#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 20, 2025; 13:49 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Damm U., Mostert L., Crous P.W., & Fourie P. 2008. Novel Phaeoacremonium species associated with necrotic wood of Prunus trees. Persoonia, 20: 87-102. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2077] [ The following blocks are input data for analysis step 4321 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4321; DIMENSIONS NTAX=37; TAXLABELS Albertiniella_polyporicola_AF096170 Calosphaeria_pulchella_AY761071 Camarops_microspora_Z49783 Ceratosphaeria_lampadophora_AY761088 Chaetomium_elatum_M83257 Chaetosphaeria_curvispora_PDD78268 Cochliobolus_sativus_U42479 Cryphonectria_parasitica_L42441 Cryptendoxyla_hypophloia_AF096175 Diaporthe_phaseolorum_L36985 Endothia_gyrosa_L42443 Gaeumannomyces_graminis_AF277125 Gnomonia_setacea_AF277121 Gnomoniella_fraxini_AF277106 Kionochaeta_ramifera_AB003788 Lasiosphaeria_ovina_AY083799 Leucostoma_persoonii_M83259 Madurella_mycetomatis_AF527811 Magnaporthe_grisea_AB026819 Ophiostoma_stenoceras_M85054 Phaeoacremonium_fuscum_EU128059 Phaeoacremonium_pallidum_EU128061 Phaeoacremonium_prunicolum_EU128056 Pleospora_betae_U43466 Pleurostoma_ootheca_AY761074 Pleurostomophora_repens_AY761067 Pleurostomophora_richardsiae_AY761066 Sordaria_fimicola_X69851 Sporothrix_schenckii_M85053 Sporothrix_sp._AF267227 Togninia_africana_EU128060 'Togninia griseo-olivacea EU128058' Togninia_minima_AY761068 'Togninia novae-zealandiae AY761069' Togninia_viticola_DQ173147 Togniniella_acerosa_AY761072 Togniniella_acerosa_AY761073 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Togniniella_acerosa_AY761073 ??????????????????????ACTTT??CGGCGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATAGTACCT-A-CTACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-TCCCGAC-GCAAGAAGGGATGTATTTATTAGATTCAAAGCCAATGCCCTCCGGGGCTCACTGGTGATTCATGATAACTTCTCGAATCGCACGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGCTGGGTCTTGGCCAGCCATGGTGACAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAGACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACTCAATCCTGACCCAGGGAAGTAGTGACGAGAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGCCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAATTTGCTGAGGTTGAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCCTCTGGGGAGCCGCATGCCCTTCACTGGGCGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGGATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGC-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTA--TTTTTTGACCCGTTCGGCACCTTACACGAAAGTACAAGTGCTTGGGTTCCTGGGGG-AGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGC-ACC-ACCAGG-GGT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATTAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGATGACTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCCGTATTGCTTTGGCAGTACGCCGGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCTCAAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGT---------------------------------------------------------------------------------CTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGGTACGTACTTGCCAATCTTTTCTTTAACTTTGTTTTTCATTTCTACGTCATTTTTACTGTCTTATGAATAAATTCACTAACAGTCTACAGCGCGCTACACTGACAGAGCCAGCGAGTTCT--CCCTTGGTCGGAAGACCCGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATCCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAACGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGG-CCCAGGGAGGTCGGCAACGACCACCCA-GGGCCGGAAAG????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Pm_SSU) = N: 1-2266; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Pm_SSU) = N: 1-2266; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4321 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9093; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4321; TREE Fig._1 = [&R] ((Cochliobolus_sativus_U42479,Pleospora_betae_U43466),((((((Togninia_minima_AY761068,Togninia_viticola_DQ173147,'Togninia griseo-olivacea EU128058',Phaeoacremonium_fuscum_EU128059,Phaeoacremonium_pallidum_EU128061),'Togninia novae-zealandiae AY761069',Phaeoacremonium_prunicolum_EU128056,Togninia_africana_EU128060)Togniniaceae,(((Gnomoniella_fraxini_AF277106,Gnomonia_setacea_AF277121),(Cryphonectria_parasitica_L42441,Endothia_gyrosa_L42443)),(Leucostoma_persoonii_M83259,Diaporthe_phaseolorum_L36985)))Diaporthales,((Pleurostomophora_richardsiae_AY761066,(Pleurostomophora_repens_AY761067,Pleurostoma_ootheca_AY761074))Pleurostomataceae,(Calosphaeria_pulchella_AY761071,(Togniniella_acerosa_AY761072,Togniniella_acerosa_AY761073))Calosphaeriaceae)Calosphaeriales),(((((Madurella_mycetomatis_AF527811,Chaetomium_elatum_M83257),Lasiosphaeria_ovina_AY083799),Sordaria_fimicola_X69851)Sordariales,((Kionochaeta_ramifera_AB003788,Chaetosphaeria_curvispora_PDD78268)Chaetosphaeriales,Camarops_microspora_Z49783)),(Cryptendoxyla_hypophloia_AF096175,Albertiniella_polyporicola_AF096170)Cephalothecaceae)),(((Magnaporthe_grisea_AB026819,Gaeumannomyces_graminis_AF277125),Ceratosphaeria_lampadophora_AY761088)Magnaporthaceae,(Sporothrix_schenckii_M85053,(Sporothrix_sp._AF267227,Ophiostoma_stenoceras_M85054))Ophiostomatales))Sordariomycetes); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1090] END;