#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 0:31 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Doust A., Penly A., Jacobs S., & Kellogg E. 2007. Congruence, Conflict, and Polyploidization Shown by Nuclear and Chloroplast Markers in the Monophyletic “Bristle Clade” (Paniceae, Panicoideae, Poaceae). Systematic Botany, 32(3): 531-544. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1731] [ The following blocks are input data for analysis step 3431 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3431; DIMENSIONS NTAX=37; TAXLABELS Cenchrus_calyculatus Cenchrus_ciliaris Cenchrus_echinatus Cenchrus_myosuroides Cenchrus_pilosus Cenchrus_setigerus Ixophorus_unisetus Panicum_bulbosum_1 Panicum_bulbosum_2 Panicum_bulbosum_3 Panicum_bulbosum_5 Panicum_miliaceum Paspalidium_aversum Paspalidium_distans Paspalidium_jubiflorum Pennisetum_alopecuroides Pennisetum_flaccidum Pennisetum_glaucum Pennisetum_villosum Pseudoraphis_paradoxa Setaria_barbata Setaria_geniculata Setaria_grisebachii Setaria_italica Setaria_palmifolia Setaria_parviflora Setaria_poiretiana_1 Setaria_poiretiana_2 Setaria_pumila Setaria_sphacelata Setaria_verticillata_1 Setaria_verticillata_2 Setaria_viridis Spinifex_sericeus Stenotaphrum_secundatum Zygochloa_paradoxa_1 Zygochloa_paradoxa_2 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1723] TITLE ndhF_data_set; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3431; DIMENSIONS NCHAR=2039; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Cenchrus_calyculatus 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Panicum_bulbosum_1 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Paspalidium_jubiflorum 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Pennisetum_alopecuroides 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Pennisetum_flaccidum 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Pennisetum_glaucum 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Pennisetum_villosum 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Pseudoraphis_paradoxa 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Setaria_barbata 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Setaria_geniculata 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Setaria_grisebachii 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Setaria_italica 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Setaria_verticillata_2 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Setaria_viridis 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Spinifex_sericeus 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Stenotaphrum_secundatum 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3431 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8204; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3431; TREE Fig_5_ndhF = [&R] (Panicum_miliaceum,((((((Cenchrus_calyculatus,(Cenchrus_ciliaris,Cenchrus_setigerus),((Cenchrus_echinatus,Cenchrus_myosuroides),Cenchrus_pilosus)),Pennisetum_flaccidum),Pennisetum_glaucum),Pennisetum_villosum),Pennisetum_alopecuroides),(Pseudoraphis_paradoxa,Setaria_verticillata_1),((((Setaria_geniculata,Setaria_parviflora),(Setaria_barbata,Setaria_poiretiana_1),(Setaria_palmifolia,Setaria_poiretiana_2)),(Setaria_sphacelata,Setaria_pumila)),(Spinifex_sericeus,(Zygochloa_paradoxa_1,Zygochloa_paradoxa_2)))),((((Paspalidium_aversum,Paspalidium_distans),Paspalidium_jubiflorum),(Setaria_italica,Setaria_viridis,Setaria_verticillata_2)),(Setaria_grisebachii,((Panicum_bulbosum_5,Panicum_bulbosum_3,Panicum_bulbosum_2,Panicum_bulbosum_1),Ixophorus_unisetus)),Stenotaphrum_secundatum)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr967] END;