#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on August 25, 2026; 14:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hines H. 2008. Historical biogeography, divergence times, and diversification patterns of bumble bees (Hymenoptera: Apidae: Bombus). Systematic Biology, 57(1): 58-75. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1927] [ The following blocks are input data for analysis step 3945 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3945; DIMENSIONS NTAX=229; TAXLABELS Apis_dorsata Apis_mellifera Bombus_affinis Bombus_alagesianus Bombus_alboanalis Bombus_alpinus Bombus_apollineus Bombus_appositus Bombus_ardens Bombus_argillaceus Bombus_armeniacus Bombus_ashtoni Bombus_asiaticus Bombus_atratus Bombus_atripes Bombus_auricomus Bombus_avanus Bombus_avinoviellus Bombus_baeri Bombus_balteatus Bombus_barbutellus Bombus_beaticola Bombus_bellicosus Bombus_bicoloratus Bombus_bifarius Bombus_bimaculatus Bombus_biroi Bombus_bohemicus Bombus_borealis Bombus_brachycephalus Bombus_brasiliensis Bombus_breviceps Bombus_brodmannicus Bombus_californicus Bombus_caliginosus Bombus_campestris Bombus_centralis Bombus_chinensis Bombus_cingulatus Bombus_citrinus Bombus_coccineus Bombus_confusus Bombus_consobrinus Bombus_convexus Bombus_cornutus Bombus_crotchii Bombus_cryptarum Bombus_dahlbomii Bombus_defector Bombus_deuteronymus Bombus_difficillimus Bombus_digressus Bombus_diligens Bombus_distinguendus Bombus_diversus Bombus_ecuadorius Bombus_ephippiatus Bombus_erzurumensis Bombus_excellens Bombus_exil Bombus_eximius Bombus_fernaldae Bombus_fervidus Bombus_festivus Bombus_filchnerae Bombus_flavescens Bombus_flavidus Bombus_flavifrons Bombus_formosellus Bombus_fragrans Bombus_franklini Bombus_fraternus Bombus_frigidus Bombus_friseanus Bombus_funebris Bombus_funerarius Bombus_gerstaeckeri Bombus_grahami Bombus_griseocollis Bombus_haematurus Bombus_haemorrhoidalis Bombus_handlirschi Bombus_handlirschianus Bombus_hedini Bombus_honshuensis Bombus_hortorum Bombus_hortulanus Bombus_humilis Bombus_huntii Bombus_hyperboreus Bombus_hypnorum_China Bombus_hypnorum_Europe Bombus_hypocrita Bombus_ignitus Bombus_imitator Bombus_impatiens Bombus_impetuosus Bombus_incertus Bombus_infirmus Bombus_infrequens Bombus_insularis Bombus_jonellus Bombus_kashmirensis Bombus_keriensis Bombus_koreanus Bombus_kulingensis Bombus_ladakhensis Bombus_laesus Bombus_lapidarius Bombus_lapponicus Bombus_lemniscatus Bombus_lepidus Bombus_longipes Bombus_lucorum_China Bombus_lucorum_Europe Bombus_macgregori Bombus_maxillosus Bombus_medius Bombus_melaleucus Bombus_melanopygus Bombus_melanurus Bombus_mendax Bombus_mesomelas Bombus_mexicanus Bombus_miniatus Bombus_mixtus Bombus_mlokosievitzii Bombus_moderatus Bombus_modestus_China Bombus_modestus_Kazakhstan Bombus_monticola Bombus_morio Bombus_morrisoni Bombus_mucidus Bombus_muscorum Bombus_neoboreus Bombus_nevadensis Bombus_niveatus Bombus_nobilis Bombus_norvegicus Bombus_oberti Bombus_occidentalis Bombus_opifex Bombus_parthenius Bombus_pascuorum Bombus_patagiatus Bombus_pensylvanicus_1 Bombus_pensylvanicus_2 Bombus_perplexus Bombus_persicus Bombus_personatus Bombus_picipes Bombus_polaris Bombus_pomorum Bombus_portchinsky Bombus_potanini Bombus_pratorum Bombus_pressus Bombus_pseudobaicalensis Bombus_pullatus Bombus_pyrenaeus Bombus_quadricolor Bombus_religiosus Bombus_remotus Bombus_robustus Bombus_rubicundus Bombus_ruderarius Bombus_ruderatus Bombus_rufocinctus Bombus_rufofasciatus Bombus_rupestris Bombus_sandersoni Bombus_schrencki Bombus_securus Bombus_semenoviellus Bombus_shaposhnikovi Bombus_sibiricus Bombus_sichelii Bombus_simillimus Bombus_sitkensis Bombus_skorikovi Bombus_sonani Bombus_sonorus_Arizona Bombus_sonorus_Mexico Bombus_soroeensis Bombus_sporadicus Bombus_steindachneri Bombus_subterraneus Bombus_suckleyi Bombus_sulfureus Bombus_supremus Bombus_sushkini Bombus_sylvarum Bombus_sylvestris Bombus_sylvicola Bombus_ternarius Bombus_terrestris Bombus_terricola Bombus_tibetanus Bombus_tichenkoi Bombus_transversalis Bombus_tricornis Bombus_trifasciatus Bombus_trinominatus Bombus_tucumanus Bombus_ussurensis Bombus_vagans Bombus_vandykei Bombus_variabilis Bombus_velox Bombus_vestalis Bombus_veteranus Bombus_vogti Bombus_volucelloides Bombus_vorticosus Bombus_vosnesenskii Bombus_waltoni Bombus_weisi Bombus_wilmattae Bombus_wurflenii Bombus_zonatus Euglossa_imperialis Eulaema_boliviensis Geniotrigona_thoracica Heterotrigona_itama Hypotrigona_gribodoi Liotrigona_mahafalya Plebeia_frontalis Trigona_amazonensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2931] TITLE Comprehensive_NoGaps; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3945; DIMENSIONS NCHAR=4763; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Apis_dorsata 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Bombus_affinis 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Bombus_alboanalis 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Bombus_alpinus 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Bombus_ardens 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Bombus_ashtoni 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Bombus_asiaticus 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Bombus_atripes 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Bombus_auricomus 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Bombus_avinoviellus 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Bombus_baeri 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Bombus_barbutellus 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Bombus_beaticola 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Bombus_bellicosus 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Bombus_bicoloratus 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Bombus_bifarius 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Bombus_bimaculatus 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Bombus_biroi 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Bombus_brachycephalus 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Bombus_brasiliensis 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Bombus_brodmannicus 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Bombus_campestris 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Bombus_cingulatus 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Bombus_citrinus 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Bombus_coccineus 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Bombus_confusus 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Bombus_cornutus 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Bombus_dahlbomii 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Bombus_defector 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Bombus_deuteronymus 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Bombus_difficillimus 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Bombus_distinguendus 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Bombus_diversus 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Bombus_ecuadorius 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Bombus_ephippiatus 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Bombus_erzurumensis 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Bombus_excellens 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Bombus_exil 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Bombus_eximius 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Bombus_fernaldae 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Bombus_fervidus 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Bombus_flavescens 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Bombus_formosellus 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Bombus_fragrans 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Bombus_franklini 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Bombus_fraternus 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Bombus_friseanus 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Bombus_funebris 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Bombus_funerarius 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Bombus_gerstaeckeri 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Bombus_grahami 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Bombus_handlirschi 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Bombus_honshuensis 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Bombus_hortorum 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Bombus_hortulanus 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Bombus_humilis 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Bombus_huntii 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Bombus_ignitus 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Bombus_impatiens 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Bombus_impetuosus 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Bombus_incertus 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Bombus_infrequens 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Bombus_insularis 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Bombus_jonellus 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Bombus_kashmirensis 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Bombus_keriensis 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Bombus_kulingensis 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Bombus_ladakhensis 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Bombus_lapidarius 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Bombus_lapponicus 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Bombus_lemniscatus 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Bombus_lepidus 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Bombus_medius 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Bombus_melanurus 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Bombus_mexicanus 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Bombus_miniatus 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Bombus_mlokosievitzii 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Bombus_modestus_China 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Bombus_modestus_Kazakhstan 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Bombus_monticola 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Bombus_morio 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Bombus_morrisoni 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Bombus_mucidus 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Bombus_neoboreus 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Bombus_nobilis 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Bombus_occidentalis 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Bombus_opifex 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Bombus_pascuorum 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Bombus_pensylvanicus_2 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Bombus_personatus 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Bombus_pomorum 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Bombus_potanini 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Bombus_pratorum 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Bombus_pyrenaeus 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Bombus_quadricolor 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Bombus_religiosus 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Bombus_remotus 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Bombus_ruderarius 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Bombus_ruderatus 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Bombus_rufocinctus 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Bombus_rufofasciatus 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Bombus_schrencki 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Bombus_securus 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Bombus_semenoviellus 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Bombus_shaposhnikovi 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Bombus_sibiricus 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Bombus_sichelii 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Bombus_simillimus 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Bombus_skorikovi 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Bombus_sonani 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Bombus_sonorus_Arizona 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Bombus_sonorus_Mexico 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Bombus_soroeensis 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Bombus_sporadicus 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Bombus_suckleyi 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Bombus_sushkini 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Bombus_sylvarum 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Bombus_sylvicola 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Bombus_ternarius 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Bombus_terrestris 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Bombus_terricola 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Bombus_tibetanus 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Bombus_tichenkoi 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Bombus_transversalis 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Bombus_tricornis 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Bombus_trinominatus 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Bombus_ussurensis 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Bombus_vagans 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Bombus_vandykei 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Bombus_variabilis 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Bombus_velox 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Bombus_vestalis 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Bombus_vogti 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Bombus_volucelloides 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Bombus_vorticosus 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Bombus_vosnesenskii 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Plebeia_frontalis 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Trigona_amazonensis 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