#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 09, 2025; 10:03 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Belfiore N., Liu L., & Moritz C. 2008. Multilocus Phylogenetics of a Rapid Radiation in the Genus Thomomys (Rodentia: Geomyidae). Systematic Biology, 57(2): 294-310. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2005] [ The following blocks are input data for analysis step 4151 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4151; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Geomys_breviceps Orthogeomys_heterodus Thomomys_bottae_albatus Thomomys_bottae_alpinus Thomomys_bottae_awahnee_a Thomomys_bottae_awahnee_b Thomomys_bottae_bottae Thomomys_bottae_cactophilus Thomomys_bottae_laticeps Thomomys_bottae_mewa Thomomys_bottae_riparius Thomomys_bottae_ruidosae Thomomys_bottae_saxatilis Thomomys_bottae_xerophilus Thomomys_bulbivorus Thomomys_idahoensis_pygmaeus_a Thomomys_idahoensis_pygmaeus_b Thomomys_mazama_mazama Thomomys_mazama_nasicus Thomomys_monticola_a Thomomys_monticola_b Thomomys_talpoides_bridgeri Thomomys_talpoides_ocius Thomomys_talpoides_yakimensis Thomomys_townsendii_relictus Thomomys_townsendii_townsendii Thomomys_umbrinus_atroavarius Thomomys_umbrinus_chihuahuae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3083] TITLE TBO47; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4151; DIMENSIONS NCHAR=819; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Geomys_breviceps 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Thomomys_mazama_nasicus ??????????????GCTTTCTTACGTGCTTATATGCTTGTGTGCTTTGGGTTGTTTTCACCTGTGGGTTGATTGACACTACTGCCAGTAGTGGGTGACACAAATTTCATTTAATTTGGGTGTGTGCCTACCAGTATAATTGCTGGACCACATATAGGTCTGTATTAATCTTCTGAAGAATGGTTAGGCCATCTGTGAAATGCTGTACTTCTTTATGTTCCCGCCATTCTGAGTTCTGATTTCATGATATCTTTTCCAACCCTAGATTTTTTTTTTTGCCAGTCCTGGGCTTGAGCTCAGGGCCTGAGCACTGTCCTTGGACTTTCTCAAGGCTAGAGCTCTACCACTTGAGCTTCAGCATCACTTCTGGCTTTTTTTTTTCTATGTATGTGGTACCAAGGAATCGAACCCGGGTCTTTGTGCATGCTATGCAGGCACTCTACCACTAGGCCAAACTCCCAGCCCCAACCCTAGATTTTATGGGGCTCTTTTATGTAACCAGAATGGCAGATGTTTCGTTTCATCTTGGTTTTGATTTATGCTTACCTGAAGATTATTGATGGTGACATCGTTTTCTTGTGCTTTTTAGTGATTTCTTTGCCAGTCCTGGGGCTTGAACTCAGGGTTTGAACACTGTCTTTGGGCTTTGTCAAGGCTAGAGCTCTACCATTTGAGCCACAACACCACTTTTGACTCTTTCC---------GGTACCATGCACTGGAACCCAGGTCTTCGTGCATGCTGGACAGCAACTCTACCACTAGGCAAAGCTTCTGGACCCATTAGT????????????????????????????? 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Thomomys_umbrinus_chihuahuae ?????????????AG-AGC-ATGCTGGTGGTATTACAATACCAGACTTCAAACTCTACTATAGAGCCATAATAACAAAAACTGC-TTGGTATTGGCACAAAAACAGACCAGAAGATCAGTGGAACAGAATAGAAGACCCAGAAATAGAACCAC-ATACCTATAGGCAACTTGTATTTGACAAAGGAGCCAAAGATATACA{AG}TGGAACAAACACAGTCTATTCAATTATTGGTGCTGGCAAAACTGGGCAGCCACATGCAGAAAACTAAAAATTGACCCTAGCTTTTCGCCATGCACAAGCATTAACTCAAAGTGGATCAAAGACCTCAATGTCAGACCGGAAACCGTGAAACTGCTACATGATAAAGTAGGAGAGACACTGGAACTCATAGGCACAGGCAAAAGATTCCTGAACAGAATCCCAGGGTCA-CAACAGATTGGAGAGAGACTCGATAAATGGGACTACCTAAAAATAAAAAGTTTCTGTACAGATAAAAACATAGT-TGCAAAAGTAGAGAGACAGCCAACCAACTGGGAAAAGATATTCACCAACAATACATCTGACAAATGCTTAAT--ATCCAGT-ATCTACA???????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = TBO26) = N: 1-614; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = TBO26) = N: 1-614; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Thomomys_idahoensis_pygmaeus_b ???????????????????????????????????GCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_mazama_mazama 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Thomomys_mazama_nasicus ??????TGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GG{CT}CTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCC{GT}TTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTA{AG}AAATTGAGCCAAACCTTAACTACTCATGTTTATTTTTGAAA{AT}TTGGG-GGCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGGGCTTTT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CCATTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGC???? Thomomys_monticola_a CAGGACTGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-AAACCTTGATCCCC-AGATATCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCTCTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_monticola_b CAGGACTGATATACAGTGCATG-AAGTC-TCTT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATAGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTT-CTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_talpoides_bridgeri ?????????????????????G-AAGT{AC}-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGCATG---TACAGACTGTGATCATCCAGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGATAACATTGATTT--{CT}TTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAA{AT}TTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTT{GT}AAATTTGGGTTGCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCTCATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTTCTAAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTCCAAGTTTGGTCTTTGGCTTTTTTTTAACTTTTTCCTGGGCTGGTCC-TTCTTCCAT?????????????????????????????? Thomomys_talpoides_ocius ??????????????????????????????????????????????????????????????GAACTGTGATC-TC-AGATTTCAGC{AG}AGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGAGTGTAGAAATTGAGACAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACA{AT}ATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_talpoides_yakimensis CAGGACTGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTA{AG}GGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTC{CT}-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_townsendii_relictus CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACT{AG}TGATCC{CT}C-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAAGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAG{AC}AGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTTATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTCCTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGA-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-C{CT}-TTG-AACTCAGGG{CT}C-TAG{AC}CTCTGGCATTT Thomomys_townsendii_townsendii CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTGGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTTGTATACTCTCACTGAAAATTTTTCCTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATTTGAA-GTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGG{CT}C-TAGCCTCTGGCTTTA Thomomys_umbrinus_atroavarius CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GG{AC}CTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCC{CT}C-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCC{CT}TTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCA{AG}GGCCTAGTATACTCTCCCTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTAAGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTGTTTATTTT{CT}T{CT}--AAGT{CT}T{AC}CTGGGTG{CG}TATT{AC}C{CT}T{CG}C{AC}AC{AC}TATGTC-AAGTTTGA-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAG{AC}CTCTGGCTTTT Thomomys_umbrinus_chihuahuae CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GG{AC}CTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--{CT}TTTGTTTTGTTTTGCCC{CT}TTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAAGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-AT{CT}TGAA-GTTTATCTTTATTTTCTT--AAGTCTCCTGGGTGCTATTAC{CT}TGCAACATA{AT}GTC-AAGTTTG{AG}-CTTTGGTTTTG{GT}TTTG-C-TTT{CT}C-TGGGCTGGTCC-TACT-C{CT}-TTG-AACTCAGGG{CT}C-TAG{CT}CTCTGGCTTTT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = TBO64) = N: 1-471; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = TBO64) = N: 1-471; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4151 ] BEGIN TREES; TITLE Tb8923; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4151; TREE Fig._4b = [&R] (Orthogeomys_heterodus,((((Thomomys_bottae_awahnee_a,Thomomys_townsendii_townsendii),Thomomys_umbrinus_chihuahuae),Thomomys_bulbivorus),(((Thomomys_talpoides_yakimensis,Thomomys_monticola_a),Thomomys_idahoensis_pygmaeus_a),Thomomys_mazama_mazama))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5107] END;