#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 30, 2026; 13:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Marek P., & Bond J. 2007. A reassessment of apheloriine millipede phylogeny: additional taxa, Bayesian inference, and direct optimization (Polydesmida: Xystodesmidae). Zootaxa, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1894] [ The following blocks are input data for analysis step 3869 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3869; DIMENSIONS NTAX=76; TAXLABELS Apheloria_montana Apheloria_n_sp._2 Apheloria_n_sp._578 Apheloria_tigana Appalachioria_eutypa_ethotela Appalachioria_eutypa_eutypa Appalachioria_falcifera Appalachioria_mendota Appalachioria_n_sp._296 Appalachioria_separanda_calcaria Appalachioria_separanda_hamata Appalachioria_separanda_separanda Appalachioria_separanda_versicolor Appalachioria_turneri Boraria_infesta Boraria_stricta Brachoria_calceata Brachoria_cedra Brachoria_conta Brachoria_dentata Brachoria_divicuma Brachoria_electa Brachoria_enodicuma Brachoria_evides Brachoria_glendalea Brachoria_hansonia Brachoria_hoffmani Brachoria_hubrichti Brachoria_indianae Brachoria_initialis Brachoria_insolita Brachoria_kentuckiana Brachoria_laminata Brachoria_ligula Brachoria_n_sp._1016 Brachoria_n_sp._1030 Brachoria_n_sp._1039 Brachoria_n_sp._1047 Brachoria_n_sp._220 Brachoria_n_sp._282 Brachoria_n_sp._647 Brachoria_n_sp._651 Brachoria_n_sp._71 Brachoria_n_sp._773 Brachoria_ochra Brachoria_plecta Brachoria_splendida Brachoria_viridicolens Brevigonus_arcuatus Cherokia_georgiana_georgiana Cherokia_georgiana_latassa Cleptoria_n_sp._389 Croatania_catawba Deltotaria_brimleii_brimleii Deltotaria_brimleii_philia Dicellarius_atlanta Dicellarius_bimaculatus_fictus Dixioria_coronata Dixioria_dactylifera Dynoria_medialis Falloria_prolata Furcillaria_laminata Gyalostethus_monticolens Pachydesmus_crassicutis_incursus Pachydesmus_crassicutis_laticollis Pleuroloma_flavipes Pleuroloma_plana Prionogonus_divergens Rudiloria_kleinpeteri Rudiloria_n_sp._717 Rudiloria_trimaculata_trimaculata Sigmoria_australis Sigmoria_latior_latior Sigmoria_nantahalae Sigmoria_nigrimontis Sigmoria_rubromarginata ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3434] TITLE 'Bayesian-maximum likelihood MB07'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3869; DIMENSIONS NCHAR=1555; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Appalachioria_separanda_calcaria 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Appalachioria_separanda_versicolor 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Appalachioria_turneri AAGGTGGA---TTTGTAAGTAATTAT----T-TT-TATAG-GATTAATG-AGTGAA------GGGTGGAATAACATGTGTACATATTGCCCGTCGCTCTCGTTATTTTT-GAGATAAGTCGTAACATAG-TTGATGGACTGGAAAGTG-TATCTTTTTGA-CATATTAAAGTTTA-----T--TTT--G--AATTTTTCTTTTACACTGAAAAGGTCTC-T-T---TTGAGTAATATGATAAG-TAT--A--TTTT-GGGT-T-TT--TGTTGTGTT---T--ATTAGAAAATTTGTTTTTAGTAGTTTGAGCGAAGT-TTGG--TGGTTT--CCTAGAGAG-GATT--T-AGTACTGAGAAGGAAAGTTATATTATTTA-TTTTGAATATTAGGTTTGTTAGTACCTTTTGTATTAGGGTTGATTTATGTGGTTTTGC-TTTTG--TTATTTCTCGATGAGTATCGGGCTATTTTTCCTTGGTTTATTCTCGTTGTATAGAGTTGCATAGG-GGGTTATAGGTATGAAATATTATTCAAGTTGCTTTTTATCTAGTTCTTTAAGAAATATAATAGTCGGTAGTGTTATTATGACGGTAAGCAGGGATTAGCTTGTTTATTTTT-TATATTGGGT-TGTGG-TT--G-AAG-T----TTGTTTGTTAAGTTGATAGTGCTTGTTT-TA-ATGGAGTTATTATTGGGC-A---GGTTATTTT-T-ATTATTTT-TTGGTTTTGTTTTTGTATTGGGGTTGGGTTGTAAA-TTTTTTGTGGTTTGTGATAATGATTGTATTAGTAATA----AT-TT-T------T-AT---TA---G-------------------TTA-----------------CT-------TT-T----AT-------T-TT----------G----T--T---CTGA-T-TG-AT-------GT-CT--TA-AG-----T--------A---G------GT-------GTA----A--T-TTT---AAATTAGAATTAATGAATTAGGC-A-ATA-C--GA-ACTTCTGACTGTTTAGCAAAGACATTGTTTTTTGT-TGT-GG-TAAAAAATAAGTTCTGTCCACTGCTATTA--GG-TGAAGGGCTGCAGTATTTTGACTGTATGAAGGTAGCATAATCATTAGCTTCTTAATTAGAAGCTGGTATGAAGGTGAAACAGGGGTTTGCTGTATTTTTTCTATTT-GTTGAATTTTATTTTCATGTGAAAAATCATGATTGGGTTAATGGGACAAGAAGACCCTAATAAGTTTTAT----TCTTT--TAT--CTT-AATGCGTGTATAGT-TT-T---G--G---ATTTATGTAATTTA--TTT--GGG-GGAGTTTGGCTGGGGCGGCAGTTTA---TTTG----A--CATAGATTAATTTTTAACTTTGTATGGCG--G-T---A---T---AT-T-GGACCTAGTTTGTTTATAT-CAGTGTAAAATTACTGTAGGGATAACAGCGTGATTTTTTTTGAGAGTTCTAATTGACAATAAAGTTTGCGAC Boraria_infesta 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Boraria_stricta 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Brachoria_calceata 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Brachoria_cedra 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Brachoria_conta 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Brachoria_dentata 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Brachoria_hubrichti 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Brachoria_indianae 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Brachoria_initialis 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Brevigonus_arcuatus 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Cherokia_georgiana_georgiana 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Dicellarius_bimaculatus_fictus 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Dixioria_coronata AAGGTGGA---TTTGTAAGTAATTAT----T-TT-AT-AG-TATTAATA-AGTGAA------GGGTGGAATAACATGTGTACATATTGCCCGTCGCTCTCGTTATTTTT-GAGATAAGTCGTAACATAG-TTGATGAACTGGAAAGTG-TATCTTTTTGA-CATATTAAAGTTTA-----T--TTT--G--AATTTTTCCTTTACGTTGAAAAGGTCTC-T-T---TTGAGTAATATGATAAT-TATA----TTTT-GGGT-T-TT--TGTTGTGGT---T--ATTAGAAAATTTATTTTTAGTAGTTTGAGCGAAAG-GCGA--TGGTTT--CCTAAAGAG-GACT--G-AGTACTGAGAAGGAAAGTTTATTTATTTA-TTTAGAATATTAGGTTGGTTAGTACCTTTTGTATTAGGGTTGATTTATGTGGTTTTGC-TTT-G--TTATTTCTCGATGAGTATCGGGCTATTTTTCCTTGGTTTATTCTCGTTGTATAGAGTTGAATAGG-GGATGATAGGTATGAAATATTATTCAAGTTTCTTTTTATCTAGTTCTCTAAGAAATTTAATATTCAGTAGTATTATTATGACGATAAATAGGGATTAGCTTATTTATTTTT-TATATTTGGT-CTTGG-TT--G-AAT-T----TTGTTTGTTAAGTTGATAGTGCTTGTTT-TA-ATGGAGTTATTATTGAGC-A---GGTTATTTA-T-ATTATTTT-TTGGTTTTGTTTTTATATTAGGGTTATTTTGTGAA-TTTTTAGTGGTTTGTAATAATGATTATATTAGTAATA----AT-TT-T------T-AT---T--GGG----G---------G-----CT-----------------GT-------TA-T----TT-------T-GT---------------T--C---TGAT-A-TT--T----T--TT-TT--T--AT-----T--------G---G------GTTAGT---GGT----G--T-TTT---GAATTAGGATTGATGAATTAGGC-A-ATA-T--GA-ACCTCTGACTGTTTAGCAAAGACATTGTTTTTTGT-TGT-GG-TAAAAAATAAGTTCTGTCCACTGCTATTA--GG-TGAAGGGCTGCAGTATTTTGACTGTATGAAGGTAGCATAATCATTAGCTTTTTAATTAGAAGCTGGTATGAAGGTGAAACAGGGGTTTGCTGTATTTTTTCTATTT-TTTGAATTTTATTTTCGTGTGAAAAATCGTGATTGGGTTAATGGGACAAGAAGACCCTAATAAGTTTTAT----TTTTT--T-A--ATT-AATGCGTGCATAGG-TT-T---T--T---ATTTGTGCAATTTA--TTT--GGG-GGAGTTTGGCTGGGGCGGCAGTTTA---TTTA----A--CATAGATTAATTTTTAACTTTTAGTGGCG--G-T---A---T----T-T-GGACCTGGTTTGTTTAGAT-TTGTGTAAAACTACTGTAGGGATAACAGCGTGATTTTTTTTGAGAGTTCTAATTGACAATAAAGTTTGCGAC Dixioria_dactylifera 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Dynoria_medialis 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Furcillaria_laminata 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Rudiloria_kleinpeteri 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Rudiloria_n_sp._717 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Rudiloria_trimaculata_trimaculata 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Sigmoria_australis 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Bayesian-maximum likelihood MB07') = N: 1-1555; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Bayesian-maximum likelihood MB07') = N: 1-1555; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3869 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8642; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3869; TREE MB_MB07 = [&R] (Dicellarius_atlanta,Dicellarius_bimaculatus_fictus,((Pachydesmus_crassicutis_laticollis,Pachydesmus_crassicutis_incursus),(((((((((Prionogonus_divergens,Sigmoria_nigrimontis),((Sigmoria_australis,(Cleptoria_n_sp._389,Brevigonus_arcuatus)),Croatania_catawba)),(Furcillaria_laminata,Dynoria_medialis)),Sigmoria_latior_latior),((Sigmoria_rubromarginata,Falloria_prolata),Sigmoria_nantahalae)),((((Deltotaria_brimleii_philia,Deltotaria_brimleii_brimleii),(((Apheloria_montana,((Apheloria_n_sp._2,Apheloria_n_sp._578),Apheloria_tigana)),(Rudiloria_kleinpeteri,(Rudiloria_trimaculata_trimaculata,Rudiloria_n_sp._717))),Appalachioria_separanda_separanda)),((((Appalachioria_eutypa_eutypa,Appalachioria_turneri),Brachoria_n_sp._282),(((Appalachioria_separanda_versicolor,Appalachioria_separanda_calcaria),Appalachioria_n_sp._296),Appalachioria_eutypa_ethotela)),(Appalachioria_falcifera,Appalachioria_separanda_hamata))),((((((((((Brachoria_n_sp._71,Brachoria_ochra),(Brachoria_initialis,Brachoria_glendalea)),Brachoria_hansonia),((Brachoria_laminata,Brachoria_ligula),Brachoria_n_sp._647)),(((Brachoria_n_sp._220,(Brachoria_hubrichti,Brachoria_enodicuma)),Appalachioria_mendota),((Brachoria_hoffmani,(Brachoria_insolita,(((Brachoria_dentata,(Brachoria_n_sp._651,Brachoria_n_sp._1039)),Brachoria_n_sp._1030),(Brachoria_n_sp._773,Brachoria_n_sp._1016)))),(Brachoria_splendida,(Brachoria_kentuckiana,Brachoria_n_sp._1047))))),Brachoria_evides),(Brachoria_divicuma,Brachoria_electa)),Brachoria_cedra),(((Brachoria_plecta,(Brachoria_calceata,Brachoria_indianae)),Brachoria_viridicolens),Brachoria_conta)),(Dixioria_coronata,Dixioria_dactylifera)))),((Cherokia_georgiana_latassa,Cherokia_georgiana_georgiana),(Pleuroloma_plana,Pleuroloma_flavipes))),Gyalostethus_monticolens),(Boraria_stricta,Boraria_infesta)))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr4911] END;