#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 09, 2025; 22:34 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Zeng B., Xu L., Yue B., Li Z., & Zou F. 2008. Molecular Phylogeography and Genetic Differentiation of Blue Sheep Pseudois nayaur szechuanensis and Pseudois schaeferi in China. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2069] [ The following blocks are input data for analysis step 4306 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4306; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Capra_hircus Pseudois_nayaur_DL1 Pseudois_nayaur_DL2 Pseudois_nayaur_DL3 Pseudois_nayaur_DL4 Pseudois_nayaur_DL5 Pseudois_nayaur_DL6 Pseudois_nayaur_DL7 Pseudois_nayaur_DL8 Pseudois_nayaur_DL9 Pseudois_nayaur_HL10 Pseudois_nayaur_HL11 Pseudois_nayaur_HL12 Pseudois_nayaur_HL13 Pseudois_nayaur_HL14 Pseudois_nayaur_HL15 Pseudois_nayaur_HL16 Pseudois_nayaur_HL17 Pseudois_nayaur_HL18 Pseudois_nayaur_HL19 Pseudois_nayaur_HL20 Pseudois_nayaur_HL21 Pseudois_nayaur_HL22 Pseudois_nayaur_HL23 Pseudois_nayaur_HL24 Pseudois_nayaur_HL25 Pseudois_nayaur_HL26 Pseudois_nayaur_HL27 Pseudois_nayaur_HL28 Pseudois_nayaur_HL29 Pseudois_nayaur_HL30 Pseudois_nayaur_HL31 Pseudois_nayaur_HL7 Pseudois_nayaur_HL8 Pseudois_nayaur_HL9 Pseudois_nayaur_LX1 Pseudois_nayaur_LX2 Pseudois_nayaur_LX3 Pseudois_nayaur_SB1 Pseudois_nayaur_SB2 Pseudois_nayaur_SB3 Pseudois_nayaur_YJ Pseudois_schaeferi_BT1 Pseudois_schaeferi_BT2 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3211] TITLE Blue_Sheep_D_loop; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4306; DIMENSIONS NCHAR=574; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Capra_hircus AACCACTATTAACCACATCTATTAATATACCCCCAAAAATATTAAGAGCCTCCCCAGTATTAAATTTACTAAAAATTTCAAATATACAACACAAACTTCCCACTCCACAAGCCTACAGACATGCCAA-CAACCCACAC-GTATAAAAACATCCCAATCC-TAACCCAACTTAGAT-ACCCACACAAACGCCAACAC--CACACAATATTACGTGTATGCAAGTACATTACACCG--CTCGCCTACACACAAATACATTTACTAACATCCATATAACGCGGACATACAGCCTTCATATAGTTTACTGTATATCTACCCT-----------ACACATATGCAGTACTAATCCAGCATAAACGTAATGTATGTACATTACATTTTATGATCTACTT-----CATGTGTACGTACATAATATTAATGTAACAAGGACATAGTATGTATATAGTACATTAAACGATTTTCCACATGCATATTAAGGACGTACATCAGTATTAATGTAATAAGGACATAGT-ATGTATATTGTACATTAAACGATCTTCCTCATGCATATAAGCATGTATAATATTTCTA Pseudois_nayaur_DL1 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1072] END;