#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on August 25, 2026; 14:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hines H. 2008. Historical biogeography, divergence times, and diversification patterns of bumble bees (Hymenoptera: Apidae: Bombus). Systematic Biology, 57(1): 58-75. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1927] [ The following blocks are input data for analysis step 3941 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3941; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Apis_dorsata Axestotrigona_ferruginea Bombus_appositus Bombus_auricomus Bombus_bohemicus Bombus_breviceps Bombus_caliginosus Bombus_confusus Bombus_consobrinus Bombus_dahlbomii Bombus_diversus Bombus_lapidarius Bombus_mendax Bombus_opifex Bombus_rubicundus Bombus_soroeensis Bombus_sporadicus Bombus_veteranus Euglossa_imperialis Eulaema_boliviensis Geniotrigona_thoracica Heterotrigona_itama Hypotrigona_gribodoi Liotrigona_mahafalya Melipona_grandis Meliponula_bocandei Odontotrigona_haematoptera Plebeia_frontalis Tetragonisca_augustula Tetragonula_fuscobalteata Trigona_amazonensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2935] TITLE reduced_EF1a; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3941; DIMENSIONS NCHAR=724; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Apis_dorsata 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NCAGATTGTGCTGTGCTGATTGTTGCTGCTGGTACTGGTGAATTTGAAGCTGGTATTTCAAAGAATGGACAAACCCGTGAGCATGCTCTGCTCGCTTTTACTCTTGGTGTAAAACAGCTGATTGTTGGTGTTAACAAGATGGACTCCACTGAGCCACCATACTCCGAGACCCGATTTGAGGAAATTAAGAAAGAAGTGTCATCTTACATTAAGAAAATCGGTTACAATCCAGCTGCTGTCGCATTCGTGCCAATTTCTGGTTGGCATGGGGATAACATGTTGGAAGTTTCTGCAAAAATGCCTTGGTTCAAGGGATGGATTGTCGAACGCAAGGAAGGCAAAGTTGAAGGAAAATGCCTTATTGAAGCGCTTGATGCCATTCTTCCGCCAACTAGACCTACAGACAAGGCTCTCCGTCTTCCTCTTCAAGTAAGTTTCTAACCCAA-GTCA--ATTCA-TTTTTATTTGTTACTTATGATGATAACATTAACTTCTCATTCGCGATTTCCACCGGAGAATTTTGTAATTTGATGATGGTCAATAACGTCTGATTAAAATTAGTTTTTTGAAAATTGT-TTTGTTTTGAAAGGCCAGGTGGTATTATTATATGGTATGATTATAGGATGTATACAAAATTGGTGGTATTGGAACAGTACCAGTTGGTCGTGTTGAAACCGGTGTGTTGAAACCAGGTATGGTTGTCACATT---ACCTGCTGGTT Liotrigona_mahafalya GCTGATTGTGCCGTGCTGATTGTTGCTGCTGGTACTGGTGAATTTGAAGCTGGTATTTCAAAGAATGGACAAACTCGTGAGCATGCTCTGCTCGCTTTTACTCTTGGTGTGAAACAACTGATTGTTGGTGTTAACAAGATGGACTCCACTGAACCACCATACTCCGAGACTCGATTTGAGGAAATTAAGAAAGAAGTGTCATCTTACATTAAGAAAATCGGTTACAATCCAGCTGCTGTCGCATTCGTGCCAATTTCTGGTTGGCATGGGGATAACATGTTGGAAGTTTCTGCAAAAATGCCTTGGTTCAAGGGATGGACTGTCGAACGCAAAGAAGGCAAAGTTGAAGGAAAATGCCTTATTGAAGCGCTTGATGCCATTCTTCCGCCAACTAGACCCACAGACAAGGCTCTTCGTCTTCCTCTTCAAGTAAGTTTCTAACCCAA-GTCA--GTTCA-GTTTTATTTGTTACTTATGATGATAACATTAACCTCTCATTCGCGATTTCCACCTGAGAATTTTGTAATCCGGTGATGGTCAATAACGTCTGATTCAAATTAATTTTTTGAAAATTGT-TTTGTTTTGAAAGGCCAGGTGGTAATATTATATGGTATGATTATAGGATGTATACAAAATTGGTGGTATTGGAACAGTACCAGTTGGTCGTGTTGAAACCGGTGTGTTGAAACCAGGTATGGTTGTCACATTTGCACCTGCTGGTT Melipona_grandis GCAGATTGTGCCGTACTGATTGTTGCTGCTGGTACCGGTGAATTTGAAGCCGGTATTTCAAAGAATGGACAAACCCGTGAGCATGCTCTGCTCGCTTTTACTCTTGGTGTAAAACAGCTGATTGTTGGTGTTAACAAGATGGACTCTACTGAACCACCATACTCCGAGACCCGATTTGAGGAAATTAAGAAAGAAGTGTCATCTTATATTAAGAAAATCGGTTACAATCCAGCTGCTGTCGCATTTGTGCCAATTTCTGGTTGGCATGGGGACAACATGTTGGAAGCCTCTGCAAAAATGCCTTGGTTCAAGGGGTGGACTGTCGAACGCAAGGAAGGCAAAGTTGAAGGAAAATGCCTTATTGAAGCGCTTGACGCCATTCTTCCGCCAACTAGACCTACAGACAAAGCTCTCCGTCTTCCTCTTCAAGTAAGTTTCTAACCTAA-TTCA--GTTCA-TTTTTATTTGTTACTTATGATGATAACATTAATCTTTCATTCGCGATTTCCATCGGAGAATTTTGTAATTCAATGATGGACAATAACGTCTGATTAAAATTAATTTTTTGAAAATTGTTTTCGTCTTGAAAGACCAGA-GGTAATATGATATGATATGATAATAGGATGTATACAAAATTGGTGGTATTGGAACAGTACCAGTTGGTCGTGTTGAAACCGGTGTGTTGAAACCAGGTATGGTTGTTACATTCGCACCTGCTGGTT Meliponula_bocandei 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GCAGATTGTGCCGTACTGATTGTTGCTGCTGGTACTGGTGAATTTGAAGCCGGTCTTTCAAAGAATGGACAAACTCGTGAGCATGCTCTGCTCGCTTTTACTCTTGGTGTAAAACAGCTGATTGTTGGTGTGAACAAAATGGACTCCACTGAACCACCATACTCCGAGACCCGATTTGAGGAAATTAAGAAAGAAGTGTCATCTTACATTAAGAAAATCGGTTACAATCCAGCTGCTGTTGCATTCGTGCCAATTTCTGGTTGGCATGGGGACAACATGTTGGAAGCCTCTTCAAAAATGCCTTGGTTCAAGGGATGGACTGTTGAACGCAAGGAAGGCAAAGTTGAAGGAAAATGCCTTATTGAAGCGCTTGACGCCATTCTTCCGCCAAGTAGACCTACAGATAAGGCTCTCCGTCTTCCTCTTCAAGTAAGTTTCTAACCTAA-TTCA--GTTCA-TTTTTATTTGTTACTTATGATGATAACATTAATCTCTCATTCGCGATTTCCA-CGGAGAATTTTGTAATTTAATGATGGACAATAACGTCTGATTAAAATTAATTTTTTGAAAATTGTTTTTGTCTTGAAAGAGTAGATGGTAATATTATATGATATGATTATAGGATGTATACAAAATTGGTGGTATTGGAACAGTACCAGTTGGTCGTGTTGAAACCGGTGTGTTGAAACCAGGTATGGTTGTTACATTCGCACCTGCTGGTT Tetragonula_fuscobalteata NNNNNNNGTGCCGTACTGATTGTTGCTGCTGGTACCGGTGAATTTGAAGCTGGTATTTCAAAGAATGGACAAACCCGCGAGCATGCTCTGCTCGCTTTTACTCTTGGTGTAAAACAGCTGATTGTTGGTGTTAACAAGATGGACTCCACTGAACCACTATACTCTGAGACCCGATTTGAGGAAATTAAGAAAGAAGTGTCATCTTACATTAAGAAAATCGGTTATAATCCAGCTGCTGTTGCATTCGTGCCAATTTCTGGCTGGCATGGCGATAATATGTTGGAAGTCTCGGCAAAAATGCCTTGGTTCAAAGGATGGACTGTTGAACGCAAGGAAGGCAAAGTTGAAGGAAAATGCCTTATTGAAGCGCTTGACGCCATTCTTCCGCCAACAAGACCTACAGACAAGGCTCTTCGTCTTCCTCTTCAAGTAAGTTTCTAACCTAA-ATCA--GTTCG-TTTCTATTTGATACTTATGATGATAACATTAACCTCACATTCGCGGTTTCCACCGGAGAATTTTGTAATTCAATGATGGACAGTGACGTCTGATTGAAATTAATTTTTTGAAAATTGTTTTTGTTTTTAAAGACCAGATGATAATATTATATGGTATAATTATAGGATGTATACAAAATTGGTGGCATTGGAACAGTACCAGTTGGTCGTGTTGAAACCGGTGTGTTGAAACCAGGTATGGTTGTCACATTCGCGCNNNNNNNNN Trigona_amazonensis 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reduced_EF1a) = N: 1-724; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3941 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8713; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3941; TREE reduced_EF1a = [&R] ((((((Bombus_caliginosus,Bombus_sporadicus,(Bombus_rubicundus,Bombus_breviceps),(Bombus_lapidarius,Bombus_bohemicus)),((((Bombus_veteranus,Bombus_opifex),Bombus_dahlbomii),Bombus_appositus),(Bombus_consobrinus,Bombus_diversus),Bombus_soroeensis)),Bombus_mendax),Bombus_auricomus,Bombus_confusus),((((Odontotrigona_haematoptera,Tetragonula_fuscobalteata,(Geniotrigona_thoracica,Heterotrigona_itama)),(Melipona_grandis,(Tetragonisca_augustula,(Plebeia_frontalis,Trigona_amazonensis)))),(Axestotrigona_ferruginea,Meliponula_bocandei)),(Liotrigona_mahafalya,Hypotrigona_gribodoi))),(Eulaema_boliviensis,Euglossa_imperialis),Apis_dorsata); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2903] END;