#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on August 21, 2026; 22:50 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Stefanovic S., & Costea M. 2007. Reticulate evolution in the parasitic genus Cuscuta (Convolvulaceae): over and over and over again. Canadian Journal of Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1947] [ The following blocks are input data for analysis step 3999 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep3999; DIMENSIONS NTAX=182; TAXLABELS Cuacuta_cf._chilensis Cuscuta_acuta Cuscuta_aff._floribunda Cuscuta_americana Cuscuta_applanata_535 Cuscuta_applanata_674 Cuscuta_applanata_844 Cuscuta_applanata_850 Cuscuta_aristeguietae Cuscuta_aurea Cuscuta_australis Cuscuta_australis_tinei Cuscuta_bifurcata Cuscuta_boldinghii Cuscuta_burrelli Cuscuta_californica_147_499_64 Cuscuta_californica_637 Cuscuta_californica_brachycalyx Cuscuta_californica_occidentalis Cuscuta_campestris_202 Cuscuta_campestris_411 Cuscuta_campestris_483 Cuscuta_campestris_487 Cuscuta_campestris_894 Cuscuta_cephalanthi Cuscuta_cf._cozumeliensis Cuscuta_chapalana_568 Cuscuta_chapalana_693 Cuscuta_chilensis Cuscuta_cockerellii Cuscuta_compacta Cuscuta_corniculata Cuscuta_coryli Cuscuta_corymbosa_grandiflora_695_696 Cuscuta_corymbosa_grandiflora_959 Cuscuta_corymbosa_stylosa Cuscuta_costaricensis Cuscuta_cozumeliensis Cuscuta_cristata Cuscuta_cuspidata Cuscuta_decipiens Cuscuta_denticulata_165 Cuscuta_denticulata_485 Cuscuta_denticulata_668 Cuscuta_desmouliniana_1161 Cuscuta_desmouliniana_571 Cuscuta_erosa Cuscuta_foetida_496_1020 Cuscuta_foetida_922 Cuscuta_foetida_pycknantha Cuscuta_friesii Cuscuta_glabrior Cuscuta_globiflora Cuscuta_globulosa Cuscuta_glomerata Cuscuta_gracillima_600 Cuscuta_gracillima_621 Cuscuta_grandiflora Cuscuta_gronovii_343_cl.4 Cuscuta_gronovii_453_705 Cuscuta_gronovii_702 Cuscuta_gronovii_calyptrata Cuscuta_gronovii_latiflora_703 Cuscuta_gronovii_latiflora_704 Cuscuta_gymnocarpa Cuscuta_harperi Cuscuta_haughtii Cuscuta_howelliana_357_655 Cuscuta_howelliana_656 Cuscuta_hyalina Cuscuta_hyalina_840_cl. Cuscuta_hyalina_840_cl.4_6_8 Cuscuta_incurvata Cuscuta_indecora_525 Cuscuta_indecora_561_cl.4 Cuscuta_indecora_attenuata_721_724 Cuscuta_indecora_attenuata_723 Cuscuta_indecora_longisepala Cuscuta_indecora_neuropeltata Cuscuta_jalapensis_606 Cuscuta_jalapensis_607 Cuscuta_kilimanjari Cuscuta_leptantha_608 Cuscuta_leptantha_719 Cuscuta_leptantha_884 Cuscuta_liliputana_664_cl.1 Cuscuta_liliputana_664_cl.2 Cuscuta_liliputana_665 Cuscuta_liliputana_848 Cuscuta_lindsayi Cuscuta_macrocephala_613 Cuscuta_macrocephala_731 Cuscuta_mcvaughii Cuscuta_micrantha_708_cl.2 Cuscuta_micrantha_708_cl.4_7 Cuscuta_micrantha_709 Cuscuta_micrantha_988 Cuscuta_microstyla Cuscuta_mitriformis_584 Cuscuta_mitriformis_815 Cuscuta_nevadensis_476 Cuscuta_nevadensis_585 Cuscuta_obtusiflora_1047 Cuscuta_obtusiflora_1069 Cuscuta_obtusiflora_glandulosa Cuscuta_occidentalis_503 Cuscuta_occidentalis_504_647_648 Cuscuta_occidentalis_californica Cuscuta_odontolepis_587 Cuscuta_odontolepis_730 Cuscuta_odorata_912 Cuscuta_odorata_985 Cuscuta_odotata_1024 Cuscuta_paitana Cuscuta_parodiana Cuscuta_partita Cuscuta_parviflora_elongata Cuscuta_pentagona_456_cl.1_2 Cuscuta_pentagona_456_cl.5 Cuscuta_pentagona_464 Cuscuta_pentagona_468 Cuscuta_plattensis Cuscuta_platyloba Cuscuta_polyanthemos_826_cl.1_8 Cuscuta_polyanthemos_826_cl.7 Cuscuta_polygonorum_415_cl.4_6 Cuscuta_polygonorum_415_cl.7_9 Cuscuta_potosina_592 Cuscuta_potosina_845 Cuscuta_potosina_globifera Cuscuta_prismatica Cuscuta_purpurata Cuscuta_purpusii_898 Cuscuta_purpusii_928 Cuscuta_racemosa_miniata Cuscuta_rostrata Cuscuta_rugosiceps_745 Cuscuta_rugosiceps_915 Cuscuta_runyonii Cuscuta_salina_major Cuscuta_salina_salina_477_478_641 Cuscuta_salina_salina_652_653 Cuscuta_sandwichiana_155 Cuscuta_sandwichiana_686 Cuscuta_sandwichiana_748 Cuscuta_serruloba Cuscuta_sidarum_1005 Cuscuta_sidarum_519 Cuscuta_squamata Cuscuta_stenolepis Cuscuta_strobiliacea Cuscuta_suaveolens_790 Cuscuta_suaveolens_791 Cuscuta_suaveolens_996 Cuscuta_subinclusa_197 Cuscuta_subinclusa_501 Cuscuta_subinclusa_644 Cuscuta_suksdorfii_470 Cuscuta_suksdorfii_635_636 Cuscuta_tasmanica Cuscuta_tinctoria_547 Cuscuta_tinctoria_573_cl.6 Cuscuta_tuberculata_554 Cuscuta_tuberculata_737 Cuscuta_tuberculata_762 Cuscuta_tuberculata_763 Cuscuta_umbellata_516 Cuscuta_umbellata_557 Cuscuta_umbellata_759 Cuscuta_umbellata_830 Cuscuta_umbellata_reflexa_577_c.6 Cuscuta_umbellata_reflexa_577_cl.5 Cuscuta_umbrosa Cuscuta_veatchii_521 Cuscuta_veatchii_580 Cuscuta_veatchii_760 Cuscuta_victoriana_678 Cuscuta_victoriana_684_685 Cuscuta_warneri Cuscuta_woodsonii Cuscuta_yucatana Cusucta_werdermanii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2978] TITLE ITS; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep3999; DIMENSIONS NCHAR=718; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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-----------------------AACCTGCGGAAGGATCATTGTCG-AACCCTCGCG-GTAGAATGACT--TGCTAACCTG-TACCAATTATTGA----TTCGA--AT--GTCTGGGTGCCGT-CTTTCTGATTTGCCCACGACGAAC--AAAAACACCGGC-GCAGCAGCGCCAAGGAATAT--AAT-AATGAGT--GTGCAAC-CTTGCAGAGCTCA-ATTATGTT--GCCTGTGAGCTTTGCATCCTTTT-------AATAAAAA-TGACTCTCGGCAATGGATATCTCGGCTCTTGCAACGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAAACTTTGAACGCAAGTTGCGCCTCAAGCCA-TTGGGTTGAGGGCACGTCTGCTTGGGTGTCAT--GCACTAT------GTCTC-CCCT----------CTCGTG--TGTGGAGTGGGAATAGATCCTGGCCTCCTGGGCCCTTCC--TTGGG--CGTGGTTGGCCGAAAA-TGTTGTCCTGGAT-TTTGTT----GATGTCTTGGTGTGCGGTGGA-TGCGCCAGGTGTGCAT---AGTTGCCAGCCTTGCTCGGCTTC-ATTGTGGCGGCG---GGATCCTATGAAGCTGCCGGTCTTGGCTCTTTGATTGCGACCCCAAGTCAGGCGAGACTACCCGCTGAGTTTAAGC-- Cuscuta_pentagona_464 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