#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 15:14 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Eklof J., Pleijel F., & Sundberg P. 2007. Phylogeny of benthic Phyllodocidae (Polychaeta) based on morphological and molecular data. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1828] [ The following blocks are input data for analysis step 3680 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3680; DIMENSIONS NTAX=19; TAXLABELS Aglaophamus_malmgreni Chaetoparia_nilssoni Eteone_picta Eulalia_bilineata Eulalia_expusilla Eulalia_mustela Eulalia_viridis Eumida_arctica Eumida_sanguinea Lacydonia_eliassoni Mystides_caeca Nereiphylla_lutea Paranaitis_wahlbergi Phyllodoce_groenlandica Phyllodoce_longipes Protomystides_exigua Pseudomystides_limbata Pterocirrus_macroceros Sige_fusigera ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1941] TITLE 16S; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3680; DIMENSIONS NCHAR=485; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=. GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Aglaophamus_malmgreni CCCGGTGAAAATT--TTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTTTAATTGAAGGCTAGTATGAACGGATAAATGAGGATTTAGCTGTCTCTTTTATAAA--AATATAAATTAATCTTCAGGTGAAGAAGCCTGAATAATAATAAAAGACAAGAAGACCCTATTGAGCTTTACTTTAACTTTAAACATAAAATATTTATATA-TATACAACAAAAGCTTTAAGTTTGGTTGGGGCGACAAGGGGATAA-------TAAAACCTCCCCATAAATTTTAG-ATATACATATCATTTTAATGATCCGATATTTTCGACCAAAGGAACAAGCTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTCTAAAGAGCCCACATTGATAGAAGAGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGAATGTCCTTCTGGTGTAGCAGCCAGAAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATTCT Chaetoparia_nilssoni CCCAGTGA---GGAATTTAACGGCTGCGGTATATTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTTTAATTAGAGGCTGGAATGAATGGATATACGAGTCTAAAGCTGTCTCATATTAA-T-ATATAAAAATTAGTTTTTAGGTGAAGAAACCTAAATGTTAATAAAAGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATTTTATATTGATATT--TTTGATATATTTACTTTATAAC-A-TA-AATAAATTTGGTTGGGGTAACATAGAAATATT------AAATATTTTTCTTTTATTGTTAG-AATAATAGTTCTTTTAAATGATCTGTTGGT-GTAATTAGTAGAAAAAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTTTGGAGAGTTCAAATTGATAAAAGAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGAATATCCTATAGGTGTAGCAGCTTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATTCT Eteone_picta CCCAGTGA---TTTATTTAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGCCTCTTAATTAGGGGCTGGAATGAATGGATATACGAGGTTTTAGCTGTCTCTTCTTAG-T-AT-TAAAAATTGGTTTTCAGGTGAAGAAACCTGAATTTTAGTAAAGGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATTTAAACTAGAAATTTTTAAGATTAACTTACTTTATTAC-TTTT-ATTAAATTTGGTTGGGGCAACAAAGAAATAT-------ATAAATTTTTCTTTATTTATTAG-AGTTATGTTTCGTATAAATGATCTATTATTTATGATATGTAGAAAGAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTTTGTAGAGTTCAAATTGATAAAAGAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGATATCCTGCGGGTGCAGAAGTCCGCGAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATCCT Eulalia_bilineata CCCGGTGACATAAAGTTTAACGGCCGCGGTACACTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTCTAATTAGAGGCTGGAATGAATGGATATACGAAATTGAAGCTGTCTCTAGGTTAAA-T-ATAAAAATTGGTCTTTAGGTGAAGAAACCTAAATTTTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATT-TTTATGGGTAAT-TTTTGAATAATTTACTTATAAAC-TCTA-AT-AGATTTGGTTGGGGCGACAGGGGAATAGGA-----GAAAATCTTCCCCTTATTTTTAG-AATATTTATTCTTTTATTTGATCTACTAA-GGTGATAAAAAGAAATAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCCTCCGGAGAGTTCAAATTGATGGGGGAGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATATCCTAAGGATGTAGCAGTCTTTAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATCTT Eulalia_expusilla CCCGGTGAC-TTGGGTTTAACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATGATTTGCCTCTTAATTAGAGGCTGGAATGAAGGAATATACGAAATTGAAGCTGTCTCTGTGTCATT-T-ATATAAATTGTCTTTTGGGTGAAGAGACCTGAATTTTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATT-TAGATAAGGATT-TTTTGAATTATTTACTATTATAC-TTTA-AT-AAATTCGGTTGGGGCGACGAAGGAATAT-------GCAAATCTTCCTTTAATATAAAG-AATT-TTATTCTTTTAATAGATCTATTTA-AATAGTAAGGAGAAATAGCTACCATAGGGATAACAGGCTAATCCCTCCGGAGAGTCCAAATTGATGGAGGGGGTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATATCCGAAAGATGTAGCAGTCTTTAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATCTT Eulalia_mustela CCCGGTGAAATTA--TTTAACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCTTAATTAGAGGCTGGAATGAAAGGATATATGAAATTATAGCTGTCTCTGTTTTATT-TATTAAAAATTGTCTTTTAGGTGAAGAGACCTAGATTTTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATTATTTATAAGTGATTTATAGAGTTTTTTACTTTATTAC-TT-G-GCATAATTTAGTTGGGGCGACGTAGGAATATATTTAATGTAAATCTTCCTGAAGTATTTAG-AATTTTTGTTCTCTTAAGTGATCTATTTG-TATGATAAAAAGAACTAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATCTTTCCGGAGAGTTCAAATTGATGGGAAGGGTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGGTATCCTAAAGATGTAGCAGTCTTTGAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATCCT Eulalia_viridis CCCAGTGATAATA--TTCAACGGCCGCGGTACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCTTAATTAGAGGCTGGAATGAAGGGATATACGAGATTAATACTGTCTGCTTTTTATT-TTATAAAAATTAGCATCCAGGTGAAGAGACCTGGATATTGACGAAGGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATT-TTTATGGGTAATTTTTAGGTTTATTTACTTTATAAC-CC-T-TAGAAATTTGGTTGGGGCGACAAAGGAATAT-------ATAAATCTTCCTTAATTTAGTAG-AATTATTTTTCTTTTAATGGATCTATAAA-AATGATATTAAGAAATAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTCCGGAGAGTTCAAATTGATGGAAGAGGTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGAGTATCCTACAGGTGTAGCAGTCTGTGAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAACTCT Eumida_arctica CCCGGTGATA--TTATTTAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGCCTTTTAATTGGAGGCTGGAATGAAGGAATACATGAAATTATAACTGTCTCTTACTTATT-A-TTATAACTTATTTTTTAGGTGCAGAAACCTAAATTTTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATT-TTTAAAAGGGTTTTAAATATTAATTAATTTTATAAC-TTAA-TA-AAATTTGGTTGGGGCGACTAAGAAATAT-------ATAAATCTTTCTTTTTTTATTGG-AAATTTAATTCTTTTTAAGGAGCTATAA--TTTAAAAAATAGACATAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTTTGGAGAGTTCAAATTGATAAAAGAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATATCCTATAGGTGTAGCAGCTTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATCTT Eumida_sanguinea CCCGGTGATAAATTATTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCTTAATTAGAGGCTGGAATGAATGGATATATGAGATTAAAACTGTCTCTTTTTTAAG-T-ATAAAAATTGTCGTATAGGTGCAGAGACCTATATATTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATT-TTTATTAGGTTTTTTTAGACATATT-ACTTTTTAAC-T-AT-TATAAATTTGGTTGGGGCGACATAGAAATAA-------ATAAATCTTTCTTGAAATTTAAG-AATTATAATTCTGTTAAAAGATCTATAT--TTTAGAAAAGAGAAATAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTTTGGAGAGTTCAAATTGATAAAAGAGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTTAAGATATCCTATAGGTGTAGCAGTTTATAAGGGTAGGTATGTTCAACCATTAAAATCTT Lacydonia_eliassoni CCCAGTGATAT---ATTTAACGGCCGCGGTATTTTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGTCTTTTAATTGGAGACTTGTATGAATGGATTAATGAAAATATAACTGTCTTTATATTTTT--TTTATAAATTAATTTGGAAGTGAAGAGGCTTTTATATTAATAAAAGACAAGAAGACCCTATCGAGCTTTAT-ATATATGAATATT-TTTAAATAAATATATTTTTTTAT-TTTT-AATTTATTTGGTTGGGGCGACTAAGGAAAAT-------ATAAATCTTCCTATTTTAAATTA-GAATATAATTCTTTATGTAGATCTTTTA----TAATTAATAGAAATAGTTACCGTAGGGATAACAGACTTATCTTTTTTGAGAGTTCATATTGATAAAAAGGATTGGTACCTCGATGTTGGCTTAGAATATCCTATAAATGTAGAAGTGTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATTTT Mystides_caeca CCCGGTGG----GGATTTAACGGCTGCGGTACTCTGACCGTACAAAGGTAGCAAAATAATTTGCCTTTTAATTGGTGGCTTGTATGAATGAAGGCACGAGATTAAAGCTGTCTCTAATTTATTTATATAGAAATTTTTTTTCAAGTGAAGAAGCTTGAATTTTAATATGGGACAAGAAGACCCTATTGATCTTTATTAATTATATGGGTTTAGCATATAACTTATTTATATTATACTTG-TATTAATTTGGTTGGGATGACAAAGAAAAAT-------AAAATTTTTTCTTTATATTTAAG-AATTATGGTTCGTTTTAAGGATCTAAAAT-TTTACTCTTAGGAAATAGTTACCATAGGGATAACAGGTTAATTTTTTTGGAGAGTCTTATTCGATAAAGAAGTTTAACACCTCGATGTTGGCTTAGAATATCCTGTAGGTGCAGAAGCTTATAAGGGTTAGTTTGTTCAACTATTAAAATTCT Nereiphylla_lutea CCCGGTGATA-----TTTAACGGCTGCAGTATCCTGACTGTACAAAGGTAGCATAATAATTTGCCTTTTAATTGGAGGCTGGAATGAATGGATATACGAGGTTAGAGCTGTCTCTAGTTTATTATTATATAAATTTTTTTTTAGGTGAAGAGACCTAAATTCTAATAAAAGACAAAAAGACCCTATCGATCTTTATTAAAAATATGGAGT-TTATGTTAAATTTACTGTATGAC-ATAT-GA-TAATTTGGTTGGGGCAACAAAGAAATAT-------ATAAATTTTTCTTAGATATAAAG-AGTTATTTTTCTTTTAAGAGATCTGTATT-TACAAAAAGGAGAAACAGGTACCGTAGGGATAACAGGCTAATTTCTTTGGAGAGTTCAAATTGATGAAGAAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGAATATCCTAAGGGTGTAGTAGCCTTTAAGGGTAGGTTTGTTCAACTATTAAAATTCT Paranaitis_wahlbergi CCCAGTGA---AAATTTTAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCTTAATTAGAGGCTGGAATGAATGGATATACGAGGTTTTAGCTGTCTCATTTTTAAT-A-ATAAAAATTAGTGTCTAGGTGAAGAAACCTAGATTTTGATGAAGGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATTTTAACGTAAGATT--TTTGACTAACTTACTTTATAAT-GCTG-AT-AAATTTGGTTGGGGCAACAAAGAAATAT-------AAGTATTTTTCTTTTATATTGAG-AAATATGTTTCATTTATTAGATCTATATT-TATGATAAGAAGAAAGAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTTTGTAGAGTTCAAATTGATAAAGGAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGGTATCCTATAGGTGCAGAAGTCTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAACCCT Phyllodoce_groenlandica CCCAGTGT---ATATATTAACGGCCGCGGTATCTTGACTGTGCGAAGGTAGCATAATAGTTTGCCTTTTAATTGGAGGCTAGTATGAATGGATATACGAGGTTAAAGCTGTCTCAATTTTA-T-ATATAAAAATTGGTTTTCAGGTGAAGAAACCTGGATTGTAATGAAGGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATT-TTTATAAGATTTAAAATGA-TTATTTACATTTTTAC-TTT--AATAAATTTGGTTGGGGCAACAAAGGAATAA-------ATTTATCTTCCTTTATATGGTGG-AATTATAATTCTCTTAAAAGATCTATTTAAAATAATAAGAAGAAAGAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTTTGGAGAGTTCATATTGATAAAAGAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGAATATCCTAT{AG}GGTGCAGCAGTCTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATTCT Phyllodoce_longipes CCCGGTGT---AT-TATTAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATAGTTTGCCTTTTAATTGAAGGCTGGAATGAATGAATATACGAAGTCAAAGCTGTCTCATATCTA-C-TTATAGAAATTGTTTTTTAGGTGAAGAAACCTAGATTATAATGAAGGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTACT--TTTAAAAGATT-AATATTAATCTAATTATTTATAC-TTT--ATAAAGTTTGGTTGGGGCAACAAAGGAAAAT-------ATAAATCTTCCTTAATTTTTACG-AATTATATTTCTTGTAATAGATCTATTTATAATAATAAGTAGAAAGAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTTTGGAGAGTTCATATTGATAAAAGAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGAATATCCTATAGGTGCAGCAGTCTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATTCT Protomystides_exigua CCCGGTGA---TAAATTTAACGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCTTAATTAGAGGCTGGAATGAACGAATATACGAAATTAATGCTGTCTCTGCTGTATA--AATATAAATTGTCCTTTAAGTGAAGAGACTTAAATTTTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATCGAGCTTAATTTTAATTAGGGAAT-TTTAAATTAATTTATTGTATGAC-TTTG-AT-AAATTTGGTTGGGGCGACAGAGGAATAT-------ATAAATCTTCCTTTAATAATTTG-AAAAATTTTTCTTGTAAAGGATCAATTTA-GGTGATATAGAGAAAAAGTTACCGTAGGGATAACAGGCTAATCTCTCCGGAGAGTTCAAATTGATGGGGGGGAT-GGCACCTCGATGTGGCCTTAGGGTATCCTGTAGATGTAGCAGTCTATAAGGGTTGGTTTGTTCACCCATTAAAATCCT Pseudomystides_limbata CCCGGTGAC-TTAGGTTTAACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCCCTTAATTAGGGGCTGGAATGAAGGGATATACTAAATTAATTCTGTCTCTTTTTTATT-T-ATAAAAATTGTTTTTTAGGTGAAGATTCCTAAATATTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATT-TAAGGTTGGAAT-TTTAGATTAATTTACTTTTTTAC-TTAA-ATTAAATTTGGTTGGGGCGACAAGAGAATAA-------ATAAATCTTCTCTTAATGTAAAG-AGATATATCTCTTTTTATTGATCTATAAA-TATGATATAAAGAAATAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATCTTTTTGGAGAGTTCAAATTGATAAAAAGGGTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAAGTATCCTGTAGATGTAGCAGTCTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAACTTT Pterocirrus_macroceros CCCGGTGATATTAA-TTTAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTTTAATTGGAGGCTGGTATGAATGGATATACGAGATTAACACTGTCTCTTTTTTACA-T-ATATAAATTAGTTTTCAGGTGAAGAAACCTGAATTATGATGAAGGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATTTTTAACGGATAT--TTTTGATTCATTTACTTTATAAC-CT-A-ATAAAATTTGGTTGGGGCGACATAGGAATAA-------AAAAATCTTCCTTTTATTTAATG-AATT-TTTTTCTTTTAAATGATCTATTGA-GATGATAAAAAGAACTAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTTTTCCAGAGAGTTCAAATTGACGGGAAAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGAATATCCTGTAGGTGTAGCAGTCTGCAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATTCT Sige_fusigera CCCAGTGA-ATATA--TTAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCTTAATTAGGGGCTAGTATGAATGGATATATGAAATTAAAGCTGTCTCTTTTCTTTT-A-ATAAAAATTGTCTTACAGGTGCAGAGACTTGTATTTTAATGAAGGACAAAAAGACCCTATCGAGCTTTATCTTTAATGAGATAT-TTGTGATATATTTACTTTATAAC-TCTA-T-TAGATTTGGTTGGGGCGACAAAGAAATAT-------ATAAATCTTTCTTTATAATTTTG-AATAATATTTCTTACGGGTGATCTTAAT--AAAAGAAAGAAGAAATAGTTACCGTAGGGATAACAGGCTAATCCTTCCGGAGAGTTCAAATTGATGGGAGGGGTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATATCCTATAGGTGTAGCAGCTTATAAGGGTTGGTTTGTTCATCCATTAAAATCTT ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3680 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8453; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3680; TREE 16S_BA = [&R] (Aglaophamus_malmgreni,Pterocirrus_macroceros,(((Lacydonia_eliassoni,((Eulalia_bilineata,Eulalia_expusilla),Eulalia_mustela),Protomystides_exigua,Pseudomystides_limbata),((Chaetoparia_nilssoni,(Eteone_picta,Paranaitis_wahlbergi),(Phyllodoce_groenlandica,Phyllodoce_longipes)),((Eumida_arctica,Eumida_sanguinea),Sige_fusigera),(Mystides_caeca,Nereiphylla_lutea))),Eulalia_viridis)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr4845] END;