#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 18, 2025; 7:34 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lindell J., Méndez-de la cruz F., & Murphy R. 2007. Deep biogeographical history and cytonuclear discordance in the black-tailed brush lizard (Urosaurus nigricaudus) of Baja California. Biological Journal of the Linnean Society, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1840] [ The following blocks are input data for analysis step 3716 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3716; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Petrosaurus_mearnsi Petrosaurus_repens Petrosaurus_thalassinus Urosaurus_graciosus Urosaurus_graciosus_California_a Urosaurus_graciosus_California_b Urosaurus_graciosus_Sonora Urosaurus_lahtelai Urosaurus_nigricaudus_Bahia_de_Los_Angeles Urosaurus_nigricaudus_Cabo_San_Lucas Urosaurus_nigricaudus_Ciudad_Insurgentes_55.7_E Urosaurus_nigricaudus_El_Arco Urosaurus_nigricaudus_Guerrero_Negro_113_km_S Urosaurus_nigricaudus_Isla_Danzante Urosaurus_nigricaudus_Isla_San_Fransisco Urosaurus_nigricaudus_Isla_San_Jose Urosaurus_nigricaudus_Isla_San_Marcos Urosaurus_nigricaudus_Juncalito Urosaurus_nigricaudus_La_Paz Urosaurus_nigricaudus_La_Paz_10_km_W Urosaurus_nigricaudus_La_Paz_123_km_W Urosaurus_nigricaudus_La_Paz_43_km_W Urosaurus_nigricaudus_La_Paz_75.3_km_W Urosaurus_nigricaudus_La_Paz_78.2_km_W Urosaurus_nigricaudus_Ligui Urosaurus_nigricaudus_Loreto_2_km_N Urosaurus_nigricaudus_Loreto_26.4_mi_N Urosaurus_nigricaudus_Nopolo Urosaurus_nigricaudus_Playa_Coyote Urosaurus_nigricaudus_Ramal_a_San_Jose_de_Magdalena Urosaurus_nigricaudus_Ramon_a_Santa_Agueda Urosaurus_nigricaudus_San_Antonio_7.3_mi_S Urosaurus_nigricaudus_San_Bartolo Urosaurus_nigricaudus_San_Diego_County Urosaurus_nigricaudus_San_Ignacio Urosaurus_nigricaudus_San_Pedro Urosaurus_nigricaudus_San_Pedro_de_la_Presa Urosaurus_ornatus_Arizona Urosaurus_ornatus_New_Mexico ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1967] TITLE cyt_b_and_ATPase_for_Urosaurus_nigricaudus; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3716; DIMENSIONS NCHAR=1966; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Petrosaurus_mearnsi 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Urosaurus_graciosus 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Urosaurus_graciosus_Sonora 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Urosaurus_lahtelai 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Urosaurus_ornatus_Arizona ????????????CCTAGGCATATGC?TAATTATTCAAATCATAACCGGACTTTTCCTAGCCATACACTACACAGCAGATATCTCATCTGCCTTCTCATCAGTAGCCCACATTTGTCGAGATGTACAATACGGATGACTGATCCGAAACCTCCATGCAAACGGAGCCTCAATATTCTTTATCTGCATCTATATGCATGTCGGACGAGGCCTATACTACGGCTCATATATATTTAAAGAAACCTGAAACTTAGGTGTTATTTTACTTCTGCTAGTAATAGCTACCGCCTTCGTCGGGTACGTCCTGCCATGAGGACAAATATCCTTCTGAGGAGCAACAGTAATTACTAATCTTCTATCAGCAATCCCATACATCGGAACAACCCTAGTAGAGTGAATCTGAGGAGGCTTCTCAGTTGACAACGCAACACTAACTCGATTTTTCACCTTTCATTTCCTTCTACCATTCGCCATTATTGGAGTCTCCATAATTCACCTTCTTTTTCTCCACGAAACCGGATCAAACAATCCAACAGGATTAACATCAAATACAGACAAAATCCCATTCCACCCGTATTTCTCATACAAAGACATACTAGGTGCCCTACTATTAATTATTATTTTACTCTTACTAGCCCTATTTTCACCAAACCTCTTAGGAGACCCAGAAAACTTTACACCAGCTAACCCCCTTGTTACACCACCACACATTAAACCAGAATGATATTTCCTATTCGCCTATGCTATCCTACGATCAATTCCAAACAAACTAGGAGGAGTTCTAGCCC?ACTATTTTCAATTTTAATCCTCATACTAGTGCCACTCTTACACACATCTAAACAACGAAGC?CTATATTCCGCCCAATATCTCAAATTATATTTTGACTCCTAATTTCAGACGTACTAATTCTAACATGAATCGGAGGTCAACCAGTTGAACACCCATTTATCATCATTGGTCAATTAGCCTCAATTATATACTTTACACTATTTCTTGTTCTCATACCAATAACATCTATTCTAGAAAATAAACTACTCAAATGATAGACTTTTA???????????GTCTCCGTAGCT?AAAA?TCCTAAAGCACTGAGAGAAGGGGACGTACCT?CCCCCTCAGTGATATGCCACAACTAAACCCCCACCCATGATTTTTAATTATAATCATAGT?TGAACCATCCTAATAATCTTATTCCTAAATAAAACCATAACTATGT?TTACCCAAACACACCAATAGAAACTGTCTCAGAAGACAAAACCCAACTATCTTGAACCTGACCATGATACTAAGCTTCTTCGACCAATTTGCAATCCCTCAAATACTAGGTATTCCATTAATCCTAATTGCCACTATTACCCCAACTTTACTAATTTTAAGCTCGTCAAAACGACTAATTCAAAACCGCCTATTAACCCTACAAATATGACTATCTAAAACCTTCACAAAACAACTAATACTACCAATTAACTTACCAGGACATAAATGGGCCTCAATACTACTAGCCTTAACACTATTACTTTTATCGTTAAATCTACTAGGCCTACTACCCTATACATTTACCCCAACAACCCAACTGTCAATAAACATAGCACTTGCAGTACCAATGTGATTAGCAACTGTATTAATTGGAATACGAAACCAGCCAACAATCTCCTTAGGTCACCTACTACCAGAAGGCACTCCAACACCTCTAATCCCAATCTTAATTATTATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCAATCGCCCTAGGAGTACGACTTACTGCAAACTTAACAGCAGGCCATTTACTAATTCAACTAATCTCGACAGCAGCTTTTGTTCTAATACCCTCAATAACCTTAACAGCATCAATAGCCTTTATTGTCCTCATTCTATTAACCGGACTAGAAGTAGCAGTCGCAATAATTCAAGCCTATGTATTTGTTCTACTACTAAGCCTTTACTTACAAGAAAACGTCT Urosaurus_ornatus_New_Mexico ???????????TCCTAGGCATATGC?TAATTATTCAAATCATAACCGGACTTTTCCTAGCCATACACTACACAGCAGATATCTCATCTGCCTTCTCATCAGTAGCCCACATTTGTCGAGATGTACAATACGGATGACTGATCCGAAACCTCCATGCAAACGGAGCCTCAATATTCTTTATCTGCATCTATATGCATGTCGGACGAGGCCTATACTACGGCTCATATATATTTAAAGAAACCTGAAACTTAGGTGTTATTTTACTTCTGCTAGTAATAGCTACCGCCTTCGTCGGGTACGTCCTGCCATGAGGACAAATATCCTTCTGAGGAGCAACAGTAATTACTAATCTCCTATCAGCAATCCCATACATCGGAACAACCCTAGTAGAGTGAATCTGAGGAGGCTTCTCAGTTGACAACGCAACACTAACTCGATTTTTCACCTTTCATTTCCTCCTACCATTCGCCATTATTGGAGTCTCCATAATTCACCTTCTTTTTCTCCACGAAACCGGATCAAACAATCCAACAGGATTAACATCAAATACAGACAAAATCCCATTCCACCCGTATTTCTCATACAAAGACATACTAGGTGCCCTACTATTAATTATTATTTTACTATTACTAGCCCTATTTTCACCAAACCTCTTAGGAGACCCAGAAAACTTTACACCAGCTAACCCCCTTGTTACACCACCACACATTAAACCAGAATGATATTTCCTATTCGCCTATGCTATCCTACGATCAATTCCAAACAAACTAGGAGGAGTTCTAGCCCTACTATTTTCAATTTTAATCCTCATACTAGTGCCACTCTTACACACATCTAAACAACGAAGCACTATATTCCGCCCAATATCTCAAATTATATTTTGACTCCTAATTTCAGACGTACTCATTCTAACATGAATCGGAGGTCAACCAGTTGAACACCCATTTATCATCATTGGTCAATTAGCCTCAATTATATACTTTACACTATTTCTTGTTCTCATACCAATAACATCTATTCTAGAAAATAAACTACTCAAATGATAGACTTTTA???????????GTCTCCGTAGCT?AAAA?TCCTAAAGCACTG???????????????CCT??CCCCTCAGTGATATGCCACAACTAAACCCCC?CCCATGATTTTTAATTATAATCATAGTC?GAACCATCCTAATAATCTTATTCCTAAATAAAACCATAACTATGTCTTACCCAAACACACCAATAGAAACTGTCTCAGAAGACAAAACCCAACTATCTTGAACCTGACCATGATACTAAGCTTCTTCGACCAATTTGCAATCCCTCAAATACTAGGTATTCCATTAATCCTAATTGCCACTATTACCCCAACTTTACTAATTTTAAGCTCGTCAAAACGACTAATTCAAAACCGCCTATTAACCCTACAAATATGACTATCTAAAACCTTCACAAAACAACTAATACTACCAATTAACTTACCAGGACATAAATGGGCCTCAATACTACTAGCCTTAACACTATTACTTTTATCGTTAAATCTACTAGGCCTACTACCCTATACATTTACCCCAACAACCCAACTGTCAATAAACATAGCACTTGCAGTACCAATGTGATTAGCAACTGTATTAATTGGAATACGAAACCAGCCAACAATCTCCTTAGGTCACCTACTACCAGAAGGCACTCCAACACCTCTAATCCCAATCTTAATTATTATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCAATCGCCCTAGGAGTACGACTTACTGCAAACTTAACAGCAGGCCATTTACTAATTCAACTAATCTCGACAGCAGCTTTTGTTCTAACACCCTCAATAACCTTAACAGCATCAATAGCCTTTATTGTCCTCATTCTATTAACCGGACTAGAAGTAGCAGTCGCAATAATTCAAGCCTATGTATTTGTTCTACTACTAAGCCTTTACTTACAAGAAAACGTCT ; 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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2807] END;