#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 16:54 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Pinnoi A., Jeewon R., Sakayaroj J., Hyde K.D., & Jones E. 2007. Berkleasmium crunisia sp. nov. and its phylogenetic affinities to the Pleosporales based on 18S and 28S rDNA sequence analyses. Mycologia, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1740] [ The following blocks are input data for analysis step 3450 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3450; DIMENSIONS NTAX=46; TAXLABELS Aliquandostipite_khaoyaiensis Arthopyrenia_salicis Aureobasidium_pullulans Berkleasmium_crunisia Berkleasmium_micronesicum Berkleasmium_nigroapicale Berkleasmium_sp._DQ280270 'Bimuria novae-zelandiae' Cochliobolus_sativus Cucurbidothis_pityophila Discosphaerina_fagi Dothidea_ribesia Helicascus_kanaloanus Helminthosporium_solani Herpotrichia_diffusa Jahnula_australiensis Jahnula_bipolaris Keissleriella_cladophila Kirschsteiniothelia_elaterascus Leptosphaeria_bicolor Lophiostoma_caulium Massaria_platani Massarina_arundinaria Massarina_australiensis Massarina_bipolaris Massarina_eburnea Massarina_igniaria Massarina_phragmiticola Montagnula_opulenta Neotestudina_rosatii Ophiobolus_herpotrichus Paraliomyces_lentifer Paraphaeosphaeria_michotii Paraphaeosphaeria_pilleata Patescospora_separans Preussia_terricola Septoria_nodorum Setomelanomma_holmii Sporormia_lignicola Sporormiella_australis Stylodothis_puccinioides Trematosphaeria_heterospora Verruculina_enalia Westerdykella_cylindrica Westerdykella_dispersa Xylaria_acuta ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1742] TITLE 18S_rDNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3450; DIMENSIONS NCHAR=1024; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Aliquandostipite_khaoyaiensis 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Arthopyrenia_salicis 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Berkleasmium_crunisia 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Helminthosporium_solani 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Herpotrichia_diffusa 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Jahnula_australiensis 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Jahnula_bipolaris 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Keissleriella_cladophila 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Kirschsteiniothelia_elaterascus 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Leptosphaeria_bicolor 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Lophiostoma_caulium 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Massaria_platani 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Massarina_arundinaria 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Massarina_australiensis 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Massarina_bipolaris 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Massarina_eburnea 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Massarina_igniaria 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Massarina_phragmiticola 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Ophiobolus_herpotrichus 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Paraliomyces_lentifer TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAACCCCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTTGGTGATTCATAATAACTTCTCAGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAACCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTTGGCCTGGCTGGCAGGTCCGCCTCAC-CGCGTGCACTTGTCCGGCCGGGCCTTCTCTTCTGGAGAACCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTTGGGGA-CCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTATTATTTTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Paraphaeosphaeria_michotii TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACTTAACGGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACTCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGAGAGCCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTTCTATCTTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Paraphaeosphaeria_pilleata TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACTTAACGGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGAGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGAGATCCCCATGCCCTTCACTGGGTGTGCGGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGGGATGATTCTATCTTGTCTCCC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Patescospora_separans TATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACACGGA-TATCTGTGGTAATTCTAGAGTTAATACGTGCTGAAAACCCCGACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGACTAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTTGGTGATTCATAATAACTCAACGAATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGCTAGGGTAGTGGCCTAGCATGGTTACAACGGGTAACGGGGGATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACGATTTAAATACCCTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAACGCTCGTCGTTGAACCTTGGGCCTGGACGACCGGTCTCCCTCAC-CGGATGCACTGGTTCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAATCGCATGCCCTTCACTGGGCGTGTCGAGGATCCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACCTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGTCAGTTGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAAGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCCTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCATTTTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Preussia_terricola TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACCACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGGAGGGGTGTGTTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACCTAACGGATCGCATG-GCCTTGCGCTGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAAACTTGGGTCTGGCTAGCGGGTCCGCCTCAC-CGCGTGCACTTGTCCGGCTGGACCTTTCCTTCTGGAGAACCTCATGCCCTTCACTGGGTGTGTTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGATCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTGGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTCAACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTTCTATCTTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Septoria_nodorum TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTTGGTGATTCATAATAACTTAACGGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGAGAACCCCATGCCCTTCACTGGGCGTGTGGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATG-TTCTCTCTTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Setomelanomma_holmii TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACTTAACGGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGAGAGCCCCATGCCCTTCACTGGGCGTGTGGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTTCTATCTTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Sporormia_lignicola TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCAACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAGACCAATGCCCTTCGGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACTTCTCAGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAACCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCAGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTTGACCGGCCGGGCCTTCTCTTCTGGAGAACCTCATGCCCTTTACTGGGCGTGTTGGGGA-CCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATATGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGGCCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGCCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTTCAATATTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Sporormiella_australis TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAACCTCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACTTCTCAGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAAGGAGCCTGCGAGACGGCTCCTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAACCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCGGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTTGACCGGCCGGGCCTTCTCTTCTGGAGAACCTCATGCCCTTTACTGGGCGTGTTGGGGA-CCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATATGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTTCAATATTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Stylodothis_puccinioides TATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCAACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAGCCTGCGCCCTTCGGGGCTCCTTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTATCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTAGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAGCCGTATGCCCTTCACTGGGCGTATTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCATTTTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Trematosphaeria_heterospora TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAACCCCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTTGGTGATTCATAATAACTTCTCAGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAACCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTTGGCCTGGCTGGCAGGTCCGCCTCAC-CGCGTGCACTTGTCCGGCCGGGCCTTCTCTTCTGGAGAACCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTTGGGGA-CCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTATTATTTTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Verruculina_enalia TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TACCCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAAAAAACCCCGACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTTGGTGATTCATAATAACTTAACGGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGATTTTTAGGGAAAGATCCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAATACCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGAGAACCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGAACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATCTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTTCTATATTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCATA Westerdykella_cylindrica TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAACCCTGACTTCGGAAAGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTTGGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACTTAACGGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAACCTCCTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTGGTCTGGCCGGGCCTTTCCTCCTGGAGAACCTCATGCCCTTCAGTGGGTGTGTTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTTCTATCTTGACTCGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Westerdykella_dispersa TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAACCCTGACTTCGGAAAGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTTGGG-CTCTTTGGTGATTCATAATAACTTAACGGATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAACCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCAC-CGCGTGTACTGGTCTGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGAGAACCTCATGCCCTTCAGTGGGTGTGTTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTTCTATCTTGACACGC-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA Xylaria_acuta ---------------CGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACTTGGA-TAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCCGACTCACGAAGGGATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATGCCCCTCGGGGCTTTCTGGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATG-GCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGCAGGGTCTTGGCCTGCCATGGTTACAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCAC-CGCGTGCACTGGTTCGGCCGGGCCTTTCCCTCTGGGGAGCCCTATGCCCTTCACTGGGTGTAGTGGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATCAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGATGTTATT-TTTTGACTCGT-TCGGCACCTTACGAGAAATCAAA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 18S_rDNA) = N: 1-1024; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 18S_rDNA) = N: 1-1024; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3450 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8223; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3450; TREE PAUP_3 = [&R] (Xylaria_acuta,(((Aliquandostipite_khaoyaiensis,Patescospora_separans),(Jahnula_australiensis,Jahnula_bipolaris)),(((Dothidea_ribesia,Stylodothis_puccinioides),(Aureobasidium_pullulans,Discosphaerina_fagi)),((Berkleasmium_crunisia,Arthopyrenia_salicis),(Neotestudina_rosatii,(Berkleasmium_sp._DQ280270,(((Herpotrichia_diffusa,((Cochliobolus_sativus,(Setomelanomma_holmii,(Septoria_nodorum,Ophiobolus_herpotrichus))),((Massaria_platani,(((Paraphaeosphaeria_pilleata,Paraphaeosphaeria_michotii,Cucurbidothis_pityophila),(Montagnula_opulenta,'Bimuria novae-zelandiae')),(Massarina_igniaria,(Leptosphaeria_bicolor,(Helminthosporium_solani,Massarina_eburnea)),(Keissleriella_cladophila,(Massarina_arundinaria,Massarina_phragmiticola))))),(Kirschsteiniothelia_elaterascus,Helicascus_kanaloanus)))),(Massarina_bipolaris,(Paraliomyces_lentifer,(Massarina_australiensis,Trematosphaeria_heterospora,Lophiostoma_caulium)))),(Verruculina_enalia,(Sporormiella_australis,(Sporormia_lignicola,Preussia_terricola),((Westerdykella_cylindrica,Westerdykella_dispersa),(Berkleasmium_micronesicum,Berkleasmium_nigroapicale))))))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr988] END; BEGIN TREES; TITLE Tb8223; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3450; TREE PAUP_5 = [&R] (Xylaria_acuta,(((Aliquandostipite_khaoyaiensis,Patescospora_separans),(Jahnula_australiensis,Jahnula_bipolaris)),(((Dothidea_ribesia,Stylodothis_puccinioides),(Aureobasidium_pullulans,Discosphaerina_fagi)),((Berkleasmium_crunisia,Arthopyrenia_salicis),(Neotestudina_rosatii,(Berkleasmium_sp._DQ280270,(((Herpotrichia_diffusa,((Cochliobolus_sativus,(Setomelanomma_holmii,(Septoria_nodorum,Ophiobolus_herpotrichus))),((Massaria_platani,(((Paraphaeosphaeria_pilleata,Paraphaeosphaeria_michotii,Cucurbidothis_pityophila),(Montagnula_opulenta,'Bimuria novae-zelandiae')),(Massarina_igniaria,(Leptosphaeria_bicolor,(Helminthosporium_solani,Massarina_eburnea)),(Keissleriella_cladophila,(Massarina_arundinaria,Massarina_phragmiticola))))),(Kirschsteiniothelia_elaterascus,Helicascus_kanaloanus)))),(Massarina_bipolaris,(Paraliomyces_lentifer,(Massarina_australiensis,Trematosphaeria_heterospora,Lophiostoma_caulium)))),(Verruculina_enalia,((Sporormiella_australis,(Sporormia_lignicola,Preussia_terricola),(Berkleasmium_micronesicum,Berkleasmium_nigroapicale)),(Westerdykella_cylindrica,Westerdykella_dispersa)))))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr986] END; BEGIN TREES; TITLE Tb8223; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3450; TREE PAUP_4 = [&R] (Xylaria_acuta,(((Aliquandostipite_khaoyaiensis,Patescospora_separans),(Jahnula_australiensis,Jahnula_bipolaris)),(((Dothidea_ribesia,Stylodothis_puccinioides),(Aureobasidium_pullulans,Discosphaerina_fagi)),((Berkleasmium_crunisia,Arthopyrenia_salicis),(Neotestudina_rosatii,(Berkleasmium_sp._DQ280270,(((Herpotrichia_diffusa,((Cochliobolus_sativus,(Setomelanomma_holmii,(Septoria_nodorum,Ophiobolus_herpotrichus))),((Massaria_platani,(((Paraphaeosphaeria_pilleata,Paraphaeosphaeria_michotii,Cucurbidothis_pityophila),(Montagnula_opulenta,'Bimuria novae-zelandiae')),(Massarina_igniaria,(Leptosphaeria_bicolor,(Helminthosporium_solani,Massarina_eburnea)),(Keissleriella_cladophila,(Massarina_arundinaria,Massarina_phragmiticola))))),(Kirschsteiniothelia_elaterascus,Helicascus_kanaloanus)))),(Massarina_bipolaris,(Paraliomyces_lentifer,(Massarina_australiensis,Trematosphaeria_heterospora,Lophiostoma_caulium)))),(Verruculina_enalia,((Sporormia_lignicola,Preussia_terricola),(Sporormiella_australis,(Berkleasmium_micronesicum,Berkleasmium_nigroapicale)),(Westerdykella_cylindrica,Westerdykella_dispersa)))))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr987] END; BEGIN TREES; TITLE Tb8223; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3450; TREE Fig._7 = [&R] (Xylaria_acuta,(((Aliquandostipite_khaoyaiensis,Patescospora_separans),(Jahnula_australiensis,Jahnula_bipolaris)),(((Dothidea_ribesia,Stylodothis_puccinioides),(Aureobasidium_pullulans,Discosphaerina_fagi)),((Berkleasmium_crunisia,Arthopyrenia_salicis),(Neotestudina_rosatii,(Berkleasmium_sp._DQ280270,(((Herpotrichia_diffusa,((Cochliobolus_sativus,(Setomelanomma_holmii,(Septoria_nodorum,Ophiobolus_herpotrichus))),((Massaria_platani,(((Paraphaeosphaeria_pilleata,Paraphaeosphaeria_michotii,Cucurbidothis_pityophila),(Montagnula_opulenta,'Bimuria novae-zelandiae')),(Massarina_igniaria,(Leptosphaeria_bicolor,(Helminthosporium_solani,Massarina_eburnea)),(Keissleriella_cladophila,(Massarina_arundinaria,Massarina_phragmiticola))))),(Kirschsteiniothelia_elaterascus,Helicascus_kanaloanus)))),(Massarina_bipolaris,(Paraliomyces_lentifer,(Massarina_australiensis,Trematosphaeria_heterospora,Lophiostoma_caulium)))),(Verruculina_enalia,(Sporormiella_australis,(Sporormia_lignicola,Preussia_terricola),(Westerdykella_cylindrica,Westerdykella_dispersa),(Berkleasmium_micronesicum,Berkleasmium_nigroapicale)))))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr989] END; BEGIN TREES; TITLE Tb8223; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3450; TREE PAUP_2 = [&R] (Xylaria_acuta,(((Aliquandostipite_khaoyaiensis,Patescospora_separans),(Jahnula_australiensis,Jahnula_bipolaris)),(((Dothidea_ribesia,Stylodothis_puccinioides),(Aureobasidium_pullulans,Discosphaerina_fagi)),((Berkleasmium_crunisia,Arthopyrenia_salicis),(Neotestudina_rosatii,(Berkleasmium_sp._DQ280270,(((Herpotrichia_diffusa,((Cochliobolus_sativus,(Setomelanomma_holmii,(Septoria_nodorum,Ophiobolus_herpotrichus))),((Massaria_platani,(((Paraphaeosphaeria_pilleata,Paraphaeosphaeria_michotii,Cucurbidothis_pityophila),(Montagnula_opulenta,'Bimuria novae-zelandiae')),(Massarina_igniaria,(Leptosphaeria_bicolor,(Helminthosporium_solani,Massarina_eburnea)),(Keissleriella_cladophila,(Massarina_arundinaria,Massarina_phragmiticola))))),(Kirschsteiniothelia_elaterascus,Helicascus_kanaloanus)))),(Massarina_bipolaris,(Paraliomyces_lentifer,(Massarina_australiensis,Trematosphaeria_heterospora,Lophiostoma_caulium)))),(Verruculina_enalia,((Sporormiella_australis,(Sporormia_lignicola,Preussia_terricola),(Westerdykella_cylindrica,Westerdykella_dispersa)),(Berkleasmium_micronesicum,Berkleasmium_nigroapicale)))))))))); [! 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