#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 14:07 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Brown G., Murphy D., Miller J., & Ladiges P. 2008. Acacia s.s. and its relationship among tropical legumes, tribe Ingeae (Leguminosae: Mimosoideae). Systematic Botany, 33(4). TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2147] [ The following blocks are input data for analysis step 4482 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4482; DIMENSIONS NTAX=64; TAXLABELS Abarema_jupunba_CANB512615 Abarema_jupunba_MEL2065121 Acacia_Senegalia_senegal Acacia_acradenia Acacia_adoxa Acacia_alata Acacia_ampliceps Acacia_colei Acacia_drummondii Acacia_elata Acacia_euthycarpa Acacia_koa Acacia_longifolia Acacia_lycopodiifolia Acacia_melanoxylon Acacia_penninervis Acacia_platycarpa Acacia_pulchella Acacia_spinescens Acacia_translucens Acacia_tumida Acaciella_angustissima Albizia_adinocephala Albizia_saponaria Archidendron_ellipticum Archidendron_kanisii Archidendron_whitei Archidendropsis_basaltica Archidendropsis_thozetiana Calliandra_dysantha Calliandra_foliolosa Cathormion_umbellatum Chloroleucon_mangense Chloroleucon_tenuiflorum Cojoba_arborea_ILL_DS16015 Cojoba_arborea_MEL2065178 Cojoba_undulomarginata Ebenopsis_ebano_ILL_DS15957 Ebenopsis_ebano_MEL2062228 Enterolobium_contortisiliquum Enterolobium_cyclocarpum Havardia_pallens_CANB615547 Havardia_pallens_ILL_DS15945 Havardia_pallens_ILL_DS15946 Hesperalbizia_occidentalis Hydrochorea_corymbosa Mariosousa_coulteri_ILL_DS15948 Mariosousa_dolichiostachya Mariosousa_salazarii Pararchidendron_pruinosum Paraserianthes_lophantha_MEL20578621 Paraserianthes_lophantha_MEL2183015 Paraserianthes_toona_CANB367091 Piithecellobium_dulce_MELU_SRA049 Pithecellobium_dulce_ILL_DS15963 Pseudosamanea_guachapele Samanea_saman_ILL_DS160416 Samanea_saman_MELU_SRA050 Samanea_tubulosa SphInga_acatalensis Vachellia_campechiana Vachellia_farnesiana Wallaceodendron_celebicum Zygia_inaequalis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Acacia_acradenia 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Acacia_alata 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Acacia_elata 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Acacia_euthycarpa 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Acacia_koa 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Acacia_longifolia ----GACCCGCGAACC--GGTTGGAACGAA----CCTCTTCAT--AGCAGGGGGAGGGCGA----------------------------GGGC--GC--GCCCGAG----TCC-TCCCCC----GGC--------AACC--AAA-CCCCGGCGCCCC-AGGCGCCAAGGAACAGAAAATGAAA--GCG---AGGC-GCGCTCGCT------GGCGGCCC-GGGAACGGAGCCGATC--GCCCAGCGT--CGCGCCTCTTG--CCA-TTT------GTGC---ATCCGAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCAGCGTCGCCAA-CGCCCA--ATCCC----ATGG-GCGC---GGCGGATGATGGCCTCCCGGGAGCC-TCGCCTCCCGGCTGGCCGAAAAG-GGGGCCC-AACGTGGCGACC--GCCACGATCCACGGTGGTT-GAGTGAA---CACTC-----GCGTGA-GGCC-GAGACGTGCGCGCGTCGTCCCAC--CGGTCTTGGGCCCGTCGGCA--------AAGC--------GTT-------ACCACT----GTTGCCCG---CTC----GTA----CGCGACCCCGTGGTGTTTGGATCGTCCCTGCCGGCTGGCTCCGTGCCCGTCCACCGAACGGTCGGCAGGCGATCCGCGTCGG--TCGC--GCGAGG---TGG---------TATGG--------TTCCCC--AGA-GGCCGGTTCTTGTGCTGCCTACCCC-TTCAGGGGAA-GCG--GGCCA--CTT---G-ATG--TAA--GCCTCCATCCGGCGCCCTCC--AACGGG-CGCAGGAGGAC-AACAGAGCACACCCCGCGTACCACC--GAGCCTTC-GTCGGTCGC-GTGGCGCGCGGGG-ACGT-GCGATGCTCTCGGACCCAGCGGACGCCGT------GGGCGAGG--------ACT----CACGTCCC----AGTCCC---GATAGAA-GCTT-CGGTATAA--------TGCATGACGGCCG--CTCCCGCCCCCC---GA-CCGCCCC-GGC-GGCGCGTGGG---CGA-GGCGCGGCGTCGC-GGAGGAATGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTG----030003100000000000001000040003000000120120200120000440000000300100404014000800010000011000001000000000 Acacia_lycopodiifolia 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Acacia_melanoxylon 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Acacia_penninervis 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Acacia_platycarpa 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Acacia_pulchella 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Acacia_translucens 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Acacia_tumida 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Acaciella_angustissima 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Albizia_adinocephala 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Albizia_saponaria 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Archidendron_ellipticum 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Archidendron_kanisii 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Archidendron_whitei 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Archidendropsis_basaltica 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Archidendropsis_thozetiana 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Calliandra_dysantha 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Calliandra_foliolosa 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Cathormion_umbellatum 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Chloroleucon_tenuiflorum 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Mariosousa_coulteri_ILL_DS15948 GAGCGACCCGCGGACC--GGTTGGAACGAA----CACGC------GGCCGGGG---GGCGA----------------------------CGGC--GC--GCCCGGA----CCC-TCCCCC----GGC--------AACC--AAA-CCCCGGCGCCTCCAGGCGCCAAGGAAAAGAAACATA----GCA---GGGC-GGGCCCGCT------GGGGGCAA-------------------GACCAGCGCGGCCCGCCGCGTG--CGA-----------------ATCCGAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGTCGCCGC-CGCCC---GCCCC------GG-GCGC---GGCGGATGATGGCCTCCCGAGAGCC-CCGCCTCCCGGCCGGCCGAAAAT-CGGGCCC-GACGCGACGACC--GCCACGATCCACGGTGGCT-GAGCGGA---CAAGC-----GCTCGA-GACC--GCACGTGCGCGGGCCGTCCGTA---GACGA----------------------GGGC------------------CACACAGC-------------CTCCC--GTA----CGCGA----GTGGTGTTTGGATTGTCGCTGCCGGCTGGCTCTGTGCTCTCGCGCCGAACTGTCTGCACGCAAT-CGTCCTGG--CTGCC-GTGAGG---CGG---------GATGG--------CGCCTC--AGA-GGCCGGTTCTTGTGCTTCCTACCCG-TCGGGAGGAA-GCA--GACCCG-CTC---G-AAAGCCA---GCCTCCGTCCGGCGCCCCCG--AAAGGG-CGCAGGAGGAC-AGCGTAGCGCCCCCCGTGTTCCACC--GAGCCCCG-AGCGGTCGG-TTGGCCCGCGGGG-ACGC-GCGATGCTCTCGGACCCAGCGCACGCCGC------GGACGGGG--------ACT----CGCGTCCC----GGTCCT---AAGAGAA-GCCC-CGACCTCC--------TGCACGACGGCCG--CGCCCGCCCCGT---GA-CCGCCCC-GGC-GGCGCGGGGG---GGA-GGCGCGGCGTCCT-TGAGGATTGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC04002300011NNNN1NNN0NNN001000100000003200NNNNNNNNN001N201NN1310000400020040500010100032000001000000000 Mariosousa_dolichiostachya 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Mariosousa_salazarii 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Pararchidendron_pruinosum ---------------------------------------------AGCGGGGG-AGGGCGA----------------------------CGGC--GC--GCCCGAG----GCC-TCCCCC----GAC--------AACC--AAA-CCCCGGCGCCTC-AGGCGCCAAGGAACCGAAACAGA----GCG---GGGC-GCGCTCGCT------GGCGGGCC-GGGAACGGCGCCGATC--ACCCAGCGC--CGCGCGCCATG--CCA-TTT--------GC---ATCCGGAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCAGCGTCGCCAG-CGCACG--ATCCT----ACGG-GCGT---GGCGGATGATGGCCTCCCGGGAGCC-TCGCCTCCCGGCCGGCCGAAAAA-GGGGCCC-AACGTGACGACC--GCCACGATCCACGGTGGTT-GAGCGGA---CACTC-----GCTCGA-GGCC-AAGACGTGCGCGTGCCGTCCCGC---GG-GG-GGGCCCGTCGGCTG-------CGGC------------------ACCACGCGCAGCCCCACG---CTC----GTA----CGCGACCCCGTGGTGTTTGGATTGTCTCTGCCGGCTGGCTCCGTGCCCGTCCACCGAACGGTCGGCAGGCAATCCGCGTCGG--TTGC--GCGAGG---TGG---------GATGG--------TGCCC---AGA-GGCTGGTTCTTGTGTTGCCTACCCC-TTCGAGGGAA-GCA--GGCCA--CTT---G-ACGGTTAA--GCCTCCATCCGGCGCCTCCC--AACGGGGCGCAGGAGGAC-AACGAAGCACCCCCCGTGTTCCACC--GAGCCTTC-TACGGACGC-GTGGCCCACGGGG-ACGT-GCGGTGCTCTCGGACCCAGCGCACGCCGT------GGACGAGG--------ACT----CACGTCCC----AGTCCC---AAGAGAA-GCTT-CGAAAGAA--------CGTATGACGGCCG--CTCTCGCCCCTC---GA-CCGCCCC-GGC-GGTGCGGGGG---CGA-CGCGCGGCGTCGT-GGAGGACTGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC04000300020000000000000003000000000011000010NNNNNN0123000NN03001004N4024000N00110000021000000000000000 Paraserianthes_lophantha_MEL20578621 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Paraserianthes_lophantha_MEL2183015 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Paraserianthes_toona_CANB367091 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Piithecellobium_dulce_MELU_SRA049 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Pseudosamanea_guachapele 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Samanea_saman_ILL_DS160416 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Samanea_saman_MELU_SRA050 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Samanea_tubulosa ---------------------------------------------TGCGGGGG-AGGGCCG----------------------------CGGC--CC-------------GCC-CCC-------GAC--------AACC--AAA-CCCCGGCGCCCC-AGGCGCCAAGGAAACCAAACGAA----GCA---AGGC-ACGCCCGCC----------------------------------------------------GTG--CCA-CTT--------GC---ATCCGAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCACTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCAGCGTCGCCAG-CGCCCG--GTCCT----CTGG-GCGC---GGCGGATGATGGCCCCCCGGGAGCC-TCGCCTCCCGGCCGGCCGAAATA-GGGGCCC-GACGTGACGGCT--GCCACGATCCACGGTGGTT-GGGCGAA---CACTC-----GCTCGA-GGCC-AAGACGTGCGCGTGTCGTCCCGC---GGCGA-GGGCCCGCAGGCGT-------GGGC------ATGCG-------AAGGCAGA--GCCCCCCA---CTC----GTA----CGCGACCCCGTGGTGTTTGGATTGTCTCTGCCGGCTGGCTCCGTGCTCGTCCACCGAACGGTCGGCAGGCAATCCGCGTCGG--TTGCT-GTGGGA---TGA---------GATGG--------TGCCTC--AGA-GGCTGGTTCTTGTGCTGCCTATCCT-TTCAGGGGAA-GCA--GGCCA--CTT---G--CATTCA---GCCTCCATCCGGCGCCTTGT--GACGGG-CGCGGGAGGAC-AGCGAAGCACCCCCCGTGTTCCACC--GAGCCTTC-ATCGGTCGC-GTGGCCCACGGGG-AAGT-GCAATGCTCTTGGACCCAGCGCACGCCGC------GGACGGGG--------ACT----CGTGCCCC----AGTCCC---AAGAGGA-GCTT-CGATATAA--------CGTGTGACGGCCG--CTCTCGCCCCTT---GG-CCGCCCC-GGC-GGTGCAAGGG---CGA-CGCGCGACGTCGT-GGAGGATTGCTACC-TGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTC04N0030NNNN1NNNNNNN00000030000000000110000400300200000000000300200402024000N00010000021000000000000000 SphInga_acatalensis 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Vachellia_campechiana 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Vachellia_farnesiana 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Wallaceodendron_celebicum 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Zygia_inaequalis 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4482 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9254; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4482; TREE Fig._4 = [&R] (Vachellia_farnesiana,(Acaciella_angustissima,(((Mariosousa_salazarii,(Mariosousa_dolichiostachya,Mariosousa_coulteri_ILL_DS15948)),(((((Albizia_saponaria,Cathormion_umbellatum),(Enterolobium_cyclocarpum,Enterolobium_contortisiliquum)),(Samanea_tubulosa,(Samanea_saman_MELU_SRA050,Samanea_saman_ILL_DS160416))),(Chloroleucon_mangense,Chloroleucon_tenuiflorum)),(((((Acacia_pulchella,(Acacia_adoxa,Acacia_lycopodiifolia),Acacia_drummondii,Acacia_alata,Acacia_spinescens),Acacia_ampliceps),((((Acacia_elata,Acacia_penninervis),Acacia_euthycarpa),(((Acacia_translucens,((Acacia_melanoxylon,Acacia_koa),Acacia_colei)),(Acacia_tumida,Acacia_acradenia)),Acacia_longifolia)),Acacia_platycarpa)),((Archidendron_kanisii,Archidendron_whitei),Pararchidendron_pruinosum),(Paraserianthes_lophantha_MEL2183015,Paraserianthes_lophantha_MEL20578621),Paraserianthes_toona_CANB367091,(Archidendropsis_thozetiana,Archidendropsis_basaltica)),Wallaceodendron_celebicum,Archidendron_ellipticum),(Cojoba_arborea_MEL2065178,(Cojoba_undulomarginata,Cojoba_arborea_ILL_DS16015)),((Ebenopsis_ebano_MEL2062228,Ebenopsis_ebano_ILL_DS15957),((Pithecellobium_dulce_ILL_DS15963,Piithecellobium_dulce_MELU_SRA049),SphInga_acatalensis,(Havardia_pallens_ILL_DS15946,Havardia_pallens_ILL_DS15945,Havardia_pallens_CANB615547))),((Abarema_jupunba_MEL2065121,Abarema_jupunba_CANB512615),Hydrochorea_corymbosa),(Calliandra_dysantha,Calliandra_foliolosa),Hesperalbizia_occidentalis,Albizia_adinocephala,Pseudosamanea_guachapele,Zygia_inaequalis)),Acacia_Senegalia_senegal)),Vachellia_campechiana); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3097] END;