#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 18, 2025; 6:51 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Grimm G., Renner S.S., Stamatakis A., & Hemleben V. 2006. A nuclear ribosomal DNA phylogeny of Acer inferred with maximum likelihood, splits graphs, and motif analyses of 606 sequences. Evolutionary Bioinformatics, 2: 279-294. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2155] [ The following blocks are input data for analysis step 4500 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep4500; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Acer_Acer_groupA0_spp Acer_Acer_groupA1_spp Acer_Acer_groupB1_spp Acer_Acer_groupB2_spp Acer_Acer_groupB3_spp Acer_Acer_groupB4_spp Acer_Arguta_spp Acer_Cissifolia_spp Acer_Ginnala_spp Acer_Grisea_spp Acer_Lithocarpa_spp Acer_Macrantha_type1a_spp Acer_Macrantha_type1b_spp Acer_Macrantha_type1c_spp Acer_Macrantha_type2_spp Acer_Palmata_spp_other Acer_Platanoidea_spp_other Acer_Rubra_spp Acer_Trifida_spp_other Acer_buergerianum Acer_campestre Acer_cappadocicum Acer_carpinifolium Acer_caudatum_multiserratum Acer_caudatum_ukurunduense Acer_distylum Acer_erianthum Acer_glabrum Acer_laurinum Acer_macrophyllum Acer_mandshuricum Acer_miyabei Acer_negundo Acer_nipponicum Acer_pentaphyllum Acer_pilosum Acer_pseudoplatanus Acer_spicatum Dipteronia_dyeriana Dipteronia_sinensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3944] TITLE Acer_ITS_40_consensus; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4500; DIMENSIONS NCHAR=840; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCCCCTAC-TAGCAGAACGACCCGCGAACACG-TTTCATCACCAACTCAACGGGGGGAAG--------CAAGC---------A{AG}GCCTGTT-GCTCCCCCTT--TGCCGTCGGATCGATGGCACCA---GCCCTCGCTCCCACGGC---ACAACAACGAA-CCCCGGCGCGGACCGCGCCAAGG--AAGCTTAACACGAGGGA--GCGTGCCCT-TGCCGCCCC-GGAAACGGTGTGTGTGCTTGTGGCATTGCCTTCTTT-CATT--ATTTAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCATCGTTG----CCCCCCCCACAAA--CCCCCTCC----CCTCATC----GAAA-----GGGAC-GGGGGG-----ACTT--GGGCGTGGG----CGGATATTGGCCTCCCGTGTGCCGAACGG-CTCGCGGTTGGCCTAAATACGAGTC---GTCGGCGACGGA--CGCCGTGACGTTCGGTGGTCAAA-----TAAA-CCTCGATCTCTCGTTGCGCGTACGTT-GTCGGTCC------GATAA-GGCTCACCGACCCTGAA---GCGTTGTC----AACAGC--GCACGCATCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTT Acer_buergerianum 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TATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCC------T{AG}GCAGAACGACCCGCGAAC{CT}CG-TTTTATCATC----????{AGT}GGGGGGAG--------CACGGGTGCGCGAGCCTCGTGGT----CCTCCTC--{CT}GCAGTCGGATCGA{CGT}GGCACCC---GCCGTCG{CT}TCCCTCGGC---ACAACAACGAA-CCCCGGCGCGGACCGCGCCAAGG--AATCTTAA--CGAGAGA--GCGTGCCCT-TGCCGCCCC-GGAAACGGTGCGTGTGCTTGTGGCGTCGCCTTCTTC-CATT--ATTTAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCATCGTTG-?CCCCCCCCTCCGAAA---CCCCTC{AT}----CCTCTCCTCTCGAAA-GAGAGAGACGGATGGG-----ACTT--GGGTGTGGG----CGGATATTGGCCTCCCGTGGGCCGAACGG-CTCGCGGTTGGCCTAAATTTGAGTC---GTCGGCGATGGA--CGCCGTGACGTTCGGTGGTCGAA-----TAAA-CCTCGAGCTCTCGTCGCGCGTCCTTC?GTCGGTA{CT}------AGTAA-GGCTCACTGACCCTGAA---GCGTTGTC----AACAAC--GCACGCATCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTT Acer_cappadocicum 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???????????????????????????????GGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCC------TAGCAGAACGACCCGCGAACTTG-TTTTACCATA----------GGGAGGG--------CACGGGTGCGCGAGCCTCGTGTT----CCCCTTT--TGCAGTTGGATTGAGGGCACTT---GCCTTCGTTCCATCGGC---ACAACAACGAA-CCCCGGCGCGGACCGCGCCAAGG--AAATTTAA--CAAGATA--GCGTGCTCC-TGCTGCCCC-GTTAACGGTGTGTGTGCTTGTAGCAGTGCCTTCTTT-CATT--ATTTAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCATCGTCG-----CCCCCTCCAAAA----CCCTCT----CCTC-------GAAA-----GAGAA-GAATGG-----ACTT--GGACGTGGG----TGGATATTGGCCTCCCGTGTGCCGAATGG-CTTGCGGTTGGCCCAAATATGAGTC---GTCGGCGATGGA--CGTCGTGACGTTCGGTGGTCAAA-----GAAA-CCTCGAGCTCTCGTTGCACGTACGTC-GTCGGTCT------AATAA-GGCTCACTGACCCTGAA---GCGTTGTT----AACAAC--GCACGCATCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGC?????? Dipteronia_sinensis TATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAACCTGCC------TAGCAGAACAACCCGCGAACCTG-TTTTATCATC---------GGGGGGAG--------CACGGGTGCGCGAGCCTCGCGGT----CCCCCTT--TGCAGTCGGATCGAGGGCGCCC---GCCCTTGCTCCCTCGGC---ACAACAACGAA-CCCCGGCGCGGACCGCGCCAAGG--AAATCTAA--CAAGAGA--GCGTGCACT-TGCCGCCCC-TAAAACGGTGCGCGTGCTCGTAGCACTGCCTTCTTT-CATT--ATTTAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCATCGTTG-----CCCCCCTCCAGA--CCCCCTCT---CCCTC-------GGAA-----GAGAG-GAGGGG-----ACCT--GGCCGTGGG----CGGATATTGGCCTCCCGTGCGCCGAACGG-CTCGCGGTTGGCTGAAATACGAGTC---GTCGGCGGCGAG--CGTCGCGACGTTCGGCGGTGAAA-----CAAA-CCTCGAGCTCCCGTTGCGCGT{AT}CGTC-GTCGGTCCGTAGT-AATAA-GGCTCATCGACCCTGAA---GCGTTGTC----AACAAC--GCACGCATCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Acer_ITS_40_consensus) = N: 1-840; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Acer_ITS_40_consensus) = N: 1-840; END; [ The following blocks are output data for analysis step 4500 ] BEGIN TREES; TITLE Tb9272; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep4500; TREE test_tree_ITS_40 = [&R] (Dipteronia_sinensis,(Acer_glabrum,((((Acer_pilosum,(((Acer_buergerianum,Acer_Trifida_spp_other),Acer_mandshuricum),Acer_pentaphyllum,Acer_Grisea_spp)),(Acer_Rubra_spp,Acer_laurinum)),((Acer_carpinifolium,((Acer_Acer_groupA1_spp,Acer_Acer_groupB1_spp,Acer_Acer_groupB2_spp),Acer_pseudoplatanus,(Acer_Acer_groupB3_spp,Acer_Acer_groupB4_spp))),Acer_Acer_groupA0_spp,Acer_Ginnala_spp)),(((Acer_spicatum,(Acer_caudatum_multiserratum,Acer_caudatum_ukurunduense)),(Acer_negundo,Acer_Cissifolia_spp),(Acer_Arguta_spp,(Acer_erianthum,Acer_Palmata_spp_other))),(Dipteronia_dyeriana,(Acer_distylum,Acer_nipponicum))),((Acer_Macrantha_type2_spp,Acer_Lithocarpa_spp),(Acer_macrophyllum,(Acer_cappadocicum,(Acer_Platanoidea_spp_other,Acer_campestre,Acer_miyabei))),(Acer_Macrantha_type1c_spp,Acer_Macrantha_type1b_spp,Acer_Macrantha_type1a_spp))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3114] END;