#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on October 11, 2025; 15:25 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Harshman J., Braun E., Braun M., Huddleston C., Bowie R., Chojnowski J., Hackett S., Han K., Kimball R., Marks B., Miglia K., Moore W., Reddy S., Sheldon F., Steadman D., Steppan S., Witt C., & Yuri T. 2008. Phylogenomic evidence for multiple losses of flight in ratite birds. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2134] [ The following blocks are input data for analysis step 4452 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4452; DIMENSIONS NTAX=18; TAXLABELS Alligator_mississippiensis Anas_platyrhynchos Apteryx_australis Buteo_jamaicensis Casuarius_casuarius Ciconia_ciconia Corvus_corone Crypturellus_soui Dromaius_novaehollandiae Eudromia_elegans Gallus_gallus Gavialis_gangeticus Nothoprocta_perdicaria Pterocnemia_pennata Rhea_americana Smithornis_rufolateralis Struthio_camelus Tinamus_guttatus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3552] TITLE Paleognath_nuclear_genes_2; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4452; DIMENSIONS NCHAR=8739; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Anas_platyrhynchos 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Buteo_jamaicensis 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Rhea_americana 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Smithornis_rufolateralis 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Buteo_jamaicensis 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Casuarius_casuarius 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Ciconia_ciconia 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Dromaius_novaehollandiae 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Smithornis_rufolateralis 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Tinamus_guttatus 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3551] TITLE Paleognath_nuclear_genes_1; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4452; DIMENSIONS NCHAR=8505; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Casuarius_casuarius 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Eudromia_elegans 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Tinamus_guttatus 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Corvus_corone 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Crypturellus_soui 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Dromaius_novaehollandiae 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Eudromia_elegans AGGGCGGGACGCCATCTACAAGGAGTTCCACTTCAAGGACTTCAACCGGGTACGGGCGGCACCG---CCGTG------C-GTGGCGGC{AG}GCGGGGGGCGAGAACGGGGCACC--GTGCGA----GGGGT--------------------------------CC{CT}C{AG}CTCCGCTCCTGCGGAGAGGGGGTGGCGGAGCAAGGTGACGC-----------------------------------TG--{CG}TGGTTTGGGGTGAG---------------------------GAGAGCCCCGAGAAA---CCCTGCAAAAACA{CT}AGCACAAACCA-AG---------------------------------GGAGCGAAATCATTGATAACAGGTTG----AGAAAGGGGGGGAAAAA----------CA-TCCCAGGAGAGGCTGTTCAAGACTAACTCTGCTTCTCGATGCCC{CT}GCACAGGCCTTCGGCTTCATGACCCGCGTGGCTCTGCAGGCGGAGAAGCTGGACCACCACCCCGAGTGGTTCAACGTGTACAATAAGGTGGGAAA{CT}GCGGAT-{AG}CGGGGATCCCCCCGGCGCTCCCC-AGGGCGCAGCTC-----CCCTCGAGCGGGGACAGAACCGCC--CCACGAGCAGCAGCAGC---------------------------TTCTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTTTTC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAG Gallus_gallus 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Gavialis_gangeticus 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Nothoprocta_perdicaria GGGGCGAGACGCCATCTACAAGGAGTTCCACTTCAAGGACTTCAACCGGGTATGGGCAGCATCG---CCAAG-CT---CAGCGGTGGGGGCAAGG----AAAACATGGCATGATGTGTGTGGGGGGGGT----CCCTTTTGCATGGCTCGGGCATAGAAA-TCCTGCTC{CT}GTTTCCCTTGGA{AG}GGGGATGGTTGAGCAAGGTAACACTGCTGGGACACC-AAAGGACTCGA-CCAG-CACA-TGGTTTGGTTTGAGTGGAG--TCTCTTCT---GAG---------AAGAAAACCCTGAGAAAT---CCTCCAAAAGC--AGCAAAAACCT-AGCCTTGCATCTGCTTTACTT-CCTAGCAATACCAGGAGGGAAATCACCGATAACAGATTG-----AAAAAAAAAAAAAA--TCGAA-GAA-TAAGCT-AGACAAA---GTTCAGGACTAACTTTTCTTCTTAATGCCCTGGACAGGCCTTTGGCTTCATGACCCGAGTGGCTCTGCAGGCAGAGAAGCTGGACCACCACCCCGAGTGGTTCAATGTGTACAATAAGGTGAGAAATGTGGAT-GTGGGGACCATCGGG--GCTCTTC-AGGGTGCAGCTC-----CCATTCAGCAGAGATGGAAAAGCC--CTGAGAGCAGCAGCAGC-------------------------TTTTCCTCTCA--GATGCTCTT-CCCTTTGCATATTGCAGGTGGCTGGTGACTACTGCACA-CAGGTCCTCTCCTCCCTTCCG-------GCTTTCTGGCCAGCT---------CAACTTG-CA-GGCTGCCAACA-GGTCA----CTT------AAGTCACTACCAGAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGGCTGGGGAA--GCTCTAGTTTGGGTACAGAGCATAGAAGTGGGGCACAGTG-AGAT------AAGGGAAGAGTCATTGCCCCCACCA-----------------GGCTCC------AGCTGCCA---------------------CC-AGGC--ATTG---------CTCCC--ACCTT---GAGATGCCACCAACAAGCCTGCAGAAAGTGACAGCACTACCTG--CTCCATGGTGTGACAGCTGCCATGGGGGAACTGCACA-----GGGAG--AACCCACTCC-CATCCTTCCTGCCAGCAACACTT-GCTC------------------TCTGTCTGCCTTAG Pterocnemia_pennata AGGGAGAGACGCCATCTACAAGGAGTTCCACTTCAAGGACTTCAATCGGGTACAAGCGTCGGTG---CCGAG-TCTTACGATGGGGGAAACGCGG-GCG----C{AG}GAGCGG-------------GGAGC----CCCCTTTGCATGGCTCGGGCACAGAAAAGCCCTCCCTGCTTCTCTCGAAACGAAATGGCTGAGCAAGGTAACGCAACCGAGACACC-AAAACGCTCAA-CCAA-CGCACGG--TTTGTGTGGGGAGAG---TTCTTC---AAAAGG-------AAGAAGACTCAGAGAAAT----CCCCAAAGATCCAGCACAAACCACA-CTTTGCATCTGCTCTGTTT-TCTAGGAAAATGGAGAGTGAAATTATTGATAATGGGTTGA-----AAAAAAA------------------AA-TCCCAGAATAAGCTGTTCAAGACTAACTTTGCTTCTTAACTCACTGGGCAGGCCTTCGGCTTCATGACCAGAGTAGCCCTACAGGCAGAGAAACTGGATCACCACCCGGAGTGGTTCAA{CT}GTGTACAATAAGGTAAGAGATGTGGTT--T--GGG--ACCTG--CTCTCTGA-AGAGTCCCGGTCACTCCCCACTCGGGAGGAAGAGAACAGCA--CCAAGAGC------------------TCAGCTCAGCAGCACCTCTTCCTCCCTCGGACGCTGCT-CCCTTTGCGTATCGCAGACGGCCCGTGACTGCAGCATA-CATGCCCTCTCCTCCCCTCC------TTGCTCTCTGGGCAGCTG-----------CTTG-CA-GGCTGCCACCA----------CTTATT---AAATCACTACCAGAAGCGGCAG-CAAGGGAAAAACGGGCCCAGGGG-AAGGGCGAGTTGAGAGGT-GGCCCAGC-AGCTGCCGTGACCAAGGGAGG-----CAGCGCCTGCTTGCGGTCAGCACGAGCTGCAGGGGAGG---AGAAGTCACAGTGGCGAGAGCCACCAGAAAGGGCTGGGGAA--GCTCTGGTCTGGACACGGGGAGTGGGAGAGGGGCACACCGGGAACTGGGCGAAGGGTAGAGTCATTGCACC-ACCACCAGCCCCCCTACCCCAGCCTCTGGGGGTGGGTGCAA---------------------CC-AGGCAGAATGCCAGA------------CCCCG-AGAAACGTCCCTAACAAGCCTGGGGAAAGTAATGGCACTACCTG--CTCCATCGGGCAGCAACTGTCT-------GCAGCACT-----GGGGG--AACCTGCTCC-TGTCCCTTCTGCCAGCAACACTT-GG----------------TCTGTACT?????????? Rhea_americana AGGGAGAGACGCCATCTACAAGGAGTTCCACTTCAAGGACTTCAATCGGGTACAAGCGTC{AG}GTG---CCGAG-TCTTACGATGGGGGAAA{CT}GCGG-GCG----CAGAGCGG-------------GGAGC----CCCCTTTGCATGGCTCGGGCACAGAAAAGCCCTCCCTGCTTCTCTCGAAACGAAATGGCTGAGCAAGGTAACGCAACCGAGACACC-AAAACGCTCAA-CCAA-CGCACGG--TTTGTGTGGGGAGAG---TTCTTC---AAAAGG-------AAGAAGACTCAGAGAAAT----CCCCAAAGATGCAGCACAAACCACA-CTTTGCATCTGCTCTGTTT-TCTAGGAAAATGGAGAGTGAAATTATTGATAATGGGTTGA-----AAAAAAA------------------AA-TCCCAGAATAAGCTGTTCAAGACTAACTTTGCTTCTTAACTCACTGGGCAGGCCTTCGGCTTCATGACCAGAGTAGCCCTACAGGCAGAGAAACTGGATCACCACCCGGAGTGGTTCAACGTGTACAATAAGGTAAGAGATGTGGTT--T--GGG--ACCTG--CTCTCTGA-AGAGTCCCGGTCACTCCCCACTCGGGAGGAAGAGAACAGCA--CCAAGAGC------------------TCAGCTCAGCAGCACCTCTTCCTCCCTCGGACGCTGCT-CCCTTTGCGTATCACAGACGGCCCGTGACTGCAGCATA-CACGCCCTCTCCTCCCCTCC------TTGCTCTCCGGGCAGCTG-----------CTTG-CA-GGCTGCCACCA----------CTTATT---AAATCACTACCAGAAGCGGCAG-CAAGGGAAAAACGGGCCCAGAGG-AAGGGCGAGTTGAGAGGT-GGCCCAGC-GGCTGCCGTGACCAAGGGAGG-----CAGCGCCTGCTTGCGGTCAGCACGAGCTGCAGGGGAGGAGGAGAAGTCACAGTGGCGAGAGCCACCAGAAAGGGCTGGGGAA--GCTCTGGTCTGGACACGGGGAGTGGGAGAGGGGCACACTGGGAATTGGGCGAAGGGCAGAGTCATTGCACC-ACCACCAGCCCCCCAACCCCAGCCTCCGGGGGTGGGTGCAA---------------------CC-AGGCAGAATGCCAGA------------CCCCG-AGAAACGTCCCTAACAAGCCTGGGGAAAGTAATGGCACTACCTG--CTCCATCGGGCAGCAACTGTCT-------GCAGCACT-----GGGGG--AACCTGCTCC-TGTCCCTTCTGCCAGCAACACTT-GG----------------TCTGTCTGTCTGGTTCAG Smithornis_rufolateralis AGGCAGGGACGCCATCTTCAAGGAGTTCCACTTCAAGGACTTCAACCGGGTACAAGCACCAGTGGGACGGAG-GTTTACAAACTGGGAGTCCTGGTTTG----CAGAGCAG-------------GGAGC----CCCCTTTGCAAGGCTCAGTCACAGAAA---CCTCTGTGTATCTCTTGAAAGGTGATATCTGAGCCCGGTAACCTGCCCAAAACACC-TAAGTGGTTGACTCAG-CATGCAG--TTTGTCTGGGAAAAA---CTCCTC---AAAAGG-------AGAAAAATCTATAAAAAA-TCCCAA---AGACACAGAACATCCCA-GGCCTTGCATTTGGTTGGGTTATCTAGAAGCAGGTGGTGTAAAATT-ATAGTAATGAGGTG-------AAAAC-----------AAATATATTC-TTATAGGGTAAGTGGTTCAGAGTTAACTTTCCTTCTCACTCC-----ATAGGCCTTTGGCTTCATGACCAGAGTGGCTCTACAGGCAGAAAAACTGGATCACCACCCTGAGTGGTTCAACGTGTACAATAAGGTAAGAATTAGGGATGGTGGGGACAAAACAA-AGCTCTTC-AGGGAGCAGATC-----CCTTTTTGGAGGGATAAAGCAGGA-----------GCAGCAAG---TTCTGTTCATACCAGTGGGA---CCTCTTCCCCCAGATATTATTACCT------TATCACAGACAGCCTACAGCTATCA-----CAGATCCTTTCCTTCTTAC-----TGTTCC---CTGTCCAGCTGAGCAGGAGCTGCTGTCCT-AGCTGGCATCAGCATTG----CTTTTTT--AAATTAGTATCAGAAGTAGCAG-CAAGGGG-AAAAGCTTTTGGGGA-AAGAAGGAATTAAAAAGTGGGCATAGGCAACTGCTATGACCAGGGC-GGGGTGGCAGTGACAGCTTGTGGCCAGGAGG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCTGTAGGAAGGG-GAAAA-CC-AGGACAACTGCCAGACCACCTCTCCCATACTG-GGAGGTTTTGCTACCAAGTCTGGAA------------CCACCTGTGCTTCACCAA---------------------CAGCACT-----GCGGG--AA-CCTGTCTCTGCTTTTTCTGCCAGCAACAC-----TCTG------------TCTGTCTGT????????? Struthio_camelus AGGGAGAGACGCCATCTACAAGGAGTTCCACTTCAAGGACTTCAATCGGGTATGAGCGTCGGTG---CCGAG-TTTTACAATAGGGGAAACCTGGTGCG----CAGAGCGG-------------GGAGT----CCCATTTGCATGGCTCACGCATAGAAA-CCCCTTTCCGTTTTTCTTGAAATTTAATGGCTGAGCAAGGTAACACAATCAAGACACC-AGAACGCTCAA-CCAG-TACACAG--TTTGTGTGGGCAAAG---TTCTTC---GAAAAGA-------GGAAAACCCATAGAAAT----CCCCCAAGACCCAGCACATACCA-AGCCTTGCCTCTGACTGGTTT-TCTAGAAGTATGGGGTATGTAATTATTGGTAACAGGCTGAGCG--AAGAAAGAAAAAAAA---AA-----AA-TCCCAGGATAAGCTGTTCAAAACTAACTTTGCTTCTTCACCCACCGAGCAGGCCTTTGGCTTCATGACCAGAGTGGCTCTACAGGCAGAGAAACTGGATCACCACCCTGAGTGGTTCAATGTGTACAATAAGGTAAGAAACACGCAC-GTGGGGGCCACCAAG--GCTCTTC-AGAGAGCGGTTC-----CCGTTTACGAGGAATAAAACGGCA--CCAAGAGCAGCAGCAGC---TCCTGTTCAGCTCAGTGGCATCTCTTCCTCCCTCAGATGCTGTT-CCCTTTGTGTATCATAGATGGGCTGTGACTATTGCATACCACGTCCTCTCCTCCCCTCC------TCCTTTTCTGGCCAGCTGAGCAGTAGCTGCTTG-CA-GGCCGCCACCA-GGTCG----CTTCTTT--GAATTGCTACCAGGAGTGGCAG-CAAAGTGAGAAAGGGCCTGGAGA-AAGAGCTAGTTGAGAGGT-GGCACAGC-GGCTGCCGTGATCAAGGGTGG-----CAGGGCCTGCTTGCGGCCAGGACGAGCTGCAGGAAAGGTG--AAAGTCACAGAGGTAGCAGCCACCAGAAAGGGCTGGGGAAACATCCTGGTGTGGGGATGGGCAGTGGAAGAGGGGCTCCCTGGGAACTGGGAGAAGGGTAGAGTCATCGCACCCACCA-----------------GCCTCCGGAGCTGGACGCAA---------------------CC-GGGCAAAATGCCA{AG}AGCACAGCTCCCACCCTG-AGAAATTTCACTAACAAGCCTGGAGAAAGTAATAACACTACCTG--CTCCA{CT}CGGGTGATAACTGTCT-------GCAGCTCT-----GGGGG--AACCCGTTCC-TGTCCTTTCTGCCAGCAACACTT--G--------TCTGTCTGTCT-TCTGCCTG-TTCAG Tinamus_guttatus AGGGCGAGACGCCATCTACAAGGAGTTCCACTTCAAGGACTTCAATCGGGTACAAGCGGCATTG---CCGAG-TT---CAGTGGTGGCAGGCAGTGGGGAAAACATGGCATGAG----------GGGGT----TCCCTTTGCATGGCTCGGGCACAGAAA-CCCTGCTCTGCTTCTCTTGAAAGCAGATGACTGAGCAAGGTAACACCACCGGGACACC-AAAGGACTCAA-CCAG-CACA-TGGGTTGGTTTGAGTGGGGTTTCTTCTCTT--GGGGT-TTTCTT-------CTCAAAGAAAT---CCTCCAAAAACACAGCACAAACCA-AGCCTTGGAGCTGCTTCACTT-GCTAGCAATACAGGGAGGAAAATCATTGATAACGGGCCAC-----AAAGGGAAAAAAA------------TAATCCCAGGATAAGTTGTTCAAGACTAACTTTGCTTCTTAACACCCTGGACAGGCCTTCGGCTTCATGACCCGCGTGGCTCTGCAGGCAGAGAAGCTGGACCACCACCCCGAGTGGTTCAACGTGTACAATAAGGTAAGAAACATGGAT-GCAGGGATCACTGGGAGGGTTCTC-CCGTCGCAGCTC-----CCATTTAGCAGGAACAGAAGAGCC--TCAAGAGCAGCAGTAGC-------------------------TTTTCCTCCCATGGATACCCTT-CCATCTGCATATTACAGGTGGCTAGTGGCTATTGCACA-CAGGTCCTCTCCTCCCGTC--------------CTGGCCAGCT---------CAGCTGG-CAGGGCTGCCACCA-GGCCA----TTTTTCT--AAATCACTACCAGAC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGGCTGGGGAA--GCTCTGGTTTGGATA{CT}AGGGGGTGCAAGTGGGGCAGAGTG-AAAT------AACGGAAGAGTCATTACCCCCACCA-----------------GGCTCC------AGATGCCA---------------------CC-AGGC--ATTG---------CTCCC--ACCCCC-AGAGATGCCACCAACAAGCCTGCAGAAAGTGACAGGGCTACCTG--CTCCATGGTGTGACAACTGCCT-------GGGACACAGAGGTAGGGG---ACCCACTCT-CTCCCTTCCTGCCA---ACACTT-GG----------------TC--TCTGTCTGCTTTAG ; END; BEGIN SETS; CHARSET RHO (CHARACTERS = Paleognath_nuclear_genes_4) = 1361; CHARSET TGFB2 (CHARACTERS = Paleognath_nuclear_genes_4) = 1361; CHARSET PCBD1 (CHARACTERS = Paleognath_nuclear_genes_4) = 1-1361; CHARSET TPM1 (CHARACTERS = Paleognath_nuclear_genes_4) = 1361; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Paleognath_nuclear_genes_4) = N: 1-1361; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Paleognath_nuclear_genes_4) = N: 1-1361; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4452 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9224; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4452; TREE SI_Fig._4A = [&R] (((((Casuarius_casuarius,Dromaius_novaehollandiae),Apteryx_australis),((Rhea_americana,Pterocnemia_pennata),((Crypturellus_soui,Tinamus_guttatus),(Nothoprocta_perdicaria,Eudromia_elegans)))),Struthio_camelus),((Anas_platyrhynchos,Gallus_gallus),(Buteo_jamaicensis,Ciconia_ciconia))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5269] END;