#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 04, 2024; 18:14 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ghebretinsae A., Thulin M., & Barber J. 2007. Relationships of Cucumbers and Melons Unravelled- Molecular Phylogenetics of Cucumis and Related Genera (Benincaseae, Cucurbitaceae). American Journal of Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1823] [ The following blocks are input data for analysis step 3665 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3665; DIMENSIONS NTAX=50; TAXLABELS Citrullus_lanatus Cucumella_aspera Cucumella_bryoniifolia Cucumella_cinerea Cucumella_kelleri Cucumis_aculeatus Cucumis_africanus Cucumis_anguria Cucumis_anguria_anguria Cucumis_baladensis Cucumis_canoxyi Cucumis_carolinus Cucumis_dipsaceus Cucumis_ficifolius Cucumis_globosus Cucumis_hastatus Cucumis_heptadactylus Cucumis_hirsutus Cucumis_humifructus Cucumis_hystrix Cucumis_insignis Cucumis_kalahariensis Cucumis_meeusei Cucumis_melo_agrestis Cucumis_melo_cantaloupe Cucumis_melo_inodorus Cucumis_melo_melo Cucumis_metuliferus Cucumis_myriocarpus Cucumis_prophetarum Cucumis_pubituberculatus Cucumis_pustulatus Cucumis_quintanilhae Cucumis_rigidus Cucumis_rostratus Cucumis_sacleuxii Cucumis_sagittatus Cucumis_sativus Cucumis_sativus_hardwickii Cucumis_sativus_xishuangbannanesis Cucumis_thulinianus Cucumis_zeyheri Cucurbita_pepo Dicaelospermum_richeti Muellerargia_timorensis Mukia_javanica Mukia_maderaspatana Myrmecosicyos_messorius Oreosyce_africana_1 Oreosyce_africana_2 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1923] TITLE Cucumis_trnsg; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3665; DIMENSIONS NCHAR=791; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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AGTGGTAAAAGTGCGATTCG-TTCTATGAATCCCTTAATAGTTAAGGGATCCTTCGGTTTGATTAATATTCCGATCAAAAACTTTATTTCTTAAAAGGATTTAATCCTTTACCTCTCGATGAAAGATTCGAGGAAAAATAAAAATTCTCGTGATTTGTATCCA----AAAATCTGTTCGAAATTG-ACAAAATTGGATCATGAAATTACGAAACATAATTTTATTGAATTGGATCAATACTTCCAATTGAAGGAATAAGGGATCCATGGATAAAGGTGGAATTTTTTCTAATCGTAACTAAATCTTCAATTTTTTCTTTGTATAA--------GGGAGATTGAAGCAAAACAAAATAGCTATTAAACAATGTC--TTTGGTTTACTAGAGACGTCGACATCGTTTTTT-AGCTCGGCGGAAACAAAATACTTTTCCTAAGGATTATATTAAAGAGAAATAGGGAACGAAATAAATAACTGGAAAGATTGTTATAATCTCCTCTTGTATA-------------------GGGATCGTCTATAAAGCGGGTCCTTTTGAATGCATTCAGAC-----GGAAAGGCTGACATAGATGTTAT----GGATAGCATTTTTTTTT----GTTTACATCTTAAATTT--AGGAATTTATCCATCTTCCATAAA----GGAGCCGAATGAAACCAAAGTTTCACGTTCGGTTTTGAATTAGAGACGTTCAGTT---CAAAATGAT-GAATCAA-CGTCGACTATAACCCCTAGCC--TTCCAAGCTAACGATGCGGGTTC Cucumis_melo_agrestis 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AGTGGTAAAAGTGCGATTCG-TTCTATTAATCCCTTAATAGTTAAGGGATCCTTCGGAATTATTAATATTCCGATCAAAAACTTTTTTTCTTAAAAGGATTTAATCCTTTACCTCTCGATGAAAGATTCGAGGAAAAATATAAATTCTCGTGATTTGTATCCA----AAAATCAGTTCGAAATTG-AAAAAATTGGATCACGAAATTACGAAACATAATTTTATTGAATTGGATCAATACTTCCAATTGAAGGAATAAGGGATCCATGGATAAAGGTAGAATTTTTTCTAATCGTAACTAAATCTTCAATTTTTTCTTTGGATAA--------GGGAGATTGAAGCAAAACAAAATAGCTATTAAACAGTGTC--TTTGGTTTACTAGAGACGTCGACATCGTTTTTT-AGCTCGGCGGAAACAAACTACTTTTCCTAAGGATTATATTAAATAGAAATAGGGAACGAAATAAATAACTGGAAAGATTGTTATAATCTCCTCTTGTATA-------------------GGGATCATCTATAAAGCGGGTCCTTTTGAATGCATTCAGAC-----GGAAAGGCTGACATAGATGTTATGTATGGGTGGCATTTTTTTTTT---CTTTACAACTTACATGT--AAGAATTTATCCATCTTCCATAAA----GGAGCCGAATGAAACCAAAGTTTCACGTTCGGTTTTGAATTAGAGACGTT--------CAAAATGAT-GAATCAA-CGTCGACTATAACCCCTAGCC--TTCCAAGCTAACGATGCGGGTTC Dicaelospermum_richeti AGTGGTAAAAGTGCGATTCGTTTCTATGAATCCCTT-ATAGTTAAGGGATCCTCCGGTTTGATTAATATTCCGATCAAAAACTTTATTTCTTAAAAGGATTTAATCCTTTACCTCTCGATGAAAGATTCGAGGAAAAATCAAAATTATCGTGATTTGTATCCC----AAAATCTGTTCTAAATTG-AAAAAATTGGATCATGAAATTACGAAACATAATTTTATTGAATTGGATCAATACTTCCAATTGAAGGAATAAGGGATCCATGGATAAAGGTGGAATTTTTTCTAATCGTAACTAAATCTTCAATTTTTTCTTTGTATAA--------AGGAGATTGAAGCAAAACAAAATAGCTATTAAACAATTTC--TTTGGTTTACTAGAGACGTCGACATCGTTTTTT-AGCTCGGCGGAAACAAAATACTTTTCCTAAGGATTATATTAAATAGAAATAGGGAACGAAATAAATAACTGGAAAGATTGTTATAATCTCCTCTTGTATA-------------------GGGATCATCTATAAAGCGGGTCCTTTTGAATGCATTCAGAC-----GGAAAGGCTGACATAGATGTTAT----GGATGGCATTTTTTTT-----GTTTACATCTTCAATTT--TGGAATTTAGTCATCTTCCATAAA----GGAGCCGAATGAACCCAAAGTTTCACGTTCGGTTTTGAATTAGAGACGTTCAGTT---CAAAATGTG-AATTCAA-CGTCGACTATAACCCCTAGCCCCTTCCAAGCTAACGATGCGGGTTC Muellerargia_timorensis 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AGTGGTAAAAGTGCGATTCGTTTCTTTGAATCCCTTAATAGTTAAGGGATCCTTCGGTTTGATTAATATTCCGATCAAAAACTTTATTTCTTAAAAGGATTTAATCCTTTACCTCTCGATGAAAGATTCGAGGAAAAATCAAAATTCTCGTGATTTGTATCCA---CAAAATCTGTTCGAAATTG-ACAAAATTGGATCATTAAATTACGAAACATAATTTTATTGAATTGGATCAATACTTCCAATTGAAGGAATAAGGGATCCATGGATAAAGGTGGAATTTTTTCTAATCGTAACTAAATCTTCAATTTTTTCTTTGTATAA--------GGGAGATTGAAGCAAAACAAAATAGCTATTAAACAATGTC--TTTGGTTTACTAGAGACGTCGACATCGTTTTTT-AGCTCGGCGGAAACAAAATACTTTTCCTAAGGATTATATTAAAGAGAAATAGGGAACGAAATAAATAACTGGAAAGATTGTTATAATCTCCTCTTGTATA-------------------GGGATCGTCTATAAAGCGGGTCCTTTTGAATGCATTCAGAC-----GGAAAGGCTGACATAGATGTTAT----GGATAGCATTTTTTTTT----GTTTACATCTTAAATTT--AGGAATTTATCCATCTTCCATAAA----GGAGCCGAATGAAACCAAAGTTTCACGTTCGGTTTTGAATTAGAGACGTTCAGTT---CAAAATGAT-GAATCAA-CGTCGACTATAACCCCTAGCC--TTCCAAGCTAACGATGCGGGTTC Oreosyce_africana_1 AGTGGTAAAAGTGCGATTCG-TTCTATGAATCCCTTAATAGTTAAGGGATCCTTCGGTTTTATTAATATTCCGATCAAAAACTTTATTTCTTAAAAGGATTTAATCCTTTACCTCTCGATGAAAGATTCGAGGAAAAAAAAAAATTCTCGTGATTTGTATCCA----AAAATCTGTTCCAAATTG-AAAAAATTGGATCATGAAATTACGAAACATAATTTTATTGAATTGGATCAATACTTCCAATTGACGGAATAAGGAATCCATGGATAAAGGTGGAATTTGTTCTAATCGTAACTAAATCTTCTC-TTTTTCTTTGTAGATTTGTAGAAGGGATATTGAAGCAAAACAAAATAGCTATTAAACAATGTC--TTTGGTTTACTAGAGACGTCGACATCGTTTTTT-AGCTCGGCAGAAACAAAATACTTTTCCTAAGGATTATATTAAATAGAAATAGGGAACGAATTAAATAACTGGAAAGATTGTTATAATCTCCTCTTGTATA-------------------GGGATCATCTATAAAGCGGGTCCTTTTGAATGCATTCAGAC-----GGAAAGGCTGACATAGATGTTAT----GGATGACATTTTTTTT-----GTTTACATCTTACATTT--AGGAATTTATCCATCTTCCATAAA----GGAGCCGAATGAAACAAAAGTTTCACGTTCGGTTTTGAATTAGAGACGTTCAGTT---CAAAAT-TG-GAATCAAACGTCGACTATAACCTCTAGCC--TTCCAAGCTAACGATGCGGGTTC Oreosyce_africana_2 AGTGGTAAAGGTGCGATTCG-TTCTATTAATCCCCT-A-AGCTAAGGAACCCCTCGGTTTTATTAATATTCCGATCAAAAACTTTATTTCTTAAAAGGATTTAATCCTTTACCTCTCGATGAAAGATTCGAGGAAAAAAATAAATTCTCGTGATTTGTATCCA----AAAATCTGTTCCAAATTG-AAAAAATTGGATCATGAAATTACGAAACATAATTTTATTGAATTGGATCAATACTTCCAATTGACGGAATAAGGAATCCATGGATAAAGGTGGAATTTGTTCTAATCGTAACTAAATCTTCTCTTTTTTCTTTGTAGAA--------GGGATATTGAAGCAAAACAAAATAGCTATTAAACAATGTC--TTTGGTTTACTAGAGACGTCGACATCGTTTTTT-AGCTCGGCAGAAACAAAATACTTTTCCTAAGGATTATATTAAATAGAAATAGGGAACGAATTAAATAACTGGAAAGATTGTTATAATCTCCTCTTGTATA-------------------GGGATCATCTATAAAGCGGGTCCTTTTGAATGCATTCCGAC-----GGAAAGGCTGACATAGATGTTAT----GGATGACATTTTTTTTTT---GTTTACATCTTACATTT--AGGAATTTATCCATCTTCCATAAA----GGAGCCGAATGAAACCAAAGTTTCACGTTCGGTTTTGAATTAGAGACGTTCAGTT---CAAAATGTG-GAATCAAACGTCGACTATAACCTCTAGCC--TTCCAAGCTAACGATGCGGGTTC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Cucumis_trnsg) = N: 1-791; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Cucumis_trnsg) = N: 1-791; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3665 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8438; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3665; TREE Fig._1b = [&R] (Cucurbita_pepo,(Citrullus_lanatus,Muellerargia_timorensis),((Cucumella_aspera,(Oreosyce_africana_1,Oreosyce_africana_2)),(Cucumella_bryoniifolia,Cucumella_cinerea),Cucumella_kelleri,((((Cucumis_africanus,Myrmecosicyos_messorius,Cucumis_zeyheri,Cucumis_quintanilhae),Cucumis_heptadactylus,Cucumis_myriocarpus,Cucumis_kalahariensis),(((Cucumis_anguria,Cucumis_anguria_anguria,Cucumis_dipsaceus),Cucumis_pustulatus),Cucumis_insignis),Cucumis_baladensis,Cucumis_rigidus,Cucumis_canoxyi,Cucumis_carolinus,Cucumis_ficifolius,Cucumis_thulinianus,Cucumis_meeusei,Cucumis_pubituberculatus,Cucumis_sacleuxii,(Cucumis_aculeatus,Cucumis_globosus),Cucumis_prophetarum,Cucumis_rostratus,Cucumis_hastatus),(((Cucumis_hystrix,((Cucumis_sativus,Cucumis_sativus_hardwickii,Cucumis_sativus_xishuangbannanesis),(Dicaelospermum_richeti,Mukia_maderaspatana))),Mukia_javanica),(((Cucumis_melo_agrestis,Cucumis_melo_cantaloupe,Cucumis_melo_inodorus,Cucumis_melo_melo),Cucumis_metuliferus),Cucumis_sagittatus))),(Cucumis_hirsutus,Cucumis_humifructus))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr4820] END;