#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 14, 2025; 10:14 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Turner L., & Wilson N. 2007. Polyphyly across oceans: a molecular phylogeny of the Chromodorididae (Mollusca: Nudibranchia). Zoologica Scripta, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1934] [ The following blocks are input data for analysis step 3963 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3963; DIMENSIONS NTAX=54; TAXLABELS Actinocyclus_verrucosus Ardeadoris_egretta Cadlina_flavomaculata Cadlina_laevis Cadlina_luteomarginata Ceratosoma_trilobatum Chromodoris_alternata Chromodoris_ambiguus Chromodoris_epicurea Chromodoris_krohni Chromodoris_kuiteri Chromodoris_kuniei Chromodoris_leopardus Chromodoris_luteorosea Chromodoris_magnifica Chromodoris_purpurea Chromodoris_quadricolor Chromodoris_splendida Chromodoris_striatella Chromodoris_tasmaniensis Digidentis_cf_arbutus Digidentis_perplexa Discodoris_concinna Diversidoris_aurantionodulosa Doris_kerguelenensis Doris_pseudoargus Durvilledoris_pusilla Durvilledoris_similaris Glossodoris_cincta Glossodoris_edmundsi Glossodoris_hikuerensis Glossodoris_pallida Glossodoris_sedna Glossodoris_sibogae Hypselodoris_bennetti Hypselodoris_bilineata Hypselodoris_obscura Hypselodoris_orsinii Hypselodoris_picta Hypselodoris_villafranca Hypselodoris_zephyra Jorunna_tormentosa Mexichromis_festiva Mexichromis_kempfi Mexichromis_macropus Mexichromis_porterae Noumea_haliclona Pectenodoris_trilineata Peltodoris_atromaculata Platydoris_argo Risbecia_tryoni Thorunna_furtiva Tyrinna_nobilis Verconia_verconis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2951] TITLE COI; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3963; DIMENSIONS NCHAR=394; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= #; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Actinocyclus_verrucosus TTTGGGCTTTGGACGGCTAGTTCTATCGTTGATTGGACGCGGCCTTTTGGGAGACATTTAAAGTATGTACGCCAGCTTGTATATTTTTATGTATCCCTATATGGGGTTGGAATGATGTCCCTCTATGGGCCCGAATAGTTCCCGATAAAAATAGTTTGTTTTCCCCTCTTATCTCTTTTGTCGCTTATGAGGGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCGGCCGTGGCAAGGGGCTCGTGATTGCATTTTCTTCACTGCGGGCTCTCTTTTGGGCATAATTATACACATTTAAATCGTCCCTCATACATGACGTTAGCTTTGTTGTCGTCTGTACGCTTCTTTTTTTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATTTTTACGACGAATTAAACAGTTTTGA Ardeadoris_egretta 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TGTGGGTTGTGGACGGTTAGTTCTATCGTTGACTGGGTGCGGGCTTTTGGGAGACATTTAAAGTATGTACGCCAGCTTGTATATTTTTATGTATCCTTATATGGGGTTGGAATGATGTCCTTTTATGGGCCCGAATAGTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTTTCCCCTCTTGTTTCTTTTGTCACTTATGAGGGGGCGGACGGTGACGTTACCCCCTTCGGCCGTGCCAGGGGAGTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGGCTCTCTTTTGGGCATAATTATACACATTTAAATCGTCACGCATACATGACGGTAGTTTTGTTGTCGTTTGTACGCTTCTCTTTCTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATTTTTACGACGAATTAAACAGTTTTGA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = COI) = N: 1-394; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = COI) = N: 1-394; END; [ The following blocks are output data for analysis step 3963 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8735; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3963; TREE Bayes_MJ = [&R] (Peltodoris_atromaculata,Actinocyclus_verrucosus,Discodoris_concinna,(Platydoris_argo,Jorunna_tormentosa,Doris_pseudoargus,Doris_kerguelenensis,((Cadlina_laevis,Cadlina_luteomarginata),Cadlina_flavomaculata),(Chromodoris_kuiteri,Chromodoris_quadricolor,Chromodoris_magnifica,Chromodoris_striatella,(Chromodoris_kuniei,Chromodoris_purpurea,Tyrinna_nobilis,Glossodoris_sibogae),Chromodoris_tasmaniensis,Chromodoris_epicurea,Chromodoris_splendida,Chromodoris_leopardus,Chromodoris_luteorosea,Chromodoris_krohni,(Noumea_haliclona,Verconia_verconis),(((Chromodoris_ambiguus,Chromodoris_alternata),Mexichromis_kempfi,((Pectenodoris_trilineata,(Mexichromis_macropus,Mexichromis_festiva)),Thorunna_furtiva,(Durvilledoris_pusilla,Durvilledoris_similaris),Hypselodoris_bennetti),Hypselodoris_orsinii,Hypselodoris_bilineata,(Hypselodoris_picta,Hypselodoris_villafranca),Hypselodoris_zephyra,Hypselodoris_obscura,Risbecia_tryoni,Mexichromis_porterae,Ceratosoma_trilobatum,(Digidentis_cf_arbutus,Digidentis_perplexa)),Glossodoris_hikuerensis,Diversidoris_aurantionodulosa),Glossodoris_edmundsi,Glossodoris_sedna,Glossodoris_cincta,Glossodoris_pallida,Ardeadoris_egretta))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr2922] END;