#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 22:57 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Brown G., Murphy D., Miller J., & Ladiges P. 2008. Acacia s.s. and its relationship among tropical legumes, tribe Ingeae (Leguminosae: Mimosoideae). Systematic Botany, 33(4). TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2147] [ The following blocks are input data for analysis step 4481 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4481; DIMENSIONS NTAX=85; TAXLABELS Abarema_jupunba_CANB512615 Abarema_jupunba_MEL2065121 Acacia_Senegalia_schweinfurthii Acacia_Senegalia_senegal Acacia_acradenia Acacia_adoxa Acacia_alata Acacia_ampliceps Acacia_colei Acacia_confusa Acacia_drummondii Acacia_elata Acacia_euthycarpa Acacia_koa Acacia_longifolia Acacia_lycopodiifolia Acacia_melanoxylon Acacia_penninervis Acacia_platycarpa Acacia_pulchella Acacia_spinescens Acacia_translucens Acacia_tumida Acacia_visco Acaciella_angustissima Albizia_adinocephala Albizia_canescens Albizia_kalkora Albizia_lebbeck_ILL_DS16048 Albizia_lebbeck_MEL287648 Albizia_saponaria Archidendron_ellipticum Archidendron_kanisii Archidendron_whitei Archidendropsis_basaltica Archidendropsis_thozetiana Calliandra_dysantha Calliandra_foliolosa Cathormion_umbellatum Chloroleucon_mangense Chloroleucon_tenuiflorum Cojoba_arborea_ILL_DS16015 Cojoba_arborea_MEL2065178 Cojoba_undulomarginata Ebenopsis_confinis Ebenopsis_ebano_ILL_DS15957 Ebenopsis_ebano_MEL2062228 Enterolobium_contortisiliquum Enterolobium_cyclocarpum_ILL_DS16008 Enterolobium_cyclocarpum_MEL2066679 Faidherbia_albida Falcataria_moluccana Havardia_pallens_CANB615547 Havardia_pallens_ILL_DS15945 Havardia_pallens_ILL_DS15946 Hesperalbizia_occidentalis Hydrochorea_corymbosa Lysiloma_acapulcensis Lysiloma_divaricatum_CANB615742 Lysiloma_divaricatum_ILL_DS15994 Mariosousa_acatalensis Mariosousa_coulteri_ILL_DS15948 Mariosousa_coulteri_ILL_DS15953 Mariosousa_dolichiostachya Mariosousa_salazarii_ILL_DS15978 Pararchidendron_pruinosum Paraserianthes_lophantha_CBG068732 Paraserianthes_lophantha_MEL2057862 Paraserianthes_lophantha_MEL2183015 Paraserianthes_toona_CANB255300 Paraserianthes_toona_CANB367091 Pithecellobium_dulce_ILL_DS15963 Pithecellobium_dulce_MELU_SRA049 Pseudosamanea_guachapele Samanea_saman_ILL_DS16046 Samanea_saman_MELU_SRA050 Samanea_tubulosa Senegalia_berlandieri SphInga_acatalensis Vachellia_campechiana Vachellia_farnesiana Wallaceodendron_celebicum Zapoteca_foliolosa Zapoteca_tetragona Zygia_inaequalis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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GTGGTGTTTGGATTGTCTCTGCCGGCTGGCTCCGTGCTCGTCCACCGAACGGTCGGCAGGCAATCCGCGTCGG--TTGCT-GTGGGA---TGA---------GATGG--------TGCCTC--AGA-GGCTGGTTCTTGTGCTGCCTATCCT-TTCAGGGGAA-GCA--GGCCA--CTT---G--CATTCA---GCCTCCATCCGGCGCCTTGT--GACGGG-CGCGGGAGGAC-AGCGAAGCACCCCCCGTGTTCCACC--GAGCCTTC-ATCGGTCGC-GTGGCCCACGGGG-AAGT-GCAATGCTCTTGGACCCAGCGCACGCCGC------GGACGGGG--------ACT----CGTGCCCC----AGTCCC---AAGAGGA-GCTT-CGATATAA--------CGTGTGACGGCCG--CTCTCGCCCCTT---GG-CCGCCCC-GGC-GGTGCAAGGG---CGA-CGCGCGACGTCGT-GGAGGATTGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC0300200402024000N00010000021000000000000000 Senegalia_berlandieri -TGGTGTTTGGGTTGTCGCTGCCGGCTGGCTCTGTGCCCGCCCACCGAACTGTCGGCGCGCGATCCTCCCCTG--TTGCT-TTGAGG---TGG---------GATGG--------TTACTC--GGA-GGCCGGTTCTTGTGCTGCCTACCCG-CTCGGGGGAA-GCA--TGCCG--CAC---G-ACGGTCA---GCCTCCATCCGGCGCCCCCG--AAAGGG-CGCCGGAGGAC-AACGATGCGCCCCCCGTGTTCCAAC--GAGCCTTC-GCCGGCCGC-GTGGCCCTCGGGG-ACGC-GCAGCGCTCTCGGACCCAGCGCACGCCGC------GGACGAGG--------ACT----CACGTCCA----AGTCCC---AAGAGAA-GCCC-CGATCTCA--------CGAGTGACGGCCG--CGCCCGCCCCTC---GG-CCGCCCC-GGC-GGTGCGGGGG-------CGCGCGGCGTCCC-TAAGGAATGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC0000200400021000N0001000001100000100000N1N0 SphInga_acatalensis GTGGTGTTTGGATTGTCTCTGCCGGCTGGCTCCGTGCTCGCCCACCGAACGGTCGGCAGGCAATCCGCGTCGG--TTGCT-ACAAGG---TGG---------GATGG--------TGCCTC--AGA-GGCTGGTTCTTGTGTCGCCTACCCC-TTGAAGGGAA-GCA--GGCCA--CTT---G-ACGGTTA---GCCTCCATCCGGCGCCTTCC--AATGGG-CGCAGGAGGAC-AACGGGGCGCCCCCTGTGTTCCACC--GAGCCCTG-AACGGTCGA-GTGGCCCACGGGG-GCGC-GCAACGCTCTCGGACCCAGCGCACTCCGT------GGACGAGG--------ACT----CACGTCCC----GGCCCT---AAGAGAA----------GTAA--------CGTATGACGGCCGCTCCCTCGCCCCTT---CA-CCGCGTC-GGC-GGCGCAAGGG-CGGGA-GGCGCGGCGTCGT-TGAGGATTGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC0300200404024000500011100012N1N020000004000 Vachellia_campechiana GTGGTGCCCGGATTGTGCCCGTCGGCTGGCTCCGTGCTGGTCCATCGAACTGTCGACGGCCAATCC-CC{CT}CGG--TAGCC-GTGTTCCC-TAG-CGTTGCC-TTTGACG------TGCCCC--TCC-GCGGCGCGCTTGTGTTGCCTACCCG-TTCGGCGGGA-GCG--ATCCG--CAT---G-AAGAACGGG-CTCTCCATCCGGCCCCCTCT--CGGGGGGCGCCGGAGGAC-ACCGAAGCGCCCCGCGTGCCCCATC--GAGCCTTC-ACCGGTCCC-TTGGTCCACGCGG-ATGC-GCTATGCTCTCGGACCCAGTGCATGCCGT------GGAGGAGGGGTG----ATG----CCCCTCCC----TGTCCCT--CCGCTCA-GAAA-CGATCTCC--------CGCACGACGGCCG--TGCCCCCGCCCC---GT-CGGCGCCTCGGCGTGCCGCGGG---CGG-TGCTCGACGTCCC-GGAGGATTGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC010005AN03012000N60110000004000001003000000 Vachellia_farnesiana ---------------------------------------GTC-ATCG-ACTGTCGACGGCCAATCC-CCTCAC--TAGCC-GTGTTCCC-TAG-CGTTGCC-TTTGCCG------TGCCCC--TCC-GTGGTGCGCTTGTGCTGCCTACCCG-TTCAGTGGGA-GCG--ATCCG--CAT---G-AAGAACGGGGCTCTCCATCCGGCGCCTTCT--CGGGGG-CGCCGGAGGAC-ATCGAAGCGCCCCGCGTGTTCCATC--GGGCCGTC-ATCGGTCCCCTTGGTCCACGCGG-GCGC-GCTACGCTCTCGGACCCAGTGCATGCCGT------GGAGGAGGGGCG----ATG----CCCCTCCC----GGTCCC---TTGATTA-GAAA-CGATCTCC--------CGCACGACGGTCG--CGCTC-------------CCGCCCC-GCC-GGTAAACGGCGGGCGG-CGCTCGACGTCCA-GGAGGAT-GCTACC-TGGT-GATCCTGCCAGTAGTC-------------010003AN00012000N60010000002000000NN0NN3001 Wallaceodendron_celebicum GTGGTGTTTGGATTGTCTCTGCCGGCTGGCTCCGTGCTCGCCCACCGAACGGTCGGCAGGCAATCCGCGTCGG--ATGT--GCGAGG---TGG---------GATGG--------TGCCCC--AGA-GGCTGGTTCTTGTGTTGCCTACCCC-TCCAAGGGAA-GCA--GGCCA--CTT---G-ACTGTTAA--GCCTCCGTCCTGCGCCTTCC--AATGGG-CGTAGGAGGAC-AACGAAGCACCCCCCGTGTTCCACC--TAGCCTCC-GTCGGTCGC-GTGGCCCACGGGG-ACGT-GCAATGCTCTTGGACCCAGCACACGCCGC------GGACGAGG--------ACT----CAAGTCCC----GGTCCTT--AAGTGAA-GCTT-CGATATAA--------TGTATGACGGCCG--CTCTCGCCCCTC---GA-TCGCCCC-GGC-GGTGCGAGGG---CGA-CGCGCGACGTCAC-GGAGGATTGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC0300100404024000N00010000062000000040000000 Zapoteca_foliolosa ---GTGTTTGGATTGCCTCCTCCGTCTGGCTCCGTGCTCTTGCACCGAACGGTCGGCATGCGATCATTGTCCC--TTGCT-TTGAGG---TGTG--------TTTGA--------TGCCTC--ACA-GGTTGGTTCTTGTGCAGCCTACCA--TTCTGGGTAAAGGA--GGACA--CTTT--G-ATGGTTT---GCCTCCATCCTGCGCCTGGC--AATGGG-TGCAGG-GGAG-GATGAAGCACCCCCCGTGTTCCACT--GAGCCTTG-ATCGGTCAC-GTGGCCCTCGGGG-TCGT-GCAATGCCCTTGGATGCAGTGCATGCGGC------GGGCGAGG--------ACT------CGTCCT----CGTCCT---TAGAGTA-TCTT-CAATGTAA--------TGCAAGACGGTCA--CACTCGTTCGCA---GT-TCGCTTA-GGC-GGCGCTGCGG---CGG-GGGTTGACGTCAT-TGAGGATTGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC000020C405124001A000301000B0000000040000000 Zapoteca_tetragona GTGGTGTTTGGATTGCCTTTTCCGT{CT}TGGCTCCGTGCTCGTGCACCGAACGGTCGGCATGCGATCCTTGTCCC--TTGCT-GTGAGG---TGTG--------TTTGA--------TGCCTC--GCA-GGTTGGTTCTTGTGCAGCCTACCA--TTCTGGGTAAAGGA--GGACA--CTTT--G-ATGGTTT---GCCTCCATCCTGCGCCTGGC--AATGGG-TGCAGG-GGAG-GATGAAGCACCCCCCGTGTTCCACT--GAGCCTTG-ATCGGTCAC-GTGGCCCTCGGGG-TCGT-GCAATGCCCTTGGATGCAGCGCATGCGGT------GGGCGAGG--------ACT------CGTCCT----CGTCCT---TAGAGTA-GCTT-CAATGTAA--------TGCAAGACGGTCA--CACTCGTTCGCA---GT-CCGCTTA-GGC-GGCGCTGCGG---CGG-GGGGCGACGTCAT-TGAGGATTGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTA{GT}TCATATGCTTGTCT-000020C405124001A000301000B0000000000000000 Zygia_inaequalis --------------------------------GATGCTCGTC-ATCGA-CGGTCGGCAGGCAATCCGCGTCGG--TTGCT-GTGAGG---TGG---------GATGG--------TGCCTT--TGA-GGCTGGTTCTTGTGTTGCCTACCCCTTTCTAAGGGAAGAA--GGCCA--CTT---G--CAGTTA---GCCTCCATCCGGCGCCTTCC--AATGGG-CGCGGGAGGAC-AAAGAAGCACCCCCCGTGTTCCACC--GAGCCTTTCATCGGACGC-GTGGCCCACGGGG-GAGT-GCAAAGCTCTTGGACCCAGCGTATGCCGT------GGACGGGG--------ACT----CATGTCCC----AGTCCC---GAGAGGA-GCTTAAGATATAA--------CGGGTGACGGCCG--CTCACGCCCCAG---GA-CCGCATC-GGC-GGCG-GGGGT---CGG-GGCGCGGCGTCGT-GGAGGAATGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC0300200404124000E00010400041002004000000000 ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4481 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9253; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4481; TREE Fig._3 = [&R] (Vachellia_farnesiana,(Acaciella_angustissima,(((((Mariosousa_salazarii_ILL_DS15978,(Mariosousa_dolichiostachya,((Mariosousa_coulteri_ILL_DS15953,Mariosousa_coulteri_ILL_DS15948),Mariosousa_acatalensis))),Acacia_visco),(Acacia_Senegalia_schweinfurthii,Senegalia_berlandieri)),(((((((((((((Albizia_saponaria,Falcataria_moluccana),(((Chloroleucon_mangense,Chloroleucon_tenuiflorum),Albizia_canescens),(Albizia_lebbeck_MEL287648,Albizia_lebbeck_ILL_DS16048))),Cathormion_umbellatum,Albizia_kalkora),((Enterolobium_cyclocarpum_ILL_DS16008,Enterolobium_cyclocarpum_MEL2066679),Enterolobium_contortisiliquum)),(Samanea_tubulosa,(Samanea_saman_MELU_SRA050,Samanea_saman_ILL_DS16046))),(Albizia_adinocephala,Pseudosamanea_guachapele)),((Abarema_jupunba_MEL2065121,Abarema_jupunba_CANB512615),Hydrochorea_corymbosa),Zygia_inaequalis),(((Cojoba_arborea_MEL2065178,Cojoba_undulomarginata),Cojoba_arborea_ILL_DS16015),(((Calliandra_dysantha,Calliandra_foliolosa),(Zapoteca_tetragona,Zapoteca_foliolosa)),Faidherbia_albida))),((Ebenopsis_confinis,(Ebenopsis_ebano_MEL2062228,Ebenopsis_ebano_ILL_DS15957)),(((Pithecellobium_dulce_ILL_DS15963,Pithecellobium_dulce_MELU_SRA049),(Havardia_pallens_ILL_DS15946,Havardia_pallens_ILL_DS15945,Havardia_pallens_CANB615547)),SphInga_acatalensis))),Archidendron_ellipticum),((((((Acacia_pulchella,(Acacia_adoxa,Acacia_lycopodiifolia),Acacia_drummondii,Acacia_alata,Acacia_spinescens,Acacia_ampliceps,Acacia_confusa),(((Acacia_penninervis,Acacia_elata,Acacia_euthycarpa),((Acacia_tumida,Acacia_acradenia),((Acacia_melanoxylon,Acacia_koa),Acacia_colei))),Acacia_longifolia)),Acacia_translucens),Acacia_platycarpa),(Paraserianthes_lophantha_MEL2183015,(Paraserianthes_lophantha_CBG068732,Paraserianthes_lophantha_MEL2057862))),(Paraserianthes_toona_CANB255300,Paraserianthes_toona_CANB367091)),Wallaceodendron_celebicum,(Archidendron_kanisii,Archidendron_whitei),Pararchidendron_pruinosum),(Archidendropsis_thozetiana,Archidendropsis_basaltica)),((Lysiloma_acapulcensis,(Lysiloma_divaricatum_CANB615742,Lysiloma_divaricatum_ILL_DS15994)),Hesperalbizia_occidentalis))),Acacia_Senegalia_senegal)),Vachellia_campechiana); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr374] END;