#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Osborn K., & Rouse G. 2008. Multiple origins of pelagicism within Flabelligeridae
(Annelida). Molecular Phylogenetics and Evolution, null.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2095]

[ The following blocks are input data for analysis step 4361 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep4361;
        DIMENSIONS NTAX=17;
        TAXLABELS
            Brada_villosa_California
            Brada_villosa_Sweden
            Diplocirrus_glaucus_Sweden
            Flabelliderma_ockeri
            Flabelligena_sp.
            Flabelligera_affinis_California
            Flabelligera_affinis_Sweden
            Flabelligera_infundibularis
            Flota_sp._specimen_1
            Flota_sp._specimen_2
            Ilyphagus_octobranchus
            Macrochaeta_clavicornis
            Macrochaeta_sp.
            Pherusa_plumosa_California
            Pherusa_plumosa_Massachusetts
            Poeobius_meseres
            Therochaeta_collarifera
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3279]

	TITLE CytB_Flotidae;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4361;
	DIMENSIONS NCHAR=390;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                           10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390      ]
[                                            .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .      ]
Brada_villosa_California            ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Brada_villosa_Sweden                ------------------------------------CCATATATTGGAAAAATACTAGTAGAATGGGTCTGAGGAGGGTTTGCAGTAGATAACGCAACCTTAAACCGATTTTTTGCAATTCATTTTCTTTTACCCTTTGTTCTTGCTGCATTAAGATGCCTTCATTTATTATGCCTTCATCAAACAGGATCAAATAACCCATTAGGATTAAATAGTGATACCGACAAAATCCCATTTCATTGATACTACACCTCAAAAGACGCTCTAGGGTTTATTATTATATTATTTTTATTAATAATTATTACAATATTTTACCCAAATTTATTAACAGACCCCGATAATTTTTTGCCAGCAAACCCATTAGTTACTCCTATTCACATCAAACCCGAG
Diplocirrus_glaucus_Sweden          GGAGCAACAGTTATTACAAATCTTCTATCTGCTATCCCCTATATTGGTAAGACCTTAGTAGAATGAGTGTGAGGGGGATTCGCCATTGATAACGCTACCTTAAACCGATTTTTTGCAATCCATTTTCTTCTTCCATTTATTTTAGCAGCTATTAGCTGTCTCCATTTACTATGTTTACATCAAACAGGGTCAAATAACCCTCTAGGGTTAAACAGGGATTCAGATAAAATCCCATTTCACTGATATTATTCTATTAAAGATGTTTTAGGCTTCCTTTTAATAATAGTCCTCCTATTAATAGTAACGATATTCTTTCCAAACCTTCTCACGGACCCAGAAAACTTTTTGCCCGCTAACCCCTTAGTTACCCCCATCCACATCAAACCTGAG
Flabelliderma_ockeri                ---------------TACTAATCTACTCTCTGCATTCCATACATTGGAAAATCAATAGTAGAATGAGTATGGGGAGGATTTGCAGTAGATAACGCTACTCTAAATCGATTTTTTGCTCTACATTTTCTTCTTCCTTTTATTTTAGCAGCAATTGCCTGCCTTCATTTATTATGTCTCCATCAAACAGGATCTAATAACCCACTAGGAATAAAAAGAGATTCTGACAAAATTCCTTTTCACTGATATTACTCAACAAAGGATATTTTAGGATTTATTATTATAATATTTATAATAATAATGGTAATTATATTTTTCCCAAATCTTCTAACAGACCCAGAAAACTATTTACCCGCTAACCCATTAAGTACACCTATTCATATTAAACCTGAA
Flabelligena_sp.                    ---------------------CTCCTATCCGCAATTCCTTACGTTGGTAAAGCACTAGTTGAATGAGTATGAGGAGGGTTTGCCGTAGATAATGCTACACTAAATCGATTCTTTTCATTTCATTTTCTTTTCCCCTTTCTTCTTGTTGCGATATCAATCCTCCACCTTTTATTTCTTCACCAGACAGGGTCAAATAATCCCCTCGGTCTCAATAGTGACTTAGATAAAGTCCCTTTTCATTGATATTACACTATTAAAGATAGACTTGGTTTTCTTCTTATAATAGCCCTCCTGCTTTTCCCTGTTATATTTTTCCCTGCTATTCTTGCCGAACCAGATAATTTTATTCCTGCTAATCCTCTCGTTACCCCAATTCATATTAAACC----
Flabelligera_affinis_California     GGTGCCACTGTTATTACTAACTTATTATCTGCTATCCCTTATATTGGAAAAACTCTAGTAGAATGAGTTTGAGGGGGATTTGCAGTAGATAACGCTACTCTTAATCGATTTTTTGCAATTCATTTTTTATTACCCTTTATTTTAGCTGCAATTGCTTGTTTACACCTGTTATGTTTACATCAAACAGGGTCTAACAATCCTCTAGGCCTAAAAAGGGATTCTGATAAAATTCCTTTTCACTGATATTATTCTTCTAAAGATATACTGGGGATCCTTATTATAATAGCCTTATTAATAATAGTAATTATATTTTTTCCAAGCCTTCTTTCAGACCCAGAAAATTTTTTGCCTGCTAATCCCCTAGTTACTCCTAT----------------
Flabelligera_affinis_Sweden         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Flabelligera_infundibularis         ---------------------------------------TATATTGGAAAAACTCTAGTAGAGTGAGTA{CT}GAGGGGGCTTTGCAG?AGATAACGCCACACTTAATCGATTTTTTGCCATTCATTTTCTTTTACCCTTTGTATTAGCAGCCGTAGCTTGTCTTCATTTATTATGTCTTCACCAAACAGGGTCAAATAACCCATTAGGCTTAAAAAGAGACTCTGACAAAATCCCATTTCATTGATACTATTCTTCTAAAGATATCTTAGGGTTTGTTGTAATAATATGTTTTCTTATAATAA{CT}TATAATATTTTTCCCTAATTTACTAACAGACCCCGAAAATTTTTTGCCTGCAAATCCTCTAGTAACCCCCATTCATATCAAACC----
Flota_sp._specimen_1                ---------------------TTATTATCTGCTATTCCTTATGTCGGACCAATATTAGTAGAATGGTTATGAGGAGGGTTTGCCGTCGATAATGCCACATTAAACCGATTTTTTGCCCTACATTTTATTATACCATTTATTTTAGCAGCTTTAGCCTGTTTGCATCTTTTAGCACTTCACCAAACAGGGTCTAATAACCCATTGGGTTTACCAAGGAATAAAGACAAAATACCCTTTCATTGATTTTACTCATCTAAAGATATTCTTGGATTTTTATTTGCAGTATGGTTATTAATAATAATTTCTTTATTTTCACCTAATTTACTAGCAGACCCAGATAATTTTCTACCTGCTAACCCCCTTATAACCCCCATTCATATTAAACC----
Flota_sp._specimen_2                ---------------TACAATTTATTATCTGCTATTCCTTATGTCGGACCAATATTAGTAGAATGGTTATGAGGGGGGTTTGCCGTCGATAATGCCACATTAAACCGATTTTTTGCCCTACATTTTATTATACCATTTATTTTAGCAGCTTTAGCCTGTTTACATCTTTTAGCACTTCACCAAACAGGGTCTAATAACCCATTGGGTTTACCAAGGAATAAAGACAAAATACCCTTTCATTGATTTTACTCATCTAAAGATATTCTTGGATTTTTATTTGCAGTATGGTTATTAATAATAATTTCTTTATTTTCACCTAATTTACTAGCAGACCCAGATAATTTTCTACCTGCTAACCCCCTTATAACCCCCATTCATATTAAACCTGAA
Ilyphagus_octobranchus              GGTGCTACTGTAATTACAAACCTTTTATCGGCTATTCCATATATTGGAAAAATATTAGTAGAATGAGTGTGAGGGGGGTTCGCAATTGATAACGCAACGTTAAACCGATTTTTCGCCATCCATTTTCTTCTCCCTTTTGTTTTAGCTGCAATTAGCTGTCTTCATTTATTATGCCTCCACCAAACCGGCTCAAATAATCCCCTTGGTCTCAATAGGGATACCGATAAAGTGCCATTTCATTGATACTACTCCGTAAAAGATACCCTAGGATTTCTCATTATAATAGTTCTTCTTCTTATAGTTTCAATATTTTTTCCAAATCTACTTACAGATCCAGAAAACTTTCTTCCTGCTAATCCCCTAGTAACACCAATCCATATCAAACCT---
Macrochaeta_clavicornis             ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Macrochaeta_sp.                     ----------------------TCTTATCTGCTATCCCTTATATTGGTAAATCTTTAGTTGAATGAGTTTGAGGAGGA?TTGCTGTAGATAATGCAACATTAAACCGATTCTTTTCAATTCATTTTCTTCTCCCTTTTTTACTTACTGCAATATCAATACTTCATTTATTATTTCTTCATCAAACTGGATCTAACAATCCATTAGGTTTAAACGGTAATGCCGATAAAGTTCCCTTTCATTGATATTATTCATCAAAAGATATTTTAGGATTTGCTATTATATTTATAATAATAATTTTTCCTATTATATATTTTCCAACTCTTCTATCTGACCCTGATAACTTTATTCCCGCAAACCCATTAGTTACCCCAATTCATATCAAACCTGAA
Pherusa_plumosa_California          ------------------------------GCTATCCCTTATTTTGGAAAAGCTCTAGTTGAATGAGTATGAGGAGGTTTTGCAGTAGATAATGCCACATTAAACCGATTTTATGCTTTTCATTTTGTGCTACCATTTATTTTAGCTGCAGTAAGATGTCTACATATTTTATGTCTCCATCAAACAGGATCCAATAACCCACTAGGGTTAAATAGAAATACAGATAAAATTCCATTTCATTGATTTTACTCAGTAAAAGACATACTAGGATTTATAGTTATACTATTATTATTAATAATAGTAATTATATTTTTTCCATACTTATTGTCTGAACCAGATAATTTTTTACCTGCT------------------------------------
Pherusa_plumosa_Massachusetts       GGCACAACAGTAATTACAAACCTCTTATCAGCCATTCCATATATTGGAAAAGCCTTAGTAGAATGAGTTTGAGGCGGATTTGCCGTTGATAACGCGACTCTTAATCGATTTTTTGCTTTCCATTTCATTCTGCCATTCATTTTGGCAGCTGTATCATGTCTTCATTTATTATGCCTTCATCAAACAGGGTCTAACAACCCACTCGGTTTAAATAGAGATACAGATAAAGTACCTTTTCATTGGTACTATACAGTTAAAGATGTTCTAGGATTCCTTTTAATAATATTTTTACTAATAATAGTAACAATATTTTTTCCTAATCTTCTAACAGAGCCCGATAACTTTCTTCCTGCAAATCCTCTAGTTACACCAATCCACATTAAACCT---
Poeobius_meseres                    ------------------------------------------ATTGGAAAAGATT?AGTTGA??GACTTTGAGGGGGATTCGCTGTAGATAACGCAACACTAAATCGATTTTTTGTATTCCATTTTATTTTACCCTTTG???TAATAGCTATTAGAATACTTCATTTATTATCCCTCCACCAAACTGGGTCAAATAACCCCTTAGGATTAAATAGAGACACGGATAAAATTCCTTTTCACCCATATTTTACTACAAAAGATGTGTTAGGATTTTTAATTATACTATTTTTTATAACATTAGTAATTATATTCTCACCTAACCTTCTAGGAGATCCAGATAACTTTACTCCAGCTAACCCCCTTGTTACTCCTATTCACATTAAACCAGAA
Therochaeta_collarifera             GGAGCATCTGTAATTACTAATTTACTCTCTGCAATTCCTTACATTGGTAAATACCTAGTAGAATGAGTTTGAGGGGGATTTGCAGTTGATAACGCCACTCTAAATCGATTTTTTGTCTTCCATTTCCTGCTCCCTTTTGTCCTTATTGCTTTAAGATGTTTACACCTTCTATGCCTTCATCAAACTGGGTCTAATAACCCATTAGGGTTAAATAGAGACACTGATAAAGTCCCTTTTCATCCTTATTTTTCAACCAAAGACGTTCTAGGATTTTTAGTTATACTATTTGCTATAATATTAATTGTAATATTCTTTCCAAACCTGTTGACAGACCCAGAAAACTTTATTCCTGCAAACCCACTTTTAACTCCTATTCACATCAAGCCCGAG
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = CytB_Flotidae) = 
		N: 1-390;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = CytB_Flotidae) = 
		N: 1-390;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 4361 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb9133;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4361;
      TREE Fig._2_Cyt_B = [&R] (Macrochaeta_sp.,Flabelligena_sp.,((((Brada_villosa_Sweden,Pherusa_plumosa_California),(Diplocirrus_glaucus_Sweden,Ilyphagus_octobranchus),(Poeobius_meseres,Therochaeta_collarifera)),(((Flota_sp._specimen_2,Flota_sp._specimen_1),Flabelligera_infundibularis),Flabelligera_affinis_California,Flabelliderma_ockeri)),Pherusa_plumosa_Massachusetts));
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5205]


END;