#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 10, 2025; 12:19 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Zhang L., Simmons M., & Renner S.S. 2007. A phylogeny of Anisophylleaceae based on six nuclear and plastid loci: Ancient disjunctions and recent dispersal between South America, Africa. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1727] [ The following blocks are input data for analysis step 3421 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3421; DIMENSIONS NTAX=46; TAXLABELS Anisophyllea_cinnamomoides Anisophyllea_corneri Anisophyllea_disticha Anisophyllea_fallax Anisophyllea_manausensis Anisophyllea_meniaudi Anisophyllea_myriosticta Anisophyllea_obtusifolia Anisophyllea_polyneura Anisophyllea_pomifera Anisophyllea_purpurascens Anisophyllea_sororia Begonia_herbacea Begonia_oxyloba Brexia_madagascariensis Coccinia_sessilifolia Combretocarpus_rotundatus Coriaria_myrtifolia Coriaria_nepalensis Coriaria_ruscifolia Coriaria_sarmentosa Corynocarpus_laevigatus Datisca_cannabina Datisca_glomerata Dendrosicyos_socotranus Ecballium_elaterium Fagus_grandifolia Glycine_max Gurania_tubulosa Gynostemma_pentaphyllum Hillebrandia_sandwichensis Juglans_nigra Lagenaria_breviflora Larrea_tridentata Marah_macrocarpus Neoalsomitra_sarcophylla Octomeles_sumatrana Oxalis_stricta Poga_oleosa Polygonanthus_amazonicus Prunus_persica Schizopepon_bryoniifolius Seyrigia_humbertii Tetrameles_nudiflora Xerosicyos_danguyi Ziziphus_obtusifolia ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1716] TITLE 'atpB-Aniso'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3421; DIMENSIONS NCHAR=1473; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Anisophyllea_sororia 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Begonia_herbacea 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Begonia_oxyloba 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Coccinia_sessilifolia 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Combretocarpus_rotundatus 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Datisca_cannabina 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Datisca_glomerata 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Dendrosicyos_socotranus 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Ecballium_elaterium 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Fagus_grandifolia 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Glycine_max 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Gurania_tubulosa 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Gynostemma_pentaphyllum 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Hillebrandia_sandwichensis 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Juglans_nigra 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Neoalsomitra_sarcophylla 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Octomeles_sumatrana TCCCGGGGTTTCCACCCTTGACAAAAAAAACTTGGGACGTATCGCTCAAATCATTGGTCCGGTACTGGATGTAGCTTTTCCCCCGGGCAAAATGCCTAATATTTACAACGCTCTGGTAGTTAAGGGTCGAGATACTGCCGGTCAACAAATTAATGTGACTTGTGAAGTACAGCAATTATTAGGAAATAATCGAGTTAGAGCTGTAGCTATGAGTGCTACAGATGGTCTAATGAGAGGAATGGAAGTGCTTGACACAGGAGCTCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGCGGAGCAACTCTAGGACGAATTTTCAACGTGCTTGGAGAGCCTATTGATAATTTGGGTCCGGTAGATACTCGCACAACATCTCCTATTCATAGATCCGCGCCTGCCTTTATACAGTTAGATACAAAATTATCTATTTTTGAAACAGGAATTAAAGTAGTAGATCTTTTAGCTCCTTATCGCCGTGGAGGAAAAATAGGGCTATTCGGGGGGGCTGGAGTGGGTAAAACAGTACTCATTATGGAATTGATCAACAACATTGCCAAAGCTCATGGGGGTGTATCCGTATTTGGCGGAGTAGGTGAACGTACTCGTGAAGGAAATGATCTTTACATGGAAATGAAAGAATCTGGAGTAATTAATGAACAAAATATTGCAGAATCAAAAGTGGCTCTAGTCTACGGTCAGATGAATGAACCGCCGGGAGCTCGTATGAGAGTTGGTTTAACTGCCCTAACTATGGCGGAATATTTCCGAGATGTTAATGAACAAGACGTGCTTCTATTTATCGACAATATCTTCCGTTTCGTCCAAGCGGGATCCGAAGTATCTGCCTTACTGGGAAGAATGCCTTCCGCTGTAGGTTATCAACCCACTCTTAGTACCGAAATGGGTTCTTTACAAGAAAGAATTACTTCTACCAAGGAAGGGTCCATAACTTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCTGCGGACGATTTGACCGATCCTGCTCCTGCCACGACATTTGCACATTTAGATGCTACTACCGTACTATCAAGAGGATTAGCTGCCAAAGGTATCTATCCAGCAGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTACAACCTCGGATCGTAGGTGAAGAACATTATGAAACTGCGCAAAGAGTTAAACAAACTTTACAACGTTACAAAGAACTTCAGGACATTATCGCTATCCTTGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGATTAACCGTAGCAAGAGCACGAAAAATTGAACGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACTGGTTCCCCGGGCAAATATGTTGGTCTAACAGAAACTATTAGAGGGTTTAAATTAATCCTTTCCGGAGAATTAGATGGTCTTCCTGAACAAGCTTTTTATTTGGTAGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTA------GAAATGGAGAGCAAATTGAAGAA Oxalis_stricta 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Poga_oleosa 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Polygonanthus_amazonicus 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Prunus_persica 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Schizopepon_bryoniifolius ---------------------TGAAAAACACTCGGGACGTATCGCTCAAATCATTGGTCCGGTACTAGATGTAGCTTTTCCCCCGGGGAAAATGCCTAATATTTACAACGCTTTGATAGTGAAAGGTCAAGATACTACCGGTCAAGAAATTAATGTGACTTGTGAAGTACAGCAATTATTAGGAAATAATCGAGTTAGAGCTGTAGCTATGAGTGCTACAGATGGTCTAATGAGAGGACTGGAAGTGATTGACACGAAAGCTCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGCGGAGCGACTCTCGGCCGAATTTTCAACGTGCTTGGAGAGCCTATTGATAATTTGGGTCCTGTAGATACTCGCACAACATCTCCTATTCATAGATCCGCCCCCGCTTTTATACAGTTAGATACAAAATTATCTATTTTTGAAACAGGAATTAAAGTAGTAGATCTTTTAGCCCCTTATCGCCGTGGAGGAAAAATAGGACTATTCGGAGGGGCTGGAGTGGGTAAAACAGTACTTATTATGGAATTGATCAACAACATTGCCAAAGCTCATGGAGGTGTATCCGTATTTGGAGGAGTAGGTGAACGTACTCGTGAAGGAAATGATCTTTACACTGGAATGAAAGAATCCGGAGTAATTAATGAAGAAAATATTGCAGAATCAAAAGTGGCTCTAGTCTACGGTCAGATGAATGAACCGCCGGGAGCTCGTATGAGAGTTGGTTTAACTGCCCTAACTATGGCGGAATATTTCCGAGATGTTAATGAACAAGACGTGCTTCTATTTATCGACAATATCTTCCGTTTCGTTCAAGCGGGATCTGAAGTATCCGCGTTACTAGGTAGAATGCCTTCGGCTGTGGGTTATCAACCCACTCTTAGTACCGAAATGGGTTCCTTACAAGAAAGAATTACTTCTACCAAGGAAGGGTCCATAACTTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCTGCGGATGATTTGACCGATCCTGCTCCTGCCACCACATTTGCACATTTGGATGCTACTACCGTACTATCAAGAGGATTAGCTGCCAAAGGTATCTATCCAGCAGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTACAACCTCGGATCGTTGGTGAAGAACATTATGAAACTGCGCAAAGAGTTAAACAAACTTTACAACGTTACAAAGAACTGCAGGACATTATAGCTATCCTTGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGCTTAACCGTAGCACGAGCACGAAAAATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACTGGGTCCCCGGGGAAATACGTTGGCCTAGCAGAAACAATTAGAGGGTTTAAATTAATCCTTTCCGGAGAATTAGATGGTCTTCCCGAACAAGCCTTTTATTTGGTAGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTA------GAAATGGAGAGCAAATTGAAGA- Seyrigia_humbertii 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Tetrameles_nudiflora T{CT}CTGGGGTTTCCACGCTTGACAAAAAAAACTTGGA{AC}CGTATCGCTCAAATCATTGGTCCGGTACTGGATGTAGCTTTTCCCCCGGGCAAAATGCCTAATATTTACAACGCTCTGGTAGTTAAGGGTCGAGATACCGCCGGTCAACAAATTAATGTGACTTGTGAAGTACAGCAATTATTAGGAAATAATCGAGTTAGAGCTGTAGCTATGAGTGCTACAGATGGTCTAACGAGAGGAATGGAAGTGCTTGACACAGGAGCTCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGCGGAGCAACTCTAGGACGAATTTTCAACGTCCTTGGAGAGCCTATTGATAATTTGGGTCCTGTAGATACTCGCACAACATCTCCTATTCATAGATCCGCACCTGCCTTTATACAGTTAGATACTAAATTATCTATTTTTGAAACAGGAATTAAAGTAGTAGATCTTTTAGCTCCTTATCGCCGTGGAGGAAAAATAGGACTATTCGGGGGGGCTGGAGTGGGTAAAACAGTACTCATTATGGAATTGATCAACAACATTGCCAAAGCTCATGGAGGTGTATCCGTATTTGGCGGAGTAGGTGAACGTACTCGTGAAGGAAATGATCTTTACATGGAAATGAAAGAATCTGGAGTAATTAATGAACAAAATATTGCAGAATCAAAAGTGGCTCTAGTCTACGGTCAGATGAATGAACCGCCGGGAGCTCGTATGAGAGTTGGTTTAACTGCCCTAACTATGGCGGAATATTTCCGAGATGTTAATGAACAAGACGTGCTTCTATTTATCGACAATATCTTCCGTTTCGTCCAAGCGGGATCCGAAGTATCTGCCTTACTGGGCAGAATGCCTTCTGCTGTGGGTTATCAACCCACTCTTAGTACCGAAATGGGTTCTTTACAAGAAAGAATTACTTCTACCAAGGAAGGGTCCATAACTTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCTGCGGACGATTTGACCGACCCTGCTCCTGCCACGACATTTGCACATTTAGATGCTACTACCGTACTATCAAGAGGATTAGCTGCCAAAGGTATCTATCCAGCAGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTCCAACCTCGGATCGTAGGTGAAGAACATTATGAAACTGCGCAAAGAGTTAAACAAACTTTACAACGTTACAAAGAACTTCAGGACATTATAGCTATCCTTGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGATTAACCGTAGCAAGAGCACGAAAAATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACTGGTTCCCCGGGGAAATATGTTGGTCTAGCAGAAACTATTAGAGGGTTTAAATTAATCCTTTCCGGAGAATTAGATGGTCTTCCTGAACAAGCCTTTTATTTGGTAGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTA----------------------------- Xerosicyos_danguyi TTCTGACGTTTCCACGCTTGAAAAAAAAAAC{CT}TGGGACGT{AGT}TCGT{CT}CAAATCATTGGTCCGGTACTAGATGTAGGTTTTCCCCCGGG{AC}AAAATGCCTAATATTTACAACGCTTTGGTAGTTAAAGGGCGAGATACTGTCGGTCAAGAAATTAATGTCACTTGTGAAGTACAGCAATTATTAGGAAATAATCGAGTTAGAGCTGTAGCTATGAGTGCTACAGATGGTCTAATGAGAGGAATGGAAGTGATTGACACGAGAGCTCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGCGGAGCGACTCTCGGACGAATTTTCAACGTGCTTGGAGAGCCTATTGATAATTTGGGTCCTGTAGATACGCGCACAACATCTCCTATTCATAGATCTGCCCCCTGCTTTATACAGTTAGATACAAAATTATCTATTTTTGAAACAGGAATCAAAGTAGTAGATCTTTTAGCCCCTTATCGCCGTGGAGGAAAAATAGGACTATTCGGAGGGGCTGGAGTGGGTAAAACAGTACTCATTATGGAATTGATCAACAACATTGCCAAAGCTCATGGAGGTGTCTCCGTATTTGGAGGAGTAGGTGAACGTACTCGTGAAGGAAATGATCTTTACATGGAAATGAAAGAATCCGGAGTAATTAATGAACAAAATATTGCAGAATCAAAAGTGGCTCTAGTCTACGGTCAGATGAATGAACCGCCGGGAGCTCGTATGAGAGTTGGTTTAACTGCCCTAACTATGGCGGAATATTTCCGAGATGTTAATGAACAAGACGTGCTTCTATTTATCGACAATATCTTCCGTTTCGTCCAAGCGGGATCCGAAGTATCCGCCTTACTGGGTAGAATGCCTTCGGCTGTGGGTTATCAACCCACTCTTAGTACCGAAATGGGTTCCTTACAAGAAAGAATTACTTCTACCAAGGAAGGGTCCATAACTTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCTGCGGACGATTTGACCGATCCTGCTCCTGCCACGACATTTGCACATTTGGATGCTACTACCGTACTATCAAGAGGATTAGCTGCCAAAGGTATCTATCCAGCAGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTACAACCTCGAATCGTTGGTGAAGAACATTATGAAACTGCGCAAAGAGTTAAACAAACTTTACAACGTTACAAAGAACTGCAGGACATTATAGCTATCCTTGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGCTTAACCGTAGCAAGAGCACGAAAAATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACTGGTTCCCCGGGTAAATACTGTGGCCTAGCCGAAACAATTAGAGGGTTTAAATTAATCCTTTCCGGAGAATTAGATGGTCTTCCCGAACAAGCCTTTTATTTGGTAGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAATTTA------GAAATGGAGAGCAAA-------- Ziziphus_obtusifolia --------------------------GTAAACAGGGGCGTATTGCTCAAATCATTGGTCCGGTATTGGATGTAGCTTTTCCACCGGGCAAGATGCCTAATATTTACAACGCTCTGGTAGTTAAGGGTCAAGATACTGTTGGTCAAAAAATTAATGTGACTTGTGAAGTACAGCAATTATTAGGAAATAATCGAGTTAGAGCTGTAGCTATGAGTGCTACAGAGGGTCTAACGAGAGGAATGGAAGTGATTGACACAGGAGCTCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGCGGAGCGACGCTAGGACGAATTTTCAACGTGCTTGGAGAGCCCGTTGATAATTTAGGTCCTGTAGATACTCGCACAACATCGCCTATTCATAGATCTGCGCCTGCCTTTATACAGTTAGATACAAAATTATCGATTTTTGAAACAGGAATTAAAGTAGTAGATCTTTTAGCCCCTTATCGCCGTGGAGGAAAAATAGGACTATTCGGGGGAGCGGGAGTGGGTAAAACAGTACTCATTATGGAATTGATCAACAACATTGCTAAAGCTCATGGGGGCGTATCCGTATTTGGCGGAGTAGGTGAACGTACTCGTGAAGGCAATGATCTTTACATAGAAATGAAAGAATCTGGAGTAATTAATGAAAAAAATATTTCAGAATCAAAAGTAGCTCTAGTCTACGGTCAGATGAATGAACCGCCGGGAGCGCGTATGAGAGTTGGTTTAACTGCCCTAACTATGGCGGAATATTTCCGAGATGTTAATGAGCAAGACGTACTTCTATTTATTGACAATATCTTTCGTTTTGTCCAAGCGGGATCCGAAGTATCGGCCTTGTTGGGTAGAATGCCCTCCGCTGTAGGTTATCAACCCACTCTTAGTACCGAAATGGGTACTTTACAAGAAAGAATTACTTCTACCAAAGAGGGGTCCATAACTTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCCGCGGACGATTTGACCGATCCCGCGCCGGCCACAACATTTGCACATTTAGATGCTACTACCGTACTATCAAGAGGATTGGCTGCCAAAGGTATCTATCCAGCAGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTCCAACCTCGGATCGTTGGTGAAGAACATTACGAAACTGCGCAAAGAGTTAAACAAACTTTACAACGTTACAAAGAACTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAAGATCGCTTAACCGTAGCAAGAGCACGAAAAATTGAGCGTTTCCTATCACAACCCTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACCGGTTCACCAGGGAAATATGTTGGTCTAGCAGAAACAATTAGAGGATTTAAATTGATCCTTTCTGGCGAATTAGATGGTCTTCCTGAACAGGCTTTTTATTTGGTAGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTA------GAAATGGAGAGCAAATTGAAGAA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'atpB-Aniso') = 1: 2-1472\3, 2: 3-1473\3, 3: 1-1471\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'atpB-Aniso') = 1: 2-1472\3, 2: 3-1473\3, 3: 1-1471\3; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3421 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8194; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3421; TREE 'Strict atpB-Ansio' = [&R] ((((((Anisophyllea_cinnamomoides,(((Anisophyllea_corneri,Anisophyllea_disticha),(Anisophyllea_meniaudi,Anisophyllea_sororia)),(Anisophyllea_fallax,Anisophyllea_myriosticta),(Anisophyllea_obtusifolia,Anisophyllea_pomifera,Anisophyllea_purpurascens),Anisophyllea_polyneura),Anisophyllea_manausensis,Combretocarpus_rotundatus,Poga_oleosa,Polygonanthus_amazonicus),(((Begonia_herbacea,Begonia_oxyloba),Hillebrandia_sandwichensis),(((((Coccinia_sessilifolia,Lagenaria_breviflora),(Dendrosicyos_socotranus,(Gurania_tubulosa,Seyrigia_humbertii))),(Ecballium_elaterium,Schizopepon_bryoniifolius),Marah_macrocarpus),Xerosicyos_danguyi),(Gynostemma_pentaphyllum,Neoalsomitra_sarcophylla)),(((Coriaria_myrtifolia,Coriaria_nepalensis),(Coriaria_ruscifolia,Coriaria_sarmentosa)),Corynocarpus_laevigatus),(Datisca_cannabina,Datisca_glomerata),(Octomeles_sumatrana,Tetrameles_nudiflora))),((Fagus_grandifolia,Juglans_nigra),(Glycine_max,Ziziphus_obtusifolia))),Prunus_persica),Oxalis_stricta),Brexia_madagascariensis,Larrea_tridentata); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr958] END;