#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on January 11, 2026; 12:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Petersen G., Seberg O., Thorsøe S., Jørgensen T., & Mathew B. 2007. A phylogeny of the genus Crocus (Iridaceae) based on sequence data from five plastid regions. Taxon, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1931] [ The following blocks are input data for analysis step 3953 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3953; DIMENSIONS NTAX=136; TAXLABELS Babiana_stricta Crocus_abantensis Crocus_adanensis Crocus_aerius Crocus_alatavicus Crocus_aleppicus Crocus_almehensis Crocus_ancyrensis Crocus_angustifolius Crocus_antalayensis Crocus_asumaniae Crocus_autranii Crocus_banaticus Crocus_baytopiorum Crocus_biflorus_ssp._adamii Crocus_biflorus_ssp._alexandri Crocus_biflorus_ssp._artvinensis Crocus_biflorus_ssp._biflorus Crocus_biflorus_ssp._crewii Crocus_biflorus_ssp._isauricus Crocus_biflorus_ssp._leucostylosus Crocus_biflorus_ssp._melantherus Crocus_biflorus_ssp._nubigena Crocus_biflorus_ssp._pseudonubigena Crocus_biflorus_ssp._pulchricolor Crocus_biflorus_ssp._punctatus Crocus_biflorus_ssp._stridii Crocus_biflorus_ssp._taurii Crocus_biflorus_ssp._wattiorum Crocus_biflorus_ssp._weldenii Crocus_boryi Crocus_boulosii Crocus_cambessedesii Crocus_cancellatus_ssp._cancellatus Crocus_cancellatus_ssp._damascenus Crocus_cancellatus_ssp._lycius Crocus_cancellatus_ssp._mazziaricus Crocus_cancellatus_ssp._pamphylicus Crocus_candidus Crocus_carpetanus Crocus_cartwrightianus_C1641 Crocus_cartwrightianus_C1996 Crocus_caspius Crocus_chrysanthus_C1555 Crocus_chrysanthus_C1563 Crocus_chrysanthus_C1682 Crocus_corsicus Crocus_cvijicii Crocus_cyprius Crocus_dalmaticus Crocus_danfordiae Crocus_etruscus Crocus_flavus_ssp._flavus Crocus_fleischeri Crocus_gargaricus_ssp._gargaricus Crocus_gargaricus_ssp._herbertii Crocus_gilanicus Crocus_goulimyi Crocus_graveolens Crocus_hadriaticus Crocus_hartmannianus Crocus_hermoneus Crocus_hyemalis Crocus_imperati Crocus_imperati_ssp._imperati Crocus_imperati_ssp._suaveolens Crocus_karduchorum Crocus_kerndorffiorum Crocus_korolkowii Crocus_kosaninii Crocus_kotschyanus_ssp._cappadocicus Crocus_kotschyanus_ssp._hakkariensis Crocus_kotschyanus_ssp._kotschyanus Crocus_kotschyanus_ssp._suworowianus Crocus_laevigatus Crocus_leichtlinii Crocus_longiflorus Crocus_malyi_C1587 Crocus_malyi_C1688 Crocus_mathewii Crocus_medius Crocus_michelsonii Crocus_minimus Crocus_moabiticus Crocus_nerimaniae Crocus_nevadensis Crocus_niveus_C1630 Crocus_niveus_C2380 Crocus_nudiflorus Crocus_ochroleucus Crocus_olivieri_ssp._balansae Crocus_olivieri_ssp._istanbulensis Crocus_olivieri_ssp._olivieri Crocus_oreocreticus_C1614 Crocus_oreocreticus_C2378 Crocus_pallasii_ssp._dispathaceus Crocus_pallasii_ssp._haussknechtii Crocus_pallasii_ssp._pallasii Crocus_pallasii_ssp._turcicus Crocus_paschei Crocus_pelistericus Crocus_pestalozzae Crocus_pulchellus Crocus_reticulatus_ssp._hittiticus Crocus_reticulatus_ssp._reticulatus Crocus_robertianus Crocus_rujanensis Crocus_sativus Crocus_scardicus Crocus_scharojanii Crocus_serotinus_ssp._clusii Crocus_serotinus_ssp._salzmannii Crocus_serotinus_ssp._serotinus Crocus_sieberi_ssp._atticus Crocus_sieberi_ssp._nivalis Crocus_sieberi_ssp._sieberi Crocus_sieberi_ssp._sublimis Crocus_sieheanus Crocus_speciocus_ssp._ilgazensis Crocus_speciocus_ssp._xantholaimos Crocus_speciosus_ssp._speciosus Crocus_thomasii Crocus_tommasinianus Crocus_tournefortii Crocus_vallicola Crocus_veluchensis Crocus_veneris Crocus_vernus_ssp._albiflorus Crocus_vernus_ssp._vernus Crocus_versicolor Crocus_vitellinus Crocus_x_jessopae Romulea_ramiflora Romulea_tempskyana Syringodea_bifucata Tigridia_pavonia ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2946] TITLE Crocus_5_cp_regions; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3953; DIMENSIONS NCHAR=2963; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Babiana_stricta 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Crocus_abantensis 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Crocus_aerius 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Crocus_alatavicus 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Crocus_biflorus_ssp._isauricus 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Crocus_biflorus_ssp._weldenii 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Crocus_imperati 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Crocus_laevigatus 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Crocus_mathewii 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Crocus_medius 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Crocus_michelsonii 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Crocus_minimus 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Crocus_moabiticus 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Crocus_reticulatus_ssp._reticulatus 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Crocus_sieberi_ssp._atticus 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Crocus_sieberi_ssp._nivalis 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Crocus_thomasii 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Crocus_tommasinianus 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Crocus_tournefortii 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Syringodea_bifucata GATGTATTTACTGACTTTTGATGGATATTTGCGCGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGCACAAAAAGGAATTCCCTTTATTCGATATCCCTATGGGGAAAAGAAGTACCTATAGTAGTCAATAAAAATTTACTTTTACCAAAAATGAATAATA------GCGTATTGTTTTTTTCAAAGGATACATATAAAATTGATGAAAATGGAAGAAATGGGATACGATATTTTAGTACTTATTTTAGAAATAAATACACTTCTACTTATCCTCACGAATCAGACAATACTATGCTATTTCCTTTGCTTTTATTAGTACTGTTTACTTTATTCGTTGGATCAATAGGAATTGATTTTTCTCAAGGAGAAATCAATTTTGATATATTATCGAAATGGTTAATTCCATCTACAAAATTTTTCCACCCAAATTCGAATGATTCCGCAGATTGGGATGATTTATTGACAAATGCAGTTTTTTCAGTAAGTATAGCAGTTTTTGGACTATTCATATCATCTATTTTATATGGATCCATTTATTCATCTTTCCAGAATTTGGACTTGATGAATTCATTTGTAAAGGCGAGTCCGAAGAGAATTTTTTTGGACCAAATAAAAAATTTGATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAAGATTTTCACTGTGGGTATAAGAAGATTAGCTGAACTAATTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGTATTACAAATGGGGTCGGCCTCTCCAGTTT???????CCCTTATTTTCATATATCTCAC-----TCCTTA-TCTTAATTCCGAAT-------CTATTCTTT-----GTTTGGAAGAAAATGAAGTCTCCTGTATTTTTT--------AACTTCGAACTGTATCCCCAT------GAAAGGAATGTTTTCAAAAA-CGATCTAATCATTCGAATCTTTACTGCGAAGTCTATAAATTATACGTCCCCTGGTTGAATCATATCGACTTATTTCGATTTTTACTCTATCTCCCGGTAGGATCCGTATAAAACTGCGCCGGATCCTACCTGAAATATAACCTAGAATTAGATCCTCATTATCTAAACGGACCCGGAACATACCGTTGGGAAGTGATTCAGTAATTAAACCCTCATGAATCAATTTTTGTTCTTTCATTCCAGATAACCCCCTTGAAGTATCAACTAATGGAGGAAGAGTTATATAATTCACTTTTCCTCTCTATTTCACAAA---TTAGGAAGTTAGAGATAAAATTAGGATACCTGAGTGGGATCACCATATATAACACAAAATTTCTCCTCCAATTCTTTCTA???ACTTTCCTTTAGACCTAGCCGCTGTCGAAGTTCCATCTATAAATGGATAAGATATACATGT---------------TAATGTATATG{AC}AT?{CG}TTGAAGGATCCATGCCCCATATTT-----TGTTTT---AAA-----AAAAC-AAAT-----ATGGGG----------C-ATGG-------------------------------ATCCCCCGCCCTTGTTTGATCTATCCAAAA----TT------AACGACGAGATTTATTATCGTTTCTCGCATGTCTCGCGAAAGTCAGAGTAGGCGCGAATTCTCCCAATTTGTGACCTACCATACGATCTGTTATATAAATAGGCAAATGCTCCTTTCCATTATGAATAGCGATTGTATGGCCAATCATTGTGGGTATAATGGTAGATGCCCGAGACCAAGTTACTATTATTTCTTTCTCCTCCCTCATGTTGAGTTTTTGAATTTTTCCCGATAAATGATTGGCTACAAAAGGATTTTTTTTTAGTGAACGTGTCACAGCGGATTACTCC-TTTTTTTT-ACATTTTAAAGATTGG-CATTCTATGTCCAATAGAATATCTCGATCGAAGTATGAAGGTAAGAATAAATACAATAATGATTAATGGAAAAAAGAGAAAATCCTTTAGCTAGATAAGGGGCGGATGTAGCCAAGTGGATCAAGGCAGTGGATCCGGGGACAACCAATGAGGGATGGACATAATAAAGTTTATAAGTCATTTTCGGATGTAATTGAAGGCAAAGAGGGAAGATTTCGTGAGACCCTGCTTGGTAAACGGGTTGATTACTCAGGGCGTTCCGTCATTGTCGTGGGTCCTTCGCTTTCATTACATCAATGTGGATTACCTAGAGAAATAGCAATAGAGCTTTTCCAAACATTTGTAATTCGTGGTCTAATCAGACAACATATTGCTTCGAACATAGGGATTGCTAAAAGTAAAATTCGGGAAAAAGAGCCGATTGTATGGGAAATACTTCAAGAAGTTATGCGGGGGCATCCTGTATTGTTGAATAGAGCACCCACTCTGCATAGATTGGGCATACAGGCGTTCCAACCCATTTTAGTGGAGGGACGTGCTATTTGTTTACACCCATTAGTTTGTAAGGGCTTCAATGCAGACTTTGACGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCTTTATCTTTGGAAGCCCAAGCGGAGGCTCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAATCTCCTATCTCCAGCTATTGGAGATCCCATTTCTGTACGAGAAAATCACCCGTTTGATCGAGTATGCTACTAATCGATCTATACCTGTCATTATTATATGTGCTTCTGGAGGAGCACGCATGCAAGAAGGAAGTTTGAGCTTGATGCAAATGGCTAAAATATCTTCTGCTTTATATAATTATCAATCAAATAAAAAGTTATTCTATGTATCAATCCTTACATCTCCTACAACCGGTGGAGTAACAGCTAGTTTTGGTATGTTGGGAGATGTTATTATTGCTGAACCCAATGCCTACGTTGCATTTGCGGGTAAAAGAGTAATTGAACAAACATTGAATAAACTAGTACCCGACGGTTCACAAGCGGCTGAGTATTCATTCCATAAGGGCTTATTCGACTCAATC Tigridia_pavonia 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; END; BEGIN SETS; CHARSET accD (CHARACTERS = Crocus_5_cp_regions) = 2597-2963; CHARSET rpsL36 (CHARACTERS = Crocus_5_cp_regions) = 770-1323; CHARSET ndhF (CHARACTERS = Crocus_5_cp_regions) = 1-769; CHARSET rpoC1 (CHARACTERS = Crocus_5_cp_regions) = 2022-2596; CHARSET trnH (CHARACTERS = Crocus_5_cp_regions) = 1324-2021; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Crocus_5_cp_regions) = N: 1-2963; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Crocus_5_cp_regions) = N: 1-2963; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3953 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8725; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3953; TREE Fig._1 = [&R] (Babiana_stricta,Tigridia_pavonia,(((Romulea_tempskyana,Romulea_ramiflora),Syringodea_bifucata),(((((((Crocus_corsicus,Crocus_minimus,(Crocus_imperati,Crocus_imperati_ssp._imperati,Crocus_imperati_ssp._suaveolens)),(Crocus_versicolor,Crocus_cambessedesii)),(((Crocus_nudiflorus,Crocus_serotinus_ssp._serotinus),Crocus_serotinus_ssp._salzmannii),Crocus_serotinus_ssp._clusii)),Crocus_goulimyi,Crocus_medius,(Crocus_pelistericus,Crocus_scardicus)),(((((Crocus_kotschyanus_ssp._suworowianus,(Crocus_ochroleucus,Crocus_kotschyanus_ssp._kotschyanus)),(Crocus_kotschyanus_ssp._cappadocicus,Crocus_kotschyanus_ssp._hakkariensis,Crocus_karduchorum)),((Crocus_gilanicus,Crocus_scharojanii,Crocus_autranii),Crocus_vallicola)),(Crocus_baytopiorum,(((Crocus_sativus,Crocus_cartwrightianus_C1996),Crocus_hadriaticus,Crocus_cartwrightianus_C1641,Crocus_thomasii,Crocus_oreocreticus_C1614,Crocus_oreocreticus_C2378),(Crocus_asumaniae,Crocus_mathewii),(Crocus_pallasii_ssp._pallasii,Crocus_pallasii_ssp._dispathaceus,(Crocus_pallasii_ssp._turcicus,Crocus_pallasii_ssp._haussknechtii),Crocus_moabiticus)))),(Crocus_niveus_C2380,Crocus_niveus_C1630)),((Crocus_sieberi_ssp._nivalis,(Crocus_sieberi_ssp._atticus,Crocus_sieberi_ssp._sublimis),Crocus_robertianus,Crocus_sieberi_ssp._sieberi,Crocus_cvijicii,Crocus_rujanensis,Crocus_dalmaticus),Crocus_veluchensis),(((Crocus_vernus_ssp._albiflorus,Crocus_etruscus),Crocus_longiflorus),(Crocus_tommasinianus,Crocus_vernus_ssp._vernus,Crocus_kosaninii)),((Crocus_malyi_C1587,Crocus_malyi_C1688),Crocus_banaticus)),(((Crocus_cyprius,(((Crocus_danfordiae,Crocus_biflorus_ssp._nubigena,(Crocus_biflorus_ssp._stridii,Crocus_biflorus_ssp._leucostylosus),Crocus_biflorus_ssp._punctatus,Crocus_biflorus_ssp._pulchricolor),Crocus_chrysanthus_C1555,Crocus_biflorus_ssp._alexandri,Crocus_chrysanthus_C1682,Crocus_biflorus_ssp._weldenii),Crocus_reticulatus_ssp._reticulatus),((Crocus_reticulatus_ssp._hittiticus,Crocus_hartmannianus),Crocus_hermoneus),Crocus_biflorus_ssp._biflorus,(Crocus_biflorus_ssp._crewii,(Crocus_biflorus_ssp._isauricus,Crocus_chrysanthus_C1563),Crocus_biflorus_ssp._adamii,Crocus_biflorus_ssp._wattiorum),(Crocus_x_jessopae,Crocus_ancyrensis,Crocus_abantensis),Crocus_pulchellus,Crocus_speciosus_ssp._speciosus,Crocus_cancellatus_ssp._lycius,(Crocus_biflorus_ssp._melantherus,Crocus_cancellatus_ssp._pamphylicus),Crocus_cancellatus_ssp._mazziaricus,Crocus_cancellatus_ssp._cancellatus,Crocus_cancellatus_ssp._damascenus,Crocus_angustifolius,Crocus_gargaricus_ssp._gargaricus,Crocus_sieheanus,Crocus_nerimaniae,Crocus_speciocus_ssp._ilgazensis,Crocus_speciocus_ssp._xantholaimos),((Crocus_biflorus_ssp._taurii,(Crocus_aerius,Crocus_biflorus_ssp._artvinensis,Crocus_almehensis)),Crocus_biflorus_ssp._pseudonubigena),(Crocus_gargaricus_ssp._herbertii,(Crocus_leichtlinii,Crocus_kerndorffiorum))),(((Crocus_fleischeri,Crocus_pestalozzae),((Crocus_boulosii,Crocus_aleppicus),Crocus_veneris)),(Crocus_boryi,Crocus_laevigatus,Crocus_tournefortii))),((((Crocus_antalayensis,Crocus_flavus_ssp._flavus),(Crocus_candidus,Crocus_olivieri_ssp._olivieri,Crocus_olivieri_ssp._balansae,Crocus_olivieri_ssp._istanbulensis)),((Crocus_graveolens,Crocus_vitellinus),Crocus_hyemalis)),(Crocus_adanensis,Crocus_paschei))),((Crocus_korolkowii,Crocus_alatavicus,Crocus_michelsonii),Crocus_caspius)),(Crocus_carpetanus,Crocus_nevadensis))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2916] END;