAGCCATTAGAGAATTATAGTAGGCTCTATTTTTT?GCCATTAATCACCTATACCTTCTGTTTCTCTAATGAAATCTCTTAAGACATAGAAATATATTTTGAATAGAATATCTTCCTCAACTTTCGGAAATAATTTCACATAACTGTCCTGTCCACTTAATGCACTTTGGCTAAAGCTAACAAAAATCTAGAGTAA?TATCATATATTGCTGCATTTTTCATATAACCCAGATCCCTTAAGGTAGTGAAAAATATTATTATTGACACCTGGGGTTAACTTCTTAGTCATTGAGTTGATGTTAGAGGCTTTATTGCCCTCTTTTCTTAAAATTCTCTAAATTTGTATCAATCTCCATCTACATATGCCTGGGCAAGATCAAAGCAGTATTTTAAAATTTAACGGTAATGATTTGCTCTTGTAACAGGTTACGATGATACCCAAACCACAAC?AAACC Pinus_strobus_03S2 TCCAGCTGCGGCCAGACCTAAGGCGAGCCGAGGTTGCTTGCCATCACTATGCTGTTGCTGCTGTTGTTGTCCAAAGTCCAAGAGTATCGATCCTAAGAAATCCGCTCCACAGGAAGATTTAAATGCTGCAATCTTCAATCTGCAAGAAATGCAAAGTAAGTAATGCAAAAAGTGACAGTTTGGTCTCATATTCAGTTTTGTGTCAACAGATAGTGAATGTTAATACAGCTCATAAAGTTTAAAATTATTATTTTGTCCATAATTTCACCTCGATTTTGGGGGCTCAGAAAATTTTGAAACATATTTATCTGTCTCATCCAACTCTTGAAAAGCCCCAAACCTCATTTAGGCCATTATTATTTTTTACAAAACAGATTTGTATTATACAATTTTGTGGGTGGTTTTTAGAAAATACATGAGGCATTGCAGAGTTGAGTTATCAATATCTTTTAATTGTTTATGATTTTATTGAGGAGGATATACCTGAATAACAAAAAGGAAGGGTTCTGTAGGTGAAGCTCTTACAAAATT???????????????????TTACAACACAAAATCTGATTAGGGAAGTTATTTTT???AGTAGATTTCATCAGCCATTAGAGAATTATAGTAGGCTCTATTTTTTTGCCATTAATCACCTATACCTTCTGTTTCTCTAATGAAATCTCTTAAGACATAGAAATATATTTTGAATAGAATATCTTCCTCAACTTTCGGAAATAATTTCACATAACTGTCCTGTCCACTTAATGCACTTTGGCTAAAGCTAACAAAAATCTAGAGTAA?TATCATATATTGCTGCATTTTTCATATAACCCAGATCCCTTAAGGTAGTGAAAAATATTATTATTGACACCTGGGGTTAACTTCTTAGTCATTGAGTTGATGTTAGAGGCTTTATTGCCCTCTTTTCTTAAAATTCTCTAAATTTGTATCAATCTCCATCTACATATGCCTGGGCAAGATCAAAGCAGTATTTTAAAATTTAACGGTAATGATTTGCTCTTGTAACAGGTTACGATGATACCCAAACCACAAACAAACC Pinus_strobus_04S1 TCCAGCTGCGGCCAGACCTAAGGCGAGCCGAGGTTGCTTGCCATCACTATGCTGTTG{CG}TGCTGTTGTTGTCCAAAGTCCAAGAGTATCGATCCTAAGAAATCCGCTCCACAGGAAGATTTAAATGCTGCAATCTTCAATCTGCAAGAAATGCAAAGTAAGTAATGCAAAAAGTGACAGTTTGGTCTCATATTCAGTTTTGTGTCAACAGATAGTGAATGTTAATACAGCTCATAAAGTTTAAAATTATTATTTTGTCCATAATTTCACCTCGATTTTGGGGGCTCAGAAAATTTTGAAACATATTTATCTGTCTCATCCAACTCTTGAAAAGCCCCAAACCTCATTTAGGCCATTATTATTTTTTACAAAACAGATTTGTATTATACAATTTTGTGGGTGGTTTTTAGAAAATACACGAGGCATTGCAGAGTTGAGTTATCAATATCTTTTAATTGTTTATGATTTTATTGAGGAGGATATACCTGAATAACAAAAAGGAAGGGTTCTGTAGGTGAAGCTCTTACAAAATT???????????????????TTACAACACAAAATCTGATTAGGGTAGTTATTTTT???AGTAGATTTCATCAGCCATTAGAGAATTATAGTAGGCTCTATTTTTT?GCCATTAATCACCTATACCTTCTGTTTCTCTAATGAAATATCTTAAGACATAGAAATATATTTTGAATAGAATATCTTCCTCAACTTTAGGAAATAATTTCACATAACTGTCCTGTCCACTTAATGCACTTTGGCTAAAGCTAACAAAAATCTAGAGTAA?TATCATATATTGCTGCATTTTTCATATAACCCAGATCCCTTAAGGTAGTGAAAAATATTATTATTGGCACCTGGGGTTAACTTCTTAGTCATTGAGTTGATGTTAGAGGCTTTATTGCCCTCTTTTCTTAAAATTCTCTAAATTTGTATCAATCTCCATCTACATATGCCTGGGCAAGATCAAAGCAGTATTTTAAAATTTAACGGTAATGATTTGCTCTTGTAACAGGTTACGATGATACCCAAACCACAAC?AAACC Pinus_strobus_09S1 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Pinus_strobus_11S3 TCCAGCTGCGGCCAGACCTAAGGCGAGCCGAGGTTGCTTGCCATCACTATGCTGTTGCTGCTGTTGTTGTCCAAAGTCCAAGAGTATCGATCCTAAGAAATCCGCTCCACAGGAAGATTTAAATGCTGCAATCTTCAATCTGCAAGAAATGCAAAGTAAGTAATGCAAAAAGTGACAGTTTGGTCTCATATTCAGTTTTGTGTCAACAGATAGTGAATGTTAATACAGCTCATAAAGTTTAAAATTATTATTTTGTCCATAATTTCACCTCGATTTTGGGGGCTCAGAAAATTTTGAAACATATTTATCTGTCTCATCCAACTCTTGAAAAGCCCCAAACCTCATTTAGGCCATTATTATTTTTTACAAAACAGATTTGTATTATACAATTTTGTGGGTGGTTTTTAGAAAATACACGAGGCATTGCAGAGTTGAGTTATCAATATCTTTTAATTGTTTATGATTTTATTGAGGAGGATATACCTGAATAACAAAAAGGAAGGGTTCTGTAGGTGAAGCTCTTACAAAATT???????????????????TTACAACACAAAATCTGATTAGGGTAGTTATTTTT???AGTAGATTTCATCAGCCATTAGAGAATTATAGTAGGCTCTATTTTTT?GCCATTAATCACCTATACCTTCTGTTTCTCTAATGAAATATCTTAAGACATAGAAATATATTTTGAATAGAATATCTTCCTCAACTTTAGGAAATAATTTCACATAACTGTCCTGTCCACTTAATGCACTTTGGCTAAAGCTAACAAAAATCTAGAGTAA?TATCATATATTGCTGCATTTTTCATATAACCCAGATCCCTTAAGGTAGTGAAAAATATTATTATTGGCACCTGGGGTTAACTTCTTAGTCATTGAGTTGATGTTAGAGGCTTTATTGCCCTCTTTTCTTAAAATTCTCTAAATTTGTATCAATCTCCATCTACATATGCCTGGGCAAGATCAAAGCAGTATTTTAAAATTTAACGGTAATGATTTGCTCTTGTAACAGGT?????????ACCCAAACCACAAC?AAACC Pinus_strobus_22S4 TCCAGCTGCGGCCAGACCTAAGGCGAGCCGAGGTTGCTTGCCATCACTGTGCTGTTG{CG}TGCTGTTGTTGTCCAAAGTCCAAGAGTATCGATCCTAAGAAATCCGCTCCACAGGAAGATTTAAATGCTGCAATCTTCAATCTGCAAGAAATGCAAAGTAAGTAATGCAAAAAGTGACAGTTTGGTCTCATATTCAGTTTTGTGTCAACAGATAGTGAATGTTAATACAGCTCATAAAGTTTAAAATTATTATTTTGTCCATAATTTCACCTCGATTTTGGGGGCTCAGAAAATTTTGAAACATATTTATCTGTCTCATCCAACCCTTGAAAAGCCCCAAACCTCATTTAGGCCATTATTATTTTTTACAAAACAGATTTGTATTATACAATTTTGTGGGTGGTTTTTAGAAAATACATGAGGCATTGCAGAGTTGAGTAATCAATATTTTTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCCATTAGAGAATTATAGTAG?CTCTATTTTTT?GCCATTAATCACCTATACCTTCTGTTTCTCTAATGAAATCTCTTA?GACATAGAAATATATTTTGAATAGGATATCTTCCTCAACTTTAGGAAAGAATTTCACATAACTGTCCTGTCCACTTAATGCACTTTGGCTAAAGCTAACAAAAATCTAGAGTAA?TATCATATATTGCTGCATTTTTCATATAACCCAGATCCCTTAAGGTAGTGAAAAATATTATTATTGGCACCCGGGGTTAACTTCTTAGTCATTGAGTTGATGTTAGAGGCTTTATTGCCCTCTTTTCTTAAAATTCTCTAAATTTGTATCAATCTCCATCTACATATGCCTGGGCAAGATCAAAACAGTATTTTAAAATTTAACGGTAATGATTTGCTCTTGTAACAGGTTATGATGATACC?C??????ACC?ACACC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = cesA) = N: 1-1056; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = cesA) = N: 1-1056; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3199 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7972; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3199; TREE Fig._4.3 = [&R] ((Pinus_bungeana,(Pinus_gerardiana,Pinus_squamata)),(((((Pinus_chiapensis_02S1,Pinus_chiapensis_03S4,Pinus_chiapensis_35S1,Pinus_chiapensis_38S1,Pinus_chiapensis_39S1,Pinus_chiapensis_41S1),((Pinus_strobus_01S1,(Pinus_strobus_09S1,Pinus_strobus_03S2)),(Pinus_strobus_11S3,Pinus_strobus_04S1))),(Pinus_monticola_13S1,Pinus_monticola_16S1)),(Pinus_strobus_22S4,(Pinus_ayacahuite_15S2,Pinus_ayacahuite_01S1,Pinus_ayacahuite_12S1))),((Pinus_monticola_02S2,Pinus_monticola_06S1,Pinus_monticola_05S1,Pinus_monticola_01S1),Pinus_monticola_07S1))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr769] END; BEGIN TREES; TITLE Tb7972; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3199; TREE Fig._4.2 = [&R] (((Pinus_bungeana,Pinus_gerardiana),Pinus_squamata),(((((Pinus_chiapensis_02S1,Pinus_chiapensis_03S4,Pinus_chiapensis_35S1,Pinus_chiapensis_38S1,Pinus_chiapensis_39S1,Pinus_chiapensis_41S1),((Pinus_strobus_01S1,(Pinus_strobus_09S1,Pinus_strobus_03S2)),(Pinus_strobus_11S3,Pinus_strobus_04S1))),(Pinus_monticola_13S1,Pinus_monticola_16S1)),(Pinus_strobus_22S4,(Pinus_ayacahuite_15S2,Pinus_ayacahuite_01S1,Pinus_ayacahuite_12S1))),((Pinus_monticola_02S2,Pinus_monticola_06S1,Pinus_monticola_05S1,Pinus_monticola_01S1),Pinus_monticola_07S1))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr768] END;