#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 1:27 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Sede S., Marrone O., Giussani L., & Zuloaga F. 2007. Phylogenetic Studies in the Paniceae (Poaceae): A Realignment of Section Lorea of Panicum. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1873] [ The following blocks are input data for analysis step 3813 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3813; DIMENSIONS NTAX=142; TAXLABELS Acroceras_zizanioides Altoparadisium_chapadense Andropogon_gerardii Anthaenantia_lanata Anthaenantiopsis_rojasiana Arthropogon_villosus Arundinella_hirta Axonopus_anceps Bothriochloa_bladhii Canastra_lanceolata Cenchrus_ciliaris Chaetium_bromoides Chasmanthium_laxum_subsp._sessiliflorum Chionachne_koenigii Cymbopogon_flexuosus Danthoniopsis_dinteri Dichantelium_acuminatum Dichantelium_clandestinum Dichantelium_cumbucana Dichanthelium_koolauense Dichanthelium_sabulorum Digitaria_setigera Echinochloa_colona Echinolaena_inflexa Eriochloa_punctata Homolepis_glutinosa Hopia_obtusa Hymenachne_donacifolia Hymenachne_grumosa Hymenachne_pernambucense Ichnanthus_pallens Lasiacis_sorghoidea Megathyrsus_maxima Melinis_repens Mesosetum_chaseae Moorochloa_eruciformis Ophiochloa_hydrolithica Oplismenopsis_najada Oplismenus_hirtellus Otachyrium_versicolor Panicum_acicularifolium Panicum_adenophorum Panicum_anceps Panicum_animarum Panicum_antidotale Panicum_aquaticum Panicum_bergii Panicum_caricoides Panicum_cervicatum Panicum_chapadense Panicum_chloroleucum Panicum_chnoodes Panicum_cipoense Panicum_claytonii Panicum_cyanescens Panicum_dichotomiflorum Panicum_durifolium Panicum_elephantipes Panicum_euprepes_LOR Panicum_euprepes_LORb Panicum_fauriei Panicum_gouinii Panicum_hylaeicum Panicum_loreum Panicum_marauense Panicum_mertensii Panicum_miliaceum_PAN Panicum_millegrana_MON Panicum_molinioides Panicum_mystasipus Panicum_nephelophilum Panicum_olyroides Panicum_parvifolium Panicum_pedersenii_DFL Panicum_petersonii_PRI Panicum_piauiense Panicum_pilosum Panicum_poliophyllum Panicum_prionitis Panicum_racemosum Panicum_repens Panicum_restingae Panicum_rigidulum Panicum_rudgei Panicum_sacciolepoides_LOR Panicum_sacciolepoides_LORb Panicum_schwackeanum Panicum_sellowii Panicum_stenodes Panicum_steyermarkii Panicum_stoloniferum Panicum_stramineum Panicum_subtiramulosum Panicum_tenerum Panicum_trichanthum Panicum_tricholaenoides Panicum_trinii_LOR Panicum_trinii_LORb Panicum_trinii_LORc Panicum_tuerckheimii Panicum_vaginiviscosum_LOR Panicum_vaginiviscosum_LORb Panicum_validum Panicum_verrucosum Panicum_virgatum Panicum_wettsteinii Parodiophyllochloa__missiona Parodiophyllochloa__penicillata Parodiophyllochloa_cordovensis Parodiophyllochloa_ovulifera Paspalidium_geminatum Paspalum_arundinellum Paspalum_conjugatum Paspalum_glaziovii Paspalum_remotum Paspalum_vaginatum Pennisetum_alopecuroides Pennisetum_setaceum Phacelurus_digitatus Phanopyrum_gymnocarpon Plagiantha_tenella Pseudechinolaena_polystachya Sacciolepis_indica Setaria_lachnea Setaria_macrostachya Setaria_palmifolia Setaria_viridis Sorghum_bicolor Steinchisma_decipiens Steinchisma_hians Steinchisma_laxa Steinchisma_spathellosa Stenotaphrum_secundatum Streptostachys_asperifolia Streptostachys_ramosa Tatianyx_arnacites Thysanolaena_maxima Urochloa_acuminata Urochloa_plantaginea Zea_mays Zeugites_pittieri Zuloagaea_bulbosa ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3731] TITLE ndhF; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3813; DIMENSIONS NCHAR=2061; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Acroceras_zizanioides 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Altoparadisium_chapadense 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Andropogon_gerardii 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Arundinella_hirta 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Axonopus_anceps 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Bothriochloa_bladhii 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Canastra_lanceolata 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Cenchrus_ciliaris 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Chaetium_bromoides 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Chasmanthium_laxum_subsp._sessiliflorum ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTGTTTTACTCTTAAGTATAGCTATGGTATTCTCAGTCCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAATTTGGATACTTGATCGACCCCCTTACTTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTGGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTTCCATGTTGGGATTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACACGGCCAATTGCAGCGAGTGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTCTGTTATTAGGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACAGGTAGTTTAGAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAACTGGATTCCTAATAATGGGATGAATTCCTTACTTAGTACTTTATGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCTGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACTCCTATTTCGGCTCTTATACACGCA???ACTATGGTTGCTGCGGGGATTTTTCTTCTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCTTTGATAATGAGTTTCATTTCTTTAGTAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTAGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTGTTCTTGGGATCCGGATCCATTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAAAACTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATCCTTAGTAATAGTTGGTTGTATTCACCCTTTTTGGGGATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGTACTAAAGAAGGTTCGTTGTATTCAGTATCCTTATGGGGAAAAAGCATAACCAAAGGAGTCAATAGGGATTTTGTTTTGTCAACAATGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACC??????CAAAATTCCTGGTAATACAAGAAATAAGATAGGATCCTTTAGTACTCCC??????TTTGGGGCTAAAAAAACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTCTTATATTACTGCTTTTTACTTTGTTCATTGGATCCATAGGAATCCATTTTGATAATGGAGTAAAGGATAATGGAATATCGGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGCTAACTCCTTCAATAAACTTTTTCCAGGAAAGTTCTAATTCTTCCATAAATTCATATGAATTTCTCACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCTATTTTTGGTCTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCCTCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGAATTTTATAAATTCCCTTGT??????AAAAGGGAATCCTAAAAAGAACTTTTTGGATGAAGTAAAAAAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTCTATACTAGGGTCTTTATCCTGGGTATAAGAAGATTAACCGAACTAACGCATTTTTTCGATAAAGGTGTCATTGATGGAATTACCAATGGAGTA Chionachne_koenigii 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Cymbopogon_flexuosus 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Danthoniopsis_dinteri 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Eriochloa_punctata 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Hopia_obtusa 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Ichnanthus_pallens 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Lasiacis_sorghoidea 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Megathyrsus_maxima 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Melinis_repens 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Mesosetum_chaseae 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Moorochloa_eruciformis 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Ophiochloa_hydrolithica 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Oplismenus_hirtellus 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Otachyrium_versicolor 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Panicum_acicularifolium 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Panicum_adenophorum 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Panicum_anceps 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Panicum_animarum 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Panicum_antidotale 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Panicum_aquaticum 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Panicum_bergii 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Panicum_caricoides 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Panicum_cervicatum 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Panicum_chapadense 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Panicum_chloroleucum 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Panicum_chnoodes 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Panicum_claytonii 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Panicum_cyanescens 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Panicum_dichotomiflorum 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Panicum_durifolium ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTATGGTATTCTCAGTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATTAATAATGATTTTTCCTTAGAATTTGGATACTTGATCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTGGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTTCCATGTTGGGATTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTATCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACACGGCCAATTGCACCGAGTGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTCTGTTATTAGGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTAGAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAACTGGATTCCTAATAATGGGATTAATTCCTTACTTACTACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCTGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCCGCGGGGATTTTTCTTTTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCCTTGATAATGAGTTTCATTTCTTTAGTAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGTTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTAATAGATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGCGGTTTAAGAAAATACATTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATCCTTAGTAATAGTTGGTTGTATTCACCCTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGCAGTACTAAAGAAGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGTATATCCAAAGGAGTCAATAGGGATTTTGTTTTATCAACAACGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACC??????TAAAATTCCTCGTAATACAAGAAATAAGATGGGATACTTTAGTACTCCC??????TTTGGGGCTAAAAACACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATATCCTCTTCTTATATTACTGCTTTTTACTTTGTTCATTGGATCCATAGGAATCCATTTTGATAATGGAGTAAAGGATAATGGAATATCGGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGCTAACTCCTTCGATAAACTTTTTCCAGGAAAGTTCTAATTCTTCCATAAATTCCTATGAATTTCTCACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCAATTTTTGGTCTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCCGCTTATTATTTTTTTCAGAATTTGAATTTCCAAAATTCCCTTGTAAAAATAAAAAGGAATCCAAAAAATAACTTTTTGGATGAAGTAAAAAAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTCTATACTAGGGTATTTATCCTGGGTATAAGAAGATTAGCAGAACTAACACATTTTTTCGATAAAGGTGTCATTGATGGAATTACCAATGGAGTA Panicum_elephantipes 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Panicum_euprepes_LOR 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Panicum_euprepes_LORb 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Panicum_fauriei 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Panicum_gouinii 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Panicum_hylaeicum 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Panicum_loreum 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Panicum_marauense 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Panicum_mertensii 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Panicum_millegrana_MON 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Panicum_molinioides 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Panicum_nephelophilum 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Panicum_pedersenii_DFL 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Panicum_poliophyllum 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Panicum_prionitis 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Panicum_rigidulum 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Panicum_rudgei 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Panicum_sacciolepoides_LORb 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Panicum_schwackeanum 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Panicum_sellowii 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Panicum_stenodes 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Panicum_steyermarkii 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Panicum_stoloniferum 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Panicum_stramineum 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Panicum_subtiramulosum 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Panicum_tenerum 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Panicum_trichanthum 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Panicum_validum 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Paspalidium_geminatum 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Paspalum_arundinellum 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Paspalum_conjugatum 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Paspalum_glaziovii 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Paspalum_remotum 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Paspalum_vaginatum 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Pennisetum_alopecuroides 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Pennisetum_setaceum 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Phanopyrum_gymnocarpon 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Plagiantha_tenella 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Pseudechinolaena_polystachya 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Sacciolepis_indica 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Setaria_lachnea 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Setaria_macrostachya 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Setaria_palmifolia ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTCTGGTATTCTCAGTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAACGATTTTTCTTTAGAATTTGGATACTTGATCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTGGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTGCCATGTTGGGATTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACACGGCCAATTGCAGCGAGTGCTTGCCAAAA?GCTTTTGTAACTAATCGTGTAAGGGATTT?GGTCTGTTATTACGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTAAAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAACTGGATTCCTAATAATGGGATTAATTCTTTACTTACTACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTGCGGGGATTTTTCTTCTAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCCTTAATAATGAGTTTTATTTCTTTAGTAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAAAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTCGGTATAGGTTCTTATGAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATCCTTAGTAATAGCTGGTTGTATTCACCTTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACAGCATTTTATATGTTTCGGATAT?TTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAGAATTACAGCAGTACTAAAAAAGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAGGCATATCCAAAGGA?TCAATAGAGATTTGATTTTATCAGCAATGAAGGGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACC??????CAAAATTCCTGGTAATACAAGAAAAAAGATAGGATCCTTTAGTACTTCC??????TTTGGGGCTAAAAACACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTCTTATATTACTGCTTTTTACTTTGTTCATTGGATCCATAGGAATCCATTTTGATAATGGAATAAAGGTTAATGGAATATCGGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGCTAACTCCTTCAATAAACTTTTTTGAGGAAAGTTCGAATTCTTCCATAAATTCATATGAATTTCTCATTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCAATTCTTGGTCTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCTACTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGAATTTTCTAAATTCCCTTTT??????ACAAGGGAATCCAAAAAAAAACTTTATGGATCAAGTAAAAGAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTCTATACTAGGGTCTTTATCTTGGGTATAAGAAGATTAGCCGAACTAACAAATTTTTTCGATAAGGGTGTTATTGATGGAATTATCAATGGAGTA Setaria_viridis ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTCTGGTATTCTCAGTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAACGATTTTTCTTTAGAATTTGGATACTTGATCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTGGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTGCCATGTTGGGGTTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACACGGCCAATTGCAGCGAGTGCTTGCCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTCTGTTATTAGGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTAGAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAACTGGATTCCTAATAATGGGATTAATTCCTTACTTACTACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTGC???AGTTTTTCTTGTAGCTCGACTTTTTCCTCTTTTCATATCCCTACCCTTGATAATGAATTTTATTTCTTTAGTAGGTACAGTAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTCGGTATAGGTTCTTATGAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCTGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATCCTTAGTAATAGCTGGTTGTATTCACCCTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGCAGTACTAAAGAGGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGCATATCCAAAGGAGTCAATAGAGATTTTGTTTTATCAACAATGAAGGGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACC??????CCAAATTCCTGGTAATACAAGAAATAAGATAGGATCCTTTAGTACTCCC??????TTTGGGGCTAAAAACACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTCTTATATTACTGCTTTTTACTTTGTTCATTGGATCTATAGGAATCCATTTTGATAATGGAATAAAGGGTAATGAAATATCGGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGCTAACTCCTTCAATAAACTTGTTCCAGGAAAGTTCTAATTCTTCCATAAATTCATATGAATTTCTCATTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCAATTCTTGGTCTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCTACTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGAATTTTCTAAATTCCCTTGT??????AAAAGGGAATCCAAAAAAGACTTTTTTGGATCAAGTAAAAGAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTCTATACTAGGGTCTTTATCTTGGGTACAAGAAGATTAGCCGAACTAACGAATTTTTTCGATAAGAGTGTTATTGATGGAATTATCAATGGAGTA Sorghum_bicolor ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTATGGTATTCTCACTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCTATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAATGATTTTTCCTTAGAATTTGGATACTTGGTCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATTACTACTGTAGGAATCTTAGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTTCCATGTTGGGATTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACGCGGCCAATTGCAGCGAGTGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTCTGTTATTAGGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTGGAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAACTGGATTCCTAATAATGGGATTAATTCCTTACTTACTACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCTGCACAATTTCCTCTTCACGTATGGTTACCTGATGCTATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTGCGGGGATTTTTCTTCTAGCTAGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCCTTGATAATGAGTTTCATTTCTTTAGTAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGCGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGATGAAATACTTAGTAATAGTTGGTTGTATTCACCCTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTAATTTTCAAAATTACAGTAGTACTAAAGAAGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGTATATCCAAAGGAGTCAATAGGGATTTTGTTTTATCAACAATGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACC??????CAAAATTCCTGCTAATACAAGAAATAAGATAGGATCCTTTAGTACTCCC??????TTTGGGGCTAAAAAAACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTTACTTTGTTCATTGGATCCATAGGAATCCCTTTTGATAATGGAGTAAAAGATAATAGAATATTGGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGCTAACTCCTTCAATAAACTTGTTCCAAGAAAATTCTAATTCTTCCATAAATTCATATGAATTTCTCACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCAATTTTTGGTCTATTCATAGCATATATCTTTTATGGATCCGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGAATTTTCAAAATTCCCTTGT??????AAAAAAGAATCCAAAAAAGAGCTTTTTGGATGAAGTAAAAAAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATTTTTTCTATACTAGGGTTTTTATCCTAGGTATAAGAAGATTAGCTGAACTAACGCATTTTTTTGATAAAGGTGTCATTGATGGAATTATCAATGGAGTA Steinchisma_decipiens 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Steinchisma_hians 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Steinchisma_laxa 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Streptostachys_asperifolia 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Thysanolaena_maxima 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Urochloa_acuminata 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Zuloagaea_bulbosa ATGTCAATGGGATTTGGACTTTTTCTTATTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGCATATGGGCTTTTCCTAGTATTTTACTCTTAAGTATAGCTCTGGTATTCTCAGTTCACCTGTCTATTCAACAAATAAATGGAAGTTCCATCTATCAATATCTATGGTCTTGGACCATCAATAACGATTTTTCTTTAGAATTTGGATACTTGATCGACCCCCTTACGTCTATTATGTTAATACTAATAACTACTGTAGGAATCTTGGTTCTTATTTATAGTGACGATTATATGTCTCACGATGAAGGATATTTGAGATTTTTTGTTTATATAAGTTTTTTTAATACTGCCATGTTGGGGTTGGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATTTTTTTTGGGAACTTGTCGGAATGTGTTCCTATTTATTGATAGGCTTTTGGTTTACACGGCCAATTGCAGCGAG{GT}GCTTGCCAAAAAGCTTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTCTGTTATTAGGAATTTTAGGTTTTTTTTGGATAACGGGTAGTTTAGAGTTTCGGGATTTGTTCAAAATAGCTAATAACTGGATTCCTAATAATGGGATTAATTCCTTACTTACAACTTTGTGTGCTTTTTTATTATTCCTTGGTGCAGTTGCAAAATCCGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTGCGGGGATTTTTCTTCTAGCTCGACTTTTTCCTCTTTTCATATCCCTACCTTTGATAATGAGTTTTATTTCTTTAGTAGGTACAATAACACTCTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAAAAGCTTA?CCTATTCTACAAT?TCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTCGGTATAGGTTCTTATGAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGGATCCGGATCCGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATACGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATGTGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTCTGGTCCAAAGACGAAATCCTTAGTAATAGCTGGTTGTATTCACCTTTTTTTGGAATAATAGCCTCTTTTACTGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGCAGTACTAAAGAAGGTTCGTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAGGCATATCCAAAGGAGTCAATAGAGATTTTGTTTTATCAACAATGAAGGGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACC??????CCAAATTCCTGGTAATACAAGAAATAAGATAGGATCCTTTAGTACTCCC??????TTTGGGGCTAAAAACACTTTTGTCTATCCTCATGAAACGGGAAATACTATGCTATTTCCTCTTCTTATATTACTGCTTTTTACTTTGTTCATTGGATCCATAGGAATCCATTTTGATAATGGAATAAAGGGTAATGGAATATCGGAGTTAACTATATTATCAAAGTGGCTAACTCCTTCAATAAACTTTTTCCAGGAAAGTTCTAATTCTTCCATAAATTCATATGAATTTCTCATTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTTTAGCAATTCTTGGTCTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCTACTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGAATTTTATAAATTCCCTTGT??????AAAGGGGAATCCAAAAAAAAACTTTTTGGATCAAGTAAAAGAAAAGATATACAGCTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGTTTTCTATACTAGGGTCTTTATCTTGGGTATAAGAAGATTAGCCGAACTAACGAATTTTTTCGATAAGGGTGTTATTGATGGAATTACCAATGGA?TA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ndhF) = N: 1-2061; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = ndhF) = N: 1-2061; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3813 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8586; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3813; TREE Fig._1 = [&R] ((((Thysanolaena_maxima,Danthoniopsis_dinteri),Zeugites_pittieri),Chasmanthium_laxum_subsp._sessiliflorum),((Anthaenantia_lanata,((Panicum_hylaeicum,Panicum_pilosum),((Plagiantha_tenella,(Otachyrium_versicolor,((Steinchisma_hians,Steinchisma_spathellosa),(Steinchisma_laxa,Steinchisma_decipiens)))),(Hymenachne_donacifolia,(Hymenachne_pernambucense,Hymenachne_grumosa))))),(Ichnanthus_pallens,((Panicum_durifolium,(Panicum_trinii_LOR,Panicum_vaginiviscosum_LORb,Panicum_acicularifolium,Panicum_sacciolepoides_LOR,Panicum_trinii_LORc,Panicum_sacciolepoides_LORb,Panicum_marauense,Panicum_restingae,(Panicum_vaginiviscosum_LOR,Panicum_trinii_LORb))),(Streptostachys_asperifolia,(Axonopus_anceps,Ophiochloa_hydrolithica))),((Panicum_validum,(Anthaenantiopsis_rojasiana,Panicum_tuerckheimii)),(Hopia_obtusa,(Paspalum_vaginatum,(Paspalum_conjugatum,(Paspalum_glaziovii,(Paspalum_arundinellum,Paspalum_remotum)))))),(Echinolaena_inflexa,(Panicum_stoloniferum,(Panicum_piauiense,Panicum_chapadense)))),(((Panicum_stenodes,(Panicum_mertensii,Panicum_caricoides)),(Streptostachys_ramosa,(Oplismenopsis_najada,(Tatianyx_arnacites,Mesosetum_chaseae)))),(Homolepis_glutinosa,(Arthropogon_villosus,Altoparadisium_chapadense)),(Phanopyrum_gymnocarpon,(Canastra_lanceolata,(Panicum_animarum,(Panicum_poliophyllum,(Panicum_molinioides,(Panicum_loreum,Panicum_chnoodes)),(Panicum_euprepes_LOR,(Panicum_cipoense,(Panicum_euprepes_LORb,(Panicum_subtiramulosum,Panicum_steyermarkii)))))),((Panicum_anceps,(Panicum_rigidulum,Panicum_tenerum)),(Panicum_prionitis,Panicum_petersonii_PRI)))))),(Digitaria_setigera,((Panicum_trichanthum,(Panicum_verrucosum,(Sacciolepis_indica,(Panicum_wettsteinii,Panicum_cyanescens,(Panicum_parvifolium,Panicum_schwackeanum)))),(Panicum_millegrana_MON,Panicum_sellowii)),((Panicum_claytonii,Panicum_adenophorum),(Dichantelium_cumbucana,(Dichanthelium_koolauense,Dichantelium_clandestinum,(Dichanthelium_sabulorum,Dichantelium_acuminatum)))),(Echinochloa_colona,Acroceras_zizanioides,(Oplismenus_hirtellus,(Pseudechinolaena_polystachya,Lasiacis_sorghoidea)),(Parodiophyllochloa_ovulifera,(Parodiophyllochloa__missiona,Parodiophyllochloa_cordovensis,Parodiophyllochloa__penicillata))),(((Urochloa_acuminata,(Moorochloa_eruciformis,Melinis_repens),(Megathyrsus_maxima,Urochloa_plantaginea,(Chaetium_bromoides,Eriochloa_punctata))),((Setaria_palmifolia,Setaria_macrostachya),(Pennisetum_alopecuroides,(Cenchrus_ciliaris,Pennisetum_setaceum)),((Paspalidium_geminatum,Stenotaphrum_secundatum),((Setaria_viridis,Panicum_antidotale),(Zuloagaea_bulbosa,Setaria_lachnea))))),(Panicum_elephantipes,Panicum_repens,Panicum_gouinii,((Panicum_rudgei,Panicum_cervicatum),((Panicum_olyroides,Panicum_mystasipus),(Panicum_virgatum,Panicum_racemosum,Panicum_tricholaenoides,Panicum_chloroleucum))),(Panicum_pedersenii_DFL,Panicum_aquaticum,Panicum_dichotomiflorum),(Panicum_bergii,Panicum_stramineum,Panicum_miliaceum_PAN,(Panicum_nephelophilum,Panicum_fauriei)))))),(Arundinella_hirta,Zea_mays,Chionachne_koenigii,(Sorghum_bicolor,Phacelurus_digitatus,(Andropogon_gerardii,Cymbopogon_flexuosus,Bothriochloa_bladhii)))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1041] END;