#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Reed D., Light J., Allen J., & Kirchman J. 2007. Pair of lice lost or parasites regained:
the evolutionary history of anthropoid primate lice. BMC Biology, null.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1764]

[ The following blocks are input data for analysis step 3517 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep3517;
        DIMENSIONS NTAX=7;
        TAXLABELS
            Fahrenholzia_pinnata
            Pedicinus_badii
            Pedicinus_hamadryas
            Pediculus_humanus
            Pediculus_schaeffi
            Pthirus_gorillae
            Pthirus_pubis
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1799]

	TITLE Cox1_EF1;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3517;
	DIMENSIONS NCHAR=1203;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730       740       750       760       770       780       790       800       810       820       830       840       850       860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960       970       980       990       1000       1010       1020       1030       1040       1050       1060       1070       1080       1090       1100       1110       1120       1130       1140       1150       1160       1170       1180       1190       1200   ]
[                                 .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .   ]
Fahrenholzia_pinnata     CTGGTTCCTATTTTCTTAGGCGCGCCTGATATGGCTTTCCCTCGGATGAATAATTTAAGATTTTGACTTTTAGTCCCGTCAATAATTTTCTTATTAGCGAGAAGAGTAGGAGGCGGGGGAGTTGGGACTGGTTGGACAGTTTATCCTCCTTTAGCCTCTTTAACAGGCCAGCCCGATTGTTCTGTTGATTTGGCTATTTATAGTTTACATTTGGCCGGGATTAGTTCAATTTTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACAATTGTGAATTCATGGCGTTGAAAAACA------AATCTTTTACCTTTGTTTTGTTGGGCTGTATTAATCACAGCTATTCTGTTGTTATTGTCCTTGCCTGTTCTAGCAGGAGGAATTACGATACTTCTTTTAGATCGAAATTTAAACTGCTCATTTTTTGACCCCTCTGGAGGGGGTGATCCTGTTTTATACCAACATTTGTTTTGATTTTTTGGGCACCCAGAAGTGTATATTCTTATTTTACCAGCCTTCGGCCTTATTTCCCATATTATTCTGGATGAAAGAGGGAAAAAAGAAGTGTTTGGCACGTTGGGAATAATTTATGCTATGTTAGCCATTGGAGTTTTGGGGTTTGTTGTTTGAGCCCATCACATATTCACTGTTGGATTAAATGTTGACACTCGCGCTTACTTTTCTAGTGCTACAATAATTATTGCAGTTCCTACTGGGATCAAGGTTTTTAGATGGATCGCTACTTGATTTGGTTCAAAAATAAAATGAAGAGTGCCTAATTTGTGGAGATTAGGATTTGTATTCTTGTTTACAATTGGAGGTTTAACAGGCCTAATGTTA---------------------------AAGAACGTGTCCGTGAAGGAATTGCGCCGTGGATACGTTGCAGGCGACTCGAAGAACAACCCTCCGAAGGCCGCTGCTGACTTCCTTGCTCAGGTCATTGTGTTGAACCATCCCGGACAGATTTCAAACGGCTACACGCCCGTCTTAGATTGCCACACGGCCCACATAGCATGCAAATTTGCGGAAATTAAGGAGAAATGCGACCGCCGTACCGGAAAGACCACCGAGGAGAACCCGAAGAGCATCAAGTCCGGAGACGCCGCCATCGTGAATTTGGTGCCGTCTAAGCCAATGTGCGTCGAGTCTTTCTCCGAATTTCCTCCACTCGGCCGTTTCGCCGTACGT
Pedicinus_badii          TTAGTTCCAATTATATTAGGAGCTCCAGATATGGCTTTTCCGCGGATAAACAATATGAGTTTTTGACTTTTATTTCCTTCATTTTGTTTATTGCTTCTTGGAGGTTCAACAAGATTTGGAATTGGTACTGGATGAACAGTTTATCCTCCTCTAAGAGGTTTAGATGCCCATCCAGGCTTGTCAGTTGATTTTTCAATTTTTAGTCTTCATTTAGCAGGAGCAAGGTCGATTATGGGGGCTATTAATTTTACTTGTACAATTTTTAACATGTGACCTTCGTCTATTTCATTCCATCGAATGCCTTTATTTTGCTGGTCAGTTTTAATTACTGCTTTTCTTTTACTTTTGAGATTGCCAGTTTTGGGTGTTGGGTTAACAATACTTTTATTAGATCGAAATTTTAATTGTTCTTTTTTTGATCCTTTAGGTGGTGGAGATCCAATTCTTTATCAGCATTTATTTTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTATATTTTGATTTTACCAGGATTTGGTTTAATTTCACATATAATTCTAGATGAGAGTGGAAAAACTGAAGTTTTTGGGGTTTTAGGGATAATTTATGCTATGTCGGCAATTGGCATTTTAGGATTTGTTGTGTGGGCTCATCACATGTTTACAGTAGGTCTTGATGTTGATTCTCGGGCTTATTTTACTAGAGCTACGATAATTATTGCCGTTCCCACAGGTGTAAAAGTATTTAGATGGTTAAGAACTTTATTTGGAGGAAAGTTGAATTATTCAGTAACAGTTCTGTGATCATTAGGTTTTGTATTTTTATTTACCGTTGGTGGATTAACTGGTTTAGTGTTATC-------------------------AAAAATGTTTCCGTTAAAGAATTGCGTCGTGGATATGTAGCAGGTGACTCAAAGAACAATCCACCAAAGGCTGCTGCTGACTTCCTTGCACAGGTTATTGTTTTGAACCACCCAGGACAGATTTCAAACGGTTATACACCCGTATTAGATTGCCACACGGCCCATATAGCTTGCAAGTTTGCTGAAATTAAAGAAAAATGTGACCGTCGTACTGGAAAAACAACTGAGGAAAATCCGAAGAGCATTAAATGTGGAGACGCTGCCATTGTTAACTTGGTTCCGTCTAAGCCTATGTGCGTAGAATCTTTCTCCGAATTCCCTCCTCTTGGTCGTTTTGCTGTTCGT
Pedicinus_hamadryas      --------AATTATATTGGGGTCTCCTGATATAGCCTTTCCACGAATAAATAACATGAGATTATGACTTTTATTTCCATCTCTTTGCCTCCTTTTGATGGGAGGGTCGATTAATTCTGGAATTGGGACAGGATGGACAGTTTACCCGCCATTAAGGGGGCTTGAAGCTCATCCTGGGTTATCAGTTGATTATTCAATTTTTAGTCTTCATCTTGCTGGAGCAAGGTCAATTATGGGTGCAATTAATTTTATTTGCACAATTATTAATATGTGACCTTCTTCATTTTCTTTTCACCGGATACCTCTCTTCTGTTGATCTGTTTTAATTACTGCTTTTTTATTACTTCTTTCACTTCCTGTTTTAGCAGGAGCAATTACTATGCTTCTATTAGATCGGAATTTTAATTGCTCATTTTTTGATCCACTTGGTGGCGGAGATCCAATTTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCATCCAGAGGTTTATATTTTAATTTTACCTGGATTTGGCTTAATTTCACACATAATCGTTGATGAAGTCGGAAAAAAGGAAGTCTTCGGCTCCTTGGGCATGATTTATGCTATAGCCGCTATTGGAGTTCTTGGATTTGTGGTGTGGGCTCACCATATATTTACAGTTGGATTAGATGTTGACTCACGGGCCTATTTTACTAGAGCCACAATAGTGATTGCAGTGCCAACTGGAATTAAAGTGTTCAGGTGATTGAGAACTTTATTTGGAGGAAAATATTCATTTTCAGTACCTCTTTTATGGTCTTTAGGGTTTGTATTCCTATTCACTGCGGGAGGATTGACAGGATTAGTTCTTTCTAACTCGTCAATCGATGTTGCCTTAAAAAACGTTTCCGTTAAAGAATTGCGTCGTGGATATGTAGCTGGTGACTCAAAGAACAATCCACCCAAAGCTGCTGCTGACTTCCTTGCACAGGTCATTGTTTTGAACCACCCTGGACAGATTTCAAACGGTTATACTCCCGTATTAGATTGTCATACGGCCCACATAGCTTGCAAGTTTGCTGAAATTAAAGAAAAATGTGACCGTCGTACTGGAAAAACAACCGAAGAAAACCCCAAGAGCATCAAGTGTGGAGACGCTGCCATCGTTAATTTGGTTCCGTCTAAGCCCATGTGCGTAGAGTCTTTCTCCGAATTCCCTCCTCTTGGTCGTTTTGCCGTTCGT
Pediculus_humanus        ----TTCCTTCAATATTAGGGTCTCCAGATATAGCGTTTCCTCGTATAAATAATATAAGCTATTGACTTCTTACTCCCTCTGGTATTTTACTTATTAGTAGCTCATTTGTTCAAGGCGGTGTGGGTACTGGCTGGACTGTTTATCCTCCTCTTAGGTCCTTAGAAGGTCAGCCTTCTGTTTCAGTTGATTTAGCTATTTTAAGTCTTCATTTAGCAGGAGTGAGTTCGATTTTAGGATCAGTAAATTTTATTAGAACTATTTTCAACATATGACCTAAATATTTTGGTTTAGTACGGCTGCCTTTATTTTGCTGGAGGGTGTTGGTAACAGCCTTTTTACTATTACTGTCACTTCCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACAATGCTATTAATAGACCGTAACTTCAATTGCTCGTTTTTTGACCCTTTAGGGGGTGGCGACCCTGTTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGGCATCCTGAGGTTTATATTCTTATTCTTCCTGGGTTTGGTCTTATTTCTCATATAGTGGTAGATTGTTGTGGAAAGAAAGAAGTTTTTGGGTCGTTAGGAATAATTTATGCGATATCTGCTATTGGGGCTCTAGGCTTTGTAGTTTGAGCACACCATATGTTTACAGTCGGGTTAGATGTTGATAGACGAGCTTATTTCACTAGTGCTACTATAACAATTGCAATCCCAACGGGAGTGAAAGTTTTTAGGTGATTAGGTACTTTATTTGGCCCAAAATTAAAGAGGAGAATTAGTTTGTTATGGTCTTTAGGATTTATTTTCCTTTTTACAATTGGAGGTTTAACAGGTATTGTTCTTTCTAATTCATCCGTAGATGTTTCACTAAAAAACGTTTCCGTAAAAGAATTGCGACGTGGATACGTTGTTGGTGACGCTAAAAATAATCCACCAAAAGCTGCAGCTGATTTCCTTGCTCAGGTCATTGTGCTAAATCACCCTGGACAAATATCAAACGGATATACTCCCGTATTAGATTGTCATACGGCTCACATAGCCTGTAAATTTGCTGAAATCAAAGAGAAATGTGACCGTCGTACAGGAAAAACAACCGAAGAAAATCCCAAGAGCATTAAAACAGGAGATGCAGCCATCGTTAACTTGGTTCCATCTAAATCCATGTGTGTTGAATCTTTCTCCGAATTTCCGCA----------------------
Pediculus_schaeffi       --------TTCTATGCTAGGTTCTCCTGATATGGCTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGTTATTGGCTTTTGTCACCTTCTGGAGTTTTATTAATTAGAAGATCTTTAATTCAAGGTGGTGTAGGTACAGGATGAACTGTTTATCCTCCTCTTAGATCTTTGGAAGGGCAGCCTTCTTTATCGGTTGATTTAGCCATTTTGAGACTTCATCTAGCAGGAGTAAGCTCAATTTTAGGGTCTGTAAATTTTATTAGGACTATTTTTAATATGTGACCTTCTTATTTTGGGTTAGTTCGATTACCCTTATTTTGCTGGAGTGTATTGGTAACAGCGTTTTTACTACTTCTTTCTCTACCTGTTTTAGCTGGCGCTATTACCATACTTTTAATAGATCGAAACTTTAATTGTTCTTTCTTTGACCCTTTAGGAGGTGGTGACCCTGTCTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCATCCTGAAGTTTATATTCTTATTCTTCCTGGATTTGGCTTAATTTCTCATATAGTAGTAGATTGTTGTGGGAAAAAGGAAGTATTTGGTTCTTTAGGAATAATTTATGCCATGTCGGCTATCGGGGCATTAGGGTTTGTTGTATGAGCACATCACATATTTACTGTTGGCTTGGATGTTGACAGTCGTGCTTATTTTACAAGAGCTACAATAACTATTGCTATTCCAACTGGCGTGAAAGTATTTAGATGATTAGGCACTCTGTTTGGCCCAAATTTGAAAAGAAGAATTAGACTTTTATGATCTTTAGGTTTTATTTTTCTTTTTACTTTAGGGGGTTTAACTGGTGTTGTTCTTTCTAATTCATCAGTTGATATCTCACTTAAAAACGTTTCTGTAAAAGAATTGCGTCGTGGATACGTTGCCGGCGATGCTAAAAATAATCCACCAAAAGCTGCAGCTGATTTTCTTGCTCAGGTCATTGTGCTAAATCACCCTGGACAAATATCAAACGGATATACTCCCGTATTAGATTGTCATACGGCTCACATAGCCTGTAAATTTGCTGAAATCAAAGAGAAATGTGACCGTCGTACAGGAAAGACAACTGAAGAAAATCCCAAGAGCATTAAAACAGGAGATGCAGCCATTGTTAATTTGGTTCCATCTAAACCCATGTGTGTTGAATCTTTCTCCGAATTTCCGCCTCTAGGTCGTTTTGCCGTTCGT
Pthirus_gorillae         TTAGTTCCTTTATTCTTAGGTGCTCATGATATGGCTTTTCCTCGGATGAACAATATAAGCTATTGACTGATTATACCCTCTGGAATTTTATTAATTGCTAGTTCGGTAGTCCAAGGTGGAACAGGTACCGGCTGAACTGTTTACCCTCCTCTTAGTTCACTGGTAGGTCAGCCTTCTTTGTCGGTGGATTTCACTATCTTTAGCCTGCATTTAGCGGGTGTAAGTTCTATTTTAGGCTCAGTAAACTTTATTAGAACGATTTTAAATATATGACCTTCAAGGCTGAAGATTTTTCGACTGCCTTTGTTCTGTTGGTCTGTTTTGGTTACAGCTTTCTTGCTATTACTATCTTTACCTGTACTCGCGGGTGCTATCACTATGCTACTACTAGACCGGAACTTTAATTGTTCTTTTTTCGACCCTCTAGGGGGGGGCGACCCTATTCTCTATCAGCATCTTTTTTGGTTTTTTGGGCATCCTGAGGTATACATCTTGATTCTTCCCGGGTTCGGGCTAATTTCCCACATGGTTGTTGATTTAAGAGGTAAGAAGGAGGTGTTCGGTTCTTTAGGAATGATCTATGCTATAGTGTCGATCGGTGTCTTAGGTTTTGTTGTTTGAGCCCACCATATATTTACTGTTGGGTTAGACGTAGATAGCCGTGCTTACTTTACTAGAGCCACTATAACTATTGCTATCCCGACGGGAGTAAAGGTTTTTAGCTGGTTAGGTACTTTATTTGGGCCTAAACTTCAATTAAGAGTAAGATTACAGTGGTCTTTAGGATTCATTTTCTTATTCACTGTTGGAGGCCTCACGGGGATTATTTTATCTAACTCGTCAGTTGACGTGCTTCTCAAAAACGTTTCCGTCAAGGAATTGCGTCGTGGATATGTTGCTGGTGATTCTAAGAACAATCCACCAAAAGCAGCTGCTGATTTCTTAGCTCAAGTTATTGTGCTAAATCACCCAGGACAAATTTCAAATGGATATACTCCCGTATTAGATTGTCACACGGCTCACATAGCCTGTAAATTCGCTGAAATTAAAGAAAAATGTGACCGTCGTACAGGAAAAACTACTGAAGAAAACCCCAAGAGCATTAAGACAGGAGATGCAGCCATTGTTAGTTTGGTTCCATCTAAGCCCATGTGCGTTGAGTCTTTCTCCGAGTTTCCGCCTCTTGGTCGTTTCGCTGTTCGT
Pthirus_pubis            TTAGTTCCTTTATTTTTAGGTGCTCCTGACATGGCTTTCCCCCGGATGAACAATATAAGCTATTGGCTGATTATGCCCTCTGGGGTTCTGTTAATTGCGAGTTCAATAATCCAAGGTGGAACAGGTACTGGCTGGACTATTTATCCTCCGCTAAGTTCTTTAGAAGGCCAACCTTCTTTATCAGTGGATTTTACCATCTTTAGCCTCCATTTAGCTGGAGTAAGTTCTATTTTAGGCTCAGTAAATTTTATTAGGACAATTTTAAATATATGACCTTCTAGGTTAAAGATTTACCGGTTACCTTTGTTCTGCTGGTCTGTCTTAATCACGGCCTTTTTGCTTCTACTCTCTTTACCTGTACTTGCGGGTGCTATCACTATGCTACTATTAGATCGGAATTTTAATTGTTCTTTTTTTGACCCTCTAGGTGGAGGTGATCCTGTTCTTTACCAGCATCTTTTTTGGTTTTTTGGTCATCCTGAGGTTTATATCTTGATCTTACCTGGGTTTGGATTGATCTCTCATATGGTTGTTGACTTGAGAGGTAAGAAAGAAGTCTTTGGTTCATTAGGAATAATCTACGCTATAGTATCGATTGGTGTTCTAGGGTTTGTTGTTTGAGCCCACCACATGTTCACTGTTGGTCTAGATGTAGATAGACGTGCTTACTTTACTAGAGCTACTATGACCATTGCTATTCCAACGGGAGTAAAAGTCTTTAGCTGATTAGGTACTCTATTTGGCCCTAAACTTCACTTAAGAGTGAGGTTGCAGTGGTCTCTGGGATTCATCTTTTTATTTACTGTTGGAGGCCTGACAGGGATTATTCTATCTAACTCGTCAGTTGACGTTCTTCTTAAAAACGTTTCCGTCAAGGAATTGCGTCGTGGCTATGTTGCTGGTGATTCTAAGAACAATCCACCAAAAGCAGCTGCTGATTTCTTAGCTCAAGTTATTGTGCTAAATCACCCAGGACAAATTTCAAATGGATATACTCCCGTATTAGATTGTCACACGGCTCACATAGCCTGTAAATTCGCTGAAATTAAAGAAAAATGTGACCGTCGTACAGGAAAAACTACTGAAGAAAACCCCAAGAGCATTAAGACAGGAGATGCAGCCATTGTTAGTTTGGTTCCATCTAAGCCCATGTGCGTTGAGTCTTTCTCCGAGTTTCCGCCTCTTGGTCGTTTCGCTGTTCGT
;
END;

BEGIN SETS;
	CHARSET EF1 (CHARACTERS = Cox1_EF1) =  859-1203;
	CHARSET Cox1 (CHARACTERS = Cox1_EF1) =  1-858;
END;
BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Cox1_EF1) = 
		N: 859-1203,
		1: 1-858\3,
		2: 2-859\3,
		3: 3-860\3;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = Cox1_EF1) = 
		N: 859-1203,
		1: 1-858\3,
		2: 2-859\3,
		3: 3-860\3;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 3517 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb8290;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3517;
      TREE Fig._3 = [&R] ((((Pediculus_humanus,Pediculus_schaeffi),(Pthirus_pubis,Pthirus_gorillae)),(Pedicinus_hamadryas,Pedicinus_badii)),Fahrenholzia_pinnata);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2688]


END;