#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 09, 2025; 22:32 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hou Z., Fu J., & Li S. 2007. A molecular phylogeny of the genus Gammarus (Crustacea: Amphipoda) based on mitochondrial and nuclear gene sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1846] [ The following blocks are input data for analysis step 3744 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3744; DIMENSIONS NTAX=72; TAXLABELS Crangonyx_pseudogracilis Dikerogammarus_villosus Gammarus_abstrusus Gammarus_accretus Gammarus_aequicauda Gammarus_annulatus Gammarus_balcanicus Gammarus_bousfieldi Gammarus_comosus Gammarus_craspedotrichus Gammarus_crinicornis Gammarus_curvativus Gammarus_decorosus Gammarus_duebeni_MA Gammarus_electrus Gammarus_emeiensis Gammarus_fasciatus_MN Gammarus_fasciatus_WA Gammarus_fossarum_PO Gammarus_glabratus Gammarus_gonggaensis_BX1 Gammarus_gonggaensis_BX2 Gammarus_gregoryi Gammarus_kangdingensis Gammarus_koreanus Gammarus_lacustris_BJ1 Gammarus_lacustris_BJ2 Gammarus_lacustris_BK Gammarus_lacustris_HV Gammarus_lacustris_NA Gammarus_lacustris_QH1 Gammarus_lacustris_VI Gammarus_lacustris_WA Gammarus_lichuanensis_HB1 Gammarus_lichuanensis_HB2 Gammarus_locusta_CA Gammarus_locusta_FR Gammarus_martensi Gammarus_minus_IL Gammarus_montanus Gammarus_mucronatus Gammarus_nekkensis_BJ1 Gammarus_nekkensis_BJ2 Gammarus_nekkensis_HB1 Gammarus_nipponensis Gammarus_oceanicus Gammarus_pexus Gammarus_pseudolimnaeus_IL Gammarus_pulex_NL Gammarus_qiani Gammarus_riparius Gammarus_roeseli Gammarus_sichuanensis Gammarus_sinuolatus Gammarus_sp1 Gammarus_sp2 Gammarus_sp3 Gammarus_sp4 Gammarus_sp5 Gammarus_sp6 Gammarus_stalagmiticus Gammarus_takesensis Gammarus_taliensis Gammarus_tastiensis Gammarus_tigrinus Gammarus_translucidus Gammarus_troglophicus_IL 'Jesogammarus (Annanogammarus) debilis' 'Jesogammarus (Jesogammarus) hebeiensis' Platorchestia_japonica Sinogammarus_chuanhui_GZ Sinogammarus_chuanhui_SC ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1992] TITLE GammarusMt; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3744; DIMENSIONS NCHAR=1678; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 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Gammarus_abstrusus 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Gammarus_balcanicus 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Gammarus_bousfieldi 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Gammarus_crinicornis 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Gammarus_curvativus 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Gammarus_kangdingensis 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Gammarus_stalagmiticus 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Gammarus_takesensis ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTGTTTATCCTCCCTTAGCCTCCATTACCTCCCACAGAGGCGGAGCGGTACACCTAGCGATTTTTTCTCTTCACTTAGCAGGGGCATCCTCTATCTTAGGAGCTATAAATTTTATCTCAACAATTATTAATATGCGAAGACCTAGAATGTCCATAGACCAAATACCATTATTTGTTTGGTCTGTTTTCATTACAGCAATTTTACTACTACTTTCTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACTATGCTTTTTACTGACCGAAACTTAAATACCTCCTTTTTTGACC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTATTTTGACCGTGCTAAGGTAGCATAATCATTTGTTATTTAATTGGTAACTGGCATGAAAGGTTTAACTAACTT?ATTAAGTTTGTGAGACTAAAT?AAAAAATTAAAGTTAAGGTAAGAATTCTTTAATTT?TCTAGGGGACGATAAGACCCTAGAAGCTTGATAAAATGGATTTTTTTT?GTATTAGAAGTTTG??????????TTTATTTTACTGGGGCGGTAAAAATAACTAAGCTATTTATTATTTGAAG????????????????GATCCTT?AAAATAAAGAAAGAACGGGAAAGTTACTCTAGGGATAACAGTGCAATATTTTTGGATAGACCTTATTGATAAATATGTTTGCAACCTCGATGTTGAATTAAA?ATGTCTTTATAAAGCAGAAAGTATAAA??AGAAGGTTTGTTCAACC Gammarus_taliensis ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCGAAACAAAGTAGAAAAACCTGAAGGTTTTTCTAAAG?GCGGTTAAAATTTTCACTTACAATGAAAGATGCCCTTTA?GGGCGCTTTTATA??TCGTTAAAAATCTAATAAAGAGTAAGAAATTTTGGTAAGTCTACCTTTTGTATCAGGGGAAGTCAAAAGTAAAACTAGT???AGGATATCGACTTAAGTAGAGCTTTGTATAA??AGAAATTATAATTGAATTTATAGTTTTAATGGAA?TTATGTGGTGAAAAATGTACGGTGCTTATGGTAACTATTTGTTTTTTT????GTTGAAGGGTAAGCTTTCATTAGTTT?AAGTATA?????TAAAAAAATTAGAGAATTAGGCTTTGTATTAGCCAAATTATTAAATT?GTTTCAAATAATCTAGTA????AAATAAAGTAATCTTAAGATT???AAAAGACTTAGTCTATTAATGGTAATAGGCTTAAATAATGAATTTATTGAATAAA?GATTGGAATACTTAAATAACTCATGATAGGTTAGAATGTTTAACAAAAACATTTTCTTTCGCGATAAATAAGATAAGACCTGCCCGGTGATTT??TTAA?CGGCTGCGGTATTTTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCATTTGCTTTTTAATTGGTAGCTGGAATGAAAGGTTAAACTAACTT?ATTTAGTTTGTTGTGTTTTTT?AAGAAATTAAAGTCAAGGTAAGAATTCTTTGATTT?ACTAGGGGACGATAAGACCCTAGAAGCTTGACGATAAGAATATTTATT?AGTTATAAAAATTAA?????????TTTGTTTTACTGGGGCGGTAAAGGTATATAAACTACTAGAATATTGACG????????????????GATCCTT?AAAATAAAGATAAACCGGAAAAGTTACTCTAGGGGTAACAGTGCGATATTTTTGGAGAGATCTTATCGATAGAAATGTTTGCAACCTCGATGTTGAATTAAA?ATGTCTACGTGAAGCAGCAGGTACGTA??AGA?????????????? Gammarus_tastiensis 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Gammarus_tigrinus 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Gammarus_translucidus 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Gammarus_troglophicus_IL 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'Jesogammarus (Annanogammarus) debilis' 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'Jesogammarus (Jesogammarus) hebeiensis' 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Platorchestia_japonica 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2831] END;