#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 19:10 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hoot S., Zautke H., Harris D., Crane P., & Neves S. 2008. Phylogenetic Patterns in Menispermaceae Based on Multiple Chloroplast Sequence Data. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2142] [ The following blocks are input data for analysis step 4471 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4471; DIMENSIONS NTAX=78; TAXLABELS Abuta_grandifolia Albertisia_papuana Anamirta_cocculus Arcangelisia_flava Borismene_japurensis Burasaia_apetala Burasaia_madagascariensis Calycocarpum_lyonii Carronia_protensa Caulophyllum_thalictroides Chasmanthera_dependens Chasmanthera_welwitschii Chondodendron_tomentosum Circaeaster_agrestis Cissampelos_andromorpha Cissampelos_capensis Cissampelos_grandifolia Cissampelos_owariensis Cissampelos_pareira_1 Cissampelos_pareira_2 Cissampelos_tropaeolifolia Cocculus_balfourii Cocculus_orbiculatus Cocculus_pendulus Coptis_trifolia Coscinium_fenestratum Curarea_toxicofera Cyclea_burmanii Cyclea_hypoglauca Decaisnea_fargesii Dicentra_eximia Dioscoreophyllum_cumminsii Diploclisia_glaucescens Euptelea_polyandra Fibraurea_tinctoria Glaucidium_palmatum Haematocarpus_validus Hydrastis_canadense Hypecoum_imberbe Hyperbaena_illicifolia Hypserpa_decumbens Hypserpa_laurina Kingdonia_uniflora Legnephora_moorei Limacia_blumei Mahonia_bealei Menispermum_canadense Menispermum_dauricum Nandina_domestica Odontocarya_tripetala Orthomene_schomburgkii Pachygone_ovata Parabaena_sagittata Parapachygone_longifolila Penianthus_longifolius Penianthus_patulinervis Pericampylus_glaucus Pteridophyllum_racemosum Pycnarrhena_celebica_1 Pycnarrhena_celebica_2 Sarcopetalum_harveyanum Sargentodoxa_cuneata Sciadotenia_toxifera Sinofranchetia_chinensis Sinomenium_acutum Stephania_japonica Stephania_laetificata Stephania_rotunda Strychnopsis_thouarsii Syntriandrium_preussii Tiliacora_funifera Tinomiscium_petiolare Tinospora_caffra Tinospora_esiangkara_1 Tinospora_esiangkara_2 Tinospora_smilacina Triclisia_dictyophylla Triclisia_sp. ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3805] TITLE cpDNA_atpB_rbcL; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4471; DIMENSIONS NCHAR=2870; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Anamirta_cocculus 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Borismene_japurensis 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Burasaia_apetala 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Burasaia_madagascariensis 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Calycocarpum_lyonii 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Carronia_protensa 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Caulophyllum_thalictroides 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Chasmanthera_dependens 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Chasmanthera_welwitschii 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Chondodendron_tomentosum 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Circaeaster_agrestis 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Cissampelos_andromorpha 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Cissampelos_capensis 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Dioscoreophyllum_cumminsii 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Diploclisia_glaucescens 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Euptelea_polyandra 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Fibraurea_tinctoria 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Glaucidium_palmatum 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Haematocarpus_validus 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Hydrastis_canadense 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Hypecoum_imberbe 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Hyperbaena_illicifolia 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Mahonia_bealei 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Menispermum_dauricum 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Pachygone_ovata 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Parapachygone_longifolila 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Stephania_japonica 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Tiliacora_funifera 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Tinomiscium_petiolare 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Triclisia_dictyophylla ?????????????????TTCCGCACTTGAAGAAAAAACCCTGGGGCGTATTGCGCAAATCATTGGTCCGGTACTGGATGTAGTCTTTCCACCAGGCAAGATGCCTAATATTTACAACGCTTTGGTAGTGAAAGGTCAAGATACTGTCGGCCAGCAAATTAATGTAACTTGTGAAGTACAGCAATTATTAGGAAATAATCGAGTTAGAGCTGTAGCTATGAGTGCGACGGATGGTCTGACGAGAGGAATGGAAGTGATTGACACAGGAGCTCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGTGGAGCAACTCTCGGACGCATTTTCAACGTTCTTGGAGAACCTGTTGATAATTTAGGTCCTGTAGATAGTCGCACAACATCTCCTATTCATAGGTCTGCGCCTGCCTTTATACAGTTAGATACAAAATTATCTATTTTTGAAACAGGAATTAAAGTAGTGGATCTTTTAGCTCCTTATCGCCGTGGAGGAAAAATCGGACTATTCGGGGGAGCTGGAGTGGGTAAAACAGTGCTCATCATGGAATTGATCAACAACATTGCCAAAGCTCATGGCGGCGTATCCGTATTTGGCGGAGTTGGCGAACGTACTCGTGAAGGAAATGATCTTTACATGGAAATGAAAGAATCTGGAGTGATTAATGAACAAAATATTGTAGAATCAAAAGTAGCACTAGTCTATGGTCAGATGAATGAACCGCCGGGAG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAAATTGAATTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAAGATACTGATACGCTAGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCGCCTGAAGAAGCGGGGGCTGCGGTAGCTGCCGAATCTTCTACAGGTACATGGACAGCTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACGACATTGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAATCAATATATTTGTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAATATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTTTTTGGGTTCAAAGCGCTACGCGCTCTACGTCTGGAGGATCTGCGAGTTCCTACTGCTTATATTAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCACGGCATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCCGCTAAGAACTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCCTATTTTGTGCCGAGGCACTTTATAAAGCACAGTCCGAAACGGGTGAAATCAAAGGGCATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAGTTGGGAGTCCCTATTGTAATGCATGACTACTTAACGGGAGGATTCACTGCGAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCATTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCCGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAAAGAGAAATCACCTTGGGCTTTGTTGATTTATTACGCGATGATTTTATTGAAAAAGACCGCAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCAGGTGTTCTGCCTGTAGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTACTACAGTTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCTGTAGCTAATCGAGTAGCTCTAGAAGCGTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAATTATCCGTGAGGCTAGCAAATGGAGCCCTGAACTGGCTGCTGCTTGTGAGGTATGGAAGGAGATCAAATTCGAATTTGAAGCAATGGAT?? Triclisia_sp. ???????GTCCTGGGGTTTCCGCACTTGAAGAAAAAACCCTGGGGCGTATTGCGCAAATCATTGGTCCGGTACTGGATGTAGTCTTTCCACCAGGCAAGATGCCTAATATTTACAACGCTTTGGTAGTGAAAGGTCAAGATACTGTCGGCCAGCAAATTAATGTAACTTGTGAAGTACAGCAATTATTAGGAAATAATCGAGTTAGAGCTGTAGCTATGAGTGCGACGGATGGTCTGACGAGAGGAATGGAAGTGATTGACACAGGAGCTCCTCTAAGTGTTCCAGTCGGTGGAGCAACTCTCGGACGCATTTTCAACGTTCTTGGAGAACCTGTTGATAATTTAGGTCCTGTAGATAGTCGCACAACATCTCCTATTCATAGGTCTGCGCCTGCCTTTATACAGTTAGATACAAAATTATCTATTTTTGAAACAGGAATTAAAGTAGTGGATCTTTTAGCTCCTTATCGCCGTGGAGGAAAAATCGGACTATTCGGGGGAGCTGGAGTGGGTAAAACAGTGCTCATCATGGAATTGATCAACAACATTGCCAAAGCTCATGGCGGCGTATCCGTATTTGGCGGAGTTGGCGAACGTACTCGTGAAGGAAATGATCTTTACATGGAAATGAAAGAATCTGGAGTGATTAATGAACAAAATATTGTAGAATCAAAAGTAGCACTAGTCTATGGTCAGATGAATGAACCGCCGGGAGCTCGGATGAGAGTTGGTTTGACTGCCCTAACCATGGCGGAATATTTCCGGGATGTTAATGAACAAGACGTACTTCTATTTATCGACAATATTTTTCGTTTCGTCCAAGCCGGATCCGAAGTCTCCGCTTTATTAGGCAGAATGCCTTCTGCTGTAGGTTATCAACCTACTCTTAGTACAGAAATGGGTTCTTTGCAAGAAAGAATTACTTCTACCAAAGAGGGATCCATAACTTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCTGCGGACGATTTGACCGACCCCGCCCCTGCCACGACATTTGCACATTTAGATGCTACTACCGTACTATCAAGAGGACTAGCTGCCAAAGGTATCTATCCAGCAGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTCCAACCTCGGATTGTTGGC-AGGAACATTATGAAACTGCGCAAAGAGTTAAGCAAACTTTACAACGTTACAAAGAACTTCAAGACATTATAGCTATCCTTGGGTTGGACGAATTGTCCGAAGAGGATCGTTTAACCGTAGCAAGAGCACGCAAAATTGAGCGTTTCTTATCACAACCCTTCTTCGTAGCAGAAGTATTTACCGGTTCTCCAGGAAAATATGTTGGTCTAACAGAAACAATAAGGGGGTTTCAACTGATCCTTTCCGGAGAAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAGGATACTGATACGCTAGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCGCCTGAAGAAGCGGGGGCTGCGGTAGCTGCCGAATCTTCTACAGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACGACATTGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAATCAATATATTTGTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAATATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTTTTTGGGTTCAAAGCGCTACGCGCTCTACGTCTGGAGGATCTGCGAGTTCCTACTGCTTATATTAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCACGGCATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCCGCTAAGAACTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCCTATTTTGTGCCGAGGCACTTTATAAAGCACAGTCCGAAACGGGTGAAATCAAAGGGCATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAGTTGGGAGTCCCTATTGTAATGCATGACTACTTAACGGGAGGATTCACTGCGAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCATTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCCGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAAAGAGAAATCACCTTGGGCTTTGTTGATTTATTACGCGATGATTTTATTGAAAAAGACCGCAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCGGGTGTTCTGCCTGTAGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTACTACAGTTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCTGTAGCTAATCGAGTAGCTCTAGAAGCGTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAATTATCCGTGAGGCTAGCAAATGGAGCCCTGAACTGGCTGCTGCTTGTGAGGTATGGAAAGAGATCAAATTCGAATTTGAAGCAATGGATAC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = cpDNA_atpB_rbcL) = N: 1-2870; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = cpDNA_atpB_rbcL) = N: 1-2870; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4471 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9243; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4471; TREE Fig._1 = [&R] (Euptelea_polyandra,((Pteridophyllum_racemosum,(Dicentra_eximia,Hypecoum_imberbe)),(((Circaeaster_agrestis,Kingdonia_uniflora),(Sargentodoxa_cuneata,(Decaisnea_fargesii,Sinofranchetia_chinensis))),(((Mahonia_bealei,(Nandina_domestica,Caulophyllum_thalictroides)),(Coptis_trifolia,(Hydrastis_canadense,Glaucidium_palmatum))),((Sinomenium_acutum,(Menispermum_canadense,Menispermum_dauricum)),(((Calycocarpum_lyonii,(Coscinium_fenestratum,Anamirta_cocculus,Arcangelisia_flava)),(Parabaena_sagittata,Tinomiscium_petiolare,((Borismene_japurensis,(Fibraurea_tinctoria,(Penianthus_longifolius,Penianthus_patulinervis))),(Burasaia_madagascariensis,Burasaia_apetala),(Dioscoreophyllum_cumminsii,((Tinospora_esiangkara_2,(Tinospora_esiangkara_1,Tinospora_smilacina)),((Chasmanthera_dependens,Chasmanthera_welwitschii),(Tinospora_caffra,(Odontocarya_tripetala,Syntriandrium_preussii)))))))),(Diploclisia_glaucescens,((Pericampylus_glaucus,((Sarcopetalum_harveyanum,(Abuta_grandifolia,Orthomene_schomburgkii)),(Legnephora_moorei,(Parapachygone_longifolila,(Hypserpa_decumbens,Hypserpa_laurina))))),(Limacia_blumei,(Strychnopsis_thouarsii,(Cocculus_balfourii,Cocculus_pendulus),(Haematocarpus_validus,(Cocculus_orbiculatus,Hyperbaena_illicifolia)),((Pycnarrhena_celebica_1,Pycnarrhena_celebica_2),(Tiliacora_funifera,(Albertisia_papuana,(Triclisia_dictyophylla,Triclisia_sp.))),((Carronia_protensa,Chondodendron_tomentosum),(Curarea_toxicofera,Sciadotenia_toxifera))),(Pachygone_ovata,((Stephania_japonica,Stephania_rotunda),(Stephania_laetificata,(Cissampelos_capensis,((Cyclea_burmanii,Cyclea_hypoglauca),(Cissampelos_owariensis,(Cissampelos_andromorpha,Cissampelos_pareira_2,(Cissampelos_pareira_1,Cissampelos_grandifolia,Cissampelos_tropaeolifolia)))))))))))))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5288] END;