#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 12, 2025; 11:11 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Mcdill J., Repplinger M., Simpson B., & Kadereit J. 2008. The Phylogeny of Linum and Linaceae subfamily Linoideae, with Implications for Their Systematics, Biogeography, and the Evolution of Heterostyly. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2087] [ The following blocks are input data for analysis step 4340 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4340; DIMENSIONS NTAX=55; TAXLABELS Anisadenia_pubescens Austrobuxus_megacarpus Balanops_vieillardi Cliococca_selaginoides Couepia_robusta Durandea_pentagyna_A Durandea_pentagyna_B Hesperolinon_drymarioides Hesperolinon_micranthum Hugonia_castaneifolia Hugonia_gabonensis Linum_africanum Linum_arboreum Linum_austriacum Linum_berlandieri Linum_bienne Linum_campanulatum Linum_catharticum Linum_cf._prostratum Linum_comptonii Linum_decumbens Linum_flavum Linum_gracile Linum_grandiflorum Linum_hirsutum Linum_kingii Linum_lewisii Linum_macraei Linum_maritimum Linum_narbonense Linum_nodiflorum Linum_perenne Linum_pubescens Linum_rupestre Linum_stelleroides Linum_striatum Linum_strictum Linum_suffruticosum Linum_sulcatum Linum_tenue Linum_tenuifolium Linum_trigynum Linum_usitatissimum Linum_viscosum Linum_volkensii Medusagyne_oppositifolia Ochna_serrulata Phyllanthus_liebmannianus Radiola_linoides Reinwardtia_indica Roucheria_calophylla Roucheria_schomburgkii Sclerolinon_digynum Tapura_amazonica Tirpitzia_sinensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3264] TITLE Linaceae_rbcL; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4340; DIMENSIONS NCHAR=1428; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Anisadenia_pubescens 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Austrobuxus_megacarpus 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Balanops_vieillardi 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Cliococca_selaginoides 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Couepia_robusta 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Durandea_pentagyna_B 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Hesperolinon_drymarioides 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Hesperolinon_micranthum 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Hugonia_castaneifolia -------------CAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAGGCTGGTGTTAAAGATTATAAATTAACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCAGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGGGCTGCGGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTTACCAGCCTTGATCGTTATAAAGGACGATGCTACCACATTGAACCCGTTGCCGGAGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTACGCGCCCTACGTCTGGAGGATTTGCGAATCCCTCCTGCTTATACTAAA-CTTTCCAAGGCCCGCCTCCCGGCATTCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCG-CCCCTATTGGGCTGTACTATTAAACCGAAATTGGGCTTATCCGCTAAGAATTACGGTAGAGCTGTTTATGAATGTCTCCGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGTAGAAAACGAGAACTCCCAACCATTTATGCGTGGGACAGACCGTTTCTTATCTTGTGCCTAAACACTTGATAAAGCACAAGCCGAAACAGGTGAAATCCCAGGGGATTATTTGAATGCTACCGCGGGTACATGAGAAGAAATGATCAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGCTCCTATCGTAATGCACGACTACTTAACAGGGGGATTCACTGCTAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTTTACTTCTTCACATCCATCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTTTGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCAGGTACCGTAGTAGGTAAACTTGAAGGG{AG}AAAGGGAGATCACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTGCGTGATGATTTTGTTGAAAAAGATCGAAGCCGTGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCAGGTGTCCTGCCCGTGGCTTCGGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTATTACAATTCGGCGGAGGAACTTTAGGTCTCCCTTGGGGAAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Hugonia_gabonensis 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Linum_africanum 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Linum_arboreum 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Linum_austriacum 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Linum_berlandieri 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Linum_bienne 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Linum_campanulatum 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Linum_catharticum 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Linum_comptonii 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Linum_grandiflorum 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Linum_kingii 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Linum_striatum 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Linum_strictum 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Linum_suffruticosum 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Linum_sulcatum 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Linum_tenue -------------------------------------------------TTAAAGATTATAAATTAACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCAGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCGGGGGCTGCGGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACGTGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTTACCAGCCTTGATCGTTATAAAGGACGATGCTACCACATTGAACCCGTTCCCGGAGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCCCTACGCCTGGAGGATTTGCGAATCCCTCCTGCTTATACTAAAACTTTCCAAGGCCCTCCTCACGGGATTCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGCCCCCTATTGGGCTGTACTATTAAACCGAAACTGGGCTTATCCGCTAAGAATTATGGTAGAGCTGTTTATGAATGTCTCCGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCCGAAACAGGGGAAATCAAAGGGCATTATTTGAATGCTACCGCGGGTACATGTGAAGAAATGATCAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATTGTAATGCACGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCTAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTTTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAAAAGAATCACGGTATACACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCAGGTACCGTAGTAGGTAAACTTGAAGGGGAAAGAGATATCACTTTGGGCTT-GTTGATTT{AG}CTGCGTGATGATTTTGTTGAAAAAGATAGAAGCCGTGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCAGGCGTCCTACCCGTAGCTTCGGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGAC{AC}GAGATCTTTGGAGA{AT}GATTCCGTATT{AC}CAATTTGGCGGTGGAACTTTAGGTCACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTCTAGAAGCA{AT}GTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAGGGTAATGAAATTATTCGTG{AC}GGCTAGCAAATGGAGTCCTGAATTGGCTGC{AT}{AG}CTTG{AT}GAAGTATGGAAGGAAAT{GT}AAATTTGAA{AT}TCGCTGCAATGGAT{AG}CCTTGTAA Linum_tenuifolium 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Linum_trigynum 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Linum_usitatissimum 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Linum_viscosum 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Linum_volkensii ATGTCACCACAAACAGAAACTAAAGCAAGTGTTGGATTCCAGGCTGGTGTTAAAGATTATAAATTAACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAAGATACGGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCAGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCGGGGGCTGCGGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACGTGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTTACCAGCCTTGATCGTTATAAAGGACGATGCTACCACATTGAACCCGTTCCCGGAGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGTGCCCTACGCCTGGAGGATTTGCGAATCCCTCCTGCTTATACTAAAACTTTCCAAGGACCGCCTCACGGGATTCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGCCCCCTATTGGGCTGTACTATTAAACCGAAACTGGGCTTATCCGCTAAGAATTATGGTAGAGCTGTTTATGAATGTCTCCGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTGAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCCGAAACAGGGGAAATCAAAGGGCATTATTTGAATGCTACCGCGGGTACATGTGAAGAAATGATCAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATTGTAATGCACGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCCAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTTTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCGGTTATTGATAGACAAAAGAATCACGGTATACACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCAGGTACCGTAGTAGGTAAACTTGAAGGGGAAAGAGATATCACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTGCGTGATGATTTTGTTGAAAAAGATAGAAGCCGTGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCAGGCGTCCTACCCGTAGCTTCGGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACAGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTATTACAATTTGGC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Medusagyne_oppositifolia 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Phyllanthus_liebmannianus 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Radiola_linoides 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Reinwardtia_indica 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Roucheria_calophylla 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Roucheria_schomburgkii 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Sclerolinon_digynum 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Tapura_amazonica 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Tirpitzia_sinensis 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Linaceae_rbcL) = N: 1-1428; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Linaceae_rbcL) = N: 1-1428; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4340 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9112; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4340; TREE Fig._2A = [&R] ((((((Anisadenia_pubescens,((((((((((((Cliococca_selaginoides,Linum_cf._prostratum,Linum_macraei),(Linum_africanum,Linum_comptonii,Linum_gracile)),(Linum_berlandieri,Linum_sulcatum),Linum_rupestre),Linum_kingii,Linum_striatum),Hesperolinon_micranthum),Hesperolinon_drymarioides),Sclerolinon_digynum),((((Linum_arboreum,Linum_campanulatum),Linum_nodiflorum),Linum_flavum),Linum_maritimum,((Linum_strictum,Linum_volkensii),(Linum_suffruticosum,Linum_tenuifolium)),(Linum_tenue,Linum_trigynum)),Linum_catharticum),Radiola_linoides),((((Linum_austriacum,Linum_lewisii),Linum_perenne),((Linum_bienne,Linum_usitatissimum),((Linum_decumbens,Linum_grandiflorum),Linum_narbonense))),(((Linum_hirsutum,Linum_viscosum),Linum_pubescens),Linum_stelleroides))),Tirpitzia_sinensis),Reinwardtia_indica)),(Durandea_pentagyna_A,Durandea_pentagyna_B),((Hugonia_castaneifolia,Hugonia_gabonensis),Roucheria_calophylla)),Roucheria_schomburgkii),Phyllanthus_liebmannianus,(Medusagyne_oppositifolia,Ochna_serrulata)),(Balanops_vieillardi,(Tapura_amazonica,Couepia_robusta))),Austrobuxus_megacarpus); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3050] END;