#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 20, 2025; 2:20 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: King M., & Roalson E. 2008. Exploring evolutionary dynamics of nrDNA in Carex subgenus Vignea (Cyperaceae). Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2111] [ The following blocks are input data for analysis step 4392 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4392; DIMENSIONS NTAX=151; TAXLABELS Carex_aggregata_1 Carex_aggregata_2 Carex_albata_ETS Carex_alma Carex_alopecoidea Carex_annectens_ETS Carex_aphylla Carex_appressa Carex_arenaria_1 Carex_arenaria_2 Carex_austrina Carex_bonariensis Carex_cephaloidea_1ETS Carex_cephaloidea_2 Carex_cephalophora_1A Carex_cephalophora_1B Carex_cephalophora_1C Carex_cephalophora_1D Carex_cephalophora_1E Carex_cephalophora_1F Carex_cephalophora_1G Carex_cephalophora_1H Carex_cephalophora_1ORG Carex_cephalophora_2A Carex_cephalophora_2B Carex_cephalophora_2C Carex_cephalophora_2D Carex_cephalophora_2E Carex_cephalophora_2F Carex_cephalophora_2G Carex_cephalophora_2ORG Carex_chihuahensis Carex_chordorrhiza Carex_conjuncta Carex_cruscorvi Carex_cusickii_1ETS Carex_cusickii_2 Carex_decomposita Carex_densa_1 Carex_densa_2 Carex_diandra_A Carex_diandra_B Carex_diandra_C Carex_diandra_D Carex_diandra_F Carex_diandra_G Carex_diandra_J Carex_diandra_K Carex_diandra_L Carex_diandra_ORG Carex_dioica Carex_disperma Carex_douglasii Carex_duriuscula Carex_enervis_1 Carex_gayana Carex_gibba_2A Carex_gibba_2B Carex_gibba_2C Carex_gibba_2D Carex_gibba_2E Carex_gibba_2F Carex_gibba_2G Carex_gibba_2H Carex_gibba_2I Carex_gibba_2J Carex_gibba_2K Carex_gibba_3A Carex_gibba_3B Carex_gibba_3C Carex_gibba_3D Carex_gibba_3E Carex_gibba_3F Carex_gibba_3G Carex_gibba_3H Carex_gibba_3I Carex_gibba_3J Carex_gibba_3K Carex_gibba_3L Carex_gibba_3M Carex_gibba_3N Carex_gibba_3O Carex_gibba_3P Carex_gibba_3Q Carex_gibba_3R Carex_gravida Carex_gynocrates Carex_incurviformis Carex_jonesii Carex_kobomugi Carex_laevivaginata Carex_leavenworthii_1 Carex_leavenworthii_2ETS Carex_leiorhyncha Carex_macrocephala_A Carex_macrocephala_B Carex_macrocephala_C Carex_macrocephala_H Carex_macrocephala_K Carex_macrorrhiza Carex_maritima_1 Carex_muhlenbergii Carex_nervina Carex_neurocarpa_1 Carex_neurocarpa_2ETS Carex_neurophora Carex_nubigena_1 Carex_nubigena_2 Carex_nubigena_3 Carex_occidentalis Carex_oklahomensis_ETS Carex_paniculata Carex_pansa Carex_parallela_1 Carex_perglobosa Carex_polystachya Carex_praecox Carex_praegracilis Carex_prairea Carex_radiata Carex_retroflexa_1 Carex_retroflexa_2 Carex_rosea_1 Carex_rosea_2 Carex_rosea_2B Carex_rosea_2C Carex_rosea_2D Carex_rosea_2E Carex_rosea_2G Carex_rosea_2H Carex_rosea_2I Carex_rosea_2J Carex_rosea_2K Carex_rosea_2L Carex_rosea_2M Carex_rosea_2N Carex_sartwellii_ETS Carex_siccata Carex_simulata Carex_socialis Carex_sparganioides_1 Carex_sparganioides_2 Carex_sparganioides_3 Carex_stenophylla Carex_stipata Carex_texensis Carex_triangularis Carex_tumulicola_1 Carex_tumulicola_2 Carex_unisexualis_ETS Carex_vulpinoidea ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3308] TITLE Vignea_ETS; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4392; DIMENSIONS NCHAR=539; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Carex_aggregata_1 TTTGGTGCGGCCAACCGA-CATGGGGCTGTCTCTTCACTCTCCCTCCTGTCATTTAATTTGTCAGTGCTGGGATGCTTGTGATCGGTTGCCTGTGTAGTTCTACCCTGTTGTGCGTAGCGAAGTTGTCCCTCGATTGATATTTGCTTGCCTTTTTGACATTTTTTT-GTCATTTGGGCAGCCGAAATGATGGCAAAATTCTTGTGTAGGTGCGTGGTCGAATGGCCTTGTTGCTATCACCTGGATTTTTGCCAGCTCTCACGGATGCAGTGCCTAGTGTTGGCTCTGCGTGGCTTTGCCCTGCAGACCTC-GGGAGGTCCCTTGTACGAATCATTGTGAT-CAGATGCCGTTTGTCGTGTTGCTTGTT-TGGCACGCAAATCGTATTGTTCTGTC-TGGAGTCGG-GATGATGAAAGTCA-GAAT-GAAGTATCTGGGGCGTGCTTGCGTACTTGGGGAATGCCTCTCCGATTGTATGAGCAGCGATTTTCGGCTTGCGTCCTGCGAAGGCCTGCCCGTTCGGGTTGGTGCTGGAGCTG Carex_aggregata_2 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TTTGGTGCGGCCAACCGA-CATGGGGCTGTCTCTTCACTCTCCCTCCTGTCATTTAATTTGTCAGTGCTGGGATGCTTGTGATCGGTTGCCTGTGTAGTTCTACCCTGTTGTGCGTAGCGAAGTTGTCCCTCGATTGATATTTGCTTGCCTTTTTGACATTTTTTT-GTCATTTGGGCAGCCGAAATGATGGCGAAATTCTTGTGTAGGTGCGTGGTCGAATGGCCTTGTTGCTATCACCTGGATTTTTGCCGGCTCTCACGGATGCAGTGCCTAGTGTTGGCTCTGCGTGGCTTTGCCCTGCAGACCTC-GGGAGGTCCCTTGTACGAATCATTGTGAT-CAGATGCCGTTTGTCGTGTTGCTTGTT-TGGCACGCAAATCGTATTGTTCTGTC-CGGAGTCGG-GATGACGAAAGTCA-GAAT-GAAGTGTCTGGGGCGTGCTCGCGTACACGGGGAATGCCTCTCCGATCGTACGAGCAGCGATTTCCGGCTCGCGTCCTGCGAAGGCCCGCCCGTCCGGGCCGGTGCCGGAGCTG Carex_tumulicola_1 TTTGGTGCGGCCAACCGA-CATGGGGCTGTCTCGTCACTCTCCCTCCTGTCATTGAATTTGTCGGGGTTGGGATGCTCGTGATTGGTTGCCTGTGTAGTTCTACCCTATTGTGGGTAGCGAAGTTGCCCCTCGATAGATATTTGCTTGCCTTTCTGATATTTTTTT-GTCATTTGGGTAGCCGAAATGTTGGCGAAATCCTTGTGTAGGTGCGTGGTCGAATGGCCTTGTTGCTGTCACTTGGATTTTCGCCGGCTCTCATGGATGCAGTGCCTAGTGCTAGCTCTGCGTGACTTTACTCCGCAGACTTC-GGGAGGTCCCTTGTACGAATCATCGCGATTTGGGCGCCGTTTGTCGTGTTGCTTGTT-TGGCACGCAAATCGTATTGTTCTGTC-TGGAGTCGG-GATGACGAAGGGCAAGAAT-GAAGTGTCTGGGGCGTGGTTGCGTACATGGGGAATGCCTCTCGGATTGTATGAGCAGCGATTTCCGGATTGCGTCCTGCGAAGGCCCGCCTGTTTGGGTTGGTGCTGGAGCTG Carex_tumulicola_2 TTTGGTGCGGCCAACCGA-CATGGGGCTGTCTCGTCACTCTCCCTCCTGTCATTGAATTTGTCGGGGTTGGGATGCTCGTGATTGGTTGCCTGTGTAGTTCTACCCTATTGTGGGTAGCGAAGTTGCCCCTCGATAGATATTTGCTTGCCTTTCTGATATTTTTTT-GTCATTTGGGTAGCCGAAATGTTGGCGAAATCCTTGTGTAGGTGCGTGGTCGAATGGCCTTGTTGCTGTCACTTGGATTTTCGCCGGCTCTCATGGATGCAGTGCCTAGTGCTAGCTCTGCGTGACTTTACTCCGCAGACTTC-GGGAGGTCCCTTGTACGAATCATCGCGATTTGGGCGCCGTTTGTCGTGTTGCTTGTT-TGGCACGCAAATCGTATTGTTCTGTC-TGGAGTCGG-GATGACGAAGGGCAAGAAT-GAAGTGTCTGGGGCGTGGTTGCGTACATGGGGAATGCCTCTCGGATTGTATGAGCAGCGATTTCCGGCTTGCGTCCTGCGAAGGCCCGCCTGTTTGGGTTGGTGCTGGAGCTG Carex_unisexualis_ETS 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----GGGCGGCCAACCGA-CATGGGGCTGTCTCTTCACTCTCCCTCCTGTCATTTAATTTGTCAGTGCTGGGATGCTTGTGATCGGTTGCCTGTGTAGTTCTACCCTGTTGTGAGTAGCTAAGCTGTCCCTCGATTGATATTTGCTTGCCTTTTTGACATTTTTTT-GTCATTTGGGCAGCCGAAATGATGGCGAAATTCTTGTGTAGGTGCGTGGTCGAATGGCCTTGTTGCTATCACCTGGATTTTTGCCGGCTCTCACGGATGCAGTGCCTAGTGTTGGCTCTGCGTGGCTTTGCCCTGCAGACCTC-GGGAGGTCCCTTGTACGAATCATTGTGAT-CAGATGCCGTTTGTCGTGTTGCTTGTT-TGGCACGCAAATCGTATTGTTCTGTC-TGGAGTCGG-GATGATGAAAGTCA-GAAT-GAAGTATCTGGGGCGTGCTTGCGTACTTGGGGAATGCCTCTCCGATTGTATGAGCAGCGATTTTCGGCTTGCGTCCTGCGAAGGCCTGACCGTTCGGGTTGGTGCTGGAGCTG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Vignea_ETS) = N: 1-539; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Vignea_ETS) = N: 1-539; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4392 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9164; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4392; TREE Figs._4_and_5 = [&R] ((((((((((((((((((Carex_diandra_A,Carex_diandra_C,Carex_diandra_D,Carex_diandra_F,Carex_diandra_G,Carex_diandra_K,Carex_diandra_ORG),Carex_gibba_2B,Carex_gibba_2E,(Carex_gibba_2F,Carex_gibba_2K)),Carex_diandra_J,Carex_diandra_L,(Carex_gibba_2A,Carex_gibba_2D),Carex_gibba_2C,Carex_gibba_2G,Carex_gibba_2H,Carex_gibba_2I,Carex_gibba_2J),Carex_diandra_B),((Carex_cusickii_1ETS,Carex_cusickii_2),Carex_prairea)),((Carex_gayana,Carex_simulata),Carex_macrorrhiza)),((Carex_alma,Carex_pansa,Carex_praegracilis),Carex_chihuahensis)),(((((Carex_aggregata_1,Carex_gravida),(Carex_alopecoidea,Carex_cephaloidea_2),Carex_austrina,(Carex_sparganioides_1,Carex_sparganioides_2,Carex_sparganioides_3)),(((Carex_cephalophora_1A,Carex_cephalophora_1B,Carex_cephalophora_1E),Carex_leavenworthii_1,(Carex_leavenworthii_2ETS,Carex_praecox)),((Carex_cephalophora_1C,Carex_cephalophora_1D),Carex_cephalophora_1F,Carex_cephalophora_1G,Carex_cephalophora_1H,Carex_cephalophora_2C,Carex_cephalophora_2G),Carex_cephalophora_2F),(Carex_conjuncta,Carex_vulpinoidea),(Carex_densa_1,Carex_densa_2)),(Carex_cephalophora_1ORG,Carex_triangularis)),(Carex_aggregata_2,(Carex_cephalophora_2ORG,Carex_cephalophora_2A,Carex_cephalophora_2B,Carex_cephalophora_2D,Carex_cephalophora_2E,Carex_muhlenbergii)),(Carex_arenaria_1,Carex_oklahomensis_ETS))),Carex_decomposita),Carex_neurocarpa_2ETS),Carex_jonesii),(Carex_cruscorvi,Carex_nervina)),Carex_albata_ETS),((Carex_annectens_ETS,Carex_cephaloidea_1ETS),((Carex_appressa,Carex_bonariensis),((((Carex_arenaria_2,(Carex_laevivaginata,Carex_stipata)),(Carex_gynocrates,Carex_parallela_1)),((((Carex_dioica,Carex_duriuscula),(((Carex_enervis_1,Carex_incurviformis),Carex_maritima_1),Carex_siccata)),Carex_stenophylla),Carex_paniculata)),((((Carex_chordorrhiza,Carex_sartwellii_ETS),Carex_occidentalis,(Carex_tumulicola_1,Carex_tumulicola_2)),Carex_neurophora),Carex_disperma))))),((((((((((Carex_rosea_2B,Carex_rosea_2D,Carex_rosea_2G,(Carex_rosea_2K,Carex_rosea_2L),Carex_rosea_2N),(Carex_rosea_2C,Carex_rosea_2J,Carex_radiata)),Carex_rosea_2I),Carex_rosea_1),(Carex_rosea_2E,Carex_rosea_2H,Carex_rosea_2M)),Carex_retroflexa_2,(Carex_socialis,Carex_texensis)),Carex_retroflexa_1),Carex_rosea_2),((Carex_macrocephala_A,Carex_macrocephala_B,Carex_macrocephala_C,Carex_macrocephala_H,Carex_macrocephala_K),Carex_kobomugi)),(Carex_douglasii,Carex_perglobosa))),(((Carex_leiorhyncha,(Carex_neurocarpa_1,Carex_nubigena_3)),(Carex_nubigena_1,Carex_nubigena_2)),Carex_unisexualis_ETS)),((Carex_gibba_3A,(Carex_gibba_3B,((Carex_gibba_3H,Carex_gibba_3N),Carex_gibba_3P)),(((Carex_gibba_3C,(Carex_gibba_3L,Carex_gibba_3O)),(Carex_gibba_3F,Carex_gibba_3J),Carex_gibba_3R),Carex_gibba_3D,Carex_gibba_3M),Carex_gibba_3Q),(((Carex_gibba_3E,Carex_gibba_3G),Carex_gibba_3K),Carex_gibba_3I))),(Carex_aphylla,Carex_polystachya)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3077] END;